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A
L’ADEME participe à la mise en œuvre des politiques publiques en matière d'énergie, de protection de l'environnement et du développement durable. Elle dispose de compétences scientifiques, techniques, d’expertise, de conseil et de centres de ressources dans les domaines suivants : déchets, sols pollués et friches, énergie et climat, air et bruit, actions transversales (production et consommation durable, villes et territoires durables). Elle aide au financement de projets, de la recherche à la mise en œuvre dans ses domaines d'intervention.
L’ADEME, Agence de la transition écologique, est impliquée dans le projet de loi relatif à la transition énergétique qui concerne les domaines de la rénovation thermique des bâtiments, l’adaptation des transports et de l’aménagement des territoires, la production, le stockage et les usages des énergies, la préservation et la restauration des écosystèmes, l’économie circulaire, la moindre dépendance aux ressources rares.
Dans le cadre de son engagement pour la science ouverte et de la Loi pour une République numérique, l’ADEME développe son [[ADEME_Portail_open_data|Portail open data]] afin de mettre à disposition ses données collectées lors des études et des rapports. +
L’ADEME, Agence de l’environnement et de la maîtrise de l’énergie, met à disposition ses données sur son Portail open data afin permettre aux entreprises, aux collectivités locales, aux pouvoirs publics et au grand public de progresser dans leur démarche environnementale dans le cadre de la transition énergétique et écologique.
L’ADEME produit les jeux de données principalement à partir de ses études et de ses rapports dans les domaines suivants : déchets, sols pollués et friches, énergie et climat, air et bruit, actions transversales (production et consommation durable, villes et territoires durables). +
L’AIEA fournit des données nucléaires fondamentales destinées aux applications énergétiques et non énergétiques, ainsi que des données atomiques en vue de la recherche sur l’énergie de fusion.
Les données relatives à la structure et à la décroissance nucléaires décrivent les cycles de vie et les modes de désintégration des isotopes instables, ainsi que le spectre des rayonnements émis. Les données ayant trait aux réactions nucléaires décrivent les sections efficaces des processus de collision fondamentaux, par exemple entre un neutron et un noyau, ou entre deux neutrons. Les données atomiques comprennent les sections efficaces de collisions entre électrons, atomes et molécules. L’Agence dispose aussi de données ayant trait aux interactions plasma-matériaux.
l'AIEA a créé des réseaux internationaux de centres de données atomiques et nucléaires pour permettre un degré élevé d’harmonisation des activités des grands centres de données à travers le monde. +
L’Anses, Agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail, assure des missions de veille, d’expertise, de recherche et de référence couvrant '''la santé humaine''', '''la santé et le bien-être animal''' ainsi que '''la santé végétale'''.
L’Anses étudie, évalue et surveille l’ensemble '''des risques chimiques''', '''microbiologiques''' et '''physiques''' auxquels les hommes, les animaux et les végétaux sont exposés. L’Agence s’appuie sur un réseau de 9 laboratoires de référence et de recherche, répartis sur l’ensemble du territoire.
Dans le cadre de son engagement en faveur de '''la science ouverte''' et d’agence de financement de projets de recherche, l’Anses met en œuvre cette politique et ses principes à travers le Programme national de recherche Environnement - Santé - Travail ([https://www.anses.fr/fr/content/le-programme-national-de-recherche-environnement-sant%C3%A9-travail-0 PNR EST]) qu’elle pilote. En 2020, le dépôt des publications sur une archive ouverte est rendu obligatoire ainsi que l’élaboration d’un '''plan de gestion de données''' (PGD) pour les équipes financées. L’Anses dispose d’une plateforme d’auto-archivage [https://hal-anses.archives-ouvertes.fr/ HAL-Anses]. +
O
L’Atelier de la donnée '''OREADE''' de Nantes Université s'adresse aux équipes de recherche de Nantes Université, modèle d’université inédit en France unissant une université, un hôpital universitaire (CHU de Nantes), un institut de recherche technologique (IRT Jules Verne), un organisme national de recherche (Inserm) et des grandes écoles (Centrale Nantes, École des Beaux-Arts Nantes Saint-Nazaire, École d’Architecture de Nantes). OREADE offre un point d’entrée unique pour toute demande concernant la '''gestion et le partage des données de recherche''' selon les principes FAIR.
Les services proposés sont :
* Guichet unique d'information et d'orientation
* Aide à la rédaction de Plans de Gestion de Données
* Soutien aux portage des données
* Préservation et sécurité des données
* Formation et sensibilisation.
