Ocean Gene Atlas

  Ocean Gene Atlas

Type de service	Plateforme d'accès
Statut	En production
URL	https://tara-oceans.mio.osupytheas.fr/ocean-gene-atlas/
Contact	oceangeneatlas at mio.osupytheas.fr
Localisation	Marseille
Structure d'appartenance	MIO, Institut Pythéas
Tutelles

Cycle de vie des données

Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :

Analyse

Documentation

Exposition

Réutilisation

Chargement de la carte...

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Le portail d'accès Ocean Gene Atlas permet d'accéder à trois objets de données complémentaires : les catalogues de séquences de gènes (ENA), le contexte environnemental des échantillons (PANGAEA) et les estimations de l'abondance des gènes dans les échantillons (calculées par la cartographie des séquences brutes lues sur les catalogues de gènes). Les requêtes de l'utilisateur sont composées soit d'une séquence (nucléique ou protéique), soit d'un modèle de Markov caché dérivé d'un alignement de séquences multiples. Les homologies de la requête utilisateur dans les catalogues de gènes sont identifiées à l'aide d'outils de recherche de similarité de séquence standard (par exemple BLAST ou HMMER), et leur abondance estimée basée sur la lecture est affichée sur des cartes du monde interactives et des parcelles écologiques. Un arbre phylogénétique est également déduit afin de situer la requête de l'utilisateur dans son contexte d'homologues du milieu marin ainsi que d'homologues connus à partir de séquences de référence.

Domaines scientifiques :Vie & Santé

Génétique, "omiques", bioinformatique et biologie des systèmes; Ecologie, évolution et biologie environnementale Thématique et/ou mots clés :

• Biologie marine

Type de données :

Communauté d'utilisateurs : Usagers et bénéficiaires :

Conditions d'usage : Open accès

Conditions tarifaires : Accès gratuit

Certification/Label :ELIXIR Data Resources (https://elixir-europe.org/services/tag/data-resources)

Conditions générales d'utilisation : https://tara-oceans.mio.osupytheas.fr/ocean-gene-atlas/termsOfUse

Services proposés par la structure d'appartenance

Structure	Services proposés
MIO	Ocean Gene Atlas Ocean Barcode Atlas