« PlantBioInfoPF » : différence entre les versions
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|Description=Les activités de la plateforme de bioinformatique des plantes - PlantBioinfoPF sont étroitement liées aux systèmes d’information et à l’étude de l’impact des éléments transposables sur l’évolution des génomes. La plateforme propose à l'INRAE et ses partenaires un support à la publication de données de génétique et génomique des plantes et pathogènes végétaux, ainsi que l’intégration de ces données au système d’information GnpIS. | |Description=Les activités de la '''plateforme de bioinformatique des plantes''' - '''PlantBioinfoPF''' sont étroitement liées aux systèmes d’information et à l’étude de l’impact des éléments transposables sur l’évolution des génomes. La plateforme propose à l'INRAE et ses partenaires un support à la publication de données de génétique et génomique des plantes et pathogènes végétaux, ainsi que l’intégration de ces données au système d’information [[GnpIS]]. | ||
A l’international, PlantBioinfoPF offre un service de portail de recherche aux fédérations de systèmes d’information comme WheatIS. En termes d’analyse des génomes, le service d’annotation des gènes et plus particulièrement des éléments transposables, qui s’appuie sur le pipeline REPET, est également ouvert à l’international. L’ensemble de ces activités sont développées par l’Unité de recherche génomique-info (URGI) à laquelle la plateforme est adossée et s’intègrent dans l’offre de l’Institut français de bioinformatique (IFB), nœud français de l’infrastructure européenne ELIXIR. | A l’international, PlantBioinfoPF offre un service de portail de recherche aux fédérations de systèmes d’information comme [[WheatIS]]. En termes d’analyse des génomes, le service d’annotation des gènes et plus particulièrement des éléments transposables, qui s’appuie sur le pipeline [[REPET]], est également ouvert à l’international. L’ensemble de ces activités sont développées par l’Unité de recherche génomique-info ([[URGI]]) à laquelle la plateforme est adossée et s’intègrent dans l’offre de l’Institut français de bioinformatique ([[IFB]]), nœud français de l’infrastructure européenne ELIXIR. | ||
Expertises et services de la plateforme de bioinformatique des plantes - PlantBioInfoPF : | Expertises et services de la plateforme de bioinformatique des plantes - PlantBioInfoPF : | ||
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*Formation à l'annotation des éléments transposables, à la standardisation de données… | *Formation à l'annotation des éléments transposables, à la standardisation de données… | ||
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|Discipline=Vie & Santé | |Discipline=Vie & Santé | ||
|SousDisciplineVie&Sante=Génétique, "omiques", bioinformatique et biologie des systèmes; Sciences de la vie appliquées, biotechnologie, et ingénierie moléculaire et des biosystèmes | |SousDisciplineVie&Sante=Génétique, "omiques", bioinformatique et biologie des systèmes; Sciences de la vie appliquées, biotechnologie, et ingénierie moléculaire et des biosystèmes |
Version du 14 juin 2021 à 14:30
Type de service | Plateforme de calcul |
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Statut | En production |
Autres noms | Plant Bioinformatics Facility, Plateforme de bioinformatique des plantes |
URL | https://urgi.versailles.inra.fr/Platform/ |
Contact | urgi-contact@inrae.fr |
Localisation | Versailles |
Structure d'appartenance | URGI, IFB |
Tutelles | INRAE |
Cycle de vie des données
Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :
A l’international, PlantBioinfoPF offre un service de portail de recherche aux fédérations de systèmes d’information comme WheatIS. En termes d’analyse des génomes, le service d’annotation des gènes et plus particulièrement des éléments transposables, qui s’appuie sur le pipeline REPET, est également ouvert à l’international. L’ensemble de ces activités sont développées par l’Unité de recherche génomique-info (URGI) à laquelle la plateforme est adossée et s’intègrent dans l’offre de l’Institut français de bioinformatique (IFB), nœud français de l’infrastructure européenne ELIXIR.
Expertises et services de la plateforme de bioinformatique des plantes - PlantBioInfoPF :
- Mise à disposition de ressources de calcul et de stockage,
- Publication et intégration de données FAIR (findable, accessible, interoperable, reusable),
- Développement et maintenance de portails de recherche pour des fédérations de systèmes d’information,
- Annotation de génomes (éléments répétés et transposables),
- Formation à l'annotation des éléments transposables, à la standardisation de données…
Domaines scientifiques :Vie & Santé
Génétique, "omiques", bioinformatique et biologie des systèmes; Sciences de la vie appliquées, biotechnologie, et ingénierie moléculaire et des biosystèmes Thématique et/ou mots clés :
- Plateforme de bioinformatique
Type de données :
Communauté d'utilisateurs : Communauté scientifique de l'INRAE et ses partenaires Usagers et bénéficiaires :Chercheur
Conditions d'usage : Vous pouvez solliciter PlantBioinfoPF par mail à l’adresse urgi-contact@inrae.fr. Des formulaires sont mis à votre disposition sur le site internet de la plateforme pour formaliser less demandes concernant certains services. Les projets sont précisés avec les utilisateurs et arbitrés lors des réunions mensuelles de la plateforme. Les offres de formation de PlantBioinfoPF sont disponibles sur son site internet et diffusées en parallèle par mail sur liste de diffusion.
Conditions tarifaires :
Certification/Label :INRAE CNOC (https://doi.org/10.15454/1.5572414581735654E12)
GIS IBISA (https://www.ibisa.net/plateformes/index.php?sor=0|D&srch=#resultats)
Conditions générales d'utilisation : https://urgi.versailles.inra.fr/Platform/General-Terms-of-Use/Conditions-Generales-d-Utilisation