« Cyber-Carothèque Nationale » : différence entre les versions

Cyber-Carothèque Nationale
Type de service	Plateforme d'accès
Statut	En production
Autres noms	Cyber Cores Repository
URL	https://www.cybercarotheque.fr/index.php
Contact	support@cybercarotheque.fr
Localisation	Bordeaux
Structure d'appartenance	OASU
Tutelles	CNRS
Identifiant dans un autre catalogue	http://www.indores.fr/geonetwork/srv/fre/catalog.search#/metadata/a3c269ba-8b6f-46f4-b044-73ce79dd1a79 (Catalogue INDORES CNRS Écologie & Environnement), http://meta.data-za.org/geonetwork/srv/fre/catalog.search#/metadata/a3c269ba-8b6f-46f4-b044-73ce79dd1a79 (Catalogue LTER-France)

Dernière version du 15 janvier 2024 à 10:49

La cyber-carothèque est à la fois :

1-un outil de gestion de données : Corebook (outil de collecte de terrain) Template d'import contrôlé et normalisé Outil d'attribution d'identifiant unique (IGSN et DOI) et/ou en 2022) outil de saisie en ligne

2-une plateforme d'acquisition : Base de données centralisé Cyber-cartothèque nationale.

3-une plateforme d'accès : Outil de recherche et d'accès aux métadonnées de carottages de tout types et multi-institutionnels.

Quelle est sa finalité/qu'offre-t-il à ses utilisateurs ?

L'objectif de ce système est de faciliter :

1) la collecte d'information de qualité sur des archives naturelles (métadonnées riches et précises) pour des prélèvements à caractère stratigraphique. Le systeme propose l'acquisition des données dès la phase de terrain

2) l'accès aux données de carottage quelque soit l'institution productrice (CNRS, IRD, INRAe, IFRMER, MUSEUM d'HISTOIRE NATURELLE, Universités, ...).

Tout types de carottages sont acceptés (Gravitaire, Battage, Percussion, Vibrant, Rotatif) dans cette infrastructure qu'il soit de nature sédimentaire, de roches, des Tourbières ou de glace) pour toutes les communauté scientifiques en Paléo-science (de l'actuel au temps anciens) ou en Géosciences (Marine, Continentale et glaciaire).

Les finalités sont diverses comme permettre la gestion des carothèques sur du long terme, tout comme permettre une description des échantillons associés aux de jeux de données et in fine favoriser l'accès et la réutilisation des prélèvements ayant encore du matériel disponible.

Quel est son mode de fonctionnement ?

Le fonctionnement se situe à 3 étape du cycle de vie :

1- La collecte : - dès la collecte sur le terrain (grâce à une application de terrain Android "Corebook" qui garantie la qualité et la structuration commune des carottages de tout types) ou - ou à l'occasion d'un inventaire ou lors d'un déménagement de collection

2- La pérennisation : intégration des données dans une base de données commune dès - le retour du terrain par synchronisation de LAPK Corebook ou l'import d'un fichier formaté - ou lors d'un inventaire de labo

3- L'accès et le partage, avec ou sans embargo, de toute l'information sur le carottage et les informations de qualité sur les échantillons

Qui participe au projet et à l'alimentation de la base :

L'alimentation du système d'information est ouverte aux unités de recherche et aux instituts qui le souhaitent. A ce jour les unité participantes sont EPOC, LSCE, EDYEM, CHRONO-ENVIRONEMENT, ISEM, ISTERRE, IGE, Sorbonne université (liste non exhaustive) ainsi que l'IFRMER, INRA, IRD, le Muséum d'histoire Naturelle Le projet est piloté par 2 laboratoires : EPOC et EDYTEM accompagné par l'OASU Aquitaine

Quelles sont ses spécificités ?

La possibilité de procéder a une collecte d'information structurée, de qualité et multi communautés, dès la phase de terrain. La Cyber-Carothèque est un outil permettant sont intégration facilité dans les Plans de gestion de données en listant précisément les prélèvements effectués au cours d'un projet et permettre leur ré-utilisation à l'issu des projets.

Quelles sont ses garanties de qualité, sa conformité avec les principes FAIR : identifiants pérennes, métadonnées, stockage sécurisé, etc. ?

