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'''2P2IDB''' est une '''base de données structurale''' dédiée aux '''interactions protéine-protéine''' pour lesquelles des '''inhibiteurs d’interface''' ont été caractérisés. Cette base de données développée et maintenue par le [[CRCM]] contient des données structurales sur les interfaces protéine-protéine et leurs inhibiteurs connus. +
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La '''plateforme 3DCellOmics''' met à disposition des équipements pour faire du développement de modèles de culture cellulaire 3D tels que les organoïdes, les sphéroïdes mixtes avec des cellules immunitaires ou les explants pour des tests d'efficacité de médicaments et les études sur les exosomes pour le développement de nouveaux agents thérapeutiques.
Elle se consacre au développement de '''modèles 3D alternatifs aux animaux''' et propose des méthodes de recherche innovantes et responsables selon le '''concept des 3R''' (Remplacement, Réduction, Raffinement) ainsi que des recherches basées sur les vésicules extracellulaires et les macrophages. Les '''modèles 3D développés''' visent à reproduire l'hétérogénéité de la maladie afin de comprendre la pathologie et de tester de nouvelles thérapies telles que les immunothérapies.
Une '''biobanque d'organoïdes''' de cancer du sein provenant de tissus canins et humains a été créée et est disponible pour des études. +
Portail de services et de données des observations systématiques du Soleil effectuées sur le site de Meudon de l’Observatoire de Paris. Cette activité de recherche scientifique et de service à la société est aujourd’hui menée par les équipes du Laboratoire d’études spatiales et d’instrumentation en astrophysique (LESIA).
Ce service est labellisé sous le nom de "Spectrohéliographe de Meudon", dans le cadre des services nationaux d’observations (SNO) de CNRS Terre & Univers, au sein de l’action nationale pour l’observation dédiée à la surveillance du Soleil et de l’environnement spatial de la Terre (AA-ANO 6).
Acquisition de données : Le service produit des images du disque entier du Soleil à 3 longueurs d’onde, données multi longueur d'onde (spectroheliographe), produits dérivés (images disque solaire, cartes synoptiques, ephémérides, spectres solaire), services et outils de traitement et d'analyse, logiciels, gallérie multi-média, Base de données Solaire Sol BASS2000 (formats FITS, JPG, GIF). +
A
'''ABCdb''', '''Archaeal and Bacterial ABC Systems database''', est une base de données de systèmes ABC de bactéries et d’archées. +
La plateforme ABiMS, Analysis and Bioinformatics for Marine Science, met à disposition une infrastructure dédiée au calcul scientifique: ressources matérielles (calcul et stockage) et environnement de workflows(outils, portail,...) .
ABiMS est partie intégrante de la Station Biologique de Roscoffet est rattachée au Service Informatique et Bioinformatique. Elle est intégrée à l’Institut Français de Bio-informatique (IFB) et à l’axe bio-informatique de Biogenouest. Les thématiques abordées par la plateforme concernent l’étude et l’analyse des données issues du monde marin (algues, poissons, cyanobactéries, picoplancton...), et sont en lien direct avec les 2 axes de recherche de la Station Biologique que sont la biologie et l'écologie. ABiMS interagit avec les équipes de recherche dans le cadre de collaborations scientifiques formalisées, ou sous la forme de prestations.
Mise à disposition d’une infrastructure dédiée au calcul scientifique: ressources matérielles (calcul et stockage) et environnement de workflows (outils, portail...). +
Le laboratoire '''ACP''', '''Analyse Comparée des Pouvoirs''', a pour mission de développer la recherche scientifique fondamentale et appliquée, de diffuser la culture et l'information scientifique et de contribuer à la coopération internationale dans les champs disciplinaires représentés : Aménagement et études urbaines, Géographie, Histoire, Histoire de l’art et Sociologie.
