Genoscope

Genoscope

Autres noms
URL	https://jacob.cea.fr/drf/ifrancoisjacob/Pages/Departements/Genoscope.aspx
Tutelles	CEA
Identifiants
RNSR	201722556Y
ROR	028pnqf58
Localisation	Évry-Courcouronnes

Service

Type de service	Plateforme de calcul
Statut	En production
URL	https://jacob.cea.fr/drf/ifrancoisjacob/Pages/Departements/Genoscope.aspx
Contact	pcoutool@genoscope.cns.fr
Structure d'appartenance	Genoscope

Cycle de vie des données

Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :

Collecte

Analyse

Chargement de la carte...

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Page en construction

L'équipe du laboratoire de séquençage s'implique dans la prise en main des projets à partir de la réception des échantillons jusqu'à la validation des séquences brutes.Le séquençage est assuré par des séquenceurs très haut débit de deuxième génération. Ces machines permettent d'atteindre un débit autorisant le séquençage de génomes entiers dans un intervalle de temps limité.

Les projets traités par le laboratoire de séquençage sont essentiellement de grands projets acceptés suite aux appels d'offres Genoscope et, plus récemment depuis 2012, aux appels d'offres France Génomique "Grands Projets de Séquençage option Biodiversité". Le laboratoire de séquençage prend également en charge tous les projets propres dont les porteurs de projet des équipes scientifiques du Genoscope.

Les projets actuellement développés concernent un large panel d'organismes, par exemple :

• Reséquençage : champignon unicellulaire comme la levure (Saccharomyces cerevisiae) ou organisme végétal comme le riz (genre Oryza),
• Séquençage de novo de protiste (Paramecia), d'organisme animal comme la limnée (genre Lymnaea) ou d'organisme végétal comme le blé (genre Triticum),
• Séquençage de transcriptomes d'organismes eucaryotes comme le chêne (genre Quercus),
• Projets de métagénomique et de métatranscriptomique (projets Tara Océans, biodiversité des sols français)
• Projets de séquençage du Génome de la truffe noire du Périgord, du génome d'Ectocarpus.
• 1002 génomes de levures, biodiversité des plantes alpines.

Domaines scientifiques :Vie & Santé

Thématique et/ou mots clés :

Type de données :

Communauté d'utilisateurs : Usagers et bénéficiaires :

Conditions d'usage :

Conditions tarifaires :

Certification/Label :

Conditions générales d'utilisation :

Offre de services de Genoscope

• Genoscope (Plateforme de calcul)

Services proposés par la structure d'appartenance

Structure	Services proposés
Genoscope	Genoscope

Le ROR en est un identifiant unique dédié aux organismes de recherche. Le Research Organization Registry (ROR) est une base de données collaborative qui comprend des identifiants et des métadonnées pour plus de 102 000 organisations impliquées dans la recherche