Les informations stockées dans la Cyber-Carothèque sont de haute qualité de part : i) l'acquisition des données au plus proche du terrain (validation par les chefs de mission et Responsable (PI) des Carottes et ii), par le suivi tout au long du cycle de vie par des curateurs de collection des laboratoires partenaires et supervisé par 2 curateurs de l'infrastructure.

La Cyber-carothèque est conforme à un certains nombres des Principes FAIR : - l'identifiant unique "IGSN" est apposée pour chaque carotte (et échantillons dérivés), - l'identifiant ORCID pour l'identification des personnes, - les identifiants RNSR, ISNI,ROR pour l'identification des Laboratoires - l'identification des projets (ANR et ERC) - l'intégration des standards (IGSN, DublinCore, Datacite et ISO19.115) - utilisation de vocabulaires contrôlés du domaine et augmenté lorsque incomplet ou non existant

Le stockage, maintenance, et sauvegarde

Le stockage, maintenance, et sauvegarde est assurée sur des serveur Français par l' Observatoire Aquitain des Sciences de l'Univers (OASU) La version V1 (actuelle) est en production depuis 2017 et une nouvelle version est prévu mi 2022.

Cette initiative a bénéficié de différents soutiens depuis 2014 : du C2FN pour son initiation dans le cadre de l'Equipex CLIMCOR, de la DT CNRS Terre & Univers et de l'OASU-EPOC pour sa mise en oeuvre, mais également du rapprochement avec Ifremer, le MNHN et d'un effort spécifique mené dans le cadre de 2 actions Inter-Zones Ateliers « Archives sédimentaires » et du Projet "Retro Observatoire des ZA ROZA)" du réseau des Zones Ateliers du CNRS (http://www.za-inee.org/).

Ce projet est en connexion avec des projets de gestion de collection afin de permettre l'alimentation de ces systèmes par des échantillons "numérique", par exemple Collec-Science ou des cahiers de laboratoire électronique (CLE)

La politique de données est en cours de création & validation. Elle sera disponible sur le portail.

Evolution 2022 : -Portail d'accès v2 livré au 1er semestre 2022. -Pour toutes missions nouvelles, 3 modes de mise à jours sera proposé (Corebook, import tableur et/ou saisie en ligne). -IGSN automatique

-Un rapport de mission pourra être généré avec un DOI associé afin de favoriser la citabilité des données

Domaines scientifiques :Sciences & Technologies, Vie & Santé

PE4 Chimie physique et analytique; PE10 Sciences du Système Terre LS8 Biologie environnementale, écologie et évolution Thématique et/ou mots clés :

Banque d'échantillons de l'environnement
Rétro-observatoire
Carottage
Carottier
Plateforme de carottage
Navire de carottage
Carotte
Tourbière
Sédiment lacustre
Sédiment fluviatile
Sédiment côtier
Sédiment marin
Roche
Glace
Etendue d'eau douce
Etendue d'eau artificielle
Zone humide
Zone englacée
Zone marine
Zone continentale

Type de données :Collection d'échantillon

Communauté d'utilisateurs : Toutes communautés à vocation de recherche scientifique en Géosciences ou Paleo-sciences Usagers et bénéficiaires :Chercheurs, ingénieurs de terrain ou curateurs de collection

Conditions d'usage : La consultation est libre Le téléchargement des données est sous licence CC-By-SA (pas de modification des données celle-ci étant inhérente à la prise d'échantillon au moment de la collecte sur le terrain) La creation d'un compte est nécessaire pour l'alimentation de la base

Conditions tarifaires : Accès gratuit

Certification/Label :

Conditions générales d'utilisation : La CGU est en cours de creation

Cyber-Carothèque Nationale est en lien avec les services et structures

Collec-Science

Portée internationale de Cyber-Carothèque Nationale

Marine and Lacustrine Geological Samples (IMLGS) (https://www.ngdc.noaa.gov/mgg/curator/)

Services proposés par la structure d'appartenance

Structure	Services proposés
OASU	SOMLIT PHYTOBS CeDONA Modèle de la galaxie de Besançon KIDA IVS IVS-OASU Cyber-Carothèque Nationale Corebook APK

