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U
L'Université de Rennes est une université pluridisciplinaire structurée selon 5 pôles de recherche : Biologie-Santé, Environnement, Matériaux, Mathématiques-Numérique, Sciences de l'Homme, des Organisations et de la Société (SHOS). Les organismes nationaux de recherche – CNRS, INRAE, Inria, Inserm – et le CHU de Rennes participent en tant que partenaires à l’élaboration et à la mise en œuvre de la stratégie scientifique de l’établissement. +
L'Urfist de Paris est un service de formation inter-académique destiné aux usagers de l’enseignement supérieur et de la recherche afin de développer la maîtrise de l'information scientifique et technique (IST). Ses missions concernent : les actions de formations, la conception de ressources pédagogiques, la veille et la recherche dans le domaine des technologies de l’information. Il organise des formations pour les doctorants, les enseignants-chercheurs et les personnels des bibliothèques et services de documentation universitaires. L'Urfist de Paris propose '''des formations''' sur '''les données de la recherche''' :
* Outils et méthodes,
* Nettoyer et transformer des données avec OpenRefine,
* Pourquoi et comment rédiger '''un plan de gestion de données''' (DMP),
* Introduction aux données de la recherche en Sciences (formation doctorale),
* Les licences Creative Commons. +
L'Urfist de Strasbourg organise des actions de formation concernant l'usage et la maîtrise de l'information scientifique numérique (IST) pour l'enseignement supérieur et la recherche dans ses divers aspects (recherche, production et traitement de l'information). Il conçoit des ressources pédagogiques et assure une veille sur l’open access (archives ouvertes). L'Urfist de Strasbourg propose '''des formations''' sur l'''a thématique des données de la recherche''' :
* Data visualisation,
* Analyse des données (introduction to R),
* Statut juridique des données de la recherche,
* Traitements de données d’enquêtes (initiation au logiciel SPAD),
* Les humanités numériques,
* Le plan de gestion de données de la recherche (contexte, enjeux et études de cas)... +
É
L'enseignement et la recherche à l'École polytechnique sont organisés en départements autour d'une discipline donnée : Biologie, Chimie, Economie, Humanité et sciences sociales, Informatique, Langues et cultures, Mathématiques, Mathématiques appliquées, Mécanique, Physique, Management de l'innovation et entrepreneuriat.
L’École polytechnique compte 23 laboratoires de recherche communs à plusieurs organismes de recherche nationaux (CNRS, INRIA, Inserm) et disposent de plusieurs plateformes de recherche (SIRTA, Cimex, LULI2000…).
L’École polytechnique fait partie de l’Institut Polytechnique de Paris (IP Paris). +
P
L'entrepôt '''PRIDE PRoteomics IDEntifications (PRIDE)''' est dédié aux '''données protéomiques issues de la spectrométrie de masse''' y compris les identifications de protéines et de peptides et les valeurs d'expression correspondantes, les modifications post-traductionnelles et les preuves de spectres de masse.
PRIDE est l'un des principaux membres du consortium ProteomeXchange (PX), qui offre un moyen normalisé de soumettre des données protéomiques basées sur la spectrométrie de masse à des référentiels publics. +
W
L'entrepôt '''World Data for Climate Change (WDCC)''' a pour mission de fournir un accès aux données de simulation climatique et de les préserver. Il est guidé par les '''principes FAIR pour la gestion et la maintenance des données scientifiques'''. Cela signifie que les données des modèles climatiques sont bien décrites et conservées pour faciliter leur réutilisation.
Ce service propose :
* La '''conservation à long terme et la publication de données sur le climat et les sciences du système terrestre conformément aux principes FAIR'''
* Une consultation et soutien étendus des scientifiques fournissant les données au cours du processus éditorial afin de garantir la qualité des métadonnées et des données de recherche.
