« Go@l » : différence entre les versions
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|StructureAppartenance=PLBS | |StructureAppartenance=PLBS | ||
|Tutelle=Université de Lille, Inserm, CHU de Lille, CNRS, Institut Pasteur de Lille | |Tutelle=Université de Lille, Inserm, CHU de Lille, CNRS, Institut Pasteur de Lille | ||
|PhaseCycleVie=Collecte | |PhaseCycleVie=Collecte, Analyse, Documentation | ||
|International=Non | |International=Non | ||
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|Description=La '''plateforme Go@l''' offre son expertise en étude de faisabilité et en montage de projets d’analyse génomique pour des projets à moyen/haut débit. Elle | |Description=La '''plateforme Go@l''' offre son expertise en '''étude de faisabilité et en montage de projets d’analyse génomique pour des projets à moyen/haut débit'''. | ||
Elle comprend deux plateaux spécialisés : | |||
* Le '''plateau Transcriptomics and Applied Genomics (TAG)''', localisé à l’Institut Pasteur de Lille, est spécialisé dans les applications de microbiologie. | |||
* Le p'''lateau de Génomique Fonctionnelle et Structurale (GFS)''', intégré dans les locaux du Centre de Biologie Pathologie Génétique du CHU de Lille, développe son expertise notamment au service de la génomique humaine associée à des pathologies ciblées et l'étude de modèles animaux. | |||
La plateforme développe son expertise sur les approches suivantes : | |||
* Génomique « génomes entiers » : WGS, WES, amplicon-seq, Tn-seq, CGH-arrays. | * Génomique « génomes entiers » : WGS, WES, amplicon-seq, Tn-seq, CGH-arrays. | ||
* Transcriptomique : RNA-seq, sRNA-seq, dRNA-seq, NGS-RACE, qRT-PCR, RNA-seq full-length, micro-arrays, DGE, single-cell. | * Transcriptomique : RNA-seq, sRNA-seq, dRNA-seq, NGS-RACE, qRT-PCR, RNA-seq full-length, micro-arrays, DGE, single-cell. | ||
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De la réalisation des expérimentations à l’accompagnement des équipes, la plateforme apporte son expertise sur le traitement des données générées : | De la réalisation des expérimentations à l’accompagnement des équipes, la plateforme apporte son expertise sur le traitement des données générées : | ||
* Assemblage, caractérisation et annotation génomiques, détection et annotation | * Assemblage, caractérisation et annotation génomiques, détection et annotation des variants, étude de transmission mendélienne. | ||
* Analyse différentielle d’expression, analyse non supervisée. | * Analyse différentielle d’expression, analyse non supervisée. | ||
* Assignation taxonomique, évaluation diversité (α et β), mesure de dysbiose. | * Assignation taxonomique, évaluation diversité (α et β), mesure de dysbiose. | ||
|Discipline=Vie & Santé | |Discipline=Vie & Santé | ||
|SousDisciplineVie&Sante=LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes | |SousDisciplineVie&Sante=LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes | ||
|Thematique=Plateforme de génomique | |||
|TypeDonnee=Données de séquençage | |||
|Certification=IBiSA; https://www.ibisa.net/plateformes/genomic-at-lille-go-l-625.html | |Certification=IBiSA; https://www.ibisa.net/plateformes/genomic-at-lille-go-l-625.html | ||
|Relation=France Génomique | |Relation=France Génomique | ||
|StatutPage=Page en construction | |StatutPage=Page en construction | ||
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