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U
Les services à la recherche proposés par l'Université Savoie Mont Blanc regroupent la documentation numérique et les archives ouvertes.
Il propose de l'information, de la formation, et un accompagnement à l'utilisation des ressources documentaires, au dépôt dans l'archive ouverte institutionnelle [http://hal.univ-smb.fr/ HAL USMB] ainsi qu'une '''aide à la rédaction du plan de gestion de données'''. +
R
Les spectromètres de la '''plateforme RMN Hauts champs Paris-Saclay''' (600 MHz à 950 MHz) , '''RMNHC@UPSay''', sont gérés par '''l’équipe « RMN, Biologie et Chimie Structurales » de l’Institut de Chimie des Substances Naturelles (ICSN) du CNRS'''.
'''Domaines principaux d’application''' :
* Principalement RMN liquide mais aussi RMN de la matière molle et solide.
* Structure, dynamique et interactions des macromolécules biologiques : protéines de grande taille, protéines intrinsèquement désordonnées, changements structuraux, états multiples, modifications post-traductionnelles, interactions protéines/acides nucléiques/ligands.
* Substances naturelles, mélanges complexes, petites molécules / membranes, liposomes, micelles, fibres, résines.
'''Expertise en méthodologie RMN''' :
* RMN rapide (BEST, SOFAST…), Méthodes d’échantillonnage non linéaire ou de projection, Expériences triple résonance 3D, 4D pour protéines et acides nucléiques, Relaxation et Dispersion de Relaxation, Couplages Dipolaires Résiduels, RMN des méthyls, Interactions Protéines ligands, DOSY, haute pression.
* Développement de séquences d’impulsion.
Analyse et interprétation de données : Programmation logicielle, calculs (MATLab, Python, HADDOCK, CYANA, ARIA)
* Production d’échantillons protéiques pour la RMN / Culture cellulaire
* '''Expertise en production de protéines recombinantes marquées aux isotopes''' (15N/13C/2H) en bactéries et en cellules d’insectes. Mise à disposition de protocoles sur demande.
Dans le cadre de l’infrastructure de recherche '''Infranalytics''', l’ICSN met à disposition des acteurs académiques et industriels un accès, une expertise scientifique et un support technique à un équipement pour la Résonance magnétique nucléaire à très hauts champs (RMN – THC) '''le spectromètre RMN 950 MHz'''.
U
Les structures de recherche de l’Université de Bordeaux sont réparties sur 11 départements dans un même domaine scientifique :
* Département CHANGES, Sciences sociales des changements contemporains ;
* Département Evaluation, Comportements, Organisations ;
* Département Droit et transformations sociales ;
* Département Bordeaux Neurocampus ;
* Département Sciences biologiques et médicales ;
* Département Santé publique ;
* Département Sciences et technologies pour la santé ;
* Département Sciences de l’environnement ;
* Département Sciences de l’ingénierie et du numérique ;
* Département Sciences de la matière et du rayonnement ;
* Département Sciences archéologiques .
En 2021, l'Université de Bordeaux adopte [http://bibliotheques.u-bordeaux.fr/Soutien-a-la-recherche/Science-ouverte-l-engagement-de-l-universite2 une feuille de route pour la science ouverte].
Le service transversal du soutien à la recherche de la '''Direction de la Documentation''' de l’Université de Bordeaux porte les nouvelles thématiques de l’Information Scientifique et Technique (IST) avec 3 priorités : soutien aux Ecoles Doctorales, visibilité de la recherche, développement de l’'''Open Access'''.
I
Les thématiques scientifiques de '''l’équipe de microscopie électronique de l’IPCMS''', '''Institut de Physique et Chimie des Matériaux de Strasbourg''', portent sur '''l’étude des nanomatériaux et des nanostructures''' élaborées dans l’institut ou dans les laboratoires partenaires, afin de corréler leurs caractéristiques structurales, morphologiques et de structure électronique à leurs propriétés d’intérêt (magnétiques, optiques, catalytiques).
