« RCSB PDB » : différence entre les versions
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|TypeService=Entrepôt de données | |TypeService=Entrepôt de données | ||
|TypeEntrepot=Disciplinaire | |TypeEntrepot=Disciplinaire | ||
|TypeRestriction=Soumis à la création d'un compte | |||
|HebergementDonnees=Hors UE | |HebergementDonnees=Hors UE | ||
|AttributionIdentifiant=Oui | |AttributionIdentifiant=Oui | ||
|TypeIdentifiantAttribue=DOI | |TypeIdentifiantAttribue=DOI, PDB ID | ||
|TypeIdentifiantUtilise=ORCID | |TypeIdentifiantUtilise=ORCID | ||
|FormatsFichiers=PDBx/mmCIF | |||
|Licences=Creative Commons | |Licences=Creative Commons | ||
|ConditionAccesDonnees=Ouvert, Embargo, Restreint | |ConditionAccesDonnees=Ouvert, Embargo, Restreint | ||
|Curation=Quatre niveaux de validation sont mis en place : préparation, dépôt, annotation, publication. https://www.wwpdb.org/validation/FAQs | |||
|ConservationDonnees=Cet entrepôt existe depuis 1971 | |ConservationDonnees=Cet entrepôt existe depuis 1971 | ||
|Interoperabilite=API REST, FTP | |Interoperabilite=API REST, FTP | ||
|Versioning=Oui | |||
|StatutService=En production | |StatutService=En production | ||
|NomAlternatif=RCSB Protein Data Bank | |NomAlternatif=RCSB Protein Data Bank | ||
|UrlService=https://www.rcsb.org | |UrlService=https://www.rcsb.org | ||
|ContactMel=deposit-help@mail.wwpdb.org | |ContactMel=deposit-help@mail.wwpdb.org | ||
|StructureAppartenance= | |StructureAppartenance=NSF, NLM | ||
|IDre3data=10.17616/R3KK66 | |IDre3data=10.17616/R3KK66 | ||
|IdentifiantAlternatif=https://doi.org/10.25504/FAIRsharing.2t35ja; FAIRsharing | |IdentifiantAlternatif=https://doi.org/10.25504/FAIRsharing.2t35ja; FAIRsharing | ||
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}} | }} | ||
{{Service | {{Service | ||
|Description=La '''banque de données sur les protéines du RCSB (RCSB PDB)''' permet des avancées dans les domaines de la science et de l'éducation en fournissant un accès et des outils pour l'exploration, la visualisation et l'analyse des structures 3D déterminées par l'expérience à partir des archives de la banque de données sur les protéines (PDB) : | |Description=La '''banque de données sur les protéines du RCSB (RCSB PDB)''' permet des avancées dans les domaines de la science et de l'éducation en fournissant un accès et des outils pour l'exploration, la '''visualisation et l'analyse des structures 3D déterminées par l'expérience''' à partir des archives de la banque de données sur les protéines (PDB) : | ||
* Structures 3D déterminées | * '''Structures 3D déterminées expérimentalemen'''t à partir des archives de la Protein Data Bank (PDB) | ||
* Modèles de structure calculés (CSM) provenant d'AlphaFold DB et de ModelArchive | * '''Modèles de structure calculés (CSM''') provenant d'AlphaFold DB et de ModelArchive | ||
Ces données peuvent être explorées dans le contexte d'annotations externes fournissant une vue structurelle de la biologie. | Ces données peuvent être explorées dans le contexte d'annotations externes fournissant une vue structurelle de la biologie. | ||
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|Thematique=Biologie, Biophysique | |Thematique=Biologie, Biophysique | ||
|TypeDonnee=Structure 3D de molécules biologiques (protéines, ADN, ARN) | |TypeDonnee=Structure 3D de molécules biologiques (protéines, ADN, ARN) | ||
|Communaute=Communauté scientifique internationale en biophysique | |||
|Beneficiaire=Chercheurs, Enseignants-Chercheurs, Doctorants | |Beneficiaire=Chercheurs, Enseignants-Chercheurs, Doctorants | ||
|Certification=Entrepôt CoSO; https://www.ouvrirlascience.fr/ | |Certification=Entrepôt CoSO; https://www.ouvrirlascience.fr/selectionner-un-entrepot-thematique-de-confiance-pour-le-depot-de-donnees-methodologie-et-analyse-de-loffre-existante/, | ||
CoreTrustSeal; https://amt.coretrustseal.org/certificates | |||
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Dernière version du 29 juillet 2024 à 15:12
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Type de service | Entrepôt de données | ||||||||||||||||||||||||||||||||
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Statut | En production | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Autres noms | RCSB Protein Data Bank | ||||||||||||||||||||||||||||||||
URL | https://www.rcsb.org | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Contact | deposit-help@mail.wwpdb.org | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Localisation | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Structure d'appartenance | NSF, NLM | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Tutelles | |||||||||||||||||||||||||||||||||
Identifiants | |||||||||||||||||||||||||||||||||
re3data | 10.17616/R3KK66 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Identifiant dans un autre catalogue | https://doi.org/10.25504/FAIRsharing.2t35ja (FAIRsharing) |
Cycle de vie des données
Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :
- Structures 3D déterminées expérimentalement à partir des archives de la Protein Data Bank (PDB)
- Modèles de structure calculés (CSM) provenant d'AlphaFold DB et de ModelArchive
Domaines scientifiques :Vie & Santé
LS4 Physiologie de la santé, de la maladie et du vieillissement Thématique et/ou mots clés :
- Biologie
- Biophysique
Type de données :Structure 3D de molécules biologiques (protéines, ADN, ARN)
Communauté d'utilisateurs : Communauté scientifique internationale en biophysique Usagers et bénéficiaires :Chercheurs, Enseignants-Chercheurs, Doctorants
Conditions d'usage :
Conditions tarifaires :
Certification/Label :Entrepôt CoSO (https://www.ouvrirlascience.fr/selectionner-un-entrepot-thematique-de-confiance-pour-le-depot-de-donnees-methodologie-et-analyse-de-loffre-existante/)
CoreTrustSeal (https://amt.coretrustseal.org/certificates)
Conditions générales d'utilisation :
Structure | Services proposés |
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NLM | RCSB PDB |
NSF | MorphoSource OpenNeuro RCSB PDB QDR |