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O
Structure collaborative de recherche, l’'''Observatoire des Sciences de l’Univers de Grenoble, OSUG''', œuvre dans tous les domaines des Sciences de l’Univers, de la planète Terre et de l’Environnement : astrophysique, planétologie, géophysique, climatologie, hydrologie, glaciologie, écologie....
Une mission particulière de l’OSUG est la '''réalisation d’observations continues et systématiques de la Terre et de l’Univers''', activité nécessaire pour la compréhension des phénomènes naturels et de l’impact de l’activité humaine. En association avec d’autres instituts (CNRS Écologie & Environnement) et organismes de recherche nationaux et internationaux, les équipes développent des instruments d’observation (télescopes au sol et embarqués, réseaux de suivi sismologique, atmosphérique, hydrométéorologique...) ou de mesure en laboratoire (spectrométrie optique et X, bassins à houle...), en assurent l’utilisation via des campagnes ou en support à la communauté utilisatrice, gèrent de grandes bases de données et en réalisent la diffusion.
L’OSUG assure la '''mise en œuvre d’outils communs''' (centre de calcul, base de données, système d’information géographique, moyens géochimiques ...)
et d'''e plateformes technologiques''' (hall d’intégration, plateformes Envirhonalp, plateforme tournante Coriolis, caractérisation des micro-organismes MOME...) au service de la recherche et des missions d’observation.
L'OSUG fédère deux Unités d'Appui et de Recherche :
* UAR OSUG - UAR832,
* Jardin du Lautaret : découverte et sciences - UAR3370,
et 6 laboratoires (UMR) :
* [[IPAG|Institut de Planétologie et d'Astrophysique de Grenoble]] - IPAG UMR5274,
* [[ISTerre|Institut des Sciences de la Terre]] - ISTerre UMR5275,
* [[IGE|Institut des Géosciences de l’Environnement]] - IGE UMR5001,
* Laboratoire des Écoulements Géophysiques et Industriels (Grenoble) - LEGI UMR5519,
* [[LECA|Laboratoire d'Ecologie Alpine]] - LECA UMR5553,
* [[Edytem|Environnements, Dynamiques et Territoires de Montagne]] - EDYTEM UMR5204.
N
Suite à l’incendie qui a frappé '''la cathédrale Notre-Dame de Paris''', le Ministère de la Culture s’est rapproché du Centre national de la Recherche Scientifique (CNRS) pour coordonner '''un chantier scientifique''' qui soit l’occasion de nouvelles découvertes en parallèle du chantier de restauration.
Neuf groupes de travail thématiques ont été mis en place :
* Acoustique,
* Bois et charpente,
* Décors monumentaux,
* Émotions et mobilisations,
* Métal,
* Données Numériques,
* Pierre et mortier,
* Génie civil et calcul de structures,
* Verre.
Ils rassemblent des scientifiques de nombreuses disciplines : archéologues, historiens, historiens de l’art, anthropologues, physiciens, chimistes, ingénieurs, informaticiens…
L’objectif du groupe de travail « '''Données numériques''' » est de construire '''un système d’information''' en menant des activités de recherche et de développement autour de 4 aspects complémentaires :
* la collecte et l’intégration des données numériques existantes ;
* la production de nouvelles données ;
* leur partage et archivage sur le long terme ;
* leur structuration et enrichissement sémantique.
Un écosystème pour l'analyse et la mémorisation multi-dimensionnelle a été développé sous le nom de n-Dame.
S
Surval permet de '''consulter et télécharger les données quantitatives et qualitatives relatives aux eaux marines et littorales''' à l’aide d’outils web cartographique et graphiques interactifs. Ces données sont issues de la base de données [https://envlit.ifremer.fr/Quadrige-la-base-de-donnees Quadrige] et mises à jour quotidiennement.
La base de données Quadrige contient des résultats sur des paramètres physiques, chimiques, biologiques de description de l'environnement marin et de la ressource conchylicole, ainsi que sur l’observation des déchets. Quadrige a été désigné système d’information de référence sur les eaux littorales par le ministère de l’environnement dans le cadre du Système d’Information sur l’Eau. +
Swomed, une solution logicielle innovante au service des études fondamentales, précliniques et cliniques pour la gestion des données de recherche tout au long de leur cycle de vie.
