« PB-IBENS » : différence entre les versions

|Description=La '''Plateforme Bioinformatique (PB-IBENS)''' définit, développe et déploie les ressources matérielles et logicielles qui répondent aux besoins spécifiques des chercheurs en bio-informatique. PB-IBENS oriente les utilisateurs vers des spécialistes qui peuvent répondre à leurs questions techniques liées à leurs analyses spécifiques (Single-Cell, RNASeq, Bioimaging, évolution, etc.).

* '''BioClust''' : Bioclust est le cluster de calcul de PB-IBENS, accessible à tous les membres du LABEX MEMOLIFE. Il comprend actuellement 91 nœuds pour 3492 cœurs virtuels et 13,8 To de mémoire, ainsi que 3 GPU. Les utilisateurs exécutent des tâches via l'ordonnanceur HT-Condor, pour exécuter des outils à partir de la large gamme de logiciels déjà disponibles (plus de 200 paquets et outils dédiés à la bio-informatique).

Le PB-IBENS héberge des serveurs web et des outils dont :   

* '''RSAT''' : Regulatory Sequence Analysis Tools (RSAT) est une suite logicielle combinant des outils spécialisés pour la détection de signaux de régulation dans des séquences non codantes. Il comprend des outils pour la recherche de séquences, la découverte de motifs, l'appariement de motifs, l'appariement de motifs à l'échelle du génome, le dessin de cartes de caractéristiques, la génération de séquences aléatoires et d'autres utilitaires. Le code RSAT est maintenu et développé par PB-IBENS. Pour obtenir des informations sur le téléchargement du code, veuillez contacter rsat-contact. L'instance spécifique de Rsat Protist est hébergée et maintenue par PB-IBENS.

* '''[[Genomicus]]''' est une base de données et un serveur web qui intègre des données comparatives sur les génomes et la reconstruction des génomes ancestraux d'une manière rapide et intuitive. Il permet aux utilisateurs de naviguer dans les génomes selon plusieurs dimensions : linéairement le long des axes chromosomiques, transversalement entre différentes espèces et chronologiquement le long du temps de l'évolution.