IDR

IDR
Type de service	Entrepôt de données
Caractéristiques de l'entrepôt
Type d’entrepôt	Disciplinaire
Type de restriction	Soumis à la création d'un compte
Hébergement des données	UE
Identifiant pérenne	✓
Identifiants fournis	DOI
Identifiants utilisés
Formats de fichiers acceptés	https://bio-formats.readthedocs.io/en/stable/supported-formats.html mais le format ouvert OME-TIFF est recommandé.
Schéma de métadonnées	REMBI
Licence des jeux de données	Creative Commons
Conditions d'accès aux données	Ouvert, Embargo
Modération / Curation	Un délai de 3 semaines est nécéssaire entre la soumission et la publication pour effectuer une modération. Des échanges entre les modérateurs et les auteurs sont fréquents. https://idr.openmicroscopy.org/about/submission.html
Volumétrie maximale définie	Il n'y a pas de limite de volume. Cependant, il faut prendre contact avec l'entrepôt au-delà de 10 To de données.
Politique de conservation des données
Interopérabilité machine	API REST
Versioning	✕
Statut	En production
Nom développé	Image Data Resource
URL	https://idr.openmicroscopy.org
Contact	idr@openmicroscopy.org
Localisation	Dundee (Royaume-Uni)
Structure d'appartenance	Dundee University
Identifiants
re3data	10.17616/R3XR0R
Identifiant dans un autre catalogue	https://doi.org/10.25504/FAIRsharing.6wf1zw (FAIRsharing)

L'Image Data Resource (IDR) est un entrepôt public d'ensembles de données d'images provenant d'études scientifiques publiées, où la communauté peut soumettre, rechercher et accéder à des données de bio-image de haute qualité. Il suit la stratégie d'imagerie Euro-BioImaging/ELIXIR en utilisant les logiciels open source OMERO et Bio-Formats construits par l'Open Microscopy Environment.

Déployé sur un cloud OpenStack fonctionnant sur la ressource Embassy de l'EMBL-EBI, il comprend des données d'images liées à des études indépendantes provenant de cribles génétiques, ARNi, chimiques, de localisation et de contenu géographique élevé, de microscopie à super-résolution et de pathologie numérique.

Domaines scientifiques :Vie & Santé

LS3 Biologie cellulaire, développement, cellules souches et régénération Thématique et/ou mots clés :

Bioimagerie

Type de données :Imagerie cellulaire et tissulaire humaine, animale et végétale

Périmètre de communauté : ESR, thématique, national, international

Communauté d'utilisateurs : Communauté internationale en bioimagerie

Usagers et bénéficiaires :Chercheurs, Enseignants-Chercheurs, Doctorants

Conditions d'usage :

Conditions tarifaires :

Certification/Label :CoSO (https://www.ouvrirlascience.fr/selectionner-un-entrepot-thematique-de-confiance-pour-le-depot-de-donnees-methodologie-et-analyse-de-loffre-existante/)

Conditions générales d'utilisation :

Services proposés par la structure d'appartenance

Structure	Services proposés
Dundee University	IDR