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Le Pôle de Modélisation et Calcul en Science de l'Ingénieur et de l'Information (PMCS2I) de l'École Centrale de Lyon répond aux besoins de '''calcul scientifique''' des chercheurs des laboratoires suivants :
*[http://lmfa.ec-lyon.fr/ Laboratoire de Mécanique des Fluides et Acoustique] (LMFA, UMR 5509);
*[http://ltds.ec-lyon.fr/spip/ Laboratoire de Tribologie et Dynamique des Systèmes] (LTDS, UMR 5513);
*[http://www.ampere-lab.fr/ Laboratoire Ampère] (UMR 5005, Automatique, Génie Électrique et Bioingénierie);
*[https://liris.cnrs.fr/ Laboratoire d'Informatique en Image et Systèmes d'Information] (LIRIS, UMR 5205);
*[https://inl.cnrs.fr/ Institut des Nanotechnologies de Lyon] (INL, UMR 5270);
*[http://math.univ-lyon1.fr/ Institut Camille Jordan] (laboratoire de recherche en mathématiques, UMR 5208).
Le PMCS2I mutualise les ressources informatiques (clusters), assure des formations (calcul scientifique, cours d'initiation à l'utilisation de supercalculateurs du pôle) et organise des séminaires. Il propose un serveur dédié à '''l'analyse''' et '''la visualisation des données de simulation numérique'''. Il possède '''une expertise''' au niveau '''des codes industriels commerciaux''' pour '''la mécanique des fluides numérique''' et '''la mécanique'''.
Le PMCS2I fait partie du mésocentre de calcul de la Fédération Lyonnaise de Modélisation et Sciences Numériques (FLMSN). +
Le '''Pôle national de données de biodiversité''', '''PNDB''' est un pôle de données au service des scientifiques produisant, gérant et analysant des données de biodiversité. Il a pour objet l’accès aux '''données d’observation, de collection et d’expérimentation''', en lien avec le réseau européen EU-BON (Biodiversity Observator y Network) et l’Organisation Internationale GBIF (Global Biodiversity Information Facility). Il permet aussi la '''mise en réseau des observatoires de recherche de la biodiversité'''. C'est un pôle de données de [[DATA TERRA]].
Le PNDB est une e-infrastructure de recherche inscrite à la feuille de route nationale des infrastructures de recherche du MESR depuis mars 2018.
Les missions du PNDB sont :
# fournir un accès aux données, à des services associés et à des produits dérivés des analyses ;
# promouvoir l’animation scientifique pour identifier les lacunes et favoriser l’émergence de dispositifs portés par des communautés d’utilisateurs et producteurs ;
# faciliter le partage des pratiques avec les autres communautés de recherche, favoriser le partage des données et leur réutilisation, s’insérer dans la réflexion de la future infrastructure Système Terre ;
# favoriser la cohérence nationale et internationale relatives à l’accès et à l’exploitation des données de recherche sur la biodiversité, à la promotion de produits et services.
Une partie des publications issues de projets utilisant l’infrastructure est en accès ouvert. Les codes sources produits par l’infrastructure sont ouverts sur une forge logicielle https://github.com/earnaud/MetaShARK-v2. Infrastructure dotée d’une politique de données FAIR en application. +
Le portail de données et métadonnées du '''Pôle National de données de biodiversité''', '''PNDB''', a pour objectif de fournir à une large communauté utilisatrice un accès à des '''métadonnées''' et '''jeux de données d'observation''' pour la '''recherche sur la biodiversité''', des services et des outils de visualisation et d'analyses des données et des produits, en promouvant la diffusion des bonnes pratiques et des recommandations sur la gestion (métadonnées et données) par l’utilisation de '''standards''' ('''référentiels''', '''formats''', '''thésaurus'''…). Les métadonnées décrivant finement les données de recherche et '''les ressources biologiques''' issues d’observatoires et d’initiatives de recherche (collections, expérimentations, '''sciences participatives''' encadrées par la recherche) sur la biodiversité sont basées sur le standard '''Ecological Metadata Language (EML)''', qui est conforme à la '''directive INSPIRE'''. Ce portail des métadonnées favorise '''la réutilisation des données de recherche''' dans d’autres projets de recherche, facilite les liens entre producteurs et utilisateurs de données et constitue un état des lieux de référence des données disponibles dans le domaine de la biodiversité. +
POLLUX est une base de données de spectres stellaires synthétiques à très haute résolution développée et maintenue au [[LUPM|Laboratoire Univers et Particules de Montpellier (LUPM)]].
La base de données POLLUX est interopérable suivant les standards d’interrogation et de description de l’IVOA (International Virtual Observatory Alliance). Elle est à ce titre rattachée au Centre d’Expertise Régional (CER) GSO (Observatoire Midi-Pyrénées).
