CAZy

  CAZy

Type de service	Entrepôt de données
	Caractéristiques de l'entrepôt Type d’entrepôt Type de restriction Hébergement des données Identifiant pérenne Identifiants fournis Identifiants utilisés Formats de fichiers acceptés Schéma de métadonnées Licence des jeux de données Conditions d'accès aux données Modération / Curation Volumétrie maximale définie Politique de conservation des données Interopérabilité machine Versioning
Statut	En production
Autres noms	Carbohydrate-Active enZYmes Database
URL	http://www.cazy.org/
Contact	cazy@afmb.univ-mrs.fr
Localisation	Marseille
Structure d'appartenance	Architecture et Fonction des Macromolécules Biologiques
Tutelles	CNRS, Aix-Marseille Université
Identifiants
re3data	R38W88

Cycle de vie des données

Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :

Conservation

Exposition

Réutilisation

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En 1998, la base de données Carbohydrate-Active enZYmes Database (CAZy) est créée et mise à jour par l’équipe Glycogénomique du laboratoire Architecture et Fonction des Macromolécules Biologiques (AFMB). L’objectif de CAZy est d’établir les relations entre la séquence des enzymes qui agissent sur les hydrates de carbone et leur spécificité. Les enzymes actives sur les glucides (CAZymes) modifient, créent ou lysent les liaisons glycosidiques des sucres complexes et des polysaccharides qui sont utilisés par les êtres vivants. Ces glucides peuvent jouer le rôle de source de carbone, de signaux moléculaires spécifiques, de stockage de l’énergie ou intervenir dans les interactions hôtes-pathogènes. L’équipe Glycogénomique a développé une classification en familles qui relie la structure et le mécanisme catalytique des CAZymes. Cette classification est composée de 5 classes d’enzymes (glycoside hydrolases, glycosyltransférases, carbohydrate estérases, polysaccharide lyases et les enzymes dites à activités auxiliaires). Les  modules de fixation aux sucres (Carbohydrate-Binding Modules) figurent également dans cette base de données. Un couplage entre la base de données CAZy et les moyens en bioinformatique permet d’examiner le contenu en CAZymes de centaines de génomes eucaryotes et procaryotes. La classification CAZy est largement utilisée par la communauté scientifique pour ses données annotées (annotations structurales et fonctionnelles des protéines issues de GenBank, UniProt, Protein Data Bank).

Domaines scientifiques :Vie & Santé

LS1 Molécules de la vie : Mécanismes biologiques, structures et fonctions; LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes Thématique et/ou mots clés :

• Base de données
• Carbohydrate-Active enZYmes
•  Enzymes actives sur les glucides
• CAZymes
• Glycoside hydrolases
• Glycosyltransférases
• Carbohydrate estérases
• Polysaccharide lyases
• Carbohydrate-Binding Modules
• Catalyse enzymatique
• Génomique
• Bioinformatique

Type de données :Données annotées, Séquençage des protéines, Séquençage du génome,  Structure moléculaire, Structure 3D, Relation structure activité, Activité enzymatique

Communauté d'utilisateurs : Communauté de chercheurs en biologie structurale, génie génétique et bioinformatique Usagers et bénéficiaires :Chercheurs, Bioinformaticiens

Conditions d'usage : Utilisateurs : accès libre. Déposants : membres de l’équipe Glycogénomique du laboratoire Architecture et Fonction des Macromolécules Biologiques

Conditions tarifaires : Gratuit

Certification/Label :

Conditions générales d'utilisation :

Services proposés par la structure d'appartenance

Structure	Services proposés
AFMB	CAZy

code unique assigné à un objet de façon permanente (DOI, Handle…).

Ensemble structuré d’informations décrivant, expliquant et localisant une ressource physique ou numérique

autorisation par laquelle l'auteur d’une œuvre de l’esprit concède certains des droits que lui offre le droit d'auteur quant à l'utilisation, à la modification, à la rediffusion et à la réutilisation de l'œuvre.

la curation de données consiste à trier, organiser et mettre en forme un ensemble de données, de manière à le rendre exploitable.

capable de communiquer et d’opérer avec d’autres systèmes d’information.

Centre National de la Recherche Scientifique