Swomed permet de garantir la traçabilité des études tout en offrant une plateforme collaborative et sécurisée. Notre solution est bâtie sur une infrastructure informatique mature et validée depuis plus de 20 ans dans le domaine de l’industrie ce qui assure sa fiabilité et sa pérennité.
Sa structure ouverte permet de valoriser les informations en intégrant tous types de logiciels de visualisation et de traitement ainsi que des passerelles vers des solutions de « Machine Learning ».
SWOMed est en liens avec les projets [https://rhu-shiva.com/fr/ RHU SHIVA], [https://psy-care.fr/ PsyCARE] et le consortium [https://www.sanofi.fr/fr/Actualites/communiques-et-dossiers-de-presse/Consortium-PACIFIC PACIFIC]
Publications scientifiques : https://doi.org/10.1016/j.jbi.2022.104007, https://doi.org/10.3389/fict.2016.00035 +
T
TEFOR Paris-Saclay a pour ambition de faciliter l’accès aux organismes modèles aquatiques pour la recherche fondamentale et appliquée. Les modèles développés par TEFOR Paris-Saclay sont les poissons, en particulier le poisson zèbre, et les xénopes.
Les services proposés par TPS sont : Hébergement d’animaux, production de lignées d’intérêt par édition du génome, phénotypage par imagerie d’échantillons fixés de grande taille, ainsi qu'un appui pour la gestion et l’analyse de ces données d’images.
Sa recherche technologique s'axe notamment sur le raffinement des méthodes d'édition du génome (prime editing). TPS développe aussi des bases de données d'images : atlas avec cerveaux standardisés (modèle poisson zèbre mais aussi drosophile dans le cadre de l'infrastructure TEFOR). TPS s’attache également à développer ou adapter des solutions de visualisation gratuites et faciles d’utilisation d'images 3D de grandes tailles.
Enfin, TPS organise des formations sur les modèles et technologies dont elle est experte. Afin d’être toujours en adéquation avec les besoins de la communauté. +
TEFOR est une infrastructure distribuée composée de 11 partenaires : des plateformes et laboratoires experts associés pour fournir des services intégrés en '''édition du génome''', '''transgénèse''', '''mutagenèse''', et '''phénotypage par imagerie''' chez deux '''organismes modèles''' : le '''poisson-zèbre''' et la '''drosophile'''.
Pour servir la communauté française, européenne et internationale, TEFOR développe un point d'accès unique pour un ensemble de services intégrés :
*Un service distribué pour la création de lignées modifiées via le système CRISP-R/Cas9
*Des services de transgénèse innovants
*Des services de phénotypage par imagerie, à basse ou haute résolution, 2D/3D/4D (3D+T)
*L'archivage des images dans des bases de données dédiées, avec une navigation aisée via une interface web conviviale.
Les données d'imagerie sont stockées sur des serveurs spécifiques de TEFOR. Certaines données peuvent être en libre accès (ressources gratuites) et d'autres restreintes (pour certains usagers dans le cadre de services). +
TERRA FORMA est un projet d’équipement structurant pour la recherche (Equipex +) qui découle du PIA 3 (Plan d’Investissement d’Avenir national). Son objectif est de changer complètement de paradigme dans la stratégie d’observation des systèmes naturels anthropisés. À ces fins, il utilise deux leviers identifiés par la '''communauté scientifique pour transformer les outils et méthodes d’observation actuels''' : le recours à l’interdisciplinarité et le déploiement d’une approche holistique, à une échelle pertinente pour une recherche et une action territorialisée.