@@ Ligne 2 : / Ligne 2 : @@
 |Logo=LogoCCNv1.png
 |NomService=Cyber-Carothèque Nationale
-|TypeService=Plateforme d'acquisition
+|TypeService=Plateforme d'accès
 |StatutService=En production
 |NomAlternatif=Cyber Cores Repository
@@ Ligne 8 : / Ligne 8 : @@
 |ContactMel=support@cybercarotheque.fr
 |Localisation=Bordeaux
-|StructureAppartenance=OASU,
+|StructureAppartenance=OASU
 |Tutelle=CNRS
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+|IdentifiantAlternatif=http://www.indores.fr/geonetwork/srv/fre/catalog.search#/metadata/a3c269ba-8b6f-46f4-b044-73ce79dd1a79;Catalogue INDORES CNRS Écologie & Environnement,http://meta.data-za.org/geonetwork/srv/fre/catalog.search#/metadata/a3c269ba-8b6f-46f4-b044-73ce79dd1a79;Catalogue LTER-France
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-|IdentifiantAlternatif=http://www.indores.fr/geonetwork/srv/fre/catalog.search#/metadata/a3c269ba-8b6f-46f4-b044-73ce79dd1a79;Catalogue INDORES INEE,http://meta.data-za.org/geonetwork/srv/fre/catalog.search#/metadata/a3c269ba-8b6f-46f4-b044-73ce79dd1a79;Catalogue LTER-France
 |PhaseCycleVie=Collecte, Documentation, Stockage, Exposition, Réutilisation
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+{{Coordonnées GPS
 |CoordonneeGeographique=44.80403, -0.60812
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 {{Service
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+|Description='''La cyber-carothèque est à la fois :'''
-L'objectif de ce système est de faciliter la collecte d'information (métadonnées riches et precises)  sur des prélèvements à caractère stratigraphique, cela dès la phase de terrain.
-Tout types de carottages sont acceptés (Gravitaire, Battage, Percussion, Vibrant, Rotatif) dans cette infrastructure qu'il soit de nature sédimentaire, de roches, des Tourbières ou de glace) pour toutes les communauté scientifiques en Paléo-science (de l'actuel au temps anciens) ou en Géosciences (Marine, Continentale et glaciaire).
+	''1-un outil de gestion de données :'' Corebook (outil de collecte de terrain) Template d'import contrôlé et normalisé Outil d'attribution d'identifiant unique (IGSN et DOI) et/ou en 2022) outil de saisie en ligne
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+'''Quelle est sa finalité/qu'offre-t-il à ses utilisateurs ?'''
+L'objectif de ce système est de faciliter :
+) la collecte d'information de qualité sur des archives naturelles (métadonnées riches et précises) pour des prélèvements à caractère stratigraphique. Le systeme propose l'acquisition des données dès la phase de terrain
+) l'accès aux données de carottage quelque soit l'institution productrice (CNRS, IRD, INRAe, IFRMER, MUSEUM d'HISTOIRE NATURELLE, Universités, ...).
+	'''Tout types de carottages sont acceptés (Gravitaire, Battage, Percussion, Vibrant, Rotatif) dans cette infrastructure qu'il soit de nature sédimentaire, de roches, des Tourbières ou de glace) pour toutes les communauté scientifiques en Paléo-science (de l'actuel au temps anciens) ou en Géosciences (Marine, Continentale et glaciaire).'''
+Les finalités sont diverses comme permettre la gestion des carothèques sur du long terme, tout comme permettre une description des échantillons associés aux de jeux de données et in fine favoriser l'accès et la réutilisation des prélèvements ayant encore du matériel disponible.
+'''Quel est son mode de fonctionnement ?'''
+Le fonctionnement se situe à 3 étape du cycle de vie :
+- La collecte : - dès la collecte sur le terrain (grâce à une application de terrain Android "Corebook" qui garantie la qualité et la structuration commune des carottages de tout types) ou - ou à l'occasion d'un inventaire ou lors d'un déménagement de collection
+- La pérennisation : intégration des données dans une base de données commune dès - le retour du terrain par synchronisation de LAPK Corebook ou l'import d'un fichier formaté - ou lors d'un inventaire de labo
-Les finalités sont diverses comme permettre la gestion des carothèques sur du long terme, tout comme permettre une description des jeux de données portant sur ces échantillons ou favoriser  la réutilisation des prélèvements ayant encore du materiel disponible.