* Une '''assurance qualité technique complète des données'''
* Un '''accès libre à toutes les métadonnées'''
* Un '''développement et une évaluation de normes communautaires en matière de (méta)données'''
* La '''collaboration avec divers centres de données''', par exemple le Centre de distribution des données du GIEC (IPCC-DDC)
* Un '''référentiel de données climatiques spécifique à une discipline et reconnu par la communauté''', recommandé par plusieurs revues scientifiques, telles que Earth System Science Data (ESSD) ou Nature Scientific Data. +
U
L'entrepôt de données de l'Université Paris-Saclay est l'espace institutionnel de l'établissement de l'entrepôt Recherche Data Gouv. L'entrepôt est destiné aux jeux de données produits et collectés par la communauté scientifique de l'Université Paris-Saclay. +
A
L'entrepôt de données ouvertes des Arts et Métiers est l'espace institutionnel de l'établissement de l'entrepôt Recherche Data Gouv.
Cet entrepôt institutionnel des données de la recherche, permet aux chercheuses et chercheurs des Arts et Métiers de déposer, partager et/ou rendre publiques les données produites ou coproduites dans le cadre de leurs travaux de recherche et de leurs activités au sein des "evolutive learning factories". +
I
L'iGReD est un Institut de Recherche localisé à Clermont-Ferrand. Il rassemble depuis 2008 des équipes de recherche reconnues dans les domaines de la Génétique, de la Reproduction et du Développement. Ces mots clés ont donné le nom à l’institut : GReD.
Les questions biologiques posées visent à comprendre comment se développe un organisme vivant et comment suite à un programme génétique et épigénétique bien orchestré, des dérégulations peuvent cependant survenir et entraîner des pathologies variées. +
E
L'infrastructure EBRAINS propose des '''atlas détaillés en 3D du cerveau humain, du singe macaque, du rat et de la souris'''. Ils fournissent des cartes complètes des régions cérébrales définies sur la base de leur structure, de leur fonction et de leurs connexions neuronales. En tant que systèmes de référence spatiale pour les neurosciences, les atlas sont essentiels pour comprendre la complexité du cerveau sain, étudier les troubles cérébraux et chercher à développer de nouveaux traitements.
Ils peuvent être visionnés grâce à '''la visionneuse 3D Siibra-Explorer''' développée dans le cadre de Human Brain-Project (HBP). Elle permet de '''couvrir différentes résolutions spatiales et modalités'''.
Tous les contenus sont liés à des jeux de données en accès ouvert principalement partagées via le [[EBRAINS Knowledge Graph]]. +
S
L'infrastructure de données géographiques marines et littorales, Sextant, a pour objectif de '''collecter''', documenter, mettre à disposition et '''partager''' un catalogue de '''données relevant du milieu marin'''. A destination des laboratoires et des partenaires de l'Ifremer, ainsi que des acteurs nationaux et européens œuvrant dans le domaine marin et littoral, Sextant apporte les fonctionnalités améliorant et facilitant l''''archivage''', la '''diffusion''' et l''''accès aux données géographiques'''.
Les données géographiques présentes sur Sextant sont issues des travaux de recherche et des programmes scientifiques des laboratoires de l'Ifremer et de ses partenaires. Ces données thématiques sont agrégées et finalisées et pour certaines, elles sont des données de référence.
Sextant propose trois services d'accès aux données : un service de catalogue de métadonnées, un service de visualisation et un service de téléchargement de la donnée.
Répondant aux normes de l'ISO et aux standards de l'OGC, Sextant est un système interopérable qui permet des échanges de données géographiques avec la plupart des organismes et services de l'Etat (DREAL, DEAL, DIRM, DAM, CEREMA, Préfectures maritimes, ...), avec les nombreux partenaires scientifiques de l'institut (l'IRD, l'Aamp, le MNHN, le Conservatoire du littoral, les Universités (CNRS), ou encore avec les grands producteurs de données que sont l'IGN, le Shom et le BRGM.
Via ses services interopérables, les données de Sextant sont accessibles sur plusieurs portails.
Le SISMER est reconnu comme Centre national de données océanographiques (NODC) par l'organisation internationale IODE et comme Centre de données de référence par l'organisation CoreTrustSeal.