Les techniques de prédilection utilisées sont l’imagerie à haute résolution en mode balayage couplée à la cartographie chimique, la tomographie électronique dans ses différents modes et '''la microscopie in-situ à haute température ou sous potentiel électrique'''. Depuis quelques années, l’équipe développe des approches de '''microscopie environnementale sous gaz à haute température et pression atmosphérique''', afin d’étudier les processus dynamiques au niveau de catalyseurs durant les réactions catalytiques ou les phénomènes de croissance et réorganisation des nanostructures. Une autre spécificité récemment implémentée de la plateforme est la possibilité de réaliser des expériences de '''microscopie électronique avec des impulsions ultrabrèves d'électrons'''. La microscopie résolue en temps peut résoudre la dynamique structurale des nano-objets et des nanostructures jusqu'à l’échelle de la picoseconde, en associant résolution spatiale et résolution temporelle pour l'étude des processus physico-chimiques réversibles ou irréversibles.
La plateforme MET (microscopie électronique en transmission) de l’IPCMS est membre du réseau national de microscopie électronique et sonde atomique (METSA). +
U
Les travaux de recherche à l’Université de la Nouvelle-Calédonie (UNC) ont un fil conducteur « Valorisation et accompagnement des mutations des diversités physique et vivante, sociale et institutionnelle de la Nouvelle-Calédonie » en phase avec les objectifs posés par le Consortium de coopération pour la recherche, l’enseignement supérieur et l’innovation en Nouvelle-Calédonie (CRESICA).
Les axes de recherche de l’UNC :
* La diversité et le pluralisme des environnements
* L’amélioration de la santé
* L’accompagnement de l’évolution sociale et institutionnelle +
C
Les équipes CNES/GS et CLS traitent les données GPS et GNSS du [http://www.igs.org/network réseau permanent de stations de l’IGS]. Ces équipes déterminent des orbites et des horloges des satellites GNSS et des coordonnées des stations du réseau international GNSS du Service international GNSS (IGS) de l'AIG.
Le centre d'analyse IGS met à disposition des produits d'analyse et des données d'observation. +
L
Les équipes de recherche du '''laboratoire de physique corpusculaire de Caen''', '''LPCC''', se consacrent à la recherche fondamentale dans le domaine de la physique subatomique et à la recherche appliquée dans le domaine de l'aval du cycle électronucléaire (transmutation des déchets nucléaires) et dans le domaine de l'hadronthérapie (traitement de cancers à l’aide de faisceaux d’ions). +
Lexique est une base de données lexicale qui fournit, pour 140 000 mots de la langue française, notamment les '''fréquences d’occurrences dans différents corpus, la représentation phonologique, les lemmes associés, le nombre de syllabes, la catégorie grammaticale, et bien d’autres informations'''. +
LiPh@SAS est une infrastructure dédiée au phénotypage des animaux d’élevage (bovins, petits ruminants, porcins, poissons). L’infrastructure a également une mission d’innovation technologique, notamment pour la mise au point de méthodes non invasives, d’alternatives à l’expérimentation animale, de formation et de transfert de technologies. Elle a de nombreux liens avec les instituts
techniques agricoles (collaborations scientifiques, unités mixtes technologiques, conventions...).
Infrastructure dotée d’une politique de données FAIR en application. Les données validées et décrites sont publiées sur un entrepôt de données https://data.inrae.fr +
Licorne, framework logiciel pour le traitement automatisé et la qualité de la donnée d’observation. Licorne est une plateforme de gestion et de traitement des données et des métadonnées des instruments. C’est un ensemble de composants logiciels cohérents entre eux écris en langage Python, librairies et environnement de gestion et de traitement des données Lidar au sol et séries temporelles, systèmes de workflows, apportant à l’utilisateur une surcouche métier à l’univers «Scientific Python».