Axes de recherche :
* Transformations spatiales et rapports sociaux
* Institutions, actions et logiques de pouvoir
* Travail, emploi, pouvoir
* Circulations des personnes, des objets matériels et culturels. +
ACTRIS est l'infrastructure de recherche paneuropéenne pour l’observation et l’exploration des aérosols, des nuages et des gaz réactifs et de leurs interactions. L'infrastructure produit des données et des informations de haute qualité sur les constituants atmosphériques à courte durée de vie et sur les processus conduisant à la variabilité de ces constituants dans les atmosphères naturelles et contrôlées. +
ACTRIS Data Centre, ACTRIS DC, est le centre de données et de services de l'infractucture de recherche ACTRIS pour la recherche atmosphérique.
Le portail ACTRIS DC ACTRIS DC fournit un accès libre et gratuit à toutes les données résultant des activités du réseau d'infrastructure ACTRIS, complétées par des données provenant d'autres réseaux et bases de données pertinents. +
ACTRIS est une infrastructure de recherche distribuée, en support des recherches sur le '''climat''' et la '''qualité de l’air'''. Elle permet d’améliorer la compréhension de l’évolution passée, présente et future de la '''composition atmosphérique'''. ACTRIS-FR est la composante française d’[[:ACTRIS|ACTRIS]], l’initiative Européenne pour l’'''observation''' et l’'''exploration''' des '''aérosols''', des '''nuages''' et des '''gaz réactifs''' et de leurs interactions.
ACTRIS fournit des informations sur la variabilité 4-D des espèces à temps de vie court avec la précision et la qualité requises par les utilisateurs ainsi que des moyens d’exploration sur les processus atmosphériques.
ACTRIS opère des plateformes centrales (centres de données, centres d’expertise) et fournit des services destinés à une large communauté d’utilisateurs travaillant sur les modèles de chimie atmosphériques et de climat, sur la validation des données satellitaires ou sur l’analyse de la prévision du temps ou de la qualité de l’air. Enfin, ACTRIS offre des modalités d’accès à des plateformes technologiques d’observation et d’exploration au service des communautés scientifiques et du secteur privé favorisant ainsi l’innovation technologique.
Une partie des publications issues de projets utilisant l’infrastructure est en accès ouvert. Les codes sources produits par l’infrastructure sont ouverts sur une forge logicielle https://git.icare.univ-lille1.fr. Infrastructure dotée d’une politique de données FAIR en application. Les données validées et décrites sont publiées sur un entrepôt de données +
L’'''Atelier de la Donnée Centre-Val de Loire (ADCVL)''' a pour objectif de fournir une expertise en gestion de données aux équipes de recherche de toutes les disciplines scientifiques de la région. Cette expertise se traduit par un '''accompagnement des chercheurs''' dans les différents domaines couverts par l’atelier (entrepôt de données, FAIRisation, plan de gestion de données, etc.), ainsi que par des '''formations et des webinaires'''.
Labellisé '''Atelier de la donnée''' en décembre 2022, il fait partie de l’écosystème '''Recherche Data Gouv''' qui œuvre au partage et à l’ouverture des données de recherche. Il est porté par la Maison des Sciences de l’Homme Val de Loire en partenariat avec les universités d’Orléans et de Tours, le CNRS, BRGM, l’INRAE Val de Loire, l’INSA Centre Val de Loire, l’INSERM Grand Ouest, l’IR* Huma-Num et le Réseau national des MSH. Il est également appuyé par l’OSUC.
Il offre aux 70 unités de recherche et aux 5 écoles doctorales de la région, soit environ 3000 chercheurs et personnels de recherche publique et environ 1300 doctorants, '''une expertise en gestion de données'''. Cette expertise se traduit par un accompagnement des chercheurs dans les différents domaines couverts par l’atelier ainsi que par des formations et des webinaires.
Les services de l’ADCVL se déclinent en 5 axes :
* Accompagnement au dépôt des jeux de données
* Conseils éthiques et juridiques
* FAIRisation des données
* Plan de gestion de données
* Préservation et sécurité des données +
Le guichet unique '''ADELE Helpdesk''' a été labellisé '''Atelier de la donnée''' en juin 2022. Il s'appuie sur 10 services existants d’accompagnement aux données scientifiques de 5 entités de recherche alsaciennes : l'[https://www.unistra.fr/ université de Strasbourg] (Unistra), l’[https://www.uha.fr/ université de Haute-Alsace] (UHA), l'[https://www.insa-strasbourg.fr/ INSA Strasbourg], la [https://www.misha.fr/ MISHA] et la [https://www.bnu.fr/ BNU].
