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'''L’UE INRAE 1375''' '''PHénotypage Au Champ des Céréales''' ('''PHACC''') est une Unité Expérimentale grandes cultures rattachée aux Départements INRAE BAP (Biologie & Amélioration des Plantes) et SPE (Santé des Plantes & Environnement). Elle réalise des expérimentations de plein champ sur 2 sites, aux conditions très différentes : 87 ha en plaine de Limagne sur le site de Crouel, et 10 ha en moyenne montagne sur le site de Theix pour des essais fourrages et de tolérance au froid. Elle est reconnue pour sa capacité de phénotypage moyen et haut débit sur différentes thématiques : évaluation variétale, stress hydrique, stress azoté,maladies, froid… +
'''PHENOMIN''' est une '''infrastructure nationale en biotechologie et santé''' qui fournit des services à l'ensemble des laboratoires français '''dans le domaine de la phénogénomique'''. L'Infrastructure a pour but :
*De développer des outils d'ingénierie génétique pour la souris et le rat
*De sécuriser l'hébergement des animaux en assurant leur bien être et l'éthique
*De compléter le phénotypage haut débit en développant de nouveaux essais fonctionnels pertinents
*De construire une ressource unique de modèles pour la recherche fondamentale, l'innovation biotechnologique et biopharmaceutique.
PHENOMIN rassemble 3 centres complémentaires au service de la communauté scientifique pour l'utilisation des modèles murins en Recherche : le Centre d'ImmunoPHEnomique ([[CIPHE]]), l'[[PHENOMIN-ICS|Institut Clinique de la Souris (ICS)]], le [[PHENOMIN-TAAM|Typage et Archivage des Animaux Modèles (TAAM)]]. +
Le '''Centre d'Immunophénomique''', '''CIPHE''', est une unité de service de l’Inserm (US012), du CNRS (UMS3367) et d’Aix Marseille Université (AMU), qui '''contribue à l’élaboration de la première encyclopédie fonctionnelle des gènes du système immunitaire de la souris'''.
Sa mission s’inscrit au cœur d’un projet porté par le Consortium International de Phénotypage de la Souris IMPC1 : comprendre l’implication de nos gènes dans les pathologies humaines, 99% d’entre eux ayant un équivalent chez la souris.
'''PHENOMIN-CIPHE''' développe des approches de '''génomique fonctionnelle pour créer des modèles d'étude préclinique du système immunitaire'''. Il créé à la carte et à grande échelle, des modèles de souris présentant une anomalie ou une pathologie existante chez l'homme (modèles murins KI, KO) et assure le phénotypage complet du système immunitaire par cytométrie polychromatique et par cytométrie de masse mesurant plus de 50 paramètres quantitatifs simultanés de façon normalisée et standardisée.
CIPHE propose des solutions technologiques sur mesure à ses partenaires académiques et industriels :
*Génération de modèles de souris transgéniques adaptés à tous les projets
*Immunomonitoring et suivi des paramètres cliniques
*Analyse des réponses du système immunitaire en conditions infectieuses in vivo dans un laboratoire BSL3 de haute sécurité
PHENOMIN-CIPHE est co-fondateur de l'infrastructure PHENOMIN, lauréate des Projets Investissements d’Avenir en 2011, conjointement à PHENOMIN-ICS et à PHENOMIN-TAAM. Par le biais de PHENOMIN, CIPHE est intégrée dans les réseaux nationaux et internationaux consacré à déchiffrer la fonction des gènes mammifères : INFRAFRONTIER et IMPC (Consortium International de Phénotypage de la souris). +
L’Institut Clinique de la Souris (ICS) a évolué pour devenir PHENOMIN-ICS en rejoignant l’infrastructure Nationale CELPHEDIA. La spécificité de l’Institut Clinique de la Souris, plateforme labélisée IBiSA, repose sur l’expertise du modèle rongeur, élément de la recherche fondamentale et préclinique pour répondre aux besoins de la Société en termes de développement dans le domaine de la santé.