Ce logiciel permet de :
*Gérer et transformer la données d'observation
*Faciliter l'intégration et le partage des algorithmes de traitement expert
*Créer des chaînes automatisées de traitement à la demande
*Intégrer des contrôles qualité
*Favoriser l’exploitation de formats et conventions standards +
Lifemap est un outil permettant d'explorer l'arbre de la vie (Tree of Life), c'est à dire les liens évolutifs entre toutes les espèces du monde vivant. La visualisation est inspirée des outils de cartographie actuels : l'exploration se fait en zoomant dans l'image et en se déplaçant. Cliquer sur les nœuds et les feuilles de l'arbre permet d'avoir accès à la fiche Wikipedia correspondante, qui inclue éventuellement une photographie. Lifemap permet aussi de calculer des 'routes' ou des 'itinéraires' dans l'arbre de la vie.
Une version grand public de l'arbre représenté contient 800 000 espèces. C'est une version simplifiée de la taxonomie proposée par le NCBI (National Center for Biotechnology Information). D'autres versions de l'arbre peuvent être explorées avec Lifemap reprenant l'ensemble de la taxonomie du NCBI.
Lifemap a été créé par Damien de Vienne, un chercheur CNRS travaillant au Laboratoire de Biométrie et Biologie Évolutive (LBBE) à Lyon, avec le soutient du pôle informatique du laboratoire. +
Localisée à l’Institut Européen de Génomique du Diabète (EGID) sur le site du CHRU de Lille, la '''plateforme lilloise LIGAN-PM est dédiée au séquençage de nouvelle génération''' (Next Generation Sequencing – NGS) '''de l’exome, du génome et du transcriptome humain''' pour une médecine personnalisée, et inclut aussi d’autres technologies de pointe (génotypage, microfluidique…).
La plateforme a développé des protocoles adaptés à la '''recherche en génétique des maladies humaines'''. Ceci à des fins de diagnostic étiologique des maladies génétiques rares ou fréquentes et de médecine personnalisée.
LIGAN-PM est un outil de collaboration scientifique de haute expertise en génétique humaine et une plateforme de service ouverte aux organismes publics et privés.
L’équipe est constituée de plusieurs groupes : un groupe de biologistes pour le développement et l’application de protocoles, un groupe expérimenté en bioinformatique pour l’analyse des données à l’issue du séquençage, un groupe bio-statistique et un groupe pour le management des ressources informatiques afin de gérer les analyses bioinformatiques et de stoker les données générées pendant la durée du projet, et au-delà.
La plateforme met en place la '''certification [https://ligan.good.cnrs.fr/qualite/ ISO 15189]'''. +
A
L’'''Agence bibliographique de l’enseignement supérieur''' ('''Abes''') met à la disposition des établissements de l’enseignement supérieur et de la recherche (ESR) une gamme '''d’outils et de services dédiés au signalement et à l’administration des ressources documentaires disponibles dans leurs bibliothèques'''.
Les données produites collectivement par les établissements membres des réseaux documentaires de l’ESR sont en accès libre à partir de 4 interfaces de recherche :
* '''Sudoc''' : le catalogue recense l’ensemble des ressources documentaires disponibles dans les 3 500 bibliothèques membres des réseaux Sudoc/Sudoc PS.
* '''theses.fr''' : le moteur de recherche donne accès aux métadonnées descriptives des thèses de doctorat françaises, soutenues ou ayant le statut « en préparation ».
* '''Calames''' : le catalogue recense et décrit dans un format approprié les archives et manuscrits disponibles dans les bibliothèques de l’ESR.
* '''IdRef''' : le référentiel IdRef permet l’accès aux données d’autorité produites par les bibliothèques membres des réseaux documentaires (Sudoc, Calames et Thèses) et dans le cadre de nombreux partenariats institutionnels.
