BIOME

  BIOME

Type de service	Plateforme de calcul
Statut	En production
URL	BIOinformatique MEdicale
Contact	biome@u-bourgogne.fr
Localisation	Dijon
Structure d'appartenance	CHU Dijon, Inserm UMS BIOSAND
Tutelles	CHU Dijon, université de Bourgogne, Inserm UMS BIOSAND

Cycle de vie des données

Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :

Planification

Collecte

Analyse

Documentation

Stockage

Conservation

Exposition

Réutilisation

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La plateforme BIOME, (BIOinformatique MEdicale) est dédiée à l’analyse bioinformatique des données génomiques issues des technologies innovantes à haut débit (séquençages d’exome, de génome, de RNAseq… ; microarrays d’étude de méthylation ; …). La plateforme propose des services uniques d’analyse bioinformatique de données issues de séquençage haut débit. Bien que cette technologie soit de plus en plus répandue, l’expertise nécessaire à l’analyse bioinformatique des données générées reste rare et précieuse en France. De nouvelles approches technologiques et bioinformatiques à la pointe de la recherche scientifique dans le domaine sont testées régulièrement par la plateforme, permettant ainsi de proposer de nouveaux services inédits tels que l’analyse de données de cartographie optique, le séquençage de 3ème génération, le machine learning, le GPU, etc. La plateforme propose également des prestations de séquençage en partenariat avec le centre NEOMICS du CHU de Dijon qui est équipé d’un séquenceur NovaSeq X Plus (Illumina).

Domaines scientifiques :Vie & Santé

LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes Thématique et/ou mots clés :

• Génétique
• Génomique
• Maladies rares
• Bioinformatique
• Développement
• Logiciel
• Médical
• Séquençage
• Données
• Calcul
• GPU
• Intelligence Artificielle

Type de données :Données issues d’expériences de séquençage à haut-débit (FASTQ, BAM, VCF) ; Données issues d’expériences de puces à ADN & ARN(Agilent, Illumina, Affymetrix) ; Données de Cartographie Optique (Bionano) ; Données issues de séquençage de 3 ème génération (Oxford Nanopore, PacBio)

Communauté d'utilisateurs : Établissements de recherche français et internationaux, établissements de soin français (Hopitaux, CLCC, etc), entreprises françaises et internationales Usagers et bénéficiaires :Chercheurs, Médecins, Pharmaciens, Industriels, Informaticiens, Etudiants

Conditions d'usage : Pour tout projet en partenariat avec la plateforme BIOME, merci de contacter la plateforme via l’adresse mail : biome@u-bourgogne.fr

Conditions tarifaires : Collaboration académique gratuite ; Prestation de service académique ; Prestation de service industrielle ; Les coûts sont calculés selon le projet en fonction des développements, du calcul et du stockage nécessaire.. Certains coûts sont catalogues : Séquençage d’un Exome de maladie génétique rare, analyse bioinformatique, et interprétation médicale dans le cadre de l’ISO15189 : 2205,5€ TTC

Certification/Label :ISO15189 (https://www.iso.org/fr/standard/76677.html)

ISO9001 (SATT Sayens) (https://www.iso.org/fr/standard/62085.html)

ISO27001 (hébergement des données au CCuB) (https://www.iso.org/fr/standard/27001)

HDS (hébergement des données au CCUB) (https://certification.afnor.org/numerique/hebergement-des-donnees-de-sante-hds)

Conditions générales d'utilisation :

Services proposés par la structure d'appartenance

Structure	Services proposés
CHU Dijon	BIOME
Inserm UMS BIOSAND	BIOME

Hébergeur de données de santé