« Genoscope » : différence entre les versions

Genoscope
Nom développé	Centre National de Séquençage
Autres noms	Plateforme de séquençage du Genoscope
URL	https://jacob.cea.fr/drf/ifrancoisjacob/Pages/Departements/Genoscope.aspx
Tutelles	CEA
Identifiants
RNSR	201722556Y
ROR	028pnqf58
Localisation	Évry-Courcouronnes
Type de service	Plateforme de calcul
Statut	En production
URL	https://jacob.cea.fr/drf/ifrancoisjacob/Pages/Departements/Genoscope.aspx
Contact	pcoutool@genoscope.cns.fr
Structure d'appartenance	Genoscope

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Dernière version du 30 mars 2026 à 15:29

L'équipe de la plateforme nationale de séquençage du Genoscope s'implique dans la prise en main des projets à partir de la réception des échantillons jusqu'à la validation des séquences brutes.

Il s’est orienté vers l’étude de la biodiversité, à travers le séquençage de novo de grands génomes complets, de metagénomes complexes et plus généralement de collections d’ADN nécessitant une approche de séquençage à très grande échelle.

Une équipe de chercheurs se consacre aussi au développement et optimisation de nouvelles stratégies de séquençage, y compris l’essai et valorisation des données issus de séquenceurs de troisième génération : lectures ultra longues, modifications épigénétiques, stratégies read-until, etc.

Domaines scientifiques :Vie & Santé

LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes; LS8 Biologie environnementale, écologie et évolution Thématique et/ou mots clés :

Plateforme de bioinformatique
Biodiversité

Type de données :Données génomiques, Données de séquençage

Périmètre de communauté : ESR, national

Usagers et bénéficiaires :Chercheurs, Enseignants-Chercheurs, Médecins

Conditions d'usage : Les soumissions de projets s’effectue via le site de France Génomique

Conditions tarifaires : Les projets sont co-financés avec les laboratoires demandeurs.

Certification/Label :

Conditions générales d'utilisation :

Genoscope est en lien avec les services et structures

France Génomique

Offre de services de Genoscope

Genoscope (Plateforme de calcul)

Services proposés par la structure d'appartenance

Structure	Services proposés
Genoscope	Genoscope

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 {{InfoboxStructureService
 |Logo=Logo Genoscope ORIG 344.gif
-|NomAlternatif=Centre National de Séquençage, Plateforme de séquençage du Genoscope
+|Nom=Genoscope
-|Url=https://jacob.cea.fr/drf/ifrancoisjacob/Pages/Departements/Genoscope.aspx
+|NomDéveloppé=Centre National de Séquençage
+|NomAlternatifRéduit=Plateforme de séquençage du Genoscope
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 |Tutelle=CEA
 |IDRNSR=201722556Y
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 |TypeService=Plateforme de calcul
 |StatutService=En production
+|UrlService=https://jacob.cea.fr/drf/ifrancoisjacob/Pages/Departements/Genoscope.aspx
 |ContactMel=pcoutool@genoscope.cns.fr
 |StructureAppartenance=Genoscope
 |PhaseCycleVie=Collecte, Analyse
+|NomAlternatif=Centre National de Séquençage, Plateforme de séquençage du Genoscope
+|Url=https://jacob.cea.fr/drf/ifrancoisjacob/Pages/Departements/Genoscope.aspx
 |NomStructure=Genoscope
 |Description=Après avoir été l’un des acteurs du projet génome humain, le '''Centre National de Séquençage''' ('''Genoscope''') a mis le cap vers '''la génomique environnementale'''. L’exploitation des données de séquences, prolongée par l’identification expérimentale des fonctions biologiques, notamment dans le domaine de '''la biocatalyse''', ouvrent des perspectives de développements en '''biotechnologie industrielle'''. C’est dans une logique de développement durable que le Genoscope cherche '''des solutions biologiques dans la chimie de synthèse''', afin de la rendre moins polluante et moins consommatrice d’énergie et de carbone fossile.
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 }}
 {{ServiceStructure
-|Description=L'équipe du '''laboratoire de séquençage du Genoscope''' s'implique dans la prise en main des projets à partir de la réception des échantillons jusqu'à la validation des séquences brutes. Le séquençage est assuré par des séquenceurs très haut débit de deuxième génération. Ces machines permettent d'atteindre un débit autorisant le séquençage de génomes entiers dans un intervalle de temps limité.
+|Description=L'équipe de la '''plateforme nationale de séquençage du Genoscope''' s'implique dans la prise en main des projets à partir de la réception des échantillons jusqu'à la validation des séquences brutes.
+Il s’est orienté vers l’étude de la biodiversité, à travers le séquençage de novo de grands génomes complets, de metagénomes complexes et plus généralement de collections d’ADN nécessitant une approche de séquençage à très grande échelle.
-Les projets actuellement développés concernent un large panel d'organismes, par exemple :
+Une équipe de chercheurs se consacre aussi au '''développement et optimisation de nouvelles stratégies de séquençage''', y compris l’essai et valorisation des données issus de séquenceurs de troisième génération : lectures ultra longues, modifications épigénétiques, stratégies read-until, etc.
-* Reséquençage : champignon unicellulaire comme la levure (Saccharomyces cerevisiae) ou organisme végétal comme le riz (genre Oryza),
-* Séquençage de novo de protiste (Paramecia), d'organisme animal comme la limnée (genre Lymnaea) ou d'organisme végétal comme le blé (genre Triticum),
-* Séquençage de transcriptomes d'organismes eucaryotes comme le chêne (genre Quercus),
-* Projets de métagénomique et de métatranscriptomique (projets Tara Océans, biodiversité des sols français)
-* Projets de séquençage du Génome de la truffe noire du Périgord, du génome d'Ectocarpus.
-* 1002 génomes de levures, biodiversité des plantes alpines.
 |Discipline=Vie & Santé
-|SousDisciplineVie&Sante=LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes
+|SousDisciplineVie&Sante=LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes; LS8 Biologie environnementale, écologie et évolution
-|Thematique=Plateforme de bioinformatique
+|Thematique=Plateforme de bioinformatique, Biodiversité
-|TypeDonnee=Données génomiques
+|TypeDonnee=Données génomiques, Données de séquençage
-|Communaute=Communautés scientifiques académiques
+|PerimetreCommunaute=ESR, national
 |Beneficiaire=Chercheurs, Enseignants-Chercheurs, Médecins
-|ConditionUsage=La soumission de projets s’effectue via le site de France Génomique
+|ConditionUsage=Les soumissions de projets s’effectue via le site de France Génomique
+|ModeleEconomique=Les projets sont co-financés avec les laboratoires demandeurs.
 |Relation=France Génomique
 }}