IDR

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Type de service	Entrepôt de données
	Caractéristiques de l'entrepôt Type d’entrepôt Disciplinaire Type de restriction Soumis à la création d'un compte Hébergement des données UE Identifiant pérenne ✓ Identifiants fournis DOI Identifiants utilisés Formats de fichiers acceptés https://bio-formats.readthedocs.io/en/stable/supported-formats.html mais le format ouvert OME-TIFF est recommandé. Schéma de métadonnées REMBI Licence des jeux de données Creative Commons Conditions d'accès aux données Ouvert, Embargo Modération / Curation Un délai de 3 semaines est nécéssaire entre la soumission et la publication pour effectuer une modération. Des échanges entre les modérateurs et les auteurs sont fréquents. https://idr.openmicroscopy.org/about/submission.html Volumétrie maximale définie Il n'y a pas de limite de volume. Cependant, il faut prendre contact avec l'entrepôt au-delà de 10 To de données. Politique de conservation des données Interopérabilité machine API REST Versioning ✕
Statut	En production
Nom développé	Image Data Resource
URL	https://idr.openmicroscopy.org
Contact	idr@openmicroscopy.org
Localisation	Dundee (Royaume-Uni)
Structure d'appartenance	Dundee University
Identifiants
re3data	10.17616/R3XR0R
Identifiant dans un autre catalogue	https://doi.org/10.25504/FAIRsharing.6wf1zw (FAIRsharing)

Cycle de vie des données

Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :

Documentation

Conservation

Exposition

Réutilisation

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L'Image Data Resource (IDR) est un entrepôt public d'ensembles de données d'images provenant d'études scientifiques publiées, où la communauté peut soumettre, rechercher et accéder à des données de bio-image de haute qualité. Il suit la stratégie d'imagerie Euro-BioImaging/ELIXIR en utilisant les logiciels open source OMERO et Bio-Formats construits par l'Open Microscopy Environment.

Déployé sur un cloud OpenStack fonctionnant sur la ressource Embassy de l'EMBL-EBI, il comprend des données d'images liées à des études indépendantes provenant de cribles génétiques, ARNi, chimiques, de localisation et de contenu géographique élevé, de microscopie à super-résolution et de pathologie numérique.

Domaines scientifiques :Vie & Santé

LS3 Biologie cellulaire, développement, cellules souches et régénération Thématique et/ou mots clés :

• Bioimagerie

Type de données :Imagerie cellulaire et tissulaire humaine, animale et végétale

Périmètre de communauté : ESR, thématique, national, international

Communauté d'utilisateurs : Communauté internationale en bioimagerie

Usagers et bénéficiaires :Chercheurs, Enseignants-Chercheurs, Doctorants

Conditions d'usage :

Conditions tarifaires :

Certification/Label :CoSO (https://www.ouvrirlascience.fr/selectionner-un-entrepot-thematique-de-confiance-pour-le-depot-de-donnees-methodologie-et-analyse-de-loffre-existante/)

Conditions générales d'utilisation :

Services proposés par la structure d'appartenance

Structure	Services proposés
Dundee University	IDR

code unique assigné à un objet de façon permanente (DOI, Handle…).

Digital Object Identifier

Ensemble structuré d’informations décrivant, expliquant et localisant une ressource physique ou numérique

autorisation par laquelle l'auteur d’une œuvre de l’esprit concède certains des droits que lui offre le droit d'auteur quant à l'utilisation, à la modification, à la rediffusion et à la réutilisation de l'œuvre.

période d’exploitation exclusive du jeu de données.

la curation de données consiste à trier, organiser et mettre en forme un ensemble de données, de manière à le rendre exploitable.

capable de communiquer et d’opérer avec d’autres systèmes d’information.

Enseignement Supérieur et Recherche

Comité pour la science ouverte