PB-IBENS

  PB-IBENS

Type de service	Plateforme de calcul
Statut	En production
Autres noms	La Plateforme Bioinformatique (PB-IBENS)
URL	https://www.ibens.bio.ens.psl.eu/?rubrique55
Contact	admin-bioclust@bio.ens.psl.eu
Localisation	Paris
Structure d'appartenance	IBENS
Tutelles	ENS-PSL, CNRS, INSERM

Cycle de vie des données

Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :

Analyse

Documentation

Stockage

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Page en construction

La Plateforme Bioinformatique (PB-IBENS) définit, développe et déploie les ressources matérielles et logicielles qui répondent aux besoins spécifiques des chercheurs en bio-informatique. PB-IBENS assure également la maintenance et le support d'outils en ligne (serveurs web et de bases de données) développés par les équipes d'IBENS, dont certains sont labellisés par l'infrastructure européenne Elixir. Il est impliqué dans la formation en bio-informatique à l'ENS, organise des séminaires et participe à des cours externes. PB-IBENS bénéficie de l'environnement scientifique du CBC pour orienter les utilisateurs vers des spécialistes qui peuvent répondre à leurs questions techniques liées à leurs analyses spécifiques (Single-Cell, RNASeq, Bioimaging, évolution, etc.).

Les services proposés :

• BioClust : Bioclust est le cluster de calcul de PB-IBENS, accessible à tous les membres du LABEX MEMOLIFE. Il comprend actuellement 91 nœuds pour 3492 cœurs virtuels et 13,8 To de mémoire, ainsi que 3 GPU. Les utilisateurs exécutent des tâches via l'ordonnanceur HT-Condor, pour exécuter des outils à partir de la large gamme de logiciels déjà disponibles (plus de 200 paquets et outils dédiés à la bio-informatique).

• RSAT : Regulatory Sequence Analysis Tools (RSAT) est une suite logicielle combinant des outils spécialisés pour la détection de signaux de régulation dans des séquences non codantes. Il comprend des outils pour la recherche de séquences, la découverte de motifs, l'appariement de motifs, l'appariement de motifs à l'échelle du génome, le dessin de cartes de caractéristiques, la génération de séquences aléatoires et d'autres utilitaires. Le code RSAT est maintenu et développé par PB-IBENS. Pour obtenir des informations sur le téléchargement du code, veuillez contacter rsat-contact. L'instance spécifique de Rsat Protist est hébergée et maintenue par PB-IBENS.

• GENOMICUS : Genomicus est une base de données et un serveur web qui intègre des données comparatives sur les génomes et la reconstruction des génomes ancestraux d'une manière rapide et intuitive. Il permet aux utilisateurs de naviguer dans les génomes selon plusieurs dimensions : linéairement le long des axes chromosomiques, transversalement entre différentes espèces et chronologiquement le long du temps de l'évolution.

Une interface graphique conviviale permet des comparaisons synténiques et des alignements de l'ordre des gènes entre des paires de génomes ou des génomes multiples à différentes échelles : ordre local des gènes, caryotypes, diagrammes matriciels, etc.

Domaines scientifiques :Sciences & Technologies, Vie & Santé

PE6 Sciences informatiques et informatique LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes Thématique et/ou mots clés :

• Plateforme de bioinformatique
• Génomique
• Biostatistique
• Logiciel
• Séquençage

Type de données :

Communauté d'utilisateurs : Communauté de l'IBENS et du LABEX Memolife Usagers et bénéficiaires :

Conditions d'usage :

Conditions tarifaires :

Certification/Label :

Conditions générales d'utilisation :

PB-IBENS est en lien avec les services et structures

IFB, Genomicus

Portée internationale de PB-IBENS

ELIXIR (https://elixir-europe.org/)

Services proposés par la structure d'appartenance

Structure	Services proposés
IBENS	Genomicus GenomiqueENS IBENS Opendata PB-IBENS

École normale supérieure - PSL

Centre National de la Recherche Scientifique