Le projet TERRA FORMA repose sur un large spectre de disciplines mobilisées à travers 42 laboratoires et organismes de recherche publique. Le but du projet réside dans le fait de faire progresser les connaissances et technologies aux interfaces des disciplines au service des Infrastructures de Recherches sur les socio-écosystèmes et la zone critique (RZA et OZCAR, qui tous deux constituent le réseau eLTER France) et au bénéfice d’une science ouverte à la portée des acteurs du territoires (décideurs, citoyens…)
TERRA FORMA produit '''des outils''' (capteurs, méthodes, modèles, etc.) et '''des connaissances''' (formation, études, etc.) sur les territoires et auprès de ses acteurs (entreprises, élus, associatifs, citoyens). Le projet se concentre sur quatre enjeux clés : '''le capital sol''', '''la ressource en eau''', '''la pression chimique''', '''la biodiversité et l’intégrité des paysages'''. +
Telma, Traitement électronique des manuscrits et des archives, a pour but d’offrir à la communauté des chercheurs conseils et solutions pour la valorisation des sources historiques sur le Web et leur exploitation.
Telma est une '''plate-forme de services''' (de l’aide et conseil jusqu’à la réalisation entière du corpus) et de '''diffusion''' (avec respect des normes et standards, interopérabilité entre les corpus et archivage pérenne des données). Son objectif est de mettre en ligne à la disposition de la communauté scientifique des '''corpus de sources primaires''' et les '''instruments de recherche''' nécessaires à leur exploitation.
TELMA met à la disposition des chercheurs qui le souhaitent une expertise et des outils, afin de les aider à produire eux-mêmes des corpus édités et des outils d’érudition. La structure des corpus publiés est conçue avec les chercheurs, en suivant un modèle TEI de manière assez libre.
Un conseil scientifique valide et encadre les projets en cours de publication ainsi que les choix techniques et scientifiques de la plate-forme. +
TerMEx (Terra Mediterranean eXperiment) constitue l’un des programmes thématiques internationaux de MISTRALS (Mediterranean Integrated Studies at Regional and Local Scales).
Axé sur la géodynamique du bassin méditerranéen, TERMeX vise à mieux comprendre les
interactions existant au sein de '''la lithosphère''' et pouvant avoir des effets à court (séismes, éruptions volcaniques, etc.) ou long terme (accumulation des contraintes, concentration des ressources, etc.). Au travers de l'étude des grands processus géophysiques, TERMeX a pour objectif de fournir des éléments de réponse quant à l'évolution de la dynamique interne (processus de subduction et de tectonique de surface) en réponse aux variations climatiques.
TerMEx database contient '''les données produites ou utilisées''' lors du '''programme TerMEx'''.
'''La TerMEx database n'est plus accessible mais les données restent consultables via la [[MISTRALS database|MISTRALS Database]].''' +
C
The '''Center for Neural Informatics, Neural Structures, and Neural Plasticity (CN3)''' poursuit des avancées fondamentales en neurosciences en encourageant les '''approches neuro-informatiques et computationnelles de la neuroplasticité et de la neuro-anatomie'''.
Les chercheurs du CN3 étudient la '''relation entre la structure, l'activité et la fonction du cerveau, du niveau subcellulaire au niveau du réseau, en se concentrant particulièrement sur les mécanismes biophysiques et biochimiques de l'apprentissage et de la mémoire'''. À long terme, ils cherchent à créer des modèles de réseaux à grande échelle, biologiquement plausibles, de parties entières du cerveau des mammifères, comme l'hippocampe, afin de comprendre les circuits neuronaux et les événements cellulaires qui sous-tendent l'expression, le stockage et la récupération de la mémoire associative. +
T
Theia/OZCAR-SI est le Système d'Information commun au pôle de données Théia et à l'IR OZCAR, portant sur les données in situ des Surfaces continentales.
L’objectif du Système d’Information Theia/OZCAR est de rendre visible l’ensemble des données in-situ d’observation des surfaces continentales collectées par les organismes de recherche français et leurs partenaires en France et à l’étranger.
Plateforme de services et de données, Théia/OZCAR6SI propose un portail unique dédié aux données d’observation in situ des surfaces continentales. +
U
UNICOG est un laboratoire dont l'objectif est d''''étudier les bases cérébrales des fonctions cognitives, chez l'homme sain et chez des patients atteints de maladie neurologique''', en développant et en exploitant les méthodes de neuro-imagerie conjointement à l'utilisation de paradigmes expérimentaux issus de la psychologie cognitive. Les outils employés sont l'imagerie par résonance magnétique fonctionnelle (IRMf) ainsi que la magnéto- et électroencéphalographie (M/EEG).