PHENOMIN-ICS a pour mission :
*de répondre spécifiquement aux besoins de la communauté scientifique, académique et privée
*de mettre en œuvre des activités de recherche et développement afin d’accélérer l’ouverture à la communauté scientifique, de services à la pointe de la technologie, dans les domaines de l’ingénierie génétique, de la caractérisation phénotypique, de la zootechnie, de l’archivage et la distribution,l’analyse intégrée des données biologiques,
*d’intégrer des méthodes alternatives et de raffinement pour la recherche animale,
*de consolider sa visibilité et lisibilité sur la scène scientifique nationale et internationale.
PHENOMIN-ICS est une plateforme ouverte à la communauté en assurant :
*La création à façon de modèles souris et rat
* La validation des modèles génétiques
*L'amplification, la conservation et la distribution des modèles
*La caractérisation phénotypique des modèles souris et rat à travers une séries d'analyses fonctionnelles standardisées pouvant être réalisées dans un pipeline complet ou à la demande; les tests proposés par les différents services de phénotypage couvrent la majorité des fonctions et systèmes physiologiques clés.
PHENOMIN-ICS est co-fondateur de l'infrastructure PHENOMIN, lauréate des Investissements d’Avenir en 2011, conjointement à PHENOMIN-TAAM (Orléans) et à PHENOMIN-CIPHE (Marseille), permettant ainsi de coordonner ses activités à celles de ces deux autres grandes structures françaises dévouées à la phénogénomique. Par cette implication, PHENOMIN-ICS collabore au consortium Européen InfraFrontier I3, ainsi qu’à l’International Mouse Phenotyping Consortium (IMPC) et à l’International Knockout Mouse Consortium (IKMC).
Le TAAM est une unité d’appui et de recherche qui offre un large panel de prestations autour des modèles rat et souris pour la recherche fondamentale, biomédicale et pharmaceutique.
Depuis près de 70 ans, 50 ingénieurs et techniciens mettent quotidiennement leurs compétences et leur expertise au service de la communauté scientifique pour :
- Offrir un ensemble de prestations de haut niveau technique autour de 7 pôles d’expertise : exploration par imagerie multimodale in vivo, gestion de colonies à façon, expérimentation (conception et suivi), gestion de colonies axéniques et gnotoxéniques, cryoconservation et reproduction assistée, analyse microbiologique et génétique, et distribution de modèles sur le territoire ou à l’internationale.
- Répondre aux attentes des chercheurs par l’innovation,
- Contribuer au transfert de connaissances par la formation d’étudiants ainsi que par la participation à des programmes de formations scientifiques et techniques destinés à des ingénieurs et techniciens des laboratoires de recherche.
Répartie sur une surface de 8500 m², l’unité TAAM est dotée d’une infrastructure et d’équipements performants de haute technologie fonctionnant 24h/24H et 7j/7j.Le TAAM maintient un haut niveau d’exigence sanitaire, réglementaire et éthique au sein de ces installations.
Dans le cadre des investissements d’avenir et depuis 2011, le TAAM est l’un des trois partenaires nationaux de l’infrastructure de recherche PHENOMIN (conjointement à PHENOMIN-ICS et à PHENOMIN-CIPHE), de l’infrastructure nationale CELPHEDIA, de l’infrastructure paneuropéenne INFRAFRONTIER et de l'IMPC Consortium International de Phénotypage de la souris.
Certifié ISO 9001 depuis janvier 2008 et NFX50-900 depuis 2014, le TAAM est engagé au quotidien pour apporter à ses clients un service de qualité dans le respect des règles d’éthiques et de bien-être animal auxquelles nous sommes tous attachés. +
La '''Plateforme Humanités Numériques''' (PHUN) est un service de soutien et de promotion de la recherche autour des données qualitatives en Sciences Humaines.
PHUN contribue au développement de la culture des données en sciences humaines et sociales (SHS). Ses objectifs sont :
* '''Soutenir et promouvoir les humanités numériques'''
* '''Assurer un relais efficace avec l'IR* Huma-Num''', dont elle est l’émanation locale.