POLLUX distribue essentiellement des spectres d’étoiles dans le domaine visible, et ce pour une gamme étendue de paramètres stellaires en termes de température et gravité de surface, métallicité et composition chimique détaillée. Il s’agit de 16619 spectres calculés sur la base de modèles d’atmosphères 1D performants (MARCS, ATLAS, CMFGEN) et adaptés à chacun des types d’étoiles proposés (de M à O et aux étoiles Wolf-Rayet).
POLLUX permet un accès facilité aux spectres stellaires synthétiques via une interface web explicite, permettant non seulement l’interrogation de la base de données sur les paramètres stellaires fondamentaux (Teff, logg, [Fe/H]), mais également la visualisation d’un ou plusieurs spectres, la visualisation des fichiers descripteurs de données, la convolution des spectres par un signal instrumental, et le téléchargement unitaire ou par paquets dans différents formats.
L’équipe en charge de POLLUX a également développé SPECFLOW, outil pédagogique de comparaison des spectres théoriques de la base avec des spectres observés hébergés dans la base de données PolarBase.
Centre de données et de services, POLLUX est labellisée en tant que Service National d’Observation (SNO) de l’Action Nationale d’Observation N°5 de CNRS Terre & Univers (ANO5). +
'''POPS''' est la '''plateforme collaborative de gestion de projets scientifiques''' propulsée par redmine et mise en oeuvre par l’UMR [[LETG]] en partenariat avec l’[[IUEM|Institut Universitaire Européen de la Mer]] et la société Dotgee. C’est un outil offrant aux chercheurs de l’UMR la possibilité de gérer, partager et diffuser les informations de gestion de leurs projets. Elle a été réalisée dans le cadre de l’appel à projets innovants de l’UEB C@mpus (2013-2015) et a bénéficié de l’expertise de la plateforme de recherche pluri disciplinaire LOUSTIC (GIS M@arsouin).
Les développements réalisés sont librement réutilisables sous licence GPLv3 : https://github.com/LETG/pops
Acuellement la plateforme est destinée à héberger des projets scientifiques ayant au moins un partenaire à l'IUEM ou à l'UMR multi-site LETG. +
'''POPS''' est la plateforme de transcriptomique des plantes de Paris-Saclay. Elle offre une expertise pour le développement de l’'''analyse du transcriptome chez les végétaux par l’utilisation du séquençage à haut débit d’ARN (RNA-Seq)'''. Leur savoir-faire s’étend '''de la préparation des échantillons à l’analyse bioinformatique et statistiques des données.'''
Elle propose :
1. Une expertise pour l’'''analyse de l’expression des gènes chez les plantes par l’utilisation du séquençage à haut-débit de l’ARN'''. Cette offre est complétée par l’'''analyse bioinformatique et statistique permettant l’analyse quantitative du transcriptome'''.
2. Du développement méthodologique afin de répondre au mieux aux demandes de nos collaborateurs et d’élargir l'offre de service.
3. Des formations et de l’animation scientifique +
La plateforme '''POUNT''', '''Plateforme OUverte Numérique Transdisciplinaire''', est développé par l'Université de Strasbourg en tant qu'écosystème libre, modulaire et interopérable de '''description et de visualisation des données''' issues de projets de recherche.
Afin de s'inscrire dans les principes FAIR (facile à trouver, accessible, interopérable et réutilisable), POUNT est développé pour permettre aux chercheurs de l’Université de Strasbourg de déposer '''des jeux de données issus de leurs travaux de recherche de manière structurée''' (saisie de métadonnées) et '''interopérable''' (export des métadonnées). Elle permet de partager avec accès restreint ou public ces jeux de données et les contenus rendus publics sont accessibles par tout le monde.
Elle permet également:
* de sauvegarder et versionner les données (documents, images, vidéos, modèles 3D) ;
* de structurer les données en respectant les standards d'une discipline, et d'étendre ces standards avec des métadonnées personnalisées ;
* de configurer les droits de lecture et de modification pour les différentes communautés ;
* de valoriser les données, de les visualiser de manière fluide et de les enrichir avec des informations contextuelles. +
'''PO²''' est une '''ontologie de base pour modéliser les processus de transformation et leurs observations''' dans les sciences alimentaires. +
La '''Plateforme de Protéomique Clinique''' vise à exploiter les derniers '''développements technologiques en spectrométrie de masse et en immunoessais pour la découverte, la validation et l'utilisation de biomarqueurs dans diverses pathologies humaines''' (protéines, ARN, ADN, métabolites).
