Biomics

  Biomics

Type de service	Plateforme de calcul
Statut	En production
URL	https://biomics.pasteur.fr/
Contact	biomics@pasteur.fr
Localisation	Paris
Structure d'appartenance	C2RT, France Génomique
Tutelles	Institut Pasteur
Identifiants
RNSR	000021543S

Cycle de vie des données

Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :

Analyse

Documentation

Stockage

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La plateforme Biomics est une structure appartenant au Centre de Ressources et Recherche Technologiques (C2RT) de l’Institut Pasteur. La mission de la plateforme Biomics est de faciliter la découverte scientifique au sein du réseau de l'Institut Pasteur et des instituts de recherche académiques en fournissant des solutions d'analyse et de stockage de données aux chercheurs. Elle est dédiée au séquençage de nouvelle génération et propose des technologies de séquençage long-read et short-read.

Services proposés par la plateforme :

• Technologie : Short-Reads (Illumina), Long-Reads (PacBio et Nanopore)
• DNA-Seq : Séquençage de novo et ciblé
• RNA-Seq : Analyse transcriptionnelle
• Métagénomique : Études par séquençage ciblé (16S, 18S, ITS) ou aléatoire (Shotgun)
• Bioinformatique : Analyse de données de séquençage (Variant, Assemblage, études de méthylation…)

Domaines scientifiques :Sciences & Technologies, Vie & Santé

PE6 Sciences informatiques et informatique

Thématique et/ou mots clés :

• Plateforme de bioinformatique
• Génomique
• Analyse à grande échelle
• Séquençage
• NGS
• DNA-Seq
• RNA-Seq
• ChIP-Seq
• ATAC-Seq
• PacBio
• Nanopore
• Illumina
• Pipeline d’analyse

Type de données :Données génomiques, Données de séquençage

Communauté d'utilisateurs : Communautés de l'Institut Pasteur, des instituts de recherche académique ainsi que du secteur privé Usagers et bénéficiaires :

Conditions d'usage : La soumission d’un projet se fait uniquement sur le site web de la plateforme. Après soumission, tout ou partie des étapes suivantes seront exécutées : demande d’informations complémentaires, attribution d’un gestionnaire Biomics, kick-off meeting, établissement d’un devis, réception des échantillons et contrôle de leur qualité, préparation des librairies et séquençage, contrôle qualité des séquences, analyse bioinformatique.

Le temps de traitement des projets varie avec leur complexité. Il est généralement de 4 à 12 semaines. Biomics propose aussi des formations pour utiliser le matériel de la plateforme en autonomie et réaliser toutes les étapes d’un projet de séquençage classique en une semaine.

Conditions tarifaires :

Certification/Label :IBiSA (http://www.ibisa.net/plateformes/)

Conditions générales d'utilisation :

Biomics est en lien avec les services et structures

IFB, Inserm, IBiSA

Services proposés par la structure d'appartenance

Structure	Services proposés
C2RT	Biomics
France Génomique	GeT LIGAN-PM GenomiqueENS TGML MGX GenomEast GENOMAX UCA Genomix PSI2BC Biomics ICGex

Le GIS Infrastructure en Biologie Santé et Agronomie a pour vocation de structurer et de financer les infrastructures de recherche en sciences de la vie, en mutualisant leurs moyens.