PDBe

  PDBe

Type de service	Entrepôt de données
	Caractéristiques de l'entrepôt Type d’entrepôt Disciplinaire Type de restriction Soumis à la création d'un compte Hébergement des données UE Identifiant pérenne ✓ Identifiants fournis Identifiant interne (PDB ID) Identifiants utilisés Formats de fichiers acceptés Il est possible d'avoir des informations sur les formats de fichiers ici : https://www.wwpdb.org/documentation/file-format Schéma de métadonnées Licence des jeux de données Conditions d'accès aux données Embargo Modération / Curation Il y a quatre niveaux de validation (préparation, dépôt, annotation, publication) : https://www.wwpdb.org/validation/FAQs Volumétrie maximale définie Politique de conservation des données Les données sont répliquées entre les membres du consortium wwPDB. Les données déposées sont conservées sans limite de temps. Interopérabilité machine Versioning
Statut	En production
Nom développé	Protein Data Bank in Europe
URL	https://www.ebi.ac.uk/pdbe/
Contact	pdbehelp@ebi.ac.uk, https://www.ebi.ac.uk/pdbe/about/contact-us
Localisation	Hinxton (Royaume-Uni)
Structure d'appartenance	EMBL-EBI
Identifiants
re3data	10.17616/R3GW37

Cycle de vie des données

Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :

Conservation

Exposition

Réutilisation

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PDBe (Protein Data Bank Europe) est un entrepôt de biologie qui concerne les données en lien avec la biophysique et les protéines.

PDBe accepte des structures 3D de molécules biologiques (protéines, ADN, ARN).

Domaines scientifiques :Vie & Santé

LS1 Molécules de la vie : Mécanismes biologiques, structures et fonctions Thématique et/ou mots clés :

• Biologie
• Biophysique
• Structures macromoléculaires

Type de données :Données biologiques

Périmètre de communauté : ESR, national, international

Communauté d'utilisateurs : Communauté de chercheurs en biologie

Usagers et bénéficiaires :Chercheur, Enseignant-chercheur, Doctorant

Conditions d'usage : Pour déposer des données il faut créer un compte.

Conditions tarifaires :

Certification/Label :CoSO (https://www.ouvrirlascience.fr/selectionner-un-entrepot-thematique-de-confiance-pour-le-depot-de-donnees-methodologie-et-analyse-de-loffre-existante)

Conditions générales d'utilisation :

Services proposés par la structure d'appartenance

Structure	Services proposés
EMBL-EBI	ENA PRIDe ArrayExpress EGA EMPIAR PDBe

code unique assigné à un objet de façon permanente (DOI, Handle…).

Ensemble structuré d’informations décrivant, expliquant et localisant une ressource physique ou numérique

autorisation par laquelle l'auteur d’une œuvre de l’esprit concède certains des droits que lui offre le droit d'auteur quant à l'utilisation, à la modification, à la rediffusion et à la réutilisation de l'œuvre.

période d’exploitation exclusive du jeu de données.

la curation de données consiste à trier, organiser et mettre en forme un ensemble de données, de manière à le rendre exploitable.

capable de communiquer et d’opérer avec d’autres systèmes d’information.

Enseignement Supérieur et Recherche

Comité pour la science ouverte