EGA

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Type de service	Entrepôt de données
	Caractéristiques de l'entrepôt Type d’entrepôt Disciplinaire Type de restriction Soumis à la création d'un compte Hébergement des données UE Identifiant pérenne ✓ Identifiants fournis DOI Identifiants utilisés Formats de fichiers acceptés Schéma de métadonnées Basé sur XML, JSON et celui de l'entrepôt ENA : https://ega-archive.org/submission/metadata/ega-schema/ Licence des jeux de données Conditions d'accès aux données Embargo Modération / Curation Automatique et humaine. Tout dépôt donne lieu à un contrôle qualité documenté (File Quality Control Report). Délai moyen constaté entre la soumission et la publication : 1 mois Volumétrie maximale définie La soumission des données se fait via une "submission box" qui ne peut excéder 8To Politique de conservation des données Plateforme lancée en 2008. Pas de durée limite, la conservation est dite permanente. Les données sont répliquées sur les serveurs du Centre de calcul public de Barcelone (BSC). Interopérabilité machine Versioning ✓
Statut	En production
Nom développé	European Genome-phenome Archive
URL	https://ega-archive.org/
Contact	helpdesk@ega-archive.org, https://ega-archive.org/need-help/
Localisation	Hinxton (Royaume-Uni), Barcelone (Espagne)
Structure d'appartenance	EMBL-EBI, CRG
Identifiants
re3data	10.17616/R3W619

Cycle de vie des données

Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :

Conservation

Exposition

Réutilisation

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EGA est un entrepôt de données en biologie qui sont en lien avec la génomique.

Plusieurs types de données sont acceptés :

• Données médicales et de santé
• Données de puces à ADN
• Données phénotypes

L'entrepôt recommande l'usage de vocabulaire contrôlé (Experimental Factor Ontology Database) pour décrire les données de phénotypes.

Domaines scientifiques :Vie & Santé

LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes Thématique et/ou mots clés :

• Biologie
• Génomique
• ADN

Type de données :Métadonnées, Données biologiques, Données génomiques

Périmètre de communauté : ESR, thématique, national, international

Communauté d'utilisateurs : Communauté de chercheurs en biologie

Usagers et bénéficiaires :Chercheur, Enseignant-chercheur, Doctorant

Conditions d'usage : Pour déposer et consulter des données il faut créer un compte.

Conditions tarifaires :

Certification/Label :CoSO (https://www.ouvrirlascience.fr/selectionner-un-entrepot-thematique-de-confiance-pour-le-depot-de-donnees-methodologie-et-analyse-de-loffre-existante/)

Conditions générales d'utilisation :

Services proposés par la structure d'appartenance

Structure	Services proposés
CRG	EGA
EMBL-EBI	ENA PRIDe ArrayExpress EGA EMPIAR PDBe

code unique assigné à un objet de façon permanente (DOI, Handle…).

Digital Object Identifier

Ensemble structuré d’informations décrivant, expliquant et localisant une ressource physique ou numérique

autorisation par laquelle l'auteur d’une œuvre de l’esprit concède certains des droits que lui offre le droit d'auteur quant à l'utilisation, à la modification, à la rediffusion et à la réutilisation de l'œuvre.

période d’exploitation exclusive du jeu de données.

la curation de données consiste à trier, organiser et mettre en forme un ensemble de données, de manière à le rendre exploitable.

capable de communiquer et d’opérer avec d’autres systèmes d’information.

Ensemble structuré d’informations décrivant, expliquant et localisant une ressource physique ou numérique

Enseignement Supérieur et Recherche

Comité pour la science ouverte