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« AuBI » : différence entre les versions
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|ContactMel=support.dsi@uca.fr , aubi@uca.fr | |ContactMel=support.dsi@uca.fr , aubi@uca.fr | ||
|Localisation=Clermont-Ferrand | |Localisation=Clermont-Ferrand | ||
|StructureAppartenance=IFB | |StructureAppartenance=IFB, Université Clermont Auvergne | ||
|Tutelle=Université Clermont Auvergne, CNRS, INRAE | |Tutelle=Université Clermont Auvergne, CNRS, INRAE | ||
|PhaseCycleVie=Analyse, Documentation, Conservation | |IdentifiantAlternatif=https://doi.org/10.18145/AuBI; DOI, https://aurehal.archives-ouvertes.fr/structure/read/id/1076817; HAL | ||
|PhaseCycleVie=Analyse, Documentation, Stockage, Conservation | |||
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|Description=La '''plateforme Auvergne BioInformatique''', AuBI, rassemble les ressources bioinformatiques du site auvergnat, et s'appuie sur les ressources en calcul et en stockage du Mésocentre Clermont-Auvergne pour promouvoir '''l'accès aux installations informatiques pour l'analyse des données, le stockage, la formation en bio-informatique et l'hébergement de services web pour la recherche'''. Des compétences importantes sont développées pour soutenir des projets scientifiques dans le domaine de l'analyse de séquences à grande échelle en génomique (assemblage, annotation, analyse de variantes, DNAseq, ...), transcriptomique (RNAseq, ChiPseq, ...) et variations épigénomiques (BSseq), métagénomique, métatranscriptomique, métabolomique, dynamique moléculaire mais aussi statistique et imagerie. Elle est associée à l'[https://www.france-bioinformatique.fr/ Institut Français de Bioinformatique] ainsi qu'à la [https://www.france-genomique.org/ plateforme France Génomique] . | |Description=La '''plateforme Auvergne BioInformatique''', AuBI, rassemble les ressources bioinformatiques du site auvergnat, et s'appuie sur les ressources en calcul et en stockage du Mésocentre Clermont-Auvergne pour promouvoir '''l'accès aux installations informatiques pour l'analyse des données, le stockage, la formation en bio-informatique et l'hébergement de services web pour la recherche'''. Des compétences importantes sont développées pour soutenir des projets scientifiques dans le domaine de l'analyse de séquences à grande échelle en génomique (assemblage, annotation, analyse de variantes, DNAseq, ...), transcriptomique (RNAseq, ChiPseq, ...) et variations épigénomiques (BSseq), métagénomique, métatranscriptomique, métabolomique, dynamique moléculaire mais aussi statistique et imagerie. Elle est associée à l'[https://www.france-bioinformatique.fr/ Institut Français de Bioinformatique] ainsi qu'à la [https://www.france-genomique.org/ plateforme France Génomique] . | ||
Le Mésocentre Clermont Auvergne fournit un accès à des banques de données biologiques publiques. Leurs mises à jours sont gérées par [https://biomaj.genouest.org/ BioMAJ]. Les données brutes proviennent de sites distants (NCBI, flybase, ensembl, ...) et sont indexées automatiquement en local pour être utilisées ensuite par les différents outils sur le cluster de calcul HPC2 ou via le serveur web Galaxy. | Le Mésocentre Clermont-Auvergne fournit un accès à des banques de données biologiques publiques. Leurs mises à jours sont gérées par [https://biomaj.genouest.org/ BioMAJ]. Les données brutes proviennent de sites distants (NCBI, flybase, ensembl, ...) et sont indexées automatiquement en local pour être utilisées ensuite par les différents outils sur le cluster de calcul HPC2 ou via le serveur web Galaxy. | ||
La liste des banques de données disponibles et les informations afférentes sont accessibles grâce à l'interface [https://biodatabanks.mesocentre.uca.fr/app/#/ | La liste des banques de données disponibles et les informations afférentes sont accessibles grâce à l'interface [https://biodatabanks.mesocentre.uca.fr/app/#/bank/ Biomaj Watcher]. | ||
Deux services web sont proposés | Deux services web sont proposés au sein d'AuBI : | ||
* '''Galaxy''', pour y conduire des analyses de transcriptomique, génomique, métagénomique | * '''Galaxy''', pour y conduire des analyses de transcriptomique, génomique, métagénomique | ||
* '''OMERO''', pour le stockage d'images et des métadonnées associées | * '''[[OMERO]]''', pour le stockage d'images et des métadonnées associées | ||
|Discipline=Vie & Santé | |Discipline=Vie & Santé | ||
|SousDisciplineVie&Sante=LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes | |SousDisciplineVie&Sante=LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes | ||
|Thematique=Plateforme de bioinformatique | |Thematique=Plateforme de bioinformatique, Biologie fondamentale, Microbiologie, Agronomie, Environnement, Santé, Epidémiologie | ||
|ModeleEconomique=Gratuit pour | |Communaute=Unités de recherche de l'Université Clermont Auvergne | ||
|Relation=France Génomique, Mésocentre Clermont Auvergne, CNRS Biologie, CNRS Écologie & Environnement | |Beneficiaire=Chercheurs, Enseignants-Chercheurs, Doctorants | ||
|ModeleEconomique=Gratuit pour les usagers UCA & associés | |||
|Relation=France Génomique, Mésocentre Clermont-Auvergne, CNRS Biologie, CNRS Écologie & Environnement | |||
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[[Catégorie:Catalogue CNRS | [[Catégorie:Catalogue CNRS Biologie]] | ||