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N
'''NooJ Association''' est l'association scientifique internationale des utilisateurs de NooJ. +
'''NooJ''' est une application destinée à l’analyse de corpus développée à l'Université Marie et Louis Pasteur. Elle est aujourd’hui maintenue par une association internationale.
Ce logiciel, qui peut être installé facilement, permet de '''construire des ressources linguistiques''' (dictionnaires, grammaires) '''et de les appliquer à des corpus à des fins d’annotation ou d’interrogation''' (analyse sémantique, concordances, extraction d’information, analyse statistique, etc.). +
'''Normandie Université''' est la Communauté d’Universités et Établissements (ComUE) normande qui regroupe l’université de Caen Normandie, l’université le Havre Normandie, l’université de Rouen Normandie, l’ENSICAEN, l’INSA Rouen Normandie et l’ENSA Normandie.
L’activité de recherche de Normandie Université est structurée en 5 pôles :
* Pôle EP2M “Énergies, Propulsion, Matière, Matériaux”
* Pôle CBSB “Chimie et Biologie appliquées à la Santé et au Bien-être”
* Pôle HCS “Humanités, Culture, Sociétés”
* Pôle SN “Sciences du Numérique”
* Pôle CTM “Continuum Terre – Mer”.
Normandie Université est engagée dans la science ouverte via son site [https://science-ouverte.normandie-univ.fr/ Science ouverte en Normandie] et les données de la recherche avec son [https://science-ouverte.normandie-univ.fr/donnees-de-la-recherche/atelier-de-la-donnee-en-normandie/ Atelier de la donnée en Normandie] (ADN). +
O
'''OCRES''' est un outil de '''reconnaissance optique de caractères''' ('''OCR'''). Il permet la conversion de fichiers PDF en fichiers textes structurés et exploitables (XML, HTML, fichier texte brut). Il faut noter que le modèle d’OCR utilisé par cet outil a été entrainé sur des données du 17ème siècle.
OCRES est développé par le '''CERES''', '''Centre d’expérimentation en méthodes numériques pour les recherches en Sciences Humaines et Sociales'''. +
'''ODK INRAE''' est une plateforme permettant '''la création, la gestion et l’intégration de formulaires électroniques pour la collecte de données sur le terrain, en mode connecté ou déconnecté.'''
Il permet d’enregistrer toutes sortes de données alphanumériques, mais aussi des captures de sons, d’images, de vidéos … y compris des données géographiques via des encarts cartographiques incorporés dans les formulaires.
Il utilise la suite logiciel ODK basé sur le couplage d’un tableur, utilisé pour la définition des formulaires, et d’un serveur web, pour les générer et les diffuser très facilement vers les terminaux Android ou des navigateurs Web. +
'''ODSAS (Online Digital Sources and Annotation System)''' est une plateforme scientifique pour la '''sauvegarde, la manipulation personnalisée et l'annotation individuelle et collective multicouches des ressources numériques''' des sciences humaines et sociales avec un accent particulier sur l'anthropologie.
La plateforme propose un environnement de travail multi-utilisateurs qui permet l’enrichissement, la mise en relation, l’annotation, la transcription, le croisement, l’extraction ou la recombinaison de données et de documents d'une manière individuelle ou collaborative.
La plateforme a deux composantes :
* La première, qui couvre les '''aspects techniques, la programmation et l'hébergement''', est elle-même appelée ODSAS.
* La seconde composante comprend la '''numérisation et l'organisation des collections et sources archivistiques'''. Cette composante est appelée ADAP (Archives Digitales Asie-Pacifique). Même si ODSAS ne se limite pas à l'aire Asie-Pacifique, cette dernière y occupe sans aucun doute une place importante.
'''Les données déposées dans ODSAS sont automatiquement rendues interopérables dans les formats usuels tels que Dublin Core et le moissonnage OAI-PMH'''.
ODSAS permet une gestion fine des droits d’accès. En effet, les chercheurs qui utilisent la plateforme restent '''propriétaires des données et des documents déposés et renseignés'''. Ils peuvent, au travers d’un certain nombre d’outils, accorder l’accès et des ensembles de droits particuliers à d’autres utilisateurs avec lesquels ils désirent échanger ou collaborer. +
'''OMERO''' est une plateforme logicielle permettant de '''visualiser, de gérer et d'annoter des données d'images scientifiques'''.
Elle permet d'importer et d'archiver des images, de les annoter et de les baliser, d'enregistrer les protocoles expérimentaux et d'exporter les images dans de nombreux formats. Il vous permet également de collaborer avec des collègues en créant des groupes d'utilisateurs.