Plusieurs approches technologiques orientées vers l''''utilisation d'échantillons cliniques et le haut débit sont disponibles, notamment la spectrométrie de masse (MRM et HRMS) et les immunoessais ultra-sensibles''' (ALAMAR NULISA, QUANTERYX SIMOA et MSD).
Intégré au Pôle Protéomique de Montpellier depuis sa création et labellisé IBiSA, sa mission est également de '''mettre à disposition des équipes académiques et industrielles l'expertise médicale, biologique et technique en Protéomique Clinique'''.
La PPC est certifiée ISO 9001 depuis 2014.
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The Clinical Proteomics Platform aims to exploit the latest technological developments in mass spectrometry and immunoassay for the discovery, validation and use of biomarkers in various human pathologies (proteins, RNA, DNA, metabolites).
Several technological approaches oriented towards the use of clinical samples and high throughput are available, including mass spectrometry (MRM and HRMS) and ultra-sensitive immunoassays (ALAMAR NULISA, QUANTERYX SIMOA and MSD).
Integrated in the Montpellier Proteome Cluster since its creation and IBiSA labeled, its mission is equally to make medical, biological and technical expertise in Clinical Proteomics available to academic and industrial teams.
The PPC has been ISO 9001 certified since 2014. +
'''PPanGGOLiN''' est un logiciel de bioinformatique dédié à l'analyse de pangénomes developpé par le [https://labgem.genoscope.cns.fr/ LABGeM]. Il permet de '''créer, manipuler et analyser des pangénomes procaryotes''' en utilisant des dizaines voire des milliers de génomes d'une même espèce. Il permet ainsi d'étudier l'évolution ou l'écologie des microbes, ouvrant la voie à des découvertes importantes pour la santé humaine, l'agriculture, l'alimentation ou l'environnement.
Le laboratoire LABGeM a également intégré l'outil dans sa plateforme de service, [[MicroScope]], mis à disposition des microbiologistes et qui comprend plus de 6600 utilisateurs à travers le monde.
Une nouvelle version (2.0) du logiciel a été déployée en janvier 2024 avec de nouvelles fonctionnalités incluant la possibilité d''''associer des métadonnées aux pangénomes , une structure de données améliorée pour le stockage des pangénomes, et une toute nouvelle documentation'''. +
PRABI Lyon-Gerland localisé à l'Institut de Biologie et Chimie des Protéines (IBCP), est une plateforme de bioinformatique spécialisée dans l’analyse des données génomiques, transcriptomiques et métagénomiques, avec une prise en compte forte des aspects écologiques et évolutifs.
Le PRABI-Gerland développe :
*Différentes méthodes dédiées à la prédiction de structures secondaires des protéines
*Des outils de détection de motifs flous dans les séquences protéiques
*Des outils de modélisation automatique de structures 3D de protéines [Geno3D]
*Un logiciel d’analyse de séquences protéiques (sous Windows) (ANTHEPROT)
*Un service web intégré (NPS@)
*Un algorithme de recherche de similarité de sites 3D dans les structures de protéines (SuMo)
les bases de données dans le domaine infectieux, les méthodes de prédiction et d'optimisation des structures 3D de protéines ainsi que les outils et services s'y rapportant. Dans le domaine des services la spécificité de la plateforme est la bioinformatique structurale (Modélisation moléculaire, prédiction de structure). +
Le '''PRABI-AMSB''' est une plateforme de bioinformatique de l'Université Lyon 1 créée en 2010 et rattachée à la Fédération de Recherche BioEEnvis.
Au niveau national, le PRABI-AMSB est labélisé plateforme membre de l'Institut Français de Bioinformatique (IFB) - noeud français de l'infrastructure européenne de bioinformatique d Elixir. Le PRABI-AMSB est par ailleurs partenaire de l'Infrastructure France Génomique et contribue au traitement de données de ses PF associées.
Ses missions consistent en :
* La '''mise à disposition de moyens de calcul et de stockage pour la bioinformatique''' (cluster, service galaxy.prabi.fr, cloud académique),
* L''''accompagnement expert de projets bioinformatiques''' (de l'idée à la publication),
* La recherche et le développement en bioinformatique et biologie systémique,
* La valorisation de la recherche en bioinformatique à travers le '''transfert de méthodes''',
* La formation des biologistes à l'utilisation des outils bioinformatiques. +
PRACE, Partnership for Advanced Computing in Europe, est l’infrastructure de recherche européenne distribuée qui met à disposition des supercalculateurs de classe mondiale pour les chercheurs académiques et industriels européens. +
La '''Plateforme de recherche analytique technologique et imagerie (PRATIM)''' met à disposition différents équipements d'analyse, notamment des instruments de '''microscopies électroniques'''. La plateforme propose également l'usage d'équipements alliant la MEB avec la microscopie confocale. Ces analyses sont possibles sur une grande gamme d’échelles.