OREADE a été '''labellisé Atelier de la donnée'''. +
E
L’ENAC, École Nationale de l’Aviation Civile, a deux missions principales qui consistent à former à la quasi-totalité des métiers du transport aérien et à conduire des études et des recherches dans ce domaine.
Le laboratoire de recherche ENAC est structuré en quatre équipes de recherche disciplinaires : Données, Economie et Visualisation ; Informatique Interactive ; Optimisation ; Télécommunication.
Les quatre programmes de recherche transverse sont centrés sur des problématiques métier dont la résolution nécessite une approche multidisciplinaire :
* Développement Durable dans le transport aérien ;
* Sécurité et sûreté ;
* Systèmes de drones ;
* AGHOPA (Opérations Aériennes pour les Hélicoptères et pour les avions en Aviation Générale).
L’ENAC dispose de deux plateformes technologiques ouvertes à la communauté de la recherche :
* la plateforme ACHIL - Aeronautical Computer Human Interaction ;
* la Volière Drones Toulouse Occitanie.
Dans le cadre de la promotion de '''la science ouverte''', la bibliothèque de l’ENAC administre l’archive ouverte [https://hal-enac.archives-ouvertes.fr/ HAL-ENAC] et assure la formation aux enjeux de l’accès libre aux publications de recherche et à l’évolution des modes de diffusion scientifique, ainsi qu’à '''la gestion des données de la recherche'''.
ENAC est un partenaire de l'Atelier de la Donnée d’Occitanie Ouest, ADOO.
L’ENS Paris-Saclay est un Établissement public à caractère scientifique, culturel et professionnel (EPSCP) et une composante de l’Université Paris-Saclay.
Les laboratoires et instituts de recherche de l’ENS Paris-Saclay sont répartis en 3 domaines : sciences fondamentales, sciences de l'ingénieur et sciences sociales. +
G
L’EQUIPEX GEOSUD permet aux acteurs de la recherche scientifique et des politiques publiques d'accéder gratuitement à un ensemble de produit et services développés autour d'une infrastructure nationale d''''imagerie satellitaire''' : accès aux données, aux capacités de traitement et aux calculs ; appui sur les méthodes ; mise en réseau des acteurs. Le programme est également ouvert aux acteurs privés, dans le cadre de partenariats avec, ou de sous-traitances pour, des acteurs publics.
Le '''portail de GEOSUD''' permet d''''accéder librement à un bouquet d’images satellites''' complémentaires du territoire national : couvertures annuelles nationales haute résolution, couvertures régionales d'archive, images sur des zones plus restreintes,… (Spot 6/7, Pléiades, Sentinelles, archives Spot) et également de proposer des services de traitement en ligne de ces images.
Un des équipements majeurs de l’équipex est la '''station de réception directe GEOSUD''' basée à Montpellier.
Les images Spot 6/7 reçues par la station de réception directe et ortho-rectifiées par le Terminal sont mises à disposition en temps quasi réel. Elles sont disponibles à la visualisation, au téléchargement et en flux WMS depuis le portail.
De façon annuelle, une Couverture Nationale Métropolitaine est effectuée en collaboration avec l'IGN, ADS et GEOSUD. Elle est acquise par GEOSUD sur la base de 240 mailles d'avril à fin septembre de chaque année. A chaque validation, un produit est mis en ligne par GEOSUD sur le catalogue. +
E
L’Ecotron Européen de Montpellier permet un contrôle précis des variables environnementales et la mesure automatisée des état et activité (flux) des organismes et des écosystèmes confinés à différentes échelles. Il est constitué d’un bâtiment de 2000 m² qui accueille 3 plateaux expérimentaux :
*Les '''microcosmes''' de 2m3 pouvant accueillir une à plusieurs unités expérimentales
*Les '''mésocosmes''' de 2m de profondeur à 2m de hauteur pour une mesure précise des flux et un nombre relativement élevé de répétitions
*Les '''macrocosmes''' pouvant accueillir des lysimètres de 2 à 12 tonnes, avec une profondeur de sol atteignant les 2m, une surface de canopée de 2, 4 ou 5 m², et une hauteur de canopée jusqu’à 2m.
Les deux derniers plateaux sont conçus pour des écosystèmes terrestres en lumière naturelle et le plateau Microcosmes est en lumière contrôlée. Les trois plateaux sont particulièrement instrumentés pour la mesure des échanges gazeux et l’isotopie.