L’Abes accompagne les professionnels des établissements membres de ses réseaux pour ce qui relève de leur activité de signalement bibliographique (formation, assistance, coordination de chantiers qualité, migrations de données…).
Afin d’accompagner les professionnels des réseaux documentaires de l’ESR, l’Abes déploie différentes stratégies :
* La formation des usagers professionnels (en ligne et à distance)
* Le partage d’informations via différents forums de discussion et via la lettre mensuelle "L’actu des Réseaux"
* La publication de la revue trimestrielle Arabesques
* L’organisation annuelle des Journées Abes et de différentes journées professionnelles dédiées (journées Sudoc PS ; journées d’étude)
* Le dispositif Abes Tour mis en place pour aller à la rencontre des établissements
L’'''Alliance nationale de recherche pour l'environnement''' '''AllEnvi''' coordonne les programmes de recherche pour relever divers grands défis sociétaux - alimentation, eaux continentales, climat, biodiversité, océan, risques - et anticiper leurs évolutions.
AllEnvi est composée de 12 membres fondateurs (BRGM, CEA, Cirad, CNES, CNRS, France Universités, Ifremer, Ineris, Inrae, IRD, Météo-France, Muséum national d’histoire naturelle) et 11 membres associés (Andra, Anses, CDEFI, Cerema, CGE, IFPEN, IGN, Inria, IRSN, LNE, Shom).
Allenvi mobilise cette communauté pluridisciplinaire afin de couvrir 7 thématiques de recherche : Sols, Plantes, Océan, Animaux, Terre solide, Atmosphère, Eaux continentales.
AllEnvi ne propose pas de données mais regroupe des institutions qui proposent. +
L’'''Andra''' est une agence publique et scientifique placée sous la tutelle des ministres chargés respectivement de l'énergie, de la recherche et de l'environnement.
Elle est chargée de la '''gestion à long terme des déchets radioactifs produits en France'''.
Dans le cadre de cette mission, l'Andra met son expertise et son savoir-faire au service de l'État pour : '''trouver, mettre en œuvre et garantir des solutions de gestion sûres pour l'ensemble des déchets radioactifs français''' afin de protéger les générations présentes et futures du risque que présentent ces déchets.
Son activité se décline en 9 missions :
* '''Recenser & connaitre les déchets'''
* '''Prendre en charge les déchets'''
* '''Concevoir des centres'''
* '''Surveiller les centres'''
* '''Études et recherches'''
* '''Assainissement et collecte'''
* '''Informer et dialoguer'''
* '''Conserver et transmettre la mémoire'''
* '''Diffuser le savoir-faire à l’international''' +
L’'''Assistance publique - Hôpitaux de Marseille''', '''AP-HM''', est un '''centre hospitalier universitaire''' qui regroupe 4 hôpitaux. C’est un service public de santé doté de plusieurs missions : le soin, la formation, la recherche ainsi que la prévention et l’éducation à la santé. +
L’'''Assistance publique - Hôpitaux de Paris''', '''AP-HP''' est '''un centre hospitalier universitaire''' qui regroupe 38 hôpitaux situés sur Paris et l’Ile de France. C’est un service public de santé doté de trois missions : soigner, former, chercher et innover. +
L’'''Atelier de la Donnée Centre-Val de Loire (ADCVL)''' a pour objectif de fournir une expertise en gestion de données aux équipes de recherche de toutes les disciplines scientifiques de la région. Cette expertise se traduit par un '''accompagnement des chercheurs''' dans les différents domaines couverts par l’atelier (entrepôt de données, FAIRisation, plan de gestion de données, etc.), ainsi que par des '''formations et des webinaires'''.
Labellisé '''Atelier de la donnée''' en décembre 2022, il fait partie de l’écosystème '''Recherche Data Gouv''' qui œuvre au partage et à l’ouverture des données de recherche. Il est porté par la Maison des Sciences sociales et des Humanités Val de Loire en partenariat avec les universités d’Orléans et de Tours, le CNRS, BRGM, l’INRAE Val de Loire, l’INSA Centre Val de Loire, l’Inserm Grand Ouest, l’IR* Huma-Num et le Réseau national des MSH. Il est également appuyé par l’OSUC.
