MicroScope

MicroScope

Type de service	Plateforme de calcul
Statut	En production
Autres noms	Microbial Genome Annotation & Analysis Platform, MaGe
URL	https://mage.genoscope.cns.fr/microscope/home/index.php
Contact	mage@genoscope.cns.fr
Localisation	Evry
Structure d'appartenance	Génomique Métabolique, IFB
Tutelles	CEA, CNRS, Université Paris-Saclay
Identifiants
re3data	10.17616/R31NJMGW

Cycle de vie des données

Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :

Analyse

Documentation

Conservation

Exposition

Réutilisation

Chargement de la carte...

{"format":"leaflet","minzoom":false,"maxzoom":false,"limit":50,"offset":0,"link":"all","sort":[""],"order":[],"headers":"show","mainlabel":"","intro":"","outro":"","searchlabel":"... autres r\u00e9sultats","default":"\u0026#32;","import-annotation":false,"width":"280px","height":"280px","centre":false,"title":"","label":"","icon":"","lines":[],"polygons":[],"circles":[],"rectangles":[],"copycoords":true,"static":false,"zoom":false,"defzoom":14,"layers":["OpenStreetMap"],"image layers":[],"overlays":[],"resizable":false,"fullscreen":false,"scrollwheelzoom":true,"cluster":true,"clustermaxzoom":20,"clusterzoomonclick":true,"clustermaxradius":20,"clusterspiderfy":true,"geojson":"","clicktarget":"","showtitle":true,"hidenamespace":true,"template":"","userparam":"","activeicon":"","pagelabel":false,"ajaxcoordproperty":"","ajaxquery":"","locations":[{"text":"\u003Cb\u003E\u003Ca href=\"/index.php/MicroScope\" title=\"MicroScope\"\u003EMicroScope\u003C/a\u003E\u003C/b\u003E","title":"MicroScope","link":"","lat":48.62399,"lon":2.43972,"icon":""}],"imageLayers":[]}

La plateforme MicroScope (MaGe) est une infrastructure informatique dédiée à l’annotation et l’analyse comparative de génomes ou méta-génomes de microorganismes.

Plateforme web d'annotation et d'analyses comparatives de génomes procaryotes développée par l'équipe LABGeM, laboratoire Analyses Bio-informatique pour la Génomique et le Métabolisme du CEA/Genoscope. Cette infrastructure informatique intègre des données (génomes, annotations automatiques et expertes, résultats d'analyses et données expérimentales), et des interfaces graphiques Web permettant d'ex​​plorer ces données et d'utiliser les outils méthodologiques régulièrement intégrés à la plateforme.

MicroScope combine des outils et des interfaces graphiques pour analyser les génomes dans un contexte comparatif et métabolique. Cette plateforme fournit des données provenant de milliers de projets sur le génome ainsi que des expériences post-génomiques permettant aux utilisateurs d'améliorer la compréhension des fonctions des gènes. Des annotations d'experts sont continuellement rassemblées dans la base de données MicroScope, ce qui contribue à l'amélioration de la qualité des annotations du génome microbien. MicroScope peut être utilisé comme une ressource communautaire pour l'analyse comparative et l'annotation des génomes accessibles au public, mais aussi comme une ressource privée avec des droits d'accès limités aux données génomiques.

Domaines scientifiques :Vie & Santé

LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes Thématique et/ou mots clés :

• Plateforme de bioinformatique
• Génome
• Métagénome
• RNA-seq et évolution

Type de données :

Communauté d'utilisateurs : Communauté de la recherche scientifique publique et privée, française, européenne et internationale Usagers et bénéficiaires :Chercheur, enseignant-chercheur

Conditions d'usage : Formulaire de demande d'accès sur le site, il est très recommandé de suivre les sessions de formations proposées

Conditions tarifaires : Accès gratuit pour le monde académique, devis disponible sur demande pour les non académiques

Certification/Label :ISO 9001:2015 (http://qualite.ibisa.net/certificats/ERQ LABGeM ISO9001 2015 FR.pdf)

IBiSA (https://www.ibisa.net/plateformes/)

NFX 50-900 (http://qualite.ibisa.net/certificats/ERQ LABGeM NFX50-900 2016 FR.pdf)

ELIXIR Data Resources (https://elixir-europe.org/services/tag/data-resources?page=2)

Conditions générales d'utilisation : https://mage.genoscope.cns.fr/microscope/about/microscopecharter.php

MicroScope est en lien avec les services et structures

France Génomique, PPanGGOLiN

Portée internationale de MicroScope

ELIXIR (https://elixir-europe.org/)

Services proposés par la structure d'appartenance

Structure	Services proposés
Génomique Métabolique	MicroScope PPanGGOLiN
IFB	W4M GenoToul Bioinfo Bilille PACA BioInfo PRABI Lyon-Gerland AuBI CBiB iCONICS MicroScope Pasteur HUB RPBS BiGR P3M ABiMS ATGC MBI-DS4H GenOuest BiGEst South Green Orphanet PlantBioInfoPF Migale VirHostNet ARTbio DAC FAIR-Checker

Centre National de la Recherche Scientifique

Système de management intégrant un système de management de la qualité ISO 9001:2015 concernant les exigences pour les plateformes technologiques de recherche en sciences du vivant.