BIOME

  BIOME

Type de service	Plateforme de calcul
Statut	En production
Nom développé	Plateforme de BIOinformatique Médicale de l'institut GIMI
Autres noms
URL	https://sciencesexpertise-bfc.fr/entreprises/equipements/sante/plateforme-analyse-bioinformatique-medicale-de-genomique-haut-debit-de-institut-gimi/
Contact	biome@u-bourgogne.fr
Localisation	Dijon
Structure d'appartenance	BioSanD
Tutelles	CHU Dijon, Université Bourgogne Europe, Inserm

Cycle de vie des données

Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :

Collecte

Analyse

Stockage

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La plateforme BIOME (BIOinformatique MEdicale) est dédiée à l’analyse bioinformatique des données génomiques issues des technologies innovantes à haut débit (séquençages d’exome, de génome, de RNAseq… ; microarrays d’étude de méthylation ; …).

La plateforme propose des services uniques d’analyse bioinformatique de données issues de séquençage haut débit. Bien que cette technologie soit de plus en plus répandue, l’expertise nécessaire à l’analyse bioinformatique des données générées reste rare et précieuse en France. De nouvelles approches technologiques et bioinformatiques à la pointe de la recherche scientifique dans le domaine sont testées régulièrement par la plateforme, permettant ainsi de proposer de nouveaux services inédits tels que l’analyse de données de cartographie optique, le séquençage de 3ème génération, le machine learning, le GPU, etc.

La plateforme propose également des prestations de séquençage en partenariat avec le centre NEOMICS du CHU de Dijon qui est équipé d’un séquenceur NovaSeq X Plus (Illumina).

L’hébergement des données est assuré par le CCuB.

Domaines scientifiques :Vie & Santé

LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes Thématique et/ou mots clés :

• Génétique
• Génomique
• Maladies rares
• Bioinformatique
• Développement
• Logiciel
• Médical
• Séquençage
• Données
• Calcul
• GPU
• Intelligence Artificielle

Type de données :Données issues d’expériences de séquençage à haut-débit (FASTQ, BAM, VCF), Données issues d’expériences de puces à ADN & ARN (Agilent, Illumina, Affymetrix), Données de Cartographie Optique (Bionano), Données issues de séquençage de 3ème génération (Oxford Nanopore, PacBio)

Communauté d'utilisateurs : Établissements de recherche français et internationaux, Établissements de soin français (Hopitaux, CLCC, etc), Entreprises françaises et internationales Usagers et bénéficiaires :Chercheurs, Médecins, Pharmaciens, Industriels, Informaticiens, Etudiants

Conditions d'usage : Pour tout projet en partenariat avec la plateforme BIOME, merci de contacter la plateforme via l’adresse mail : biome@u-bourgogne.fr

Conditions tarifaires : Les coûts sont calculés selon le projet en fonction des développements, du calcul et du stockage nécessaire. Certains coûts sont catalogués : Séquençage d’un Exome de maladie génétique rare, analyse bioinformatique, et interprétation médicale dans le cadre de l’ISO15189 : 2205,5€ TTC

Certification/Label :ISO 15189 (https://www.iso.org/fr/standard/76677.html)

ISO 9001 (https://www.iso.org/fr/standard/62085.html)

ISO 27001 (https://www.iso.org/fr/standard/27001)

Plateformes BFC (https://www.ubfc.fr/wp-content/uploads/2022/04/Rapport-9 Resultat-labellisation-Plateformes.pdf)

Conditions générales d'utilisation :

BIOME est en lien avec les services et structures

CCuB

Services proposés par la structure d'appartenance

Structure	Services proposés
BioSanD	BIOME

2015 Systèmes de management de la qualité

Management de la sécurité de l'information.