Elle s'organise autour de plusieurs missions :
* Organiser des '''formations en humanités numériques'''
* Réaliser une veille efficace
* Proposer des solutions techniques simples
* Accompagner la mise en œuvre des projets de recherche
* Développer la '''rédaction de data papers en sciences humaines et rendre disponibles les données de recherche selon les principes FAIR'''
* Renforcer les liens avec les services des Universités de Strasbourg et de Haute Alsace
PHUN accompagne pour acquérir l’autonomie des chercheurs dans leurs projets de recherche utilisant les humanités numériques. La plateforme propose une aide individualisée ou groupée dans :
* La formation à des outils et des méthodes pour optimiser vos travaux
* La recherche de partenaires locaux, nationaux ou européens
* Le développement ou la pérennisation de projets existants : hébergement Huma-Num, Migration technique (Heurist), outil de publication automatisée
* La rédaction de réponses à des appels à projets
* '''La mise en place d’un plan de gestion de données (PGD) pour la structuration, la pérennisation, le stockage et la sécurisation des données''' +
Le PHYTOBS, Réseau d’observation du phytoplancton, s’appuie sur un réseau de 26 sites qui effectuent des suivis réguliers à fréquence bimensuelle et sur le long terme (échelle pluridécennale) des espèces phytoplanctoniques marines. Le PHYTOBS est issu de deux réseaux initiaux d’observations : le REPHY – Réseau d’observation et de surveillance du phytoplancton et des phycotoxines et le SOMLIT – Service d’observation en milieu littoral.
Le PHYTOBS est l’un des réseaux élémentaires de l’Infrastructure de Recherche Littorale et Côtière ILICO et s’appuie sur le pôle ODATIS pour la distribution des données d’observation.
Les suivis PHYTOBS reposent sur la stratégie définie par le SOMLIT : prélèvement d’eau en surface, à pleine mer (pour les sites soumis à la marée), tous les 15 jours. Sont adossés aux prélèvements phytoplanctoniques la mesure de 11 paramètres SOMLIT (température, salinité, oxygène dissous, nitrate, nitrite, ammonium, phosphate, silice dissoute, matière en suspension, chlorophylle a, matières en suspension). Ces observations et analyses sont effectués sous démarche qualité (référentiel qualité du SOMLIT adossé à la norme ISO 17025).
La bancarisation des données s’effectue dans les bases de données primaires PELAGOS (Station Biologique de Roscoff) et Quadrige (Ifremer) avec un portail commun ODATIS d’accès, de visualisation et de distribution des données.
Service National d'Observation (SNO) labélisé. +
Le '''Plateau d’Imagerie Cellulaire (PIC)''' propose aux scientifiques de l'unité et aux laboratoires extérieurs publics et privés, ses '''compétences scientifiques et techniques dédiées à l’imagerie en Biologie de la Reproduction et en Neurobiologie'''.
Il met à la disposition des utilisateurs un parc de microscopes (Microscopes Confocaux, Scanner de lames, etc.) pour étudier des échantillons fixés ou vivants. Des solutions d’analyse d’images (Imaris, Image J, Qupath) complètent ces équipements.
En microscopie photonique, PIC assure des '''missions d'aide à la conception de projets, de formation et d'accompagnement''' des utilisateurs jusqu'à l'autonomie. +
La '''plateforme d'imagerie du CRBS "PIC-STRA"''' a pour but de soutenir les équipes de recherche académiques et privées dans leurs projets en imagerie.
Elle '''met à disposition de ses utilisateurs plusieurs systèmes d’imagerie''' (stéréomicroscope, champ large, confocal) permettant l’observation multi-échelle, du petit animal entier aux détails subcellulaires. Elle fournit différentes solutions pour l’observation d’échantillons fixés et vivants (vidéomicroscopie) et est équipée pour '''le traitement et l’analyse d’images''' (IMARIS, Fiji/ImageJ, ICY, iLastik).