L’Ecotron de Montpellier est situé sur le campus de Baillarguet (au Nord de Montpellier). +
L’Enssib contribue aux travaux du collège formation et compétences ainsi qu’au comité de rédaction du site Ouvrir la science dans le cadre du Comité pour la Science Ouverte (CoSO).
En 2019, l’Enssib a mis en place un parcours de sept modules intitulé "Ouvrir la science et les données" dans le cadre de la formation tout au long de la vie : Bibliothèques et chercheurs : quelles relations ? quelle coopération ?
* Communiquer à destination des chercheurs : vulgariser l’IST
* Le rôle de la bibliothèque dans l’ouverture des données
* Science ouverte et services aux chercheurs : rôle des BU
* Les données de la recherche
* Libre accès et archives ouvertes
* La fouille de textes par l’exemple à travers l’exploitation des corpus Istex.
Ce parcours est destiné aux personnels en poste dans les bibliothèques universitaires dans le cadre de l’évolution de leurs métiers et de leurs compétences dans le domaine des données ouvertes, des archives ouvertes et de la science ouverte. L’objectif est de pouvoir accompagner les chercheurs dans la préservation de leurs données de recherche et l’élaboration d’un plan de gestion des données (choix de schéma de métadonnées, choix d’un entrepôt de données …). +
I
L’IBCP ou '''Institut de Biologie et Chimie des Protéines''' est une UAR du CNRS dont la vocation est de gérer le bâtiment de l’Institut de Biologie et Chimie des Protéines ainsi que de mutualiser des ressources technologiques.
Ce bâtiment CNRS est localisé à Lyon Gerland sur le Campus Charles Mérieux et dispose d’une surface de 6000m². L'UAR 3760 mutualise les locaux, les équipements, les ressources technologiques, les relations recherche-industrie et héberge 2 unités mixtes de recherche sous la tutelle du CNRS et de l’Université Lyon 1 : le [[LBTI]] et le MMSB (Laboratoire de Biologie Tissulaire et d’ingénierie Thérapeutique). +
L’INSA Strasbourg, Institut National des Sciences Appliquées de Strasbourg, est une grande école d’ingénieurs et une école d’architecture. L’une de ses missions concerne la recherche fondamentale et appliquée afin d’apporter des solutions aux préoccupations sociétales que sont la santé, l’énergie et l’environnement, l’efficacité des bâtiments, l’inventivité dans les systèmes organisationnels ou de production.
L’activité de recherche est structurée en trois unités :
* Le laboratoire [http://icube.unistra.fr/ ICube], le Laboratoire des Sciences de l’Ingénieur, de l’Imagerie et de l’Informatique ;
* L’équipe [http://www.insa-strasbourg.fr/fr/amup/ AMUP], Architecture, morphologie/morphogenèse urbaine et projet ;
* L’[http://www.insa-strasbourg.fr/fr/institut-charles-sadron/ Institut Charles Sadron], Laboratoire propre du CNRS, Étude des polymères et leurs surfaces.
Au sein de l’INSA Strasbourg, la Direction de la Recherche en partenariat avec le service de la bibliothèque propose un accompagnement de la communauté de la recherche dans les démarches de la science ouverte. L'INSA Strasbourg dispose d’une archive ouverte sur [https://univoak.eu univOAK] (Open Access to Knowledge), la plateforme d'archives institutionnelles des établissements alsaciens d'enseignement supérieur et de recherche, ainsi qu’un portail [https://hal.archives-ouvertes.fr/INSA-STRASBOURG HAL INSA STRASBOURG].
Les INSA - INSA Centre Val de Loire, INSA Hauts de France, INSA Lyon, INSA Rennes, INSA Rouen Normandie, INSA Strasbourg, INSA Toulouse et le Groupe INSA ont élaboré un [https://www.groupe-insa.fr/guide-de-la-science-ouverte Guide de la science ouverte] et travaillent à la mise en place d’un Plan de Gestion de Données (PGD) pour chaque projet de recherche financé sur fonds publics, en respect des exigences de l’ANR et de la Commission Européenne.
INSA Strasbourg est un partenaire de l’Atelier de la donnée ADELE, Atelier DonnéE aLsacE Helpdesk.
G
L’IR* Huma-Num met à disposition des projets de recherche en sciences humaines et sociales (SHS) une instance du logiciel Gitlab. L’instance '''GitLab d’Huma-Num''' permet l''''hébergement sécurisé et le partage maîtrisé de fichiers''', en particulier des fichiers de code informatique (tous langages) selon le protocole de versionnage git.
