RCSB PDB

  RCSB PDB

Type de service	Entrepôt de données
	Caractéristiques de l'entrepôt Type d’entrepôt Disciplinaire Type de restriction Soumis à la création d'un compte Hébergement des données Hors UE Identifiant pérenne ✓ Identifiants fournis DOI, PDB ID Identifiants utilisés ORCID Formats de fichiers acceptés PDBx/mmCIF Schéma de métadonnées Licence des jeux de données Creative Commons Conditions d'accès aux données Ouvert, Embargo, Restreint Modération / Curation Quatre niveaux de validation sont mis en place : préparation, dépôt, annotation, publication. https://www.wwpdb.org/validation/FAQs Volumétrie maximale définie Politique de conservation des données Cet entrepôt existe depuis 1971 Interopérabilité machine API REST, FTP Versioning ✓
Statut	En production
Autres noms	RCSB Protein Data Bank
URL	https://www.rcsb.org
Contact	deposit-help@mail.wwpdb.org
Localisation
Structure d'appartenance	NSF, NLM
Tutelles
Identifiants
re3data	10.17616/R3KK66
Identifiant dans un autre catalogue	https://doi.org/10.25504/FAIRsharing.2t35ja (FAIRsharing)

Cycle de vie des données

Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :

Documentation

Conservation

Exposition

Réutilisation

La banque de données sur les protéines du RCSB (RCSB PDB) permet des avancées dans les domaines de la science et de l'éducation en fournissant un accès et des outils pour l'exploration, la visualisation et l'analyse des structures 3D déterminées par l'expérience à partir des archives de la banque de données sur les protéines (PDB) :

• Structures 3D déterminées expérimentalement à partir des archives de la Protein Data Bank (PDB)
• Modèles de structure calculés (CSM) provenant d'AlphaFold DB et de ModelArchive

Ces données peuvent être explorées dans le contexte d'annotations externes fournissant une vue structurelle de la biologie.

Domaines scientifiques :Vie & Santé

LS4 Physiologie de la santé, de la maladie et du vieillissement Thématique et/ou mots clés :

• Biologie
• Biophysique

Type de données :Structure 3D de molécules biologiques (protéines, ADN, ARN)

Communauté d'utilisateurs : Communauté scientifique internationale en biophysique Usagers et bénéficiaires :Chercheurs, Enseignants-Chercheurs, Doctorants

Conditions d'usage :

Conditions tarifaires :

Certification/Label :CoSO (https://www.ouvrirlascience.fr/selectionner-un-entrepot-thematique-de-confiance-pour-le-depot-de-donnees-methodologie-et-analyse-de-loffre-existante/)

CoreTrustSeal (https://amt.coretrustseal.org/certificates)

Conditions générales d'utilisation :

Services proposés par la structure d'appartenance

Structure	Services proposés
NLM	RCSB PDB
NSF	MorphoSource OpenNeuro RCSB PDB QDR

code unique assigné à un objet de façon permanente (DOI, Handle…).

Digital Object Identifier

Ensemble structuré d’informations décrivant, expliquant et localisant une ressource physique ou numérique

autorisation par laquelle l'auteur d’une œuvre de l’esprit concède certains des droits que lui offre le droit d'auteur quant à l'utilisation, à la modification, à la rediffusion et à la réutilisation de l'œuvre.

période d’exploitation exclusive du jeu de données.

la curation de données consiste à trier, organiser et mettre en forme un ensemble de données, de manière à le rendre exploitable.

capable de communiquer et d’opérer avec d’autres systèmes d’information.

Comité pour la science ouverte

Organisation internationale, communautaire, non gouvernementale sans but lucratif promouvant des infrastructures de données durables et fiables. La certification CoreTrustSeal évalue des critères relatifs aux entrepôts de données selon plusieurs niveaux de conformité.