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TGML (voir la source)

Version du 14 novembre 2023 à 16:13

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 {{Service
-|Description=La plateforme '''TGML''' propose son expertise pour l'analyse de différents types de projets liés au '''séquençage à haut débit'''.
+|Description=La plateforme '''TGML''' propose son expertise pour l'analyse de différents types de projets liés au '''séquençage à haut débit'''. Elle offre une large palette d’outils expérimentaux et bioinformatiques pour l’étude du '''transcriptome et de la génomique fonctionnelle'''. Ses ingénieurs assurent le traitement et l’analyse de puces à ADN, la construction de librairies, le séquençage et les analyses de données (primaires et secondaires).
 Les services proposés sont :
+* Construction de librairies de séquençage ChIP-Seq
-* '''Biologie moléculaire''' :
+* Construction de librairies de séquençage RNA-Seq : sélection poly(A) et ribo-déplétion
-# Transcriptomique : RNA-seq sur cellule unique (avec ou sans cell hashing), mRNA-seq en masse (polyA, total) et puces à ADN (DGE, miRNA, CGH)
+* Construction de librairies de séquençage miRNA-Seq
-# Génomique : Re-séquençage ciblé, exome complet, SNV, petits / grands IndDels
+* Construction de librairies avec le Chromium Controller : single cell et linked reads
-# Épigénomique : ChIP-seq, FAIRE-seq / ATAC-seq, MNnase-seq, 3C-seq, 4C-seq
+* Séquençage,
+* Réalisation et analyse de puces à ADN : ARN total et petits ARNs
-'''Bioinformatique''' :
+* Réalisation d’analyses bioinformatiques.
-# Metaworkflow : Flux de travail de routine pour le traitement des données selon le principe FAIR (Findable, Accessible, Interoperable and Reusable) pour la génération de données
-# OLOGRAM (OverLap Of Genomic Regions Analysis using Monte Carlo) : réalise des statistiques de chevauchement entre des ensembles de régions génomiques décrites dans des BED ou des GTF
-# PyGTFtk (Python GTF tool kit) : un paquetage Python destiné à faciliter la manipulation des fichiers GTF/GFF2.0 (Gene Transfer Format)
 |Discipline=Sciences & Technologies, Vie & Santé
 |SousDisciplineSciences&Technologies=PE6 Sciences informatiques et informatique