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I
'''ISLANDe''' est une plateforme de l'unité de Physiologie de la Reproduction et des Comportements (PRC) qui offre aux personnels de l'unité PRC des '''moyens de calculs et surtout des moyens de stocker, utiliser et pérenniser les données scientifiques produites grâce à une infrastructure locale'''.
La plateforme réalise des '''analyses multi-échelles de données de natures différentes''' comme les données génomiques, d’annotations, de transcriptomiques, de protéomiques ou de lipidomique en lien avec les données publiques d'annotation fonctionnelles, de réseaux ou encore avec des données de phénotypages.
Enfin, ISLANDe aide les utilisateurs en les '''formant à l'utilisation d'outils de calcul ou d'analyse'''. +
'''ISfinder''', '''Insertion Sequence Finder''', est une '''base de données de séquences d’insertion (IS) de bactéries et d’archées'''. ISfinder est le centre de référencement international des séquences d’insertion bactériennes. Mise à disposition de fiches concernant les séquences, d'informations générales sur les IS et sur les familles d'IS. +
'''Ichthyop''' est un logiciel de '''simulation de la dispersion d’organismes par les courants océaniques''' conçu pour étudier les effets des facteurs physiques et biologiques sur la dynamique de l'ichtyoplancton, appliqué également à d’autres problématiques environnementales comme l’étude de la dérive des plastiques dans l’océan.
Il intègre les processus les plus importants qui interviennent au début de la vie des poissons: mouvement, croissance, mortalité et recrutement. L'outil utilise comme entrée '''des séries temporelles des champs de vitesse, la température et la salinité archivés à partir des modèles océaniques ROMS, MARS, NEMO ou SYMPHONIE (fichiers ou OpenDAP)'''.
Il aide à une '''meilleure compréhension de l’écologie d’espèces commerciales à forts enjeux économiques''' et à la mise en place de politiques de conservation de l’espace marin, via l’étude de la connectivité entre aires marines protégées, mais aussi à étudier la dérive d’entités non vivantes comme les polluants et les débris marins. +
'''ImportNakala''' est une application web permettant de '''publier par lots, de façon publique ou privée, des jeux de données sur [[Nakala|Nakala]]'''. Elle vient ainsi compenser une fonctionnalité absente du service proposé par l’IR* Huma-Num.
L’outil permet également d’éditer les données publiées, une par une ou par lot (pour certaines métadonnées). Les types de métadonnées possibles pour chaque ressource sont illimitées (basées sur le '''Dublin Core qualifié'''). Le nombre de données par envoi est quant à lui limité à 100. +
'''IndustryPortal''' est le foyer des '''ontologies et des artefacts sémantiques dans l'industrie et les domaines connexes'''. +
'''InforBio''' est une plateforme pour aider les chercheurs à '''analyser des données biologiques et médicales''' grâce à des outils et des méthodes bioinformatiques de pointe.
La plateforme repose sur trois piliers :
* '''l'analyse de données''' (services d'analyse, projets collaboratifs)
* '''le transfert de compétences analytiques''' (formation, clinique d'analyse et de données)
* '''le développement d'outils''' (création d'outils, de workflows, d'environnements d'analyse, de solutions de stockage)
InforBio héberge des services de stockage d'une capacité de 1 Po et des services web : les serveurs Mississippi Galaxy, Rstudio, Jupyterhub, Galaxy.
InforBio développe des outils :
* [https://artbio.github.io/Metavisitor-manual/ Metavisitor] : ensemble d'outils Galaxy pour la détection de virus dans les données de séquençage à grande profondeur
* [https://github.com/ARTbio/GalaxyKickStart GalaxyKlickStart] : playbook Ansible pour le déploiement automatisé des serveurs Galaxy
* un [https://github.com/ARTbio/tools-artbio/ dépôt] et un [https://toolshed.g2.bx.psu.edu/ toolshed] +
'''Inria''', l''''institut national de recherche dédié aux sciences du numérique''', promeut l'excellence scientifique et le transfert pour avoir le plus grand impact.