Il offre aux 70 unités de recherche et aux 5 écoles doctorales de la région, soit environ 3000 chercheurs et personnels de recherche publique et environ 1300 doctorants, '''une expertise en gestion de données'''. Cette expertise se traduit par un accompagnement des chercheurs dans les différents domaines couverts par l’atelier ainsi que par des formations et des webinaires.
Les services de l’ADCVL se déclinent en 5 axes :
* Accompagnement au dépôt des jeux de données
* Conseils éthiques et juridiques
* FAIRisation des données
* Plan de gestion de données
* Préservation et sécurité des données +
L’'''Atelier de la Donnée du Roussillon ADOR''' s’adresse à l’ensemble des chercheurs, enseignants-chercheurs, doctorants et personnels d'appui à la recherche de l’université de Perpignan Via Domitia et de ses 16 laboratoires de recherche et 3 plateformes. L'objectif est de fournir un soutien et un '''accompagnement''' plus proche des équipes de recherche, tout en s'inscrivant dans une dynamique nationale.
Les services proposés sont :
* Accueil / Orientation / Informations générales sur les données
* Sensibilisation et formation à la gestion et valorisation des données
* Montage et suivi des projets financés
* Accompagnement à la rédaction des plans de gestion de données
* Accompagnement à la sécurisation et au stockage des données
* Accompagnement sur les aspects éthiques et juridiques liés aux données
* Accompagnement à la rédaction de data papers. +
L’'''Atelier de la donnée en Normandie''' (ADN) s'inscrit dans la politique de science ouverte menée par Normandie Université et ses établissements membres. Il a été labellisé '''Atelier de la donnée''' en septembre 2023 et il est depuis financé avec le soutien du Fonds National pour la Science Ouverte. L’ADN est coordonné par l’université de Caen Normandie et fait intervenir des personnels de la documentation, d’appui à la recherche et des ingénieurs des établissements d’enseignement supérieur normands (Université de Caen Normandie, Université de Rouen Normandie, Université Le Havre Normandie, INSA de Rouen Normandie, Normandie Université)
Il propose un '''accompagnement à la rédaction de plans de gestion de données''' qui repose sur la constitution de '''trois guichets de proximité''', positionnés dans chacun des trois principaux sites normands :
* [https://bibliotheque.unicaen.fr/appui-a-la-recherche/donnees-de-la-recherche/guichet-unique/ Data UNICAEN]
* Le [https://bu.univ-lehavre.fr/enseignant-chercheur-doctorant/donnees-de-la-recherche/article/gerer-ses-donnees-de-la-recherche Guichet unique havrais]
* Le [https://documentation.univ-rouen.fr/des-bu-pour-les-chercheurs-768667.kjsp Guichet unique rouennais]
Des ateliers d’aide à la rédaction de PGD sont proposés localement, avec une programmation régulière et des séances à la demande.
L'Atelier de la donnée en Normandie se structure aussi autour d'une offre de formation avec un premier module de formation intitulé « '''Sensibilisation aux données de la recherche – gestion et bonnes pratiques''' » qui aborde les thèmes suivants :
* Contexte et enjeux autour des données de la recherche
* Cycle de vie des données et principes d’ouverture
* Le cadre éthique et juridique des données de la recherche
* La gestion des données au quotidien (métadonnées, stockage, partage et archivage, publier ses données, plans de gestion de données)
Une formation spécifique est dédiée et adaptée aux doctorants. En outre, à compter du début de l’année 2024, deux nouveaux modules de formation, intitulés respectivement « '''Diffuser ses données grâce aux data papers''' » et « '''Les entrepôts de données de recherche''' », seront également proposés par l'atelier.