Elle est un service de la [[AuBI|plateforme AuBI]] et est hébergée au [[Mésocentre Clermont-Auvergne|Mésocentre Clermont-Auvergne.]] +
P
'''OMICS''' est une plateforme qui engage son '''expertise analytique en Biologie Moléculaire et Bio-informatique''' pour la caractérisation taxonomique des procaryotes dans les écosystèmes marins.
La partie Biologie Moléculaire d’OMICS propose à la communauté scientifique du [[MIO]] une mise à disposition d’appareils et de protocoles destinés à l’extraction, l’amplification et le contrôle d’acides nucléiques (ADN et/ou ARN) en vue d’un séquençage des communautés procaryotes basé sur le gène de l’ADN ribosomal 16S. Il est également envisageable que ces études soient entièrement prises en charge par le personnel de la plateforme que ce soit pour des projets des scientifiques du MIO ou d’autres organismes de recherche publics ou privés.
La partie Bio-informatique d’OMICS propose à la communauté scientifique du [[MIO]], du public et du privée, des analyses expertes en écologie numérique à travers la caractérisation de la biodiversité d’écosystèmes via le séquençage haut débit. Outre ces analyses expertes, des plans de formation en Bio-informatique sont régulièrement proposés et ouverts à la communauté scientifique. +
O
'''OPAL''', '''Observatoire Pluridisciplinaire des Alpes-maritimes''', est un équipement de calcul haute-performance (HPC) dédié à la recherche, l’intelligence artificielle (IA), le calcul, le stockage de données et la visualisation. OPAL est issu d’une convention entre l’Université Côte d'Azur, Observatoire de la Côte d'Azur, l’Inria (Sophia Antipolis) et Mines Paris-PSL (Sophia Antipolis).
Le principe d’OPAL repose sur la mutualisation des ressources de calcul de quatre institutions avec un accès unifié :
* [https://calculs.univ-cotedazur.fr/ Azzurra] - Université Côte d'Azur cluster,
* [https://wiki.inria.fr/ClustersSophia/Clusters_Home NEF] - Inria Sophia Antipolis cluster
* [https://sed-sam.gitlabpages.inria.fr/sed-sam/salle%20immersive/ Inria Sophia Antipolis immersive room]
* [https://www.oca.eu/fr/ressources-techniques Licallo] - Observatoire de la Côte d'Azur cluster
* [https://www.sophia.minesparis.psl.eu/cluster-laffitte/ Mines Paris-PSL Sophia Antipolis cluster]. +
'''OPERAS France''', portée par OpenEdition, constitue une composante de l’[[OPERAS|infrastructure européenne OPERAS]], dédiée à l’avancement de la communication scientifique ouverte dans le domaine des sciences humaines et sociales.
Elle a pour objectif de fédérer au niveau national les communautés de la recherche en sciences humaines et sociales, éditeurs, presses universitaires, bibliothèques et institutions œuvrant à la communication scientifique ouverte. Fonctionnant comme un moteur de la croissance de la science ouverte, cette infrastructure offre un '''éventail de services complémentaires visant à faire participer les utilisateurs aux diverses facettes de l’éducation scientifique ouverte'''.
Elle effectue un travail important dans la '''traduction d'initiatives''' pour aider la communauté scientifique dans l'adoption de bonnes pratiques. Elle a également mis en place un groupe de traduction collaborative. +
'''OTELo''' est un Observatoire des Sciences de l'Univers (OSU) CNRS-Université de Lorraine créé en 2010 et adossé à l’Ecole nationale supérieure de géologie (ENSG). OTELo représente aussi le Pôle scientifique de l'Université de Lorraine rassemblant les unités de recherche en sciences de la Terre prises au sens large autour de problématiques telles que la dynamique de la Terre, la chimie de la Terre, les ressources minérales et énergétiques, le cycle des ressources et le stockage des déchets en milieu géologique profond, l'hydromécanique, l’aménagement du sol et du sous-sol, la gestion environnementale des ressources en sols, en eau, l’écotoxicologie et la biodiversité.
Depuis 2014, OTELo a mis en place des outils et un accompagnement des chercheurs et projets pour la '''gestion des données de la recherche''' :
* un [https://hal.inria.fr/hal-01275841/document guide de bonnes pratiques] sur la '''gestion et valorisation des données de la recherche''' a été rédigé en 2016 en collaboration avec l’[[Inist-CNRS|INIST]]
* des '''actions de sensibilisation''' des équipes de recherche à la gestion des données
* un '''espace de stockage collaboratif sécurisé''' (OTELoCloud) a été mis en place en 2015, et permet d’accueillir actuellement les données d’une dizaine de projets
* un '''entrepôt de données institutionnel''' OTELo ([[ORDaR|ORDaR]]).