Les activités scientifiques d'Inria sont regroupées en cinq domaines de recherche : Mathématiques appliquées, calcul et simulation; Algorithmique, programmation, logiciels et architectures; Réseaux, systèmes et services, calcul distribué; Perception, Cognition, Interaction; Santé, biologie et planète numériques.
Inria défend l'Open Access et légifère sur le Text and Data Mining. Depuis 2013, Inria a instauré une obligation de dépôt de toutes les publications des chercheurs et équipes-projets Inria dans la plate-forme nationale [[HAL]]. Dans ce cadre, seules les publications, métadonnées et textes intégraux, déposés dans HAL sont pris en compte pour les rapports d’activité des équipes-projets et pour leur évaluation scientifique.
La conception et le développement de logiciel étant au cœur de son expertise, Inria est un acteur du logiciel libre, Inria a ainsi développé une vision globale du logiciel libre, à la fois objet de diffusion scientifique, objet de transfert et objet industriel.
Inria travaille avec de nombreuses entreprises et a accompagné la création de plus de 160 start-up. L'institut s’efforce ainsi de répondre aux enjeux de la transformation numérique de la science, de la société et de l’économie. +
'''IntelEspace''' (Intelligence de la donnée spatiale) est une '''plateforme de géomatique'''. Elle apporte un soutien technique et thématique sur les trois principales étapes de la recherche à dominante spatiale :
* L’'''acquisition de données géolocalisées'''
* Le '''traitement et la transformation des données'''
* L’'''analyse spatiale''' et l’'''interprétation des données'''
Elle met à disposition les services suivants :
* '''Acquisition de données''' multispectrales, thermiques et LIDAR par drone, en soutien technique et scientifique aux programmes de recherche
* '''Traitement de données LIDAR''' aéroportées
* Ingénierie de projets en environnement et patrimoine
* '''Formation''' aux outils de la géomatique
La plateforme est directement investie dans les programmes de recherche de la MSH. Elle est également à l’initiative de montage de programmes de recherche qu’elle pilote de manière individuelle ou en collaboration avec d’autres laboratoires de la MSH et externes à la MSH. Intelespace peut également répondre à des demandes extérieures par des collaborations et des prestations de services en environnement et archéologie avec des partenaires privés et des collectivités territoriales. +
'''Isara dispose de son espace institutionnel''' sur l'entrepôt Recherche Data Gouv.
Il permet de '''déposer les données de la recherche de la communauté''' scientifique de l’école. +
'''Isidore''' est un moteur de recherche scientifique et un assistant de recherche développé par l''''IR* Huma-Num''' qui collecte, enrichit et offre un signalement et un accès unifié à 10 millions de documents et données numériques des '''Sciences Humaines et Sociales''' ('''SHS'''). Isidore «moissonne» plusieurs milliers de collections de documents et données et leur les '''métadonnées''' et le texte intégral issus des publications électroniques, des corpus, des bases de données et des actualités scientifiques, accessibles sur le web et proposés dans des '''standards internationaux ouverts'''. Isidore indexe les '''données numériques''' en enrichissant les ressources (notices) avec les termes de '''référentiels scientifiques''' (le référentiel HAL, l'index des catégories thématiques d'Open Edition, le '''vocabulaire Rameau''', les '''thésaurus Pactols''', '''GEMET''', '''GéoEthno''' et le référentiel géographique '''Geonames''') en 3 langues (français, anglais, espagnol).
La migation d'Isidore vers une nouvelle infrastructure de serveurs en mode “Software as a Service” (SaaS)''' a permis de mettre en place plusieurs fonctionnalités :
* '''Enrichissement des identifiants auteurs''' (ORCID, IDREF, VIAF, ISNI, IDHAL). Cette fonctionnalité, pilotée par une IA, vise à améliorer la découvrabilité des données et des publications.
* '''Re-exposition et découvrabilité des publications et jeux de données via leurs identifiants (DOI, Handle, ARK, URN)'''.
* '''IA de détection, d’analyse et d'exposition des liens entre données et publications''' a été intégrée pour enrichir les résultats de recherche.
* '''Altmetrics et pages utilisateurs'''. Les pages utilisateurs ont été améliorées pour permettre de lister l’ensemble de la production scientifique d’un chercheur, quelle que soit la plateforme de publication.