Par ailleurs, Sextant contribue au [[SIMM|Système d'Information pour le Milieu Marin]] (SIMM), système fédérateur du Ministère de l'environnement, et au Pôle [[ODATIS]], pôle de Données et Services pour l'océan de l'Infrastructure du système Terre, [[DATA TERRA|Data Terra]].
D
L'infrastructure de recherche '''DATA TERRA''', a pour objectif :
*de développer un dispositif global d’accès et de traitement de '''données sur le système Terre''' ,
*'''faciliter l’exploitation''' de très gros volume de données multi-sources,,
*'''Mettre en œuvre''' des approches interdisciplinaires,
*'''contribuer''' au développement de la science ouverte et des approches '''FAIR'''.
L'IR DATA TERRA regroupe les pôles de données :
*[[Aeris]] : Atmosphère,
*[[ODATIS]] : Océans et littoral,
*[[FormaTerre]] :Terra solide,
*[[Theia]] : Surfaces continentales,
*[[PNDB]] : Biodiversité
DATA TERRA se positionne sur l’ensemble du cycle des données (mesures terrain et satellites) depuis leur production (en synergie avec d’autres IR et observatoires) jusqu’à leur mise à disposition ainsi que d’alimenter les bases de données et dispositifs nationaux, européens et internationaux (Copernicus,GEOSS...). Au sein de l’initiative European Open Science Cloud ([https://www.eosc-portal.eu/ EOSC]), l’infrastructure a été reconnue comme le partenaire français du projet [http://envri.eu/envri-fair/ ENVRI-FAIR] qui doit fédérer les systèmes d’information et de services Cloud à l’échelle de l’Union Européenne. L’infrastructure est sollicitée par deux autres initiatives européennes : INFRAEOSC (services d’accès et de traitements à la demande) et HPC (performance des systèmes de calcul), à la fois pour consolider l’offre nationale et européenne en infrastructure de calcul mais aussi pour contribuer sur le plan de la gouvernance et des services.
Une partie des publications issues de projets utilisant l’infrastructure est en accès ouvert. Les codes sources produits par l’infrastructure sont ouverts sur une forge logicielle https://gitlab.in2p3.fr/ipsl/espri/espri-obs. Infrastructure dotée d’une politique de données FAIR en application. Les données validées et décrites sont publiées sur un entrepôt de données.
T
L'infrastructure de recherche '''THeoREM''', '''Réseau de Moyens d’Essais en Hydrodynamique pour les Énergies Marines Renouvelables''', regroupe un ensemble de moyens d’essais et de compétences de l'École Centrale de Nantes, de l’Ifremer et de l'Université Gustave Eiffel. L'objectif est d’accompagner les projets de recherche, développement et pour l’innovation des secteurs du '''génie océanique''' et de '''l’ingénierie marine''' et en particulier le secteur de '''l’industrie des Énergies Marines Renouvelables'''.
L’infrastructure est distribuée sur plusieurs sites:
* les moyens d’essais en Hydrodynamique de l’Ifremer et de Centrale Nantes incluant quatre bassins à houle (ECN : Bassin de traction et bassin de génie océanique. Ifremer : Bassin à houle profond et bassin à houle et courant) et deux sites d’essais en mer : le site d’essais à la mer SEM-REV au Croisic (ECN) et la plate-forme d’essais en mer de Sainte-Anne du Portzic (ifremer) ;
* les moyens d’essais mécaniques sur fondations et structures de l’Université Gustave Eiffel (Centrifugeuse Géotechnique et banc de fatigue des câbles) et les moyens d’essais mécaniques (moyens d’essais pour les câbles) et hyperbares pour les matériaux et structures en milieu marin de l’Ifremer.
Les données validées et décrites par l'infrastructure THeoREM sont publiées sur un entrepôt de données
https://data.ifremer.fr/Deposer-Archiver-des-donnees/SEANOE.
THeoREM est le nœud français du projet européen Marinerg-i. +
F
L'infrastructure de recherche européenne '''FAIR''' - '''Facility for Antiproton and Ion Research''' - est en cours d’installation sur le site de GSI (société pour la recherche avec les ions lourds) à Darmstadt en Allemagne (pays coordinateur). Son exploitation est prévue en 2025.