L'OSU OTELo fédère une Unité d'Appui et de Recherche (UAR OTELo UAR3562) et 3 laboratoires (UMR) :
* [[CRPG|Centre de Recherches Pétrographiques et Géochimiques]] - CRPG - UMR7358,
* [[GeoRessources|GeoRessources]] - UMR7359,
* [[LIEC|Laboratoire Interdisciplinaire des Environnements Continentaux]] - LIEC UMR7360. +
'''OcciData''' est l'une des plateformes de l'IRIT, elle offre un espace de mutualisation "projet" aux chercheurs pour réaliser des expérimentations sur des grands volumes de données, sur le traitement et le stockage de données en flux.
Cette plateforme propose un environnement homogène pour l’indexation et la recherche d’information dans des contenus multimédias (texte, son, image, vidéo, signal numérique). Ses principaux objectifs sont l'hébergement de projets scientifiques nécessitant le stockage et le partage de plusieurs téraoctets de données pour réaliser des expérimentations sur ces grands volumes, le partage d'outils logiciels, en particulier pour l'évaluation, le partage de corpus de référence, et la dissémination des résultats et des logiciels.
La plateforme OcciData rassemble un ensemble de corpus, d’outils d’évaluation, de logiciels d’analyse, de moteurs de recherche dans le principal but d’offrir un espace de mutualisation où les chercheurs peuvent échanger leurs connaissances et bénéficier de résultats obtenus dans d’autres laboratoires.
Cette plateforme est ouverte aux chercheurs et étudiants de l'IRIT travaillant dans ces domaines mais aussi à toute personne extérieure à l'IRIT souhaitant utiliser ses moyens matériels ou logiciels sous certaines conditions.
OcciData est composée d'une zone de stockage d'une capacité d'environ 200 To et d'un cluster de calcul de 480 cœurs répartis sur 16 serveurs de calcul et 40 cartes GPUs répartis sur 11 serveurs. +
'''Oniris VetAgroBio''' est un établissement d'enseignement supérieur et de recherche du Ministère de l'agriculture et de la souveraineté alimentaire.
Il dispose d’une palette thématique très large incluant la santé animale et la santé publique, les domaines clinique, biomédical, les sciences de l’alimentation et le génie des procédés.
Oniris VetAgroBio a pour ambition d’être acteur dans les domaines de l''''alimentation et de de la santé animale et humaine''', en contribuant activement au concept « one medicine, one health ».
Oniris VetAgroBio propose notamment les formations correspondant :
* '''Aux métiers de vétérinaire'''
* '''Aux métiers d'ingénieur (diplôme d’ingénieur) dans les domaines agroalimentaire/alimentation ou des bioprocédés et biotechnologies'''. +
'''OnoMap''' est un composant central dans le projet Noise-Planet puisqu'il fournit l'ensemble des outils permettant de '''connecter, stocker, cataloguer et diffuser les données de bruit, sur la base de langages communs et standardisés'''.
Il repose sur 5 applications open-sources :
* '''Base de Données Relationnelle Spatiale''' : utilisant le couple "PostGreSQL/PostGIS", ce composant permet de stocker, organiser et traiter les données,
* '''Serveur Cartographique''' : ici "GeoServer" est utilisé pour afficher des données (stockées dans la base de données) à travers des flux standardisés tels que WMS, WFS...
* '''Librairie Web-cartographique''' : utilisant "LeafLet", ce composant permet de créer une carte interactive et consultable sur le web, afin de visualiser et interroger les données de bruit,
* Traitement : ici "H2GIS" et "OrbisGIS" sont utilisés pour décrire et exécuter des traitements en ligne sur les données, en respectant le standard "Web Processing Service" (WPS),
* '''Catalogue de métadonnées''' : basé sur "Geonetwork", ce composant permet de décrire et de rechercher des informations sur les données collectées. +
'''Open Context''' publie des données à analyser, des médias qu'il est possible de réutiliser et des notes de terrain à explorer.
