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|Description=MatrixDB est une base de données d’interactions extracellulaires protéine-protéine et protéine-glycosaminoglycanes (GAG) créée par l'équipe Assemblages Supramoléculaires Péricellulaires et Extracellulaires (ASPE) de l'ICBMS. MatrixDB est membre de l'International Molecular Exchange IMEx consortium.  
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MatrixDB intègre l’ensemble des interactions protéine-GAG décrites dans la littérature et et respecte les standards de curation et d’échange du consortium IMEx sous lequel sont représentées la composition et les séquences des GAGs interagissant avec les protéines.
MatrixDB intègre l’ensemble des interactions protéine-GAG décrites dans la littérature et et respecte les standards de curation et d’échange du consortium IMEx sous lequel sont représentées la composition et les séquences des GAGs interagissant avec les protéines.
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MatrixDB permet la construction et la visualisation de l’interactome extracellulaire entier et de plusieurs types de réseaux d’intéractions, spécifiques d’une molécule, d’un tissu, d’une pathologie ou d’un processus biologique.
MatrixDB permet la construction et la visualisation de l’interactome extracellulaire entier et de plusieurs types de réseaux d’intéractions, spécifiques d’une molécule, d’un tissu, d’une pathologie ou d’un processus biologique.
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Dernière version du 15 octobre 2024 à 08:30

  MatrixDB
Type de service Entrepôt de données
Caractéristiques de l'entrepôt
Type d’entrepôt Disciplinaire
Type de restriction Soumis à étude et validation
Hébergement des données
Identifiant pérenne ✕
Identifiants fournis Identifiant interne
Identifiants utilisés
Formats de fichiers acceptés Excel, PSI-MI, XML
Schéma de métadonnées MIBBI
Licence des jeux de données Creative Commons
Conditions d'accès aux données Ouvert
Modération / Curation http://www.imexconsortium.org/curation/
Volumétrie maximale définie
Politique de conservation des données
Interopérabilité machine API REST, SOAP
Versioning ✓
Statut En production
Autres noms Extracellular Matrix Interaction Database
URL http://matrixdb.univ-lyon1.fr
Contact sylvie.ricard-blum@univ-lyon1.fr
Localisation Villeurbanne
Structure d'appartenance ICBMS
Tutelles CNRS, Université Claude Bernard Lyon 1
Identifiants
re3data 10.17616/R3M03H


Cycle de vie des données

Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :

Analyse
Documentation
Conservation
Exposition
Réutilisation


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MatrixDB est une base de données d’interactions extracellulaires protéine-protéine et protéine-glycosaminoglycanes (GAG) créée par l'équipe Assemblages Supramoléculaires Péricellulaires et Extracellulaires (ASPE) de l'ICBMS. MatrixDB est membre de l'International Molecular Exchange IMEx consortium.

MatrixDB intègre l’ensemble des interactions protéine-GAG décrites dans la littérature et et respecte les standards de curation et d’échange du consortium IMEx sous lequel sont représentées la composition et les séquences des GAGs interagissant avec les protéines.

MatrixDB permet la construction et la visualisation de l’interactome extracellulaire entier et de plusieurs types de réseaux d’intéractions, spécifiques d’une molécule, d’un tissu, d’une pathologie ou d’un processus biologique.


Domaines scientifiques :Vie & Santé


LS1 Molécules de la vie : Mécanismes biologiques, structures et fonctions Thématique et/ou mots clés :

  • Interactions extracellulaires

Type de données :

Communauté d'utilisateurs : Usagers et bénéficiaires :


Conditions d'usage : Accès libre, MatrixDB est distribuée sous la licence Creative Commons Attribution Licence CC BY 4.0

Conditions tarifaires : Accès gratuit

Certification/Label :ELIXIR Data Resources (https://elixir-europe.org/services/tag/data-resources?page=1)

Conditions générales d'utilisation :


Portée internationale de MatrixDB

IMEx (http://www.imexconsortium.org/)


Services proposés par la structure d'appartenance
StructureServices proposés
ICBMSMatrixDB

code unique assigné à un objet de façon permanente (DOI, Handle…).

Ensemble structuré d’informations décrivant, expliquant et localisant une ressource physique ou numérique

autorisation par laquelle l'auteur d’une œuvre de l’esprit concède certains des droits que lui offre le droit d'auteur quant à l'utilisation, à la modification, à la rediffusion et à la réutilisation de l'œuvre.

la curation de données consiste à trier, organiser et mettre en forme un ensemble de données, de manière à le rendre exploitable.

capable de communiquer et d’opérer avec d’autres systèmes d’information.

Centre National de la Recherche Scientifique

la curation de données consiste à trier, organiser et mettre en forme un ensemble de données, de manière à le rendre exploitable.

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