L’objectif du projet FAIR est de construire et d’exploiter un complexe d''''accélérateurs de particules''' qui fournira des '''faisceaux primaires et secondaires d'ions''' (stables et radioactifs de l'hydrogène jusqu'à l'uranium) ainsi que des '''faisceaux d'antiprotons''' à partir de deux synchrotrons supraconducteurs. Le but est d’étudier l’interaction forte dans la construction des briques de base de la matière et leur évolution depuis la création de l’univers.
Les programmes de recherche aborderont différents domaines:
* la structure nucléaire et '''l’astrophysique nucléaire''';
* la structure des hadrons, et plus particulièrement la théorie de l’interaction forte;
* le diagramme de phase de la matière nucléaire et du plasma de quark-gluon;
* '''la physique des plasmas''' très denses;
* '''la physique atomique''', les champs électromagnétiques ultra-forts, les développements techniques et la recherche appliquée utilisant des faisceaux d’ions pour '''la science des matériaux''' et '''la biologie'''.
Les codes sources produits par l’infrastructure sont ouverts sur une forge logicielle. Les données validées et décrites sont publiées sur un entrepôt de données https://www.hepdata.net/. +
N
L'infrastructure de recherche sur le '''cerveau''' NeuroSpin offre à la communauté scientifique publique et privée un accès à des méthodologies de pointes en '''imagerie cérébrale''' et en '''neuro-informatique'''. NeuroSpin développe et met à la disposition de la communauté des instruments en imagerie très haut champs et dans le domaine des big data. Cette offre s’inscrit dans le cadre des missions spécifiques de NeuroSpin qui sont :
*analyser les fonctions du cerveau humain, leur développement dans l’enfance, et l’impact de la culture et de l’éducation;
*identifier les marqueurs et les mécanismes de maladies neurologiques, psychiatriques et neurodéveloppementales ;
*comparer le cerveau humain et celui d’autres espèces animales ;
*développer et tester des méthodes d’imagerie à toutes les échelles d’observation : par résonance magnétique (IRM), par électro- et magnéto-encéphalographie (EEG et MEG), et par électrophysiologie massivement parallèle ou l’imagerie photonique;
* développer des logiciels spécialisés dans le traitement et la modélisation des grands jeux de données en neuroimagerie.
Les plateformes de recherche de NeuroSpin comprennent 11000 m2 de laboratoires, de bureaux, de laboratoires techniques et d’espaces de conférence. Elles sont équipées pour acquérir et analyser des données d'imagerie dans le cadre de protocoles de '''recherche biomédicale''' (chez des volontaires sains ou des patients, enfants ou adultes). Ces plateformes sont complétées par des ressources et laboratoires en électronique, mécanique, chimie, et histologie.
Une partie des publications issues de projets utilisant l’infrastructure est en accès ouvert. +
L
L'infrastructure distribuée d'acquisition, de services et de données LOFAR/NenuFAR , est la station française de l’International LOFAR Telescope (ILT, International Low Frequency Array Telescope)- NenuFAR située à la Station de '''Radioastronomie''' de Nançay qui assure l’exploitation scientifique. LOFAR est '''un interféromètre''' constitué d’environ '''50 000 antennes''' en Europe réparties sur '''50 stations''' (la majorité étant située aux Pays-Bas). Il permet d’effectuer '''les observations radio aux plus basses fréquences''' (10 à 240 GMz) depuis le sol dans divers domaines de '''l’astrophysique'''.
La station LOFAR FR606 de Nançay est constituée de 2 réseaux d’antennes et d’un container rassemblant les récepteurs et l’informatique. Elle est connectée à un superordinateur central à Groningen aux Pays-Bas. Les objectifs scientifiques de LOFAR sont l’étude de '''la réionisation de l’Univers''', des sources variables (pulsars, jets, étoiles éruptives, planètes et exoplanètes), la détection '''des rayons cosmiques de très haute énergie''', et '''la physique du milieu interplanétaire'''.
