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P
'''La Plate-forme Universitaire de Données Clermont-Auvergne (PUD-CA)''' accompagne la communauté scientifique dans la '''recherche et l’utilisation des données quantitatives en Sciences Humaines et Sociales, leur traitement logiciel et enfin leur analyse statistique'''.
Ces données sont mises à disposition par [[PROGEDO]], la très grande infrastructure de recherche dédiée à la production et à la gestion des données en SHS via le réseau Quetelet PROGEDO Distribution. Elles peuvent avoir la forme de '''bases de données, de grandes enquêtes ou encore d'indicateurs et autres données traitées de manières quantitatives'''.
La PUD a pour objectif de faciliter aussi bien l'accès que l’utilisation de données quantitatives en SHS. +
L
'''La Rochelle Université''' est une université française publique pluridisciplinaire.
L'université est '''spécialisée sur le Littoral Urbain Durable Intelligent'''. Elle est également pilote de l'Université européenne EU-CONEXUS, également spécialisée sur cette thématique.
Elle s'organise autour de 3 composantes :
* '''L’Institut Littoral Durable Urbain Intelligent (LUDI)''' qui rassemble toute la recherche et les formations de niveau master et doctorat.
* '''Le Pôle Licences Collegium''' qui regroupe l’ensemble des départements disciplinaires et réunit les licences générales et une partie des licences professionnelles de La Rochelle Université.
* '''L’Institut Universitaire de Technologie (IUT)''' qui délivre les bachelor universitaires de technologie (B.U.T.) et une partie des licences professionnelles. +
R
'''La base de données RELMIN''' réunit '''les textes juridiques''' concernant le statut légal des minorités religieuses dans l’espace euro-méditerranéen (Vème –XVème siècles). '''Les sources''' proviennent '''des dépôts d’archives''' et '''des bibliothèques d'Europe, du Moyen-Orient et du bassin méditerranéen'''. RELMIN en partenariat avec l'IRHT (Institut de Recherche et d'Histoire de Textes) permet de mettre en valeur des archives par '''la numérisation'''. Le corpus couvre dix siècles et une large zone géographique. Les écrits sont recueillis dans leur '''langue originale''' (latin, arabe, grec, hébreu, araméen, espagnol, portugais, et en d’autres langues vernaculaires européennes), accompagnés de traductions et de commentaires. Les textes juridiques sont mis à disposition des chercheurs de différentes disciplines (juristes, linguistes, historiens du droit, des religions, spécialistes d’études juives, de l’Islam, du monde chrétien…), des étudiants et des citoyens partout dans le monde, librement et de '''manière pérenne''' afin d’étudier '''l'histoire des cohabitations religieuses''' en Europe médiévale. +
E
'''La base de données''' intégrative ESTHER (ESTerases, '''alpha/beta-Hydrolase Enzymes''' and Relatives) recense les analyses de la super-famille structurale des protéines à repliement de type alpha/beta hydrolase. Pour nombre des membres de cette super-famille, de nombreuses '''données expérimentales''' sur les mécanismes catalytiques, les mutations naturelles ou induites, la structure tridimensionnelle, etc. ont été obtenues via des approches conceptuelles et méthodologiques extrêmement diverses, mais ces données sont souvent dispersées et difficiles à corréler. ESTHER a été créée pour répondre à ces difficultés. ESTHER combine les différentes '''classifications des enzymes''' (bacterial '''lipases''', '''peptidases''', '''carboxylesterases''') utilisées par des communautés distinctes de chercheurs. La base de données est en '''accès libre'''. Elle intéresse plusieurs '''domaines agro-industriels et pharmaceutiques.''' +
C
'''La cellule science ouverte''' de la '''Direction des bibliothèques et de la documentation''' ('''DBD'''), en collaboration avec la '''Direction de la recherche''', propose des services aux chercheurs du '''Conservatoire national des arts et métiers''' ('''Cnam''') en '''sciences humaines et sociales''', en '''sciences de gestion''' et en '''sciences pour l’ingénieur''' :
*un accompagnement à la demande : '''rédaction d’un plan de gestion des données''', aide à la production d’indicateurs bibliométriques, accompagnement de publications en libre-accès, etc. ;
*des formations à la demande : « Déposer dans HAL », « Créer son ORCID, son IdHAL et son CV HAL » ;
*l'animation d'un réseau de référents HAL - Science ouverte dans les laboratoires.
La cellule science ouverte de la DBD administre le portail HAL du Cnam https://cnam.hal.science/. +
'''La cyber-carothèque est à la fois :'''
''1-un outil de gestion de données :'' Corebook (outil de collecte de terrain) Template d'import contrôlé et normalisé Outil d'attribution d'identifiant unique (IGSN et DOI) et/ou en 2022) outil de saisie en ligne
''2-une plateforme d'acquisition :'' Base de données centralisé Cyber-cartothèque nationale.