Il s’agit d’une implémentation du logiciel GitLab. Les principales fonctionnalités sont :
*La gestion de version et des dépôts (git) de code et de programmes ;
*L’édition collaborative de code et de programmes ;
*l’intégration continue et le déploiement de programmes ;
*l’automatisation d’actions de déploiement et publication de programmes informatiques ;
*la compilation de code ;
*la génération de sites web statiques (sous la forme d’ensemble de pages Web HTML avec Hugo par exemple), la gestion de tickets (issues) et permet la gestion des développements de code communautaires.
Ce service est reservé aux porteurs et participants de projets de recherche en SHS et il est mis à disposition dans la limite des ressources dont dispose Huma-Num (en particulier sur les besoins en stockage et en déploiement de code).
Les dépôts publics créés dans l’instance GitLab d’Huma-Num sont diffusés sur la plateforme "Codes sources du secteur public" '''Code.gouv.fr''' développée par Etalab offrant une visibilité sur les '''codes sources des organisme publics français'''. Ils sont aussi archivés dans le cadre de '''Software Heritage'''. +
E
L’ISC '''Écologie Comportementale des Poissons (ECP)''' étudie l’'''écologie comportementale et la biologie des populations de poissons, en lien avec l’exploitation, la modification des habitats, la connectivité, la pollution et le changement climatique'''.
Les activités et services proposés couvrent le champ des suivis long terme en milieux aquatiques continentaux, l’expérimentation en milieu contrôlé, semi-contrôlé et naturel.
La structure met aussi à disposition '''ses compétences de terrain et ses ateliers pour le phénotypage des organismes aquatiques''' (énergétique, sclérochronologie, vidéo).
L'ISC ECP gère par ailleurs, dans le cadre du Centre de Ressource Biologique national COLISA, des collections ichtyologiques constituées d’écailles, d’otolithes et de tissus provenant de diverses espèces de poissons. +
D
L’Inist-CNRS met à disposition de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche '''un outil d’aide à la rédaction en ligne de plan de gestion de données de la recherche''' : '''DMP OPIDoR.'''
Autour de cette application, le service Partage des données de recherche - OPIDoR, Optimiser le Partage et l’Interopérabilité des Données de la Recherche, dispense des conseils et un accompagnement personnalisé pour l'élaboration de modèles de plans de gestion, la rédaction de plans de gestion et leur mise en œuvre. +
P
L’Institut Clinique de la Souris (ICS) a évolué pour devenir PHENOMIN-ICS en rejoignant l’infrastructure Nationale CELPHEDIA. La spécificité de l’Institut Clinique de la Souris, plateforme labélisée IBiSA, repose sur l’expertise du modèle rongeur, élément de la recherche fondamentale et préclinique pour répondre aux besoins de la Société en termes de développement dans le domaine de la santé.
PHENOMIN-ICS a pour mission :
*de répondre spécifiquement aux besoins de la communauté scientifique, académique et privée
*de mettre en œuvre des activités de recherche et développement afin d’accélérer l’ouverture à la communauté scientifique, de services à la pointe de la technologie, dans les domaines de l’ingénierie génétique, de la caractérisation phénotypique, de la zootechnie, de l’archivage et la distribution,l’analyse intégrée des données biologiques,
*d’intégrer des méthodes alternatives et de raffinement pour la recherche animale,
*de consolider sa visibilité et lisibilité sur la scène scientifique nationale et internationale.
PHENOMIN-ICS est une plateforme ouverte à la communauté en assurant :
*La création à façon de modèles souris et rat
* La validation des modèles génétiques
*L'amplification, la conservation et la distribution des modèles
*La caractérisation phénotypique des modèles souris et rat à travers une séries d'analyses fonctionnelles standardisées pouvant être réalisées dans un pipeline complet ou à la demande; les tests proposés par les différents services de phénotypage couvrent la majorité des fonctions et systèmes physiologiques clés.
PHENOMIN-ICS est co-fondateur de l'infrastructure PHENOMIN, lauréate des Investissements d’Avenir en 2011, conjointement à PHENOMIN-TAAM (Orléans) et à PHENOMIN-CIPHE (Marseille), permettant ainsi de coordonner ses activités à celles de ces deux autres grandes structures françaises dévouées à la phénogénomique. Par cette implication, PHENOMIN-ICS collabore au consortium Européen InfraFrontier I3, ainsi qu’à l’International Mouse Phenotyping Consortium (IMPC) et à l’International Knockout Mouse Consortium (IKMC).
