« PlantBioInfoPF » : différence entre les versions
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{{Infobox Service | {{Infobox Service | ||
|Logo= | |Logo=Logo-PlantBioinfoPF-uai-720x300.png | ||
|NomService=PlantBioInfoPF | |NomService=PlantBioInfoPF | ||
|TypeService=Plateforme de calcul | |TypeService=Plateforme de calcul | ||
|StatutService=En production | |StatutService=En production | ||
|NomDéveloppé=Plant Bioinformatics Facility | |||
|NomAlternatifRéduit=Plateforme de bioinformatique des plantes | |||
|NomAlternatif=Plant Bioinformatics Facility, Plateforme de bioinformatique des plantes | |NomAlternatif=Plant Bioinformatics Facility, Plateforme de bioinformatique des plantes | ||
|UrlService=https://urgi.versailles.inra.fr/Platform/ | |UrlService=https://urgi.versailles.inra.fr/Platform/ | ||
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|StructureAppartenance=URGI, IFB | |StructureAppartenance=URGI, IFB | ||
|Tutelle=INRAE | |Tutelle=INRAE | ||
|PhaseCycleVie=Analyse, Documentation, Stockage | |PhaseCycleVie=Analyse, Documentation, Stockage | ||
|International=Non | |||
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{{Coordonnées GPS | |||
|CoordonneeGeographique=48.80183, 2.08845 | |CoordonneeGeographique=48.80183, 2.08845 | ||
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|Description=Les activités de la '''plateforme de bioinformatique des plantes''' - '''PlantBioinfoPF''' sont étroitement liées aux systèmes d’information et à l’étude de l’impact des éléments transposables sur l’évolution des génomes. La plateforme propose à l'INRAE et ses partenaires un support à la publication de données de génétique et génomique des plantes et pathogènes végétaux, ainsi que l’intégration de ces données au système d’information [[GnpIS]]. | |Description=Les activités de la '''plateforme de bioinformatique des plantes''' - '''PlantBioinfoPF''' sont étroitement liées aux systèmes d’information et à l’étude de l’impact des éléments transposables sur l’évolution des génomes. La plateforme propose à l'INRAE et ses partenaires un support à la publication de données de génétique et génomique des plantes et pathogènes végétaux, ainsi que l’intégration de ces données au système d’information [[GnpIS]]. | ||
A l’international, PlantBioinfoPF offre un service de portail de recherche aux fédérations de systèmes d’information comme [[WheatIS]]. En termes | A l’international, PlantBioinfoPF offre un service de portail de recherche aux fédérations de systèmes d’information comme [[WheatIS]]. En termes d’a'''nalyse des génomes, le service d’annotation des gènes et plus particulièrement des éléments transposables''', qui s’appuie sur le pipeline REPET, est également ouvert à l’international. L’ensemble de ces activités sont développées par l’Unité de recherche génomique-info ([[URGI]]) à laquelle la plateforme est adossée et s’intègrent dans l’offre de l’Institut français de bioinformatique ([[IFB]]), nœud français de l’infrastructure européenne ELIXIR. | ||
Expertises et services de la plateforme | Expertises et services de la plateforme : | ||
*Mise à disposition de ressources de calcul et de stockage, | *Mise à disposition de '''ressources de calcul et de stockage''', | ||
*Publication et intégration de données FAIR (findable, accessible, interoperable, reusable), | *Publication et intégration de données FAIR (findable, accessible, interoperable, reusable), | ||
*Développement et maintenance de portails de recherche pour des fédérations de systèmes d’information, | *'''Développement et maintenance de portails de recherche pour des fédérations de systèmes d’information''', | ||
*Annotation de génomes (éléments répétés et transposables), | *'''Annotation de génomes''' (éléments répétés et transposables), | ||
*Formation à l'annotation des éléments transposables, à la standardisation de données… | *Formation à l'annotation des éléments transposables, à la standardisation de données… | ||
La plateforme de bioinformatique des plantes (PlantBioinfoPF) a un Plan de Gestion des Données (https://doi.org/10.15454/ | La plateforme de bioinformatique des plantes (PlantBioinfoPF) a un Plan de Gestion des Données (https://doi.org/10.15454/9HM5UI). | ||
|Discipline=Vie & Santé | |Discipline=Vie & Santé | ||
|SousDisciplineVie&Sante= | |SousDisciplineVie&Sante=LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes; LS9 Biotechnologie et ingénierie des biosystèmes | ||
|Thematique=Plateforme de bioinformatique | |Thematique=Plateforme de bioinformatique | ||
|TypeDonnee= | |TypeDonnee=Données génomiques | ||
|Communaute=Communauté scientifique de l'INRAE et ses partenaires | |Communaute=Communauté scientifique de l'INRAE et ses partenaires | ||
|Beneficiaire= | |Beneficiaire=Chercheurs | ||
|ConditionUsage=Il est possible de solliciter PlantBioinfoPF par mail à l’adresse urgi-contact@inrae.fr. Des formulaires sont mis à disposition sur le site internet de la plateforme pour formaliser les demandes concernant certains services. Les projets sont précisés avec les utilisateurs et arbitrés lors des réunions mensuelles de la plateforme. Les offres de formation de PlantBioinfoPF sont disponibles sur son site internet et diffusées en parallèle par mail sur liste de diffusion. | |||
|ConditionUsage= | |Certification=CNOC INRAE; https://urgi.versailles.inrae.fr/Platform, | ||
IBiSA;https://www.ibisa.net/trouver-plateforme/, ISO 9001:2015; https://urgi.versailles.inrae.fr/Quality | |||
|Certification=INRAE | |||
|Cgu=https://urgi.versailles.inra.fr/Platform/General-Terms-of-Use/Conditions-Generales-d-Utilisation | |Cgu=https://urgi.versailles.inra.fr/Platform/General-Terms-of-Use/Conditions-Generales-d-Utilisation | ||
|Relation= | |Relation=France Génomique | ||
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