Le laboratoire se compose de cinq équipes :
* Langages du cerveau
* Neuroimagerie du développement
* Neuro-modulation
* Cognition et Dynamique cérébrale
* Le cerveau computationnel
Les recherches s'articulent autour de plusieurs grands thèmes : la conscience, la lecture, le calcul, le développement du cerveau du bébé et de l'enfant, le langage, la dyspraxie ou l'altération de la capacité à exécuter de manière automatique des mouvements déterminés, l'étude des dynamiques cérébrales, ainsi que le lien entre cognition et génétique. +
J
Une '''plateforme JupyterHub''' est proposée par le [[GRICAD]] pour développer des '''notebooks'''. Elle se base sur le '''logiciel libre Jupyter (pour Julia, Python et R)''' et permet de travailler de '''manière collaborative'''.
Les notebooks Jupyter permettent, à travers une interface web, '''de développer, documenter, exécuter du code dans différents langages'''. Ce sont donc des environnements de '''travail interactif''', accessible via un navigateur web.
Ils contribuent donc à une '''meilleure transparence et reproductibilité des codes'''. +
L
Unité Mixte de Recherche du CNRS et de l’Université Savoie Mont Blanc, le '''Laboratoire d'Annecy de Physique des Particules (LAPP)''' fait partie de Institut National de Physique Nucléaire et de Physique des Particules (IN2P3).
C’est au sein de collaborations internationales que les équipes du LAPP poursuivent des programmes expérimentaux auprès des '''grands instruments dédiés à l’étude de la physique des particules élémentaires et à l’observation et la détection de signaux cosmiques et de particules'''.
Ces expériences très complexes ont une durée de vie pouvant atteindre plusieurs décennies et font appel à des technologies de pointe dans les '''domaines de l’électronique, de l’informatique et de la mécanique'''. Elles génèrent aussi des flux importants de données que le LAPP, grâce à son '''expertise numérique et informatique''', contribue à stocker et analyser.
Les chercheurs du LAPP s’impliquent dans des expériences du CERN (Atlas, LHCb). Ils travaillent à la compréhension des neutrinos (STEREO, SuperNemo et Dune), de la physique des astroparticules (AMS, HESS, CTA), la compréhension de l’énergie noire (LSST), la confirmation de l’existence des ondes gravitationnelles (Virgo). L’activité du laboratoire est structurée en diverses phases : définition, conception et construction de l’appareillage, acquisition des données, analyse et interprétation des résultats. La réalisation des détecteurs s’appuie sur le savoir-faire et les compétences en électronique, mécanique et informatique.
Coordinateur international du projet [https://projectescape.eu ESCAPE] qui est axé sur le développement de solutions pour la gestion FAIR de grands ensembles de données, en lien avec l’[https://www.eosc-portal.eu European Open Science Cloud]. Il s’agit de rendre disponibles, en accès ouvert, notamment toutes les données scientifiques et les algorithmes pour leur interprétation et analyse.
Le LAPP coordonne le projet international OSCARS (Open Science Clusters’ Action for Research & Society), dont l’objectif est de favoriser l’adoption de la science ouverte en Europe. Projet financé par l’Union européenne dans le cadre du programme Horizon Europe et coordonné par le CNRS via le LAPP, OSCARS rassemble des grandes infrastructures de recherche représentant les différents domaines de la recherche scientifique européenne et a pour objectif de soutenir la création de services de données scientifiques interdisciplinaires et de pratiques de travail durables conformes aux principes FAIR.
I
Unité d'appui à la recherche du CNRS et de l'INHA, le laboratoire '''InVisu''' conduit une '''activité de veille, d’accompagnement, d’expérimentation et de conseil''' en matière d’'''acquisition, de traitement et de mise à disposition de l’information visuelle et textuelle en histoire de l’art''' à l’ère numérique.
InVisu met à profit les '''outils du numérique''' pour accompagner les renouveaux méthodologiques en histoire de l’art comme dans les sciences sociales en général, prêtant une attention particulière à la matérialité et à l’inscription dans la société des objets visuels, décoratifs, usuels et architecturaux. Le laboratoire s’attache également à observer les circulations à l’échelle locale comme internationale des artefacts, des acteurs et des formes.
