MatrixDB

MatrixDB

Type de service	Entrepôt de données
Statut	En production
Autres noms	The Extracellular Matrix Interaction Database
URL	http://matrixdb.univ-lyon1.fr
Contact	sylvie.ricard-blum@univ-lyon1.fr
Localisation	Villeurbanne
Structure d'appartenance	ICBMS
Tutelles

Cycle de vie des données

Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :

Analyse

Documentation

Conservation

Exposition

Réutilisation

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MatrixDB est une base de données d’interactions extracellulaires protéine-protéine et protéine-glycosaminoglycanes (GAG) créée par l'équipe Assemblages Supramoléculaires Péricellulaires et Extracellulaires (ASPE) de l'ICBMS. MatrixDB est membre de l'International Molecular Exchange IMEx consortium.

MatrixDB intègre l’ensemble des interactions protéine-GAG décrites dans la littérature et et respecte les standards de curation et d’échange du consortium IMEx sous lequel sont représentées la composition et les séquences des GAGs interagissant avec les protéines.

MatrixDB permet la construction et la visualisation de l’interactome extracellulaire entier et de plusieurs types de réseaux d’intéractions, spécifiques d’une molécule, d’un tissu, d’une pathologie ou d’un processus biologique.

Domaines scientifiques :Vie & Santé

Biologie moléculaire, biochimie, biologie structurale et biophysique moléculaire« Biologie moléculaire, biochimie, biologie structurale et biophysique moléculaire » n’est pas dans la liste (LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes, LS3 Biologie cellulaire, du développement et régénérative, LS4 Physiologie de la santé, de la maladie et du vieillissement, LS5 Neurosciences et troubles du système nerveux, LS6 Immunité, infection et immunothérapie, LS7 Prévention, diagnostic et traitement des maladies humaines, LS8 Biologie environnementale, écologie et évolution, LS9 Biotechnologie et ingénierie des biosystèmes, LS1 Molécules de la vie : Mécanismes biologiques, structures et fonctions) des valeurs autorisées pour la propriété « Est sous discipline de Vie & Santé ». Thématique et/ou mots clés :

• Interactions extracellulaires

Type de données :

Communauté d'utilisateurs : Usagers et bénéficiaires :

Conditions d'usage :

Conditions tarifaires :

Certification/Label :

Conditions générales d'utilisation :

Services proposés par la structure d'appartenance

Structure	Services proposés
ICBMS	MatrixDB

la curation de données consiste à trier, organiser et mettre en forme un ensemble de données, de manière à le rendre exploitable.