BiP

  BiP

Type de service	Plateforme de calcul
Statut	En production
Nom développé	Bioinformatics Platform
Autres noms
URL	https://www.ibmp.cnrs.fr/plateformes/bioinformatique/
Contact	Valerie.cognat@ibmp.unistra.fr
Localisation	Strasbourg
Structure d'appartenance	IBMP
Tutelles	CNRS, Université de Strasbourg

Cycle de vie des données

Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :

Collecte

Analyse

Stockage

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La plateforme de bioinformatique conseille, propose et développe des services en bioinformatique à destination des équipes de recherches. Ses domaines couvrent plus particulièrement l’analyse de données de séquençage haut débit.

Missions:

• Analyse de données biologiques
• Mise en place des ressources de calcul en bioinformatique
• Formation à destination de biologistes ou bioinformaticiens (Accès aux formations).

Expertises Analyse de données de séquençage haut débit

La plateforme possède des compétences en analyses de données NGS, plus particulièrement Illumina et Nanopore. Elles couvrent différentes thématiques, entre autres :

• l’assemblage de génomes
• la détection de variants
• l’étude du transcriptome (RNA-seq et smallRNA-seq)
• la métagénomique 16S
• les interactions protéines/adn-arn (ChIP-seq, ….)
• la méthylation

La plateforme travaille en synergie avec la plateforme AEG pour une prise globale des projets de la définition du plan expérimental à l’exploitation des résultats.

Domaines scientifiques :Vie & Santé

LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes Thématique et/ou mots clés :

• Plateforme de bioinformatique
• Séquençage haut débit

Type de données :Données biologiques, Données de séquençage haut débit

Communauté d'utilisateurs : Usagers et bénéficiaires :

Conditions d'usage : Chaque personne travaillant dans un institut partenaire peut faire une demande de compte sur les ressources de calcul via le Formulaire d’ouverture de compte. Les personnes travaillant dans un institut non partenaire peuvent contacter le responsable de plateforme pour une demande de partenariat.

Conditions tarifaires :

Certification/Label :CoRTecS (https://cortecs.unistra.fr/les-plateformes/toutes-les-plateformes/detail/57-plateforme-de-bioinformatique)

Conditions générales d'utilisation : https://www.ibmp.cnrs.fr/app/uploads/2021/02/Charte-Fonctionnement HPC IBMP.pdf

Services proposés par la structure d'appartenance

Structure	Services proposés
IBMP	PlantRNA BiP