Le projet '''ISIDORE2030''', devrait permettre de développer les fonctionnalités d'ISIDORE, parmi lesquelles :
* '''Analyse des contenus et rapprochement de corpus'''
* '''Veille scientifique'''
* '''Amélioration qualitative de métadonnées'''
'''IsoArcH Association''' est une association internationale dédiée à l'archéologie et aux sciences connexes.
Elle a pour objet :
* Étudier l'homme, ses activités, ses cultures et son environnement par les analyses biogéochimiques, et en particulier isotopiques ;
* '''Soutenir scientifiquement et techniquement la base de données [[IsoArcH]]''';
* '''Faciliter l'accès à des plateformes ou outils analytiques''', et le transfert de connaissances et de savoirs techniques relevant des sciences archéologiques ;
* '''Organiser des journées d'étude et de manifestations culturelles''' pour œuvrer à une émulation scientifique et assurer la promotion et la diffusion des résultats dans ces domaines de recherche.
L'association est ouverte à tous, professionnels comme amateurs. +
'''IsoArcH''' est une '''base de données isotopiques collaborative en libre accès pour les échantillons bioarchéologiques''' sans restrictions géographiques ou chronologiques.
Elle contient des '''informations isotopiques, archéologiques et anthropologiques géoréférencées''' liées à l'étude :
* des régimes alimentaires et de la mobilité des populations humaines et animales
* des pratiques de gestion des animaux et des cultures
* des climats et des environnements passés.
IsoArcH vise à faciliter l'échange d'informations, la collaboration et la discussion entre les archéologues scientifiques (anthropologues, zooarchéologues, archéobotanistes, etc.), les archéologues généralistes et les historiens. +
'''Istex Search''' est un service dédié à la '''constitution de corpus'''.
Au moyen d’une interface ergonomique directement connectée à l’'''API''', il exploite toute la richesse du '''moteur de recherche Elastic search pour interroger la base [[Istex]]''', et facilite la recherche grâce à un assistant à la '''construction de requêtes'''.
Il permet ensuite d’explorer les résultats de la recherche et de délimiter peu à peu les contours des corpus grâce à :
* des '''indicateurs''' offrant une vue synthétique sur votre corpus
* des '''filtres prédéfinis''' pour une première exploration de vos résultats
* une '''notice''' détaillant chacun des documents
* un '''accès aux documents en texte intégral, à leurs métadonnées, ainsi qu’à leurs enrichissements, dans différents formats'''
* une '''sélection personnalisée''' des documents de votre corpus.
Ce nouveau service incarne la '''fusion du démonstrateur [[Istex]] et d’[[Istex-DL]] dans une interface unique, facilitant la construction et le téléchargement de vos corpus.''' +
'''Istex TDM''' développe et met à disposition des utilisateurs des '''outils de TDM (Text & Data Mining)''' faciles à mettre en œuvre, couplés à un outil de création de tableaux de bord dynamiques.
Ils '''donnent accès à des traitements spécialisés''', sans avoir à installer de programme spécifique (ni son environnement particulier, comme par exemple un langage de programmation et son gestionnaire de bibliothèques).
Actuellement 39 web services sont disponibles. +
'''Istex-DL''' est une application Web permettant de télécharger facilement, au travers d’une interface conviviale, un corpus de documents [[Istex|Istex]] sous forme d'une archive zip ou tar.gz.
Istex abrite une bibliothèque scientifique numérique donnant accès à un corpus de 27 millions de documents (articles, e-books...) couvrant tous les champs scientifiques. Ces '''ressources sont pérennes, accessibles et exploitables''' par la communauté de l’ESR.
Le nouveau service [[Istex Search]] incarne la fusion du démonstrateur [[Istex]] et d’Istex-DL dans une interface unique, facilitant la construction et le téléchargement de vos corpus. +
J
'''JUNIA, école d’ingénieurs''', regroupe les programmes HEI, ISA et ISEN sur ses campus de Lille, Bordeaux et Châteauroux.
Les expertises disciplinaires et applicatives au sein de JUNIA sont nombreuses et contribuent à tous domaines de formation de l’école. Elles concernent notamment l’'''agriculture, la santé, l’énergie, le génie civil, l’informatique, l’électronique, les nanotechnologies, le textile et la chimie mais également l’économie, la finance ou la perception par l’usager'''.