'''Expertises principales en imagerie'''
* stéréomicroscopie, macroscopie
* microscopie à champ large, lumière transmise et fluorescence
* microscopie confocale à balayage par point mono et multi-photonique
* microscopie confocale rapide à disque rotatif (spinning-disk)
* F-techniques (FRAP, FRET, FLIM)
'''Ressources logicielles / bases de données'''
* Logiciel Imaris de Bitplane
* Freewares conventionnels (ImageJ/FIji, ICY, Cell profiler)
* Freewares/librairies basés sur le machine/deep learning (Cellpose, Stardist, Yolo, QuPath, Ilastik) +
La '''plateforme PICMO (Plateforme d'Imagerie Cellulaire et MOléculaire)''' du laboratoire Plateformes mutualisées de l’Institut du médicament est spécialisée dans la '''microscopie optique et électronique'''. Elle offre des outils avancés pour la préparation et l'observation d'échantillons très divers aux échelles micrométrique et nanométrique. Elle est utilisée par des laboratoires académiques ou privés qui font appel à ses services dans des domaines très variés tels que le drug delivery (caractérisation de nanoformulations innovantes, suivi intracellulaire, effets in vivo), la toxicologie environnementale (caractérisation des nanopolluants, voie d’entrée, effets toxiques) ou l’étude des interactions hôte-pathogène.<br>
Elle est labellisée par l'[https://www.inc.cnrs.fr/fr/plateformes-labellisees Institut national de chimie (CNRS Chimie)]. +
En tant que membre du '''consortium DataCite''', '''l’Inist-CNRS''' propose '''l'attribution d’identifiants uniques pérennes DOI (Digital object identifier) aux données de la recherche''' (jeux de données, images, vidéos, audios, textes, logiciels, etc) produits par les institutions et les organismes de recherche en France et dans les pays francophones.
Le service '''PID OPIDoR''' de l'Inist-CNRS assure :
* l'établissement de contrats,
* l'attribution de préfixes,
* l'accompagnement pour la production de '''métadonnées''' en conformité avec le schéma DataCite.
Le DOI joue un rôle clé en assurant l’accès à long terme aux objets scientifiques pour favoriser leur visibilité et citation. +
La '''plateforme de microscopie électronique''' est spécialisée dans l’'''analyse ultrastructurale des molécules biologiques, des cellules et des tissus, depuis la recherche fondamentale à la recherche appliquée'''. Les domaines d’expertise couvrent la description et la caractérisation des tissus normaux et pathologiques, et l’identification et la localisation de protéines. Less techniques sont complémentaires de la microscopie optique traditionnelle et permettent un pouvoir séparateur de l’ordre du nanomètre.
Ce qui est particulièrement important en microscopie électronique, les membres de la plateforme réalisent d'office l'aide à l'analyse, à l'interprétation et à la présentation des résultats et des images. +
Les activités du '''Pôle INstrumentation et TErrain (PINTE)''' se déclinent dans un continuum qui va de la conception au laboratoire en passant par le terrain.
Ces missions sont les suivantes :
* Conception et réalisation d’appareils de terrain
* Déploiement sur le terrain d’Instruments de monitoring
* Gestion et logistique des activité de terrain
* Management technique et humain des missions (accès difficile et/ou moyens techniques complexes)
* Application des règles hygiènes et sécurité
* Instrumentation et expérimentation de laboratoire
* Plateau de prélèvements et de préparation d’échantillons environnementaux (archives naturelles et archéologiques, sols, air, eau)
* Garantir la traçabilité des actions réalisées sur le terrain, des données acquises et des échantillons prélevés.
Pour répondre à celles-ci, il met à disposition un '''atelier de mécanique, un atelier d’électronique, un atelier de litholamellage et une plateforme logistique de terrain''' comprenant un parc nautique (8 embarcations), des équipements de progression sur corde (haute montagne et spéléologie), du matériel de prélèvement et des équipements de protection individuelle. +
PIRATA, Prediction and Research Moored Array in the Tropical Atlantic, est un programme d'océanographie opérationnelle, mis en place en 1997 sous l'égide du programme international CLIVAR (Climate Variability and predictability), dédié à l'étude des interactions océan-atmosphère dans l'Atlantique Tropical et de leur rôle dans la variabilité climatique régionale à des échelles saisonnières, interannuelles ou plus longues.
Mené grâce à une coopération multinationale entre la France, le Brésil et les États Unis, PIRATA maintient un réseau de 18 bouées météo-océaniques en Atlantique Tropical et constitue un réseau d'observations de base pour la prévision climatique et la recherche.
Service National d'Observation (SNO) labélisé. +
La '''Plateforme d’Investigation Technologique''' du CHU Dijon (CIC INSERM 1432) est une plateforme de recherche qui participe à la mise au point, la réalisation et la valorisation d’études académiques et industrielles en lien avec l’évaluation et la prise en charge des incapacités motrices et fonctionnelles. Ces travaux s’inscrivent dans le développement de technologies innovantes dans le cadre de la réadaptation.