+- L'accès et le partage, avec ou sans embargo, de toute l'information sur le carottage et les informations de qualité sur les échantillons
-*Quel est son mode de fonctionnement ?
+'''Qui participe au projet et à l'alimentation de la base :'''
-La collecte de données se situe a 2 étape du cycle de vie :
--dès la collecte sur le terrain (grace à une application de terrain Android "Corebook")
--au retour du terrain par une fichier d'import (ou via le site web en 2022)
-- à l'occasion d'un inventaire ou lors d'un déménagement de collection
-Pour toutes nouvelles mission actuelle, un rapport de mission avec un DOI sera proposé (en 2022)
-L'alimentation de la base est ouverte aux unités de recherche et aux instituts qui le souhaitent.
+L'alimentation du système d'information est ouverte aux unités de recherche et aux instituts qui le souhaitent. A ce jour les unité participantes sont EPOC, LSCE, EDYEM, CHRONO-ENVIRONEMENT, ISEM, ISTERRE, IGE, Sorbonne université (liste non exhaustive) ainsi que l'IFRMER, INRA, IRD, le Muséum d'histoire Naturelle Le projet est piloté par 2 laboratoires : EPOC et EDYTEM accompagné par l'OASU Aquitaine
-A ce jour les unité participantes sont EPOC, LSCE, EDYEM, CHRONO-ENVOIROMMENT, ISEM, ISTERRE, IGE, Sorbonne université (liste non exhaustive) ainsi que l'IFRMER, INRA, IRD, le Muséum d'histoire Naturelle
-*Quelles sont ses spécificités ?
+'''Quelles sont ses spécificités ?'''
-La possibilité de procéder a une collecte d'information structurée, de qualité et multi communautés, dès la phase de terrain.
-La Cyber-Carothèque  est un outil permettant sont integration facilité dans les Plans de gestion de données en listant précisément les prélèvement effectués au cours d'un projet.
-*Quelles sont ses garanties de qualité, sa conformité avec les principes FAIR : identifiants pérennes, métadonnées, stockage sécurisé, etc. ?
+La possibilité de procéder a une collecte d'information structurée, de qualité et multi communautés, dès la phase de terrain. La Cyber-Carothèque est un outil permettant sont intégration facilité dans les Plans de gestion de données en listant précisément les prélèvements effectués au cours d'un projet et permettre leur ré-utilisation à l'issu des projets.
-Les informations stockées dans la Cyber-Carothèque sont de haute qualité de part i) l'acquisition des données au plus proche du terrain (validation par les chefs de mission et Responsable (PI) des Carottes et "),  par le suivi tout au long du cycle de vie par des curateurs de collection des laboratoires partenaires et supervisé par 2 curateurs de l'infrastructure.
-La Cyber-carothèque est conforme à un certains nombres des Principes FAIR :
+'''Quelles sont ses garanties de qualité, sa conformité avec les principes FAIR : identifiants pérennes, métadonnées, stockage sécurisé, etc. ?'''
-- Un identifiant unique "IGSN" est apposée pour chaque carotte (et échantillons dérivés), l'ORCID pour l'identification des personnes, RNSR, ISNI,ROR pour l'identification des Laboratoires
-- intégration des standards (IGSN, DublinCore, Datacite et ISO19.115)
+Les informations stockées dans la Cyber-Carothèque sont de haute qualité de part :
+i) l'acquisition des données au plus proche du terrain (validation par les chefs de mission et Responsable (PI) des Carottes et
+ii), par le suivi tout au long du cycle de vie par des curateurs de collection des laboratoires partenaires et supervisé par 2 curateurs de l'infrastructure.
+'''La Cyber-carothèque est conforme à un certains nombres des Principes FAIR :'''
+- l'identifiant unique "IGSN" est apposée pour chaque carotte (et échantillons dérivés),
+- l'identifiant ORCID pour l'identification des personnes,
+- les identifiants RNSR, ISNI,ROR pour l'identification des Laboratoires
+- l'identification des projets (ANR et ERC)
+- l'intégration des standards (IGSN, DublinCore, Datacite et ISO19.115)
 - utilisation de vocabulaires contrôlés du domaine et augmenté lorsque incomplet ou non existant
-Le stockage, maintenance, et sauvegarde est assurée sur des serveur Français par l' Observatoire Aquitain des Sciences de l'Univers (OASU)
+'''Le stockage, maintenance, et sauvegarde'''
-La version V1 (actuelle) est en production depuis 2017 et une nouvelle version est prévu mi 2022.