I
L’Institut Curie est une organisation privée à but non lucratif créée en 1909 qui combine un centre de recherche sur le cancer leader européen et un groupe hospitalier. Le centre de recherche rassemble des physiciens, des chimistes, des biologistes, des bioinformaticiens et les cliniciens favorisant ainsi une recherche multidisciplinaire.
L’Institut Curie a mis à disposition de ses chercheurs des plateformes technologiques CurieCoreTech, d’imagerie scientifique, de génomique, de protéomique et de bioinformatique.
Les plateforme de CurieCoreTech sont ouvertes aux utilisateurs externes académiques et industriels. +
L’Institut Français de Bioinformatique, IFB, est une infrastructure nationale de service en '''bioinformatique''' (calcul, stockage, outils, bases de données, accompagnements de projets, formations). Sa mission principale est de fournir des ressources de base dans ce domaine à la '''communauté des sciences du vivant'''.
L'IFB fédère les services et les ressources de '''31 plateformes en bioinformatique''' coordonnées par la plateforme IFB-core. Ces services consistent à :
* Fournir un accès à des bases de données spécialisées à haute valeur ajoutée issues de l’expertise scientifique du laboratoire d’accueil de la plateforme
* Mettre à disposition des outils et des services en ligne correspondant aux domaines d’expertise du laboratoire d’accueil de la plateforme
* Mettre à disposition une infrastructure informatique dédiée à la gestion et l’analyse des données des sciences du vivant
* Fournir un appui aux projets scientifiques de la communauté des sciences du vivant et assurer leur hébergement sur une infrastructure informatique adaptée
* Offrir des formations en bioinformatique
Les codes sources produits par l’infrastructure sont ouverts sur une forge logicielle https://github.com/IFB-ElixirFr. Infrastructure dotée d’une politique de données FAIR en application. Les données validées et décrites sont publiées sur un entrepôt de données https://ressources.france-bioinformatique.fr/fr/services/donnees (d'après la [https://www.enseignementsup-recherche.gouv.fr/sites/default/files/2022-03/feuille-de-route-nationale-des-infrastructures-de-recherche---2021-v2--17318.pdf Feuille de route nationale des Infrastructures de recherche]).
L''''IFB est le noeud français, [https://www.elixir-europe.org/about-us/who-we-are/nodes/france ELIXIR-FR]''' de l’infrastructure de recherche européenne d’[[:ELIXIR|ELIXIR]].
L'IFB a développé, en coopération avec MetaboHUB, '''Workflow4Metabolomics''', '''[[W4M]]''', portail collaboratif dédié au traitement, à l’analyse et à l’annotation des données métabolomiques.
L’Institut Michel-Eugène Chevreul, IMEC, est une Fédération de Recherche CNRS (FR2638) regroupant trois Unités Mixtes de Recherche (UCCS UMR8181, UMET UMR8207, LASIRE UMR8516) et une Unité de Services et de Recherche (MSAP USR3290) situées en région Hauts-de-France et travaillant dans le domaine de la Chimie et des Matériaux. L’IMEC dispose d’une plateforme de caractérisation avancée ainsi que d’une plateforme technologique d’ingénierie pour la chimie et les matériaux ouvertes à la recherche académique et partenariale. +
L’Institut Méditerranéen de Biodiversité et d’Ecologie marine et continentale (IMBE) développe une approche intégrative pour l’étude de la biodiversité et des systèmes socio-écologiques.
L’IMBE apporte ainsi des connaissances fondamentales et appliquées sur les fonctions, la dynamique historique et évolutive de la biodiversité de tous types d’écosystèmes méditerranéens, depuis la construction des paléo-écosystèmes jusqu’à leur devenir dans le contexte du changement global. Ces apports incluent également les liens avec la société civile d’une part et les enjeux de santé humaine d’autre part.
A travers son implication dans la recherche, la formation et la valorisation scientifique, l’IMBE participe activement à la transition environnementale et au développement durable pour la définition de politiques environnementales tant locales que nationales et internationales.
Les moyens techniques de l’IMBE sont mutualisés au sein de services communs proposant des équipements de laboratoire et de terrain. L'IMBE gère également des plateformes analytiques ou expérimentales in situ permettant la manipulation d’écosystèmes afin de simuler le changement climatique en conditions semi-contrôlées (serres et jardin botanique, arboretum) ou totalement contrôlées (phytotrons, aquariums). +