Ocean Gene Atlas

Ocean Gene Atlas

Type de service	Plateforme d'accès
Statut	En production
URL	https://tara-oceans.mio.osupytheas.fr/ocean-gene-atlas/
Contact	oceangeneatlas at mio.osupytheas.fr
Localisation	Marseille
Structure d'appartenance	MIO
Tutelles	Université de Toulon, CNRS, IRD, Université Aix-Marseille

Cycle de vie des données

Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :

Analyse

Documentation

Exposition

Réutilisation

Chargement de la carte...

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Le portail d'accès Ocean Gene Atlas permet d'accéder à trois objets de données complémentaires : les catalogues de séquences de gènes (ENA), le contexte environnemental des échantillons (PANGAEA) et les estimations de l'abondance des gènes dans les échantillons (calculées par la cartographie des séquences brutes lues sur les catalogues de gènes). Les requêtes de l'utilisateur sont composées soit d'une séquence (nucléique ou protéique), soit d'un modèle de Markov caché dérivé d'un alignement de séquences multiples. Les homologies de la requête utilisateur dans les catalogues de gènes sont identifiées à l'aide d'outils de recherche de similarité de séquence standard (par exemple BLAST ou HMMER), et leur abondance estimée basée sur la lecture est affichée sur des cartes du monde interactives et des parcelles écologiques. Un arbre phylogénétique est également déduit afin de situer la requête de l'utilisateur dans son contexte d'homologues du milieu marin ainsi que d'homologues connus à partir de séquences de référence.

Domaines scientifiques :Vie & Santé

Génétique, "omiques", bioinformatique et biologie des systèmes« Génétique, "omiques", bioinformatique et biologie des systèmes » n’est pas dans la liste (LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes, LS3 Biologie cellulaire, du développement et régénérative, LS4 Physiologie de la santé, de la maladie et du vieillissement, LS5 Neurosciences et troubles du système nerveux, LS6 Immunité, infection et immunothérapie, LS7 Prévention, diagnostic et traitement des maladies humaines, LS8 Biologie environnementale, écologie et évolution, LS9 Biotechnologie et ingénierie des biosystèmes, LS1 Molécules de la vie : Mécanismes biologiques, structures et fonctions) des valeurs autorisées pour la propriété « Est sous discipline de Vie & Santé ».; Ecologie, évolution et biologie environnementale« Ecologie, évolution et biologie environnementale » n’est pas dans la liste (LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes, LS3 Biologie cellulaire, du développement et régénérative, LS4 Physiologie de la santé, de la maladie et du vieillissement, LS5 Neurosciences et troubles du système nerveux, LS6 Immunité, infection et immunothérapie, LS7 Prévention, diagnostic et traitement des maladies humaines, LS8 Biologie environnementale, écologie et évolution, LS9 Biotechnologie et ingénierie des biosystèmes, LS1 Molécules de la vie : Mécanismes biologiques, structures et fonctions) des valeurs autorisées pour la propriété « Est sous discipline de Vie & Santé ». Thématique et/ou mots clés :

• Biologie marine

Type de données :

Communauté d'utilisateurs : Usagers et bénéficiaires :

Conditions d'usage : Open accès

Conditions tarifaires : Accès gratuit

Certification/Label :ELIXIR Data Resources (https://elixir-europe.org/services/tag/data-resources)

Conditions générales d'utilisation : https://tara-oceans.mio.osupytheas.fr/ocean-gene-atlas/termsOfUse

Services proposés par la structure d'appartenance

Structure	Services proposés
MIO	Ocean Gene Atlas Ocean Barcode Atlas

Centre National de la Recherche Scientifique