Elle se veut un espace d’échanges, d’interfaces et de partenariats scientifiques avec des cliniciens et chercheurs académiques (université, hôpital) mais aussi des entreprises cherchant à développer ou valider des dispositifs médicaux orientés sur les technologies innovantes en santé. +
La plateforme Imageries du Vivant de l’Institut Cochin offre un service d’imagerie in vivo du petit animal. Le site de Cochin dispose d’outils d’échographie du petit animal, (utilisant des appareils d’imagerie ultrasonore haute résolution) et d’imagerie de luminescence (fluorescence et/ou bioluminescence corps entier in vivo).
Prestations :
La plateforme prend en charge les différentes phases du projets d'imagerie in vivo : conseil pour le design expérimental, acquisition et analyse des images et fourniture des résultats. Elle dispose d'équipements permettant d’accueillir les animaux pour la durée de l’étude.
La plateforme fait partie de la Plateforme Imageries du Vivant (PIV) de l'Université Paris Cité, qui regroupe au niveau universitaire toutes les modalités d’imagerie pré-clinique (µIRM, µCT, µTEP, iRPE, …) ainsi que quelques modalités de recherche en imagerie clinique. +
'''La plate-forme PIXANIM''' ('''Phénotypage par Imagerie in/eX vivo de l’ANImal à la Molécule''') accompagne dans l'exploration fonctionnelle des différents systèmes biologiques d'un animal allant de l'animal entier jusqu'à la biomolécule en passant par toutes les échelles intermédiaires.
PIXANIM propose des stratégies avec de multiples modalités d'imagerie et d'analyses moléculaires pour phénotyper finement ces systèmes biologiques et caractériser les mécanismes explicitant ces phénotypes.
PIXANIM est intégrée à l'Infrastructure de Recherche (IR) nationale [[LiPh@SAS|LiPh4SAS]] (Livestock Phenotyping for Sustainable Agro ecoSystems) offrant '''des services de phénotypage pour les animaux d'élevage (bovins, petits ruminants, porcs et poissons)'''. +
La '''PLAteforme expérimentale NAtionale en écologie AQUAtique''', '''PLANAQUA''', est une infrastructure de recherche axée sur l’étude écologique expérimentale des systèmes aquatiques continentaux.
PLANAQUA fournit à la communauté scientifique en France et au niveau international l’accès à un ensemble d’équipements expérimentaux avec un haut niveau d’instrumentation comprenant :
*Des '''microcosmes aquatiques''' avec un volume de quelques litres à plusieurs dizaines de litres pour des expériences en laboratoire
*Des '''mésocosmes aquatiques''' avec un volume de plusieurs centaines de litres à plusieurs mètres cubes pour des expériences en plein air
*Des '''lacs artificiels''', d’un volume de 750 m3, équipés d’une instrumentation automatique, permettent aux chercheurs de travailler dans des conditions très proches de la nature
*Des '''instruments et outils d’analyse''' dédiés à la microbiologie de l’eau et à la bio-géochimie. +
La '''Plateforme Ligérienne d’Analyse de la Structure et de la Surface des MATériaux (PLASSMAT)''' regroupe et mutualise les équipements et compétences techniques de l’Institut des Matériaux de Nantes Jean Rouxel (IMN).<br>
Dédiée à l’analyse de la composition, de la structure et des surfaces des '''matériaux''', elle permet de déterminer leur structure à différentes échelles, offrant une compréhension approfondie des propriétés des matériaux.<br>
PLASSMAT propose une '''caractérisation''' multi échelle détaillée, à l’aide de techniques complémentaires. Ses équipements permettent d’étudier les matériaux dans de nombreux domaines. +
'''PLATINOM, la PLATeforme de technologie et d'INstrumentation pour l'Optique et les Microondes''', est le centre de ressources technologiques d'XLIM. PLATINOM rassemble un ensemble de moyens expérimentaux de caractérisation et de fabrication, et des équipes qualifiées qui assurent le fonctionnement et le développement de la plateforme.
PLATINOM regroupe 6 domaines d’activités :
* Fibrage
* Synthèse de matériaux et procédés pour fibres optiques
* Sources lasers, Caractérisation de rayonnements et Imagerie optique avancée
* Technologie Circuits - Électronique Imprimée
* Instrumentation Circuits
* Instrumentation Électromagnétique +