L'équipe propose '''des formations pour accompagner la communauté des chercheurs et ingénieurs''' dans le numérique et la science ouverte. +
V
VRP-REP est un '''entrepôt de données librement accessibles''', dédié aux '''problèmes de tournées de véhicules'''. Les utilisateurs peuvent consulter ou déposer des exemples de problèmes-types ainsi que leur(s) solution(s). Pour signaler un nouveau cas, il est préconisé d’utiliser le schéma XML établi par VRP-REP. +
VirHostNet 3.0 est un '''système d'information de bioinformatique dédié à la biocuration, à l'intégration des données, à l'analyse reproductible''' au niveau des systèmes et à la visualisation du réseau d'interactions protéine-protéine virus/hôte basé sur la théorie des graphes. Il modélise l'interactome virus/hôte sous la forme d'un graphe non orienté pour la visualisation et l'exploration des données.
'''Les données de VirHostNet sont FAIR''' et ce service est reconnu comme une ressource COVID-19 par Elixir bio.tools, FAIRsharing.org ainsi que par l'European Virus Bioinformatics Center. +
W
WURM Project a pour objectif de construire une '''base de données en libre accès des spectres Raman calculés pour les minéraux'''. En effet, elle fournit pour chaque minéral les spectres Raman calculés avec la position du pic et l'intensité, mais aussi la fréquence, l'affectation de la symétrie et les schémas de déplacement atomique pour tous les modes vibrationnels du centre de la zone et donne les tenseurs Raman.
L’utilisateur de la base peut, grâce à un tracé interactif des spectres Raman, '''visualiser à la fois les spectres monocristallins et les spectres de poudre mais également les personnaliser en les redimensionnant, en les colorant, etc'''.
WURM Project contient également des tableaux statiques pour présenter les informations sur la structure cristalline, pour lister la fréquence et l’identification de symétrie des différents modes dans le centre de zone et pour rapporter les tenseurs Raman. Des animations interactives basées sur jmol illustrent les modèles de déplacement atomique des différents modes.
'''Les données calculées à l'aide du logiciel, sous licence libre, ABINIT et collectées peuvent être téléchargées librement'''. Elles constituent des normes pour les minéralogistes, les géoscientifiques et les gemmologues pour l'identification des minéraux sur terre et pour l'exploration planétaire. +
X
XLIM est un Institut de Recherche pluridisciplinaire localisé sur plusieurs sites géographiques à Limoges et à Poitiers.
XLIM est une unité mixte de recherche dont le savoir-faire est centré sur l'électronique et les hyperfréquences, l'optique et la photonique, les mathématiques, l'informatique et l'image, la CAO, dans les domaines spatial, des réseaux télécom, des environnements sécurisés, de la bio-ingénierie, des nouveaux matériaux, de l'énergie et de l'imagerie.
L’institut XLIM est structuré autour de 3 pôles scientifiques :
* Electronique ;
* Photonique fibre et sources cohérentes ;
* Mathématiques, Informatique, Image. +
XMM-Newton (rayons X Mission Multi-miroirs) est un observatoire de l'Agence Spatiale Européenne, lancé le 10 décembre 1999 de la Guyane Française par une fusée Ariane 504. Cet observatoire détecte les rayons X, une forme de lumière très énergétique.
Le Survey Science Centre d'XMM-Newton est un consortium de 10 instituts européens nommé par l'Agence Spatiale Européenne. Il est mené par l'Institut de Recherche en Astrophysique et Planétologie à Toulouse en France. Le consortium a pour but d'accomplir quatre tâches concernant les données provenant de l'observatoire XMM-Newton. Ces tâches sont la fourniture des logiciels nécessaires pour traiter et analyser les données d'XMM-Newton, le traitement de l’ensemble des données, la construction de catalogues de sources X détectées par l’observatoire et l’analyse scientifique pour tenter de comprendre la nature de ces sources.
Centre de données et de services, XMM-Newton / SSC est labellisée en tant que Service National d’Observation (SNO) de l’Action Nationale d’Observation N°5 de CNRS Terre & Univers (ANO5). +