MatrixDB

  MatrixDB

Type de service	Entrepôt de données
	Caractéristiques de l'entrepôt Type d’entrepôt Disciplinaire Type de restriction Soumis à étude et validation Hébergement des données Identifiant pérenne ✕ Identifiants fournis Identifiant interne Identifiants utilisés Formats de fichiers acceptés Excel, PSI-MI, XML Schéma de métadonnées MIBBI Licence des jeux de données Creative Commons Conditions d'accès aux données Ouvert Modération / Curation http://www.imexconsortium.org/curation/ Volumétrie maximale définie Politique de conservation des données Interopérabilité machine API REST, SOAP Versioning ✓
Statut	En production
Autres noms	Extracellular Matrix Interaction Database
URL	http://matrixdb.univ-lyon1.fr
Contact	sylvie.ricard-blum@univ-lyon1.fr
Localisation	Villeurbanne
Structure d'appartenance	ICBMS
Tutelles	CNRS, Université Claude Bernard Lyon 1
Identifiants
re3data	10.17616/R3M03H

Cycle de vie des données

Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :

Analyse

Documentation

Conservation

Exposition

Réutilisation

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MatrixDB est une base de données d’interactions extracellulaires protéine-protéine et protéine-glycosaminoglycanes (GAG) créée par l'équipe Assemblages Supramoléculaires Péricellulaires et Extracellulaires (ASPE) de l'ICBMS. MatrixDB est membre de l'International Molecular Exchange IMEx consortium.

MatrixDB intègre l’ensemble des interactions protéine-GAG décrites dans la littérature et et respecte les standards de curation et d’échange du consortium IMEx sous lequel sont représentées la composition et les séquences des GAGs interagissant avec les protéines.

MatrixDB permet la construction et la visualisation de l’interactome extracellulaire entier et de plusieurs types de réseaux d’intéractions, spécifiques d’une molécule, d’un tissu, d’une pathologie ou d’un processus biologique.

Domaines scientifiques :Vie & Santé

LS1 Molécules de la vie : Mécanismes biologiques, structures et fonctions Thématique et/ou mots clés :

• Interactions extracellulaires

Type de données :

Communauté d'utilisateurs : Usagers et bénéficiaires :

Conditions d'usage : Accès libre, MatrixDB est distribuée sous la licence Creative Commons Attribution Licence CC BY 4.0

Conditions tarifaires : Accès gratuit

Certification/Label :ELIXIR Data Resources (https://elixir-europe.org/services/tag/data-resources?page=1)

Conditions générales d'utilisation :

Portée internationale de MatrixDB

IMEx (http://www.imexconsortium.org/)

Services proposés par la structure d'appartenance

Structure	Services proposés
ICBMS	MatrixDB

code unique assigné à un objet de façon permanente (DOI, Handle…).

Ensemble structuré d’informations décrivant, expliquant et localisant une ressource physique ou numérique

autorisation par laquelle l'auteur d’une œuvre de l’esprit concède certains des droits que lui offre le droit d'auteur quant à l'utilisation, à la modification, à la rediffusion et à la réutilisation de l'œuvre.

la curation de données consiste à trier, organiser et mettre en forme un ensemble de données, de manière à le rendre exploitable.

capable de communiquer et d’opérer avec d’autres systèmes d’information.

Centre National de la Recherche Scientifique

la curation de données consiste à trier, organiser et mettre en forme un ensemble de données, de manière à le rendre exploitable.