En plus du personnel scientifique des 5 entités engagées dans l'atelier, le guichet s'adresse également à celui des établissements et organismes suivants : ENGEES, HEAR, ENSAS, EOST, ObAS, CNRS, INRAE, INSERM, et Hôpitaux Universitaires de Strasbourg (HUS). ADELE Helpdesk bénéficie également du soutien du CNRS, ainsi que de [[PROGEDO]] et d'[[Huma-Num|HUMA-NUM]], dont les relais locaux sont membres d'ADELE.
Les services proposés par l’atelier sont :
* l''''aide à la planification de projet''' (aide à la budgétisation lors d'une demande de financement)
* l'accompagnement au '''plan de gestion des données projet et entité''' (conseil, relecture),
* le conseil sur la '''gestion FAIR et la diffusion des données et du code''',
* le conseil sur le '''stockage et le calcul''',
* le conseil et le développement de '''bases de données et d’applications web''',
* l'accompagnement au '''dépôt de jeux de données dans un entrepôt thématique ou pluridisciplinaire'''
* la '''curation des dépôts de jeux de données dans l'[[Université de Strasbourg : Entrepôt|espace institutionnel Unistra]]''' de Recherche Data Gouv,
* des '''formations aux données de la recherche et au code logiciel'''.
Le site web d''''ADELE Helpdesk''' ouvrira début 2024 et offrira un premier niveau d'informations sur les données et les services d'accompagnement disponible sur le site alsacien.
Pour toutes questions relatives aux données de la recherche, contactez ADELE Helpdesk à contact@adele.help. Le cas échéant, les demandes seront redirigées auprès des experts techniques et juridiques des établissements porteurs.
L’ADEME participe à la mise en œuvre des politiques publiques en matière d'énergie, de protection de l'environnement et du développement durable. Elle dispose de compétences scientifiques, techniques, d’expertise, de conseil et de centres de ressources dans les domaines suivants : déchets, sols pollués et friches, énergie et climat, air et bruit, actions transversales (production et consommation durable, villes et territoires durables). Elle aide au financement de projets, de la recherche à la mise en œuvre dans ses domaines d'intervention.
L’ADEME, Agence de la transition écologique, est impliquée dans le projet de loi relatif à la transition énergétique qui concerne les domaines de la rénovation thermique des bâtiments, l’adaptation des transports et de l’aménagement des territoires, la production, le stockage et les usages des énergies, la préservation et la restauration des écosystèmes, l’économie circulaire, la moindre dépendance aux ressources rares.
Dans le cadre de son engagement pour la science ouverte et de la Loi pour une République numérique, l’ADEME développe son [[ADEME_Portail_open_data|Portail open data]] afin de mettre à disposition ses données collectées lors des études et des rapports. +
L’ADEME, Agence de l’environnement et de la maîtrise de l’énergie, met à disposition ses données sur son Portail open data afin permettre aux entreprises, aux collectivités locales, aux pouvoirs publics et au grand public de progresser dans leur démarche environnementale dans le cadre de la transition énergétique et écologique.
L’ADEME produit les jeux de données principalement à partir de ses études et de ses rapports dans les domaines suivants : déchets, sols pollués et friches, énergie et climat, air et bruit, actions transversales (production et consommation durable, villes et territoires durables). +
'''ADES''' est le '''portail national d’Accès aux Données sur les Eaux Souterraines''' pour la France métropolitaine et les départements d’outre-mer. Il rassemble sur un site Internet public des '''données quantitatives et qualitatives relatives aux eaux souterraines'''.
