« LoRDEC » : différence entre les versions
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|TypeService=Outils de gestion des données | |TypeService=Outils de gestion des données | ||
|StatutService=En production | |StatutService=En production | ||
|NomDéveloppé=LoRDEC: hybrid Correction of Long Reads | |||
|NomAlternatif=LoRDEC: hybrid Correction of Long Reads | |NomAlternatif=LoRDEC: hybrid Correction of Long Reads | ||
|UrlService=http://www.atgc-montpellier.fr/lordec/ , | |UrlService=http://www.atgc-montpellier.fr/lordec/, https://www.lirmm.fr/~rivals/lordec/ | ||
|ContactMel=Eric.Rivals@lirmm.fr | |ContactMel=Eric.Rivals@lirmm.fr | ||
|Localisation=Montpellier | |Localisation=Montpellier | ||
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|Tutelle=CNRS | |Tutelle=CNRS | ||
|PhaseCycleVie=Analyse, Documentation | |PhaseCycleVie=Analyse, Documentation | ||
|International=Non | |||
}} | }} | ||
{{Coordonnées GPS | {{Coordonnées GPS | ||
|CoordonneeGeographique=43.63687, 3.84071 | |CoordonneeGeographique=43.63687, 3.84071 | ||
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{{Service | {{Service | ||
|Description=Le logiciel de bioinformatique LoRDEC renferme des algorithmes performants pour analyser les séquences biologiques à grande échelle, il permet la correction d'erreur pour les séquenceurs de troisième génération. Logiciel autonome pour la correction d'erreurs de longues lectures (de Pacific Biosciences, ou Oxford Nanopore) avec une approche hybride. LoRDEC utilise des lectures courtes pour corriger des lectures longues ; il combine des données de séquençage provenant des technologies de deuxième et troisième générations. Il peut être facilement intégré dans n'importe quel pipeline pour traiter des données de séquençage profond. L'originalité de LoRDEC est de construire un graphe qui résume toutes les lectures courtes, puis d'aligner les lectures longues sur ce graphe pour les corriger. Cela fait du LoRDEC un outil très efficace pour traiter de grands ensembles de données. | |Description=Le logiciel de bioinformatique LoRDEC renferme des algorithmes performants pour analyser les séquences biologiques à grande échelle, il permet la correction d'erreur pour les séquenceurs de troisième génération. Logiciel autonome pour la correction d'erreurs de longues lectures (de Pacific Biosciences, ou Oxford Nanopore) avec une approche hybride. LoRDEC utilise des lectures courtes pour corriger des lectures longues ; il combine des données de séquençage provenant des technologies de deuxième et troisième générations. Il peut être facilement intégré dans n'importe quel pipeline pour traiter des données de séquençage profond. L'originalité de LoRDEC est de construire un graphe qui résume toutes les lectures courtes, puis d'aligner les lectures longues sur ce graphe pour les corriger. Cela fait du LoRDEC un outil très efficace pour traiter de grands ensembles de données. | ||
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|PorteeInternationale=ELIXIR;https://elixir-europe.org/ | |PorteeInternationale=ELIXIR;https://elixir-europe.org/ | ||
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