PB-IBENS

  PB-IBENS

Type de service	Plateforme de calcul
Statut	En production
Autres noms	La Plateforme Bioinformatique (PB-IBENS)
URL	https://www.ibens.bio.ens.psl.eu/?rubrique55
Contact	admin-bioclust@bio.ens.psl.eu
Localisation	Paris
Structure d'appartenance	IBENS
Tutelles	ENS-PSL, CNRS, INSERM

Cycle de vie des données

Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :

Analyse

Documentation

Stockage

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La Plateforme Bioinformatique (PB-IBENS) définit, développe et déploie les ressources matérielles et logicielles qui répondent aux besoins spécifiques des chercheurs en bio-informatique. PB-IBENS oriente les utilisateurs vers des spécialistes qui peuvent répondre à leurs questions techniques liées à leurs analyses spécifiques (Single-Cell, RNASeq, Bioimaging, évolution, etc.).

PB-IBENS déploie et maintient le cluster de calcul BioClust. Les utilisateurs exécutent des tâches via l'ordonnanceur HT-Condor, pour exécuter des outils à partir de la large gamme de logiciels déjà disponibles (plus de 200 paquets et outils dédiés à la bio-informatique).

Le PB-IBENS héberge également des serveurs web et des outils dont :

• RSAT (Regulatory Sequence Analysis Tools) est une suite logicielle combinant des outils spécialisés pour la détection de signaux de régulation dans des séquences non codantes. Il comprend des outils pour la recherche de séquences, la découverte de motifs, l'appariement de motifs, l'appariement de motifs à l'échelle du génome, le dessin de cartes de caractéristiques, la génération de séquences aléatoires et d'autres utilitaires.

• Genomicus est une base de données et un serveur web qui intègre des données comparatives sur les génomes et la reconstruction des génomes ancestraux d'une manière rapide et intuitive. Il permet aux utilisateurs de naviguer dans les génomes selon plusieurs dimensions :

1. Linéairement le long des axes chromosomiques
2. Transversalement entre différentes espèces
3. Chronologiquement le long du temps de l'évolution.

Domaines scientifiques :Sciences & Technologies, Vie & Santé

PE6 Sciences informatiques et informatique LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes Thématique et/ou mots clés :

• Plateforme de bioinformatique
• Génomique
• Biostatistique
• Logiciel
• Séquençage

Type de données :

Communauté d'utilisateurs : Communautés de l'IBENS et du LABEX Memolife pour BioClust et internationale pour RSAT et Genomicus Usagers et bénéficiaires :

Conditions d'usage :

Conditions tarifaires :

Certification/Label :

Conditions générales d'utilisation :

PB-IBENS est en lien avec les services et structures

IFB, Genomicus, Memolife

Portée internationale de PB-IBENS

ELIXIR (https://elixir-europe.org/)

Services proposés par la structure d'appartenance

Structure	Services proposés
IBENS	Genomicus GenomiqueENS IBENS Opendata PB-IBENS

École normale supérieure - PSL

Centre National de la Recherche Scientifique