Il '''examine, édite, annote, publie et archive des données de recherche et de la documentation numérique'''. Au-delà de l'archivage, ils annotent et intégrent les analyses, les cartes et les médias des utilisateurs afin de relier leurs données au monde extérieur et d'élargir l'impact de leurs idées. +
'''Open Reaction Database (ORD)''' est un schéma et une infrastructure en libre accès permettant de structurer et de partager des données sur les réactions organiques, '''incluant un entrepôt de données centralisé'''.
Le schéma ORD prend en charge les '''technologies conventionnelles et émergentes''', depuis les réactions en laboratoire jusqu'aux expériences automatisées à haut débit et à la chimie en flux.
Une '''représentation cohérente des données et une infrastructure pour soutenir le partage de celles-ci''' permettront des applications en aval qui amélioreront considérablement l'état de l'art en ce qui concerne la planification de la synthèse assistée par ordinateur, la prédiction des réactions et d'autres tâches de chimie prédictive. +
'''OpenEdition''' est une '''infrastructure complète d’édition électronique au service de communication scientifique en sciences humaines et sociales'''. Infrastructure de recherche nationale, OpenEdition est portée par OpenEdition Center, Unité d’appui et de recherche (UAR 2504) du CNRS, d’Aix-Marseille Université, de l’EHESS et d’Avignon Université.
Ses principales missions :
* le développement de l’édition électronique en accès ouvert,
*la diffusion des usages et compétences liées à l’édition électronique,
*la recherche et l’innovation autour des méthodes de valorisation et de recherche d’information induites par le numérique,
* garantir un haut niveau de fiabilité et de disponibilité des plateformes.
Le portail OpenEdition rassemble quatre plateformes complémentaires dédiées respectivement aux collections de livres avec '''OpenEdition Books''', aux revues avec '''OpenEdition Journals''', aux carnets de recherche avec '''Hypothèses''' et aux annonces scientifiques avec '''Calenda'''.
OpenEdition inscrit son action dans le cadre du '''[https://www.ouvrirlascience.fr/plan-national-pour-la-science-ouverte/ Plan national pour la science ouverte]'''.
OpenEdition Freemium est un partenariat proposé aux institutions, qui vise à construire un modèle économique durable pour l’accès ouvert.
OpenEdition coordonne avec le soutien d'[[Huma-Num]] le projet européen [[OPERAS]].
80 % des publications issues de projets utilisant l’infrastructure sont en accès ouvert. Les codes sources produits par l’infrastructure
sont ouverts sur une forge logicielle https://github.com/OpenEdition. Infrastructure dotée d’une politique de données FAIR en application. Les données validées et décrites sont publiées sur un entrepôt de données https://oai-openedition.readthedocs.io/en/latest +
'''OpenMOLE (Open MOdeL Experiment)''' a pour vocation de faciliter l’exécution de programmes sur des environnements informatiques distribués. Son utilisation typique est la '''calibration de modèles haute performance, l’exploration de modèles, l’apprentissage de machines, l’optimisation, le traitement de données'''.
Il fonctionne avec les programmes – Java, Binary exe, NetLogo, R, SciLab, Python, C++ et répond aux critères suivants :
* Calcul distribué – Fonctionne sur vos machines multi-cœurs, vos clusters, vos grilles, votre grille de bureau.
* Expressif – Système de flux de travail graphique et scénarisé pour décrire vos processus naturellement parallèles.
* Évolutif – Gère des millions de tâches, des années de calcul et des gigaoctets de données.
* Mature – Développé depuis 2008 et largement utilisé.
* Ouvert – Licence de logiciel libre AGPLv3. +
'''OpenStreetMap France (OSM FR)''' est une association à but non lucratif dont l’objectif est de promouvoir le projet OpenStreetMap et notamment la '''collecte, la diffusion et l’utilisation de données cartographiques sous licences libres'''.
Elle a été créée en 2011 afin d’apporter du soutien à la communauté et assurer un cadre légal nécessaire au développement du projet. Elle est ainsi l’entité qui peut engager des signatures de partenariat, de conventions et l’administration de serveurs par exemple. +
'''Orphadata''' est la plateforme de mise à disposition des données d'Orphanet, la base de connaissances des maladies rares.
'''Orphadata fournit à la communauté scientifique des jeux de données''' complets et de grande qualité '''sur les maladies rares et les médicaments orphelins, dans un format réutilisable et informatisé'''.
La plateforme donne également accès à l’ontologie des maladies rares Orphanet (ORDO) et au module ontologique HPO-ORDO (HOOM). Les utilisateurs peuvent accéder à un SPARQL endpoint pour ORDO et HOOM, ainsi qu’à un Docker Blazegraph afin d’exécuter des requêtes locales. +