Développé à la Station de Radioastronomie de Nançay le radiotéléscope basse fréquence '''NenuFAR''' (New Extension in Nançay Upgrading LoFAR) constitué de 96 mini-réseaux de 19 antennes chacune particulièrement optimisées pour les basses fréquences 10-80 MHz est raccordé au téléscope international et ses données sont transmises à LOFAR.
LOFAR Long Term Archive permet l’accès aux données acquises par les différents équipements de l’ILT qui sont stockées sur plusieurs sites (Pays-Bas, Allemagne).
L'infrastructure est dotée d’une politique de données FAIR en application. +
e
L'infrastructure permanente pour la recherche à long terme sur l'écosystème, les zones critiques et le contexte socio-écologique en Europe - eLTER RI, Integrated European Long-Term Ecosystem, critical zone and socio-ecological system Research Infrastructure, cherche à améliorer la connaissance de la structure et des fonctions des écosystèmes et de leur réponse à long terme aux facteurs environnementaux, sociétaux et économiques. eLTER contribue à la base de connaissances qui alimente les politiques et à l'élaboration d'options de gestion en réponse aux grands défis du changement planétaire. +
I
L'institut de Neurosciences Cognitives et Intégratives d'Acquitaine, INCIA, situé à Bordeaux est un Institut de recherche consacré à la recherche fondamentale en Neurosciences cognitives et intégratives.
L’INCIA regroupe environ 60 chercheurs et enseignants-chercheurs répartis au sein de 12 équipes. Les différentes thématiques scientifiques abordées au sein de l’institut sont : les réseaux neuronaux et le comportement moteur adapté, l’addiction, les fonctions exécutives et la prise de décision, la mémoire et les émotions, le déficit cognitif et le handicap. L’activité de recherche des équipes recouvre différents champs disciplinaires, incluant la psychologie cognitive, la psychophysique, l’imagerie cérébrale, et les neurosciences computationnelles dans différents modèles allant des invertébrés à l’Homme.
Ces thèmes de recherche sont examinés à différents niveaux : de la recherche moléculaire aux études cliniques humaines.
Ces études utilisent des approches différentes : la biologie moléculaire, la biochimie, l’électrophysiologie extracellulaire, cellulaire et à plus grande échelle l’imagerie par fluorescence, les neurosciences computationnelles, le comportement animal, l’imagerie cérébrale humaine, la psychophysique et les enquêtes cliniques, etc. +
M
L'outil '''MEMORIA''' est un système d’information en ligne, conçu et développé au laboratoire Modèles et Simulation pour l’Architecture et le Patrimoine (UMR MAP 3495), permettant de décrire des protocoles de recherche.
Développé à l’origine pour documenter des ressources produites au sein du laboratoire MAP, ce système peut s’appliquer aux résultats produits dans le champ des '''sciences historiques et patrimoniales''' au sens large.
Le système d’information MEMORIA permet à la fois de '''décrire des résultats de recherche''', mais également de '''documenter leur processus de production sous la forme de chaîne d’activités résumant leur historique de production'''. +
L'outil '''Maggot''' permet aux utilisateurs de '''décrire les métadonnées''' de leurs jeux de données produits au sein d'un collectif (unité de recherche, plateforme, projet multipartenaire, etc.).
Il va ainsi permettre de :
* '''répondre à certaines questions du Plan de Gestion des Données''' ([https://www.ouvrirlascience.fr/dmp-opidor-outil-pour-faciliter-la-redaction-de-plans-de-gestion-de-donnees/ DMP]) concernant l'organisation, la documentation, le stockage et le partage des données dans l'espace de stockage de données,
* '''répondre à certaines exigences en matière de données et métadonnées''', visées par le [https://www.ouvrirlascience.fr/deuxieme-plan-national-pour-la-science-ouverte/ Plan National pour la Science Ouverte], notamment son deuxième axe : « Structurer, partager et ouvrir les données de recherche » ([[Entrepôt Recherche Data Gouv|Recherche Data Gouv]]) conformément aux [https://www.ouvrirlascience.fr/fair-principles/ principes FAIR]. +