Elle contribue aux grands enjeux via ses activités de formation et de recherche :
* Nourrir durablement la planète
* Renforcer les technologies de la santé & du bien vivre
* Développer la transition numérique & industrielle
* Accélérer la transition énergétique & urbaine. +
'''JupyterCloud@X''' s’appuie sur '''l’application web open-source Jupyter''' pour offrir à la communauté de l’enseignement et la recherche de l’École polytechnique '''un environnement de développement interactif de notebooks destiné au calcul scientifique.''' +
'''JurisDoR''' diffuse au public et auprès des communautés scientifiques de l'ESR les '''ressources juridiques''' nécessaires à la gestion des données de la recherche.
Le site est conçu selon le '''cycle de vie des données de la recherche'''. Les différentes '''règles et normes''' applicables sont présentées en fonction de l'opération réalisée sur les données.
Elles sont accompagnées de '''sources et de références''', et renvoient aux textes officiels. Elles sont également accompagnées d'exemples tirés de la recherche scientifique. +
K
'''KIDA''' pour '''KInetic Database for Astrochemistry''' est une '''base de données de cinétique chimique''' (de la phase gazeuse et hétérogène à la surface des grains) d'intérêt astrophysique (milieu interstellaire et atmosphères planétaires) avec valeur ajoutée. En effet, un groupe d'experts autour de KIDA propose des recommandations sur des gammes de températures définies. KIDA est régulièrement complétée et mise à jour au fur et à mesure de nouvelles mesures ou calculs. La base est internationale et plus d'une vingtaine d'astrochimistes participent à son amélioration. Ce service est inclus dans le pôle de diffusion des données de physique atomique et moléculaire ainsi que dans le centre d’expertise Grand Sud Ouest. Un des grands atouts de KIDA est de permettre la centralisation du travail d’amélioration des données notamment au niveau Français, où il y a une grande communauté de physico-chimistes.
En parallèle de KIDA, l'OASU maintient une '''base de données d’abondances observées [https://isa.astrochem-tools.org/ InterStellar Abundances – ISA]''' qui regroupe les abondances publiées dans la littérature, ainsi qu’une compilation mensuelle des articles récents dans le domaine: Astrochemical Newsletter (ACN) envoyée à ~600 personnes. La soumission des articles ainsi que l’inscription à la liste se fait par le biais d’un formulaire en ligne. L'OASU héberge également le code public Nautilus utilisé pour calculer la composition chimique interstellaire.
L’ensemble des outils sont accessibles par le portail https://astrochem-tools.org/
KIDA est un Service National d'Observation (SNO) labélisé, service d’observation ANO5. +
'''Kalideos''' est un dispositif du [[CNES]] visant à promouvoir et à démontrer l’'''usage de la donnée spatiale''' en apportant un soutien aux actions de '''R&D''', de '''prototypage''', de '''démonstration''' des utilisateurs avec :
*La mise à disposition d’une '''base de données satellitaires multicapteurs et multitemporelle, pré-traitée''' pour rendre les données inter-comparables, complétée par des données in-situ
*Le déploiement du dispositif sur des zones d’études, les '''sites Kalideos'''. Ces sites sont animés par le CNES et un groupement d’acteurs locaux par site. Ces sites sont bien connus et documentés (donnés terrain, connaissance terrain des communautés)
*La mise à disposition d’une '''plateforme collaborative''' contribuant à l’échange entre utilisateurs et à la '''présentation d’exemples d’usages''' développés par ceux-ci.
Le CNES assure, avec l’appui de [https://www.noveltis.fr/ Noveltis], la coordination globale du dispositif Kalideos. Dans chaque site, il s’appuie sur un '''groupement d’utilisateurs référents locaux''' qui constituent un point de contact et de coordination de Kalideos sur le territoire.
Le dispositif Kalideos apporte un soutien aux projets des utilisateurs qui souhaitent utiliser des données spatiales dans le cadre de travaux de R&D, prototypage, démonstration. Il est accessible sur inscription à tout scientifique, institutionnel ou organisme privé. +