ArrayExpress

  ArrayExpress

Type de service	Entrepôt de données
	Caractéristiques de l'entrepôt Type d’entrepôt Disciplinaire Type de restriction Soumis à la création d'un compte Hébergement des données UE Identifiant pérenne ✓ Identifiants fournis DOI (sur demande), Identifiant interne Identifiants utilisés Formats de fichiers acceptés https://www.ebi.ac.uk/fg/annotare/help/accepted_raw_ma_file_formats.html Schéma de métadonnées MIAME "Minimum Information About a Microarray Experiment" Licence des jeux de données Conditions d'accès aux données Embargo Modération / Curation Automatique et humaine. Le dépôt s'effectue via l'outil Annotare. Détails fournis ici : https://www.ebi.ac.uk/fg/annotare/help/submit_exp.html. Volumétrie maximale définie Non-indiqué mais protocole particulier pour les jeux de données de plus de 1000 fichiers Politique de conservation des données Interopérabilité machine Versioning ✕
Statut	En production
Autres noms
URL	https://www.ebi.ac.uk/biostudies/arrayexpress
Contact	arrayexpress@ebi.ac.uk, https://www.ebi.ac.uk/about/contact/support/
Localisation	Hinxton (Royaume-Uni)
Structure d'appartenance	EMBL-EBI
Tutelles
Identifiants
re3data	10.17616/R3302G

Cycle de vie des données

Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :

Documentation

Conservation

Exposition

Réutilisation

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ArrayExpress est un entrepôt de biologie qui concerne les données en lien avec la génomique.

C'est une des collection de la base de données BioStudies.

L'entrepôt accepte les données génomiques fonctionnelles à haut débit issues de puces à ADN ou de séquençage de nouvelle génération. Les jeux de données comprennent généralement des annotations d'échantillons, des protocoles, des données d'analyse et des données brutes.

Domaines scientifiques :Vie & Santé

LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes Thématique et/ou mots clés :

• Biologie
• Génomique
• ADN

Type de données :Données génomiques, Données de séquençage

Communauté d'utilisateurs : Communauté de chercheurs en biologie Usagers et bénéficiaires :Chercheur, Enseignant-chercheur, Doctorant

Conditions d'usage : Pour déposer et consulter des données privées il faut créer un compte.

Conditions tarifaires :

Certification/Label :CoSO (https://www.ouvrirlascience.fr/selectionner-un-entrepot-thematique-de-confiance-pour-le-depot-de-donnees-methodologie-et-analyse-de-loffre-existante/)

Conditions générales d'utilisation :

Services proposés par la structure d'appartenance

Structure	Services proposés
EMBL-EBI	ENA PRIDe ArrayExpress EGA EMPIAR PDBe

code unique assigné à un objet de façon permanente (DOI, Handle…).

Digital Object Identifier

Ensemble structuré d’informations décrivant, expliquant et localisant une ressource physique ou numérique

autorisation par laquelle l'auteur d’une œuvre de l’esprit concède certains des droits que lui offre le droit d'auteur quant à l'utilisation, à la modification, à la rediffusion et à la réutilisation de l'œuvre.

période d’exploitation exclusive du jeu de données.

la curation de données consiste à trier, organiser et mettre en forme un ensemble de données, de manière à le rendre exploitable.

capable de communiquer et d’opérer avec d’autres systèmes d’information.

Comité pour la science ouverte