PRATIM propose des services de :
* '''Analyse de nanostructures'''
* '''Imagerie par scanner-laser'''
* '''Microscopie confocale'''
* '''Microscopie électronique'''.
PRATIM est [https://www.inc.cnrs.fr/fr/plateformes-labellisees labellisée par l'Institut national de chimie] (CNRS Chimie). +
Le '''laboratoire de linguistique PRAXILING''' est composé de '''chercheurs en analyse de discours, en phonétique et en sciences cognitives'''. Les recherches portent sur la compréhension des processus neurologiques à l’origine de la production de sens et l’analyse du fonctionnement et des dysfonctionnements discursifs.
Thèmes de recherches de PRAXILING :
* Discours, langue
* Parole, interactions, santé
* Connectivité, Plasticité, Cognition et Langage
* Données et pratiques linguistiques à l’heure du numérique et de la science ouverte. +
L'UMR '''Physiologie de la reproduction et des comportements (PRC)''' mène des recherches fondamentales et appliquées dans trois grands champs disciplinaires :
* La '''biologie du comportement et la neuroendocrinologie'''
* La '''biologie systémique et la modélisation'''
* La '''biologie de la reproduction'''
Ils étudient de nombreux '''modèles animaux originaux, des espèces domestiques (bovins, ovins, caprins, équins, porcins et volailles) et des espèces modèles''' (rats, souris, cailles). Une collaboration avec le Muséum National d’Histoire Naturelle permet d’élargir les applications aux '''espèces sauvages'''.
Elle a la double mission de faire progresser la connaissance scientifique au niveau le plus fondamental et de répondre à des questions scientifiques suscitées par des enjeux de société en lien avec différents acteurs socio-économiques des filières de production animales et de santé humaine. +
Le '''Pôle de Recherche Francophonies, Interculturel, Communication, Sociolinguistique''' ('''PREFICS''') réunit des chercheurs en '''sciences de l’information et de la communication''' et en '''sciences du langage''' ('''sociolinguistique'''). Les recherches visent à saisir les dynamiques langagières et communicationnelles conduisant à l’organisation des espaces sociaux contemporains, que ces derniers soient formellement délimités : États, institutions, associations, collectivités territoriales, entreprises, etc., ou plus informels, tels que les groupes sociaux, réseaux sociaux, espaces géographiques et interculturels.
Axes de recherche du PREFICS :
* Communication, Organisations, Institutions
* Dynamiques des interactions sociales multimodales
* Critique et communication. +
La '''plateforme PREMISS (Plateforme REgroupant les outils de ModélIsation et de Simulation de Systèmes)''' a pour objectifs le '''développement et l'intégration d'outils et méthodes de modélisation et de simulation de matériaux, composants, circuits et systèmes électroniques et multiphysiques'''. Elle s'appuie sur la pluridisciplinarité du laboratoire XLIM, à l'interface entre physique, mathématiques et informatique.
Ses activités suivent deux directions :
* Une forge logicielle
* Le développement et l'intégration de modèles nouveaux ou existants au sein de simulateurs de systèmes
Elle propose différents services :
* '''Développement de modèles'''
* '''Développement de simulateurs'''
* '''Inventaire, archivage, diffusion et valorisation de code de calcul''' +
Le '''PEPR PREZODE''' vise à améliorer la compréhension des mécanismes conduisant à l'émergence de maladies zoonotiques dans des socio-écosystèmes complexes, à identifier les principaux facteurs biologiques, écologiques et socio-économiques influençant le risque d'émergence et à renforcer la capacité des sociétés humaines à y répondre.
Il positionne ses recherches dans la phase de pré-émergence avec un périmètre ciblé sur les '''stratégies de prévention des zoonoses en s’appuyant sur l’approche intégrée « une seule santé », interdisciplinaire et intersectorielle''', impliquant tous les acteurs de la santé humaine, animale et environnementale. Cela implique l'intégration de multiples déterminants au niveau animal et humain et la prise en compte des facteurs environnementaux, sociétaux, économiques, éthiques et politiques qui caractérisent un socio-écosystème et participent à l'émergence des zoonoses. +
L'entrepôt '''PRIDE PRoteomics IDEntifications (PRIDE)''' est dédié aux '''données protéomiques issues de la spectrométrie de masse''' y compris les identifications de protéines et de peptides et les valeurs d'expression correspondantes, les modifications post-traductionnelles et les preuves de spectres de masse.
PRIDE est l'un des principaux membres du consortium ProteomeXchange (PX), qui offre un moyen normalisé de soumettre des données protéomiques basées sur la spectrométrie de masse à des référentiels publics. +