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« TGML » : différence entre les versions
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|Description=La plateforme '''TGML''' propose son expertise pour l'analyse de différents types de projets liés au '''séquençage à haut débit'''. Elle offre une large palette d’outils expérimentaux et bioinformatiques pour l’étude du '''transcriptome et de la génomique fonctionnelle'''. Ses ingénieurs assurent le traitement et l’analyse de puces à ADN, la construction de librairies, le séquençage et les analyses de données (primaires et secondaires). | |Description=La plateforme '''TGML''' propose son expertise pour l'analyse de différents types de projets liés au '''séquençage à haut débit'''. Elle offre une large palette d’outils expérimentaux et bioinformatiques pour l’étude du '''transcriptome et de la génomique fonctionnelle'''. Ses ingénieurs assurent le traitement et l’analyse de puces à ADN, la construction de librairies, le séquençage et les analyses de données (primaires et secondaires). | ||
Les services proposés sont : | Les services proposés sont : | ||
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* '''Biologie moléculaire''' | |||
# Transcriptomique : RNA-seq sur cellule unique (avec ou sans cell hashing), mRNA-seq en masse (polyA, total) et puces à ADN (DGE, miRNA, CGH) | |||
* | # Génomique : Re-séquençage ciblé, exome complet, SNV, petits / grands IndDels | ||
# Épigénomique : ChIP-seq, FAIRE-seq / ATAC-seq, MNnase-seq, 3C-seq, 4C-seq | |||
* '''Bioinformatique''' : | |||
# Metaworkflow : Flux de travail de routine pour le traitement des données selon le principe FAIR (Findable, Accessible, Interoperable and Reusable) pour la génération de données | |||
# OLOGRAM (OverLap Of Genomic Regions Analysis using Monte Carlo) : réalise des statistiques de chevauchement entre des ensembles de régions génomiques décrites dans des BED ou des GTF | |||
# PyGTFtk (Python GTF tool kit) : un paquetage Python destiné à faciliter la manipulation des fichiers GTF/GFF2.0 (Gene Transfer Format) | |||
* Réalisation et analyse de puces à ADN : ARN total et petits ARNs | * Réalisation et analyse de puces à ADN : ARN total et petits ARNs | ||
* Réalisation d’analyses bioinformatiques. | * Réalisation d’analyses bioinformatiques. | ||