Les objectifs de cet outil sont de :
*constituer un outil de collecte et de conservation des données sur les eaux souterraines,
*être mobilisable par un large ensemble de partenaires,
*permettre les traitements nécessaires à l’action de chacun des partenaires,
*être le guichet d’accès aux informations sur les eaux souterraines,
*avoir un suivi de l’état des ressources pour répondre à la politique des eaux souterraines,
*adopter au niveau national un principe de transparence et d’accessibilité aux données sur les eaux souterraines.
ADES s’inscrit dans le système d'information sur l'eau, [[SIE]], dispositif créé par l'État pour le partage et la mise à disposition des données sur l'eau. +
Pour augmenter le succès de la découverte de candidats médicaments ou d'outils de recherche, il est nécessaire de considérer l'activité pharmacologique des composés et l'optimisation de leurs propriétés '''ADMET''' : Absorption, Distribution, Métabolisme, Excrétion et Toxicité.
Le '''Réseau des plateformes d'ADME-Tox''' propose une palette de '''prestations''' permettant d''''identifier et de développer des candidats précliniques'''. Les tests peuvent être classés en quatre catégories : caractérisation physicochimique, ADME in vitro, pharmacocinétique in vivo et toxicité'''. +
Le service '''ADN''', '''Accompagnement de la Donnée à et avec Nanterre''' a été labellisé '''Atelier de la donnée'''. C'est un service collectif de l’'''Université Paris Nanterre''' (SCD et DRED), de la MSH Mondes et de la Contemporaine qui apporte une première expertise dans '''la gestion des données de recherche''' à la communauté scientifique de l’établissement.
ADN est organisé en trois services:
* L’équipe Accueil propose un premier niveau de réponse sous forme de guichet pour toute question relative à la gestion, protection et ouverture des données issues de leurs travaux de recherche.
* L’équipe Formation articule son offre selon trois modalités : la mise à disposition raisonnée de supports d’autoformation ; un calendrier préétabli de formations introductives ; l’organisation de formations pratiques sous forme d'ateliers.
* L'équipe Accompagnement propose un accompagnement collectif ou personnalisé des projets, en fonction des besoins, sur l'ensemble du cycle de la donnée (recueil, analyse, traitement, aspect juridique, dépôt et valorisation des données). +
L’'''Atelier de la donnée en Normandie''' (ADN) s'inscrit dans la politique de science ouverte menée par Normandie Université et ses établissements membres. Il a été labellisé '''Atelier de la donnée''' en septembre 2023 et il est depuis financé avec le soutien du Fonds National pour la Science Ouverte. L’ADN est coordonné par l’université de Caen Normandie et fait intervenir des personnels de la documentation, d’appui à la recherche et des ingénieurs des établissements d’enseignement supérieur normands (Université de Caen Normandie, Université de Rouen Normandie, Université Le Havre Normandie, INSA de Rouen Normandie, Normandie Université)
Il propose un '''accompagnement à la rédaction de plans de gestion de données''' qui repose sur la constitution de '''trois guichets de proximité''', positionnés dans chacun des trois principaux sites normands (Caen, Le Havre, Rouen). Des ateliers d’aide à la rédaction de PGD sont proposés localement, avec une programmation régulière et des séances à la demande.
L'Atelier de la donnée en Normandie se structure aussi autour d'une offre de formation avec un premier module de formation intitulé « '''Sensibilisation aux données de la recherche – gestion et bonnes pratiques''' » qui aborde les thèmes suivants :
* Contexte et enjeux autour des données de la recherche
* Cycle de vie des données et principes d’ouverture
* Le cadre éthique et juridique des données de la recherche
* La gestion des données au quotidien (métadonnées, stockage, partage et archivage, publier ses données, plans de gestion de données)
Une formation spécifique est dédiée et adaptée aux doctorants. En outre, à compter du début de l’année 2024, deux nouveaux modules de formation, intitulés respectivement « '''Diffuser ses données grâce aux data papers''' » et « '''Les entrepôts de données de recherche''' », seront également proposés par l'atelier. +
Le service '''ADOC Lorraine''', '''Accompagner aux Données les Chercheurs et Chercheuses en Lorraine''', a été labellisé '''Atelier de la donnée''' dans le cadre d''''un partenariat''' entre l''''Université de Lorraine, la MSH Lorraine, le CNRS, Inria et AgroParisTech'''.
