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« LoRDEC » : différence entre les versions
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|PhaseCycleVie=Analyse, Documentation | |PhaseCycleVie=Analyse, Documentation | ||
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{{Coordonnées GPS | |||
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[[Aide à la gestion:: logiciel| ]] | |||
{{Service | {{Service | ||
|Description=Le logiciel de bioinformatique LoRDEC renferme des algorithmes performants pour analyser les séquences biologiques à grande échelle, il permet la correction d'erreur pour les séquenceurs de troisième génération. Logiciel autonome pour la correction d'erreurs de longues lectures (de Pacific Biosciences, ou Oxford Nanopore) avec une approche hybride. LoRDEC utilise des lectures courtes pour corriger des lectures longues ; il combine des données de séquençage provenant des technologies de deuxième et troisième générations. Il peut être facilement intégré dans n'importe quel pipeline pour traiter des données de séquençage profond. L'originalité de LoRDEC est de construire un graphe qui résume toutes les lectures courtes, puis d'aligner les lectures longues sur ce graphe pour les corriger. Cela fait du LoRDEC un outil très efficace pour traiter de grands ensembles de données. | |Description=Le logiciel de bioinformatique LoRDEC renferme des algorithmes performants pour analyser les séquences biologiques à grande échelle, il permet la correction d'erreur pour les séquenceurs de troisième génération. Logiciel autonome pour la correction d'erreurs de longues lectures (de Pacific Biosciences, ou Oxford Nanopore) avec une approche hybride. LoRDEC utilise des lectures courtes pour corriger des lectures longues ; il combine des données de séquençage provenant des technologies de deuxième et troisième générations. Il peut être facilement intégré dans n'importe quel pipeline pour traiter des données de séquençage profond. L'originalité de LoRDEC est de construire un graphe qui résume toutes les lectures courtes, puis d'aligner les lectures longues sur ce graphe pour les corriger. Cela fait du LoRDEC un outil très efficace pour traiter de grands ensembles de données. | ||
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|SousDisciplineVie&Sante=LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes | |SousDisciplineVie&Sante=LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes | ||
|Thematique=Bioinformatique, Outil d'analyse, Analyse de données de séquençage NGS,Méthodologie,Alignements de lectures sur des génomes | |Thematique=Bioinformatique, Outil d'analyse, Analyse de données de séquençage NGS,Méthodologie,Alignements de lectures sur des génomes | ||
|Relation=IFB, CNRS | |Relation=IFB, CNRS Sciences informatiques | ||
|PorteeInternationale=ELIXIR;https://elixir-europe.org/ | |PorteeInternationale=ELIXIR;https://elixir-europe.org/ | ||
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