+Le stockage, maintenance, et sauvegarde est assurée sur des serveur Français par l' Observatoire Aquitain des Sciences de l'Univers (OASU) La version V1 (actuelle) est en production depuis 2017 et une nouvelle version est prévu mi 2022.
+Cette initiative a bénéficié de différents soutiens depuis 2014 : du C2FN pour son initiation dans le cadre de l'Equipex CLIMCOR, de la DT CNRS Terre & Univers et de l'OASU-EPOC pour sa mise en oeuvre, mais également du rapprochement avec Ifremer, le MNHN et d'un effort spécifique mené dans le cadre de 2 actions Inter-Zones Ateliers « Archives sédimentaires » et du Projet "Retro Observatoire des ZA ROZA)" du réseau des Zones Ateliers du CNRS (http://www.za-inee.org/).
+Ce projet est en connexion avec des projets de gestion de collection afin de permettre l'alimentation de ces systèmes par des échantillons "numérique", par exemple Collec-Science ou des cahiers de laboratoire électronique (CLE)
+La politique de données est en cours de création & validation. Elle sera disponible sur le portail.
-Cette initiative a bénéficié de différents soutiens depuis 2014 : du C2FN pour son initiation dans le cadre de l'Equipex CLIMCOR, de la DT INSU et de l'OASU-EPOC pour sa mise en oeuvre, mais également du rapprochement avec Ifremer,  le MNHN et d'un effort spécifique mené dans le cadre de 2 actions Inter-Zones Ateliers « Archives sédimentaires » et du Projet "Retro Observatoire des ZA ROZA)" du réseau des Zones Ateliers du CNRS (http://www.za-inee.org/).
+'''Evolution 2022 :'''
+-Portail d'accès v2 livré au 1er semestre 2022.
+-Pour toutes missions nouvelles, 3 modes de mise à jours sera proposé (Corebook, import tableur et/ou saisie en ligne).
+-IGSN automatique
+-Un rapport de mission pourra être généré avec un DOI associé afin de favoriser la citabilité des données
 |Discipline=Sciences & Technologies, Vie & Santé
-|SousDisciplineSciences&Technologies=Chimie physique et analytique; Sciences du Système Terre
+|SousDisciplineSciences&Technologies=PE4 Chimie physique et analytique; PE10 Sciences du Système Terre
-|SousDisciplineVie&Sante=Ecologie, évolution et biologie environnementale
+|SousDisciplineVie&Sante=LS8 Biologie environnementale, écologie et évolution
-|Thematique=banque d'échantillons de l'environnement, rétro-observatoire,carottage,carottier,plateforme de carottage, navire de carottage,carotte,tourbière,sédiment lacustre,sédiment fluviatile,sédiment cotier,sédiment marin, roche, glace, étendue d'eau douce,étendue d'eau artificielle,zone humide,zone englacée,zone marine,zone continentale
+|Thematique=Banque d'échantillons de l'environnement, Rétro-observatoire,Carottage,Carottier,Plateforme de carottage, Navire de carottage,Carotte,Tourbière,Sédiment lacustre,Sédiment fluviatile,Sédiment côtier,Sédiment marin, Roche, Glace, Etendue d'eau douce,Etendue d'eau artificielle,Zone humide,Zone englacée,Zone marine,Zone continentale
 |TypeDonnee=Collection d'échantillon
 |Communaute=Toutes communautés à vocation de recherche scientifique en Géosciences ou Paleo-sciences
 |Beneficiaire=Chercheurs, ingénieurs de terrain ou curateurs de collection
-|Politique de données=La politique de données est en cours de création & validation. elle sera disponible sur le portail.
 |ConditionUsage=La consultation est libre
 Le téléchargement des données est sous licence CC-By-SA (pas de modification des données celle-ci étant inhérente à la prise d'échantillon au moment de la collecte sur le terrain)
 La creation d'un compte est nécessaire pour l'alimentation de la base
 |ModeleEconomique=Accès gratuit
-|Certification=
 |Cgu=La CGU est en cours de creation
-|Relation=Ce projet est en connexion avec des projets de gestion de collection afin de permettre l'alimentation de ces systèmes par des échantillons "numérique".
+|Relation=Collec-Science
-Exemple Collec-Science ou des cahiers de laboratoire électronique (CLE)
+|PorteeInternationale=Marine and Lacustrine Geological Samples (IMLGS);https://www.ngdc.noaa.gov/mgg/curator/
-|PorteeInternationale=Marine and Lacustrine Geological Samples (IMLGS),https://www.ngdc.noaa.gov/mgg/curator/
-|StatutPage=Page en construction
 }}