Les services proposés au sein de l’atelier sont :
* Formation aux données de la recherche
* Recherche de jeux de données
* '''Guichet unique''' et conseils spécialisés sur les données
* Accompagnement : plan de gestion de données, calcul intensif, stockage des données, dépôt dans des entrepôts, codes sources et algorithmes liés aux données
* Accompagnement thématique par le réseau d’ambassadeurs des données
* Curation des données déposées dans [[DOREL]]
* Accompagnement aux services de l’EOSC (European Open Science Cloud)
* Formation à l’usage du '''cahier de laboratoire électronique''' ([https://scienceouverte.univ-lorraine.fr/donnees-de-la-recherche-ul/cahier-de-laboratoire-electronique-la-solution-elabftw/ eLabFTW])
* Accompagnement à la publication de '''data papers'''
* Conseils sur le RGPD
* Nœud thématique en Géosciences
* Noeud thématique en SHS : valorisation des projets de recherche en SHS sur la plateforme [[CENHTOR]] et aide au traitement des données textuelles en SHS
Dans le cadre de la mise en place d'un '''service d’accompagnement Science Ouverte pour le portage des projets''' par la Mission Appui Recherche de la Direction de la Documentation de l'Université de Lorraine, l'atelier de la donnée ADOC Lorraine propose un '''accompagnement sur les PDG et un appui à la diffusion et à l’archivage des données dans un entrepôt'''.
Le service '''ADOO''', '''Atelier de la Donnée d’Occitanie Ouest''' a été labellisé '''Atelier de la donnée'''. Il propose un dispositif complet d’assistance et d’accompagnement des équipes de recherche de la métropole toulousaine sur l’ensemble des volets concernant '''la gestion des données, des codes et des logiciels de la recherche'''.
Les services proposés sont :
* La '''gestion raisonnée des données de la recherche, algorithmes et codes sources'''
* L'accompagnement à la '''rédaction de plan de gestion de données''' : formation, conseils, aide à la création ou demande de relecture
* L'orientation sur le '''stockage des données'''
* L'accompagnement au '''dépôt et au partage''' : formation, conseil, aide au dépôt et au partage
* La coordination de l’accompagnement autour de la mise en réseau et de l’animation des compétences pluri-métiers
* La mise à disposition d'un '''point d'entrée unique''' pour accéder à l'aide de proximité et pour formuler des demandes
Les partenaires impliqués dans l'atelier de la donnée sont Université Toulouse Capitole, Université Toulouse- Jean Jaurès et Université Toulouse III–Paul Sabatier, Toulouse INP, Toulouse School of Economics, IMT Mines Albi, INSA, INU Champollion, ISAE-SUPAERO, ENAC, ENSFEA, CNRS, ONERA ainsi que le Mésocentre CALMIP, le Data Center Drocc, la MSHS-Toulouse en lien avec le pôle qualité des données de l'IR* Huma-Num et la PUD-T. +
Le service '''l'Atelier de la donnée de la Seine-Saint-Denis (ADSSD)''', porté par l’Université Paris 8 (SCD Université Paris 8), propose des services aux chercheurs sous la forme d’un guichet unique.
Les accompagnements proposés sont :
* Un suivi personnalisé des chercheurs de Paris 8 sur les données de la recherche
* Un accompagnement au dépôt des données et à la gestion des projets de la recherche
* Un accompagnement dans la rédaction d’un '''plan de gestion des données''' (Data Management Plan)
Dans ce cadre, ils ont élaboré un modèle de PGD [https://dmp.opidor.fr/template_export/1618280375.pdf DMP - Université Paris 8 Vincennes-Saint-Denis] à l’aide de l’outil DMP OPIDoR.
ADSSD fait partie des '''projets d’ateliers de la donnée en cours de labellisation''' par [[Recherche Data Gouv]]. +