''3-une plateforme d'accès :'' Outil de recherche et d'accès aux métadonnées de carottages de tout types et multi-institutionnels.
'''Quelle est sa finalité/qu'offre-t-il à ses utilisateurs ?'''
L'objectif de ce système est de faciliter :
1) la collecte d'information de qualité sur des archives naturelles (métadonnées riches et précises) pour des prélèvements à caractère stratigraphique. Le systeme propose l'acquisition des données dès la phase de terrain
2) l'accès aux données de carottage quelque soit l'institution productrice (CNRS, IRD, INRAE, IFRMER, MUSEUM d'HISTOIRE NATURELLE, Universités, ...).
'''Tout types de carottages sont acceptés (Gravitaire, Battage, Percussion, Vibrant, Rotatif) dans cette infrastructure qu'il soit de nature sédimentaire, de roches, des Tourbières ou de glace) pour toutes les communauté scientifiques en Paléo-science (de l'actuel au temps anciens) ou en Géosciences (Marine, Continentale et glaciaire).'''
Les finalités sont diverses comme permettre la gestion des carothèques sur du long terme, tout comme permettre une description des échantillons associés aux de jeux de données et in fine favoriser l'accès et la réutilisation des prélèvements ayant encore du matériel disponible.
'''Quel est son mode de fonctionnement ?'''
Le fonctionnement se situe à 3 étape du cycle de vie :
1- La collecte : - dès la collecte sur le terrain (grâce à une application de terrain Android "Corebook" qui garantie la qualité et la structuration commune des carottages de tout types) ou - ou à l'occasion d'un inventaire ou lors d'un déménagement de collection
2- La pérennisation : intégration des données dans une base de données commune dès - le retour du terrain par synchronisation de LAPK Corebook ou l'import d'un fichier formaté - ou lors d'un inventaire de labo
3- L'accès et le partage, avec ou sans embargo, de toute l'information sur le carottage et les informations de qualité sur les échantillons
'''Qui participe au projet et à l'alimentation de la base :'''
L'alimentation du système d'information est ouverte aux unités de recherche et aux instituts qui le souhaitent. A ce jour les unité participantes sont EPOC, LSCE, EDYEM, CHRONO-ENVIRONEMENT, ISEM, ISTERRE, IGE, Sorbonne université (liste non exhaustive) ainsi que l'IFRMER, INRAE, IRD, le Muséum d'histoire Naturelle Le projet est piloté par 2 laboratoires : EPOC et EDYTEM accompagné par l'OASU Aquitaine
'''Quelles sont ses spécificités ?'''
La possibilité de procéder a une collecte d'information structurée, de qualité et multi communautés, dès la phase de terrain. La Cyber-Carothèque est un outil permettant sont intégration facilité dans les Plans de gestion de données en listant précisément les prélèvements effectués au cours d'un projet et permettre leur ré-utilisation à l'issu des projets.
'''Quelles sont ses garanties de qualité, sa conformité avec les principes FAIR : identifiants pérennes, métadonnées, stockage sécurisé, etc. ?'''
Les informations stockées dans la Cyber-Carothèque sont de haute qualité de part :
i) l'acquisition des données au plus proche du terrain (validation par les chefs de mission et Responsable (PI) des Carottes et
ii), par le suivi tout au long du cycle de vie par des curateurs de collection des laboratoires partenaires et supervisé par 2 curateurs de l'infrastructure.
'''La Cyber-carothèque est conforme à un certains nombres des Principes FAIR :'''
- l'identifiant unique "IGSN" est apposée pour chaque carotte (et échantillons dérivés),
- l'identifiant ORCID pour l'identification des personnes,
- les identifiants RNSR, ISNI,ROR pour l'identification des Laboratoires
- l'identification des projets (ANR et ERC)
- l'intégration des standards (IGSN, DublinCore, Datacite et ISO19.115)
- utilisation de vocabulaires contrôlés du domaine et augmenté lorsque incomplet ou non existant
'''Le stockage, maintenance, et sauvegarde'''
Le stockage, maintenance, et sauvegarde est assurée sur des serveur Français par l' Observatoire Aquitain des Sciences de l'Univers (OASU) La version V1 (actuelle) est en production depuis 2017 et une nouvelle version est prévu mi 2022.
Cette initiative a bénéficié de différents soutiens depuis 2014 : du C2FN pour son initiation dans le cadre de l'Equipex CLIMCOR, de la DT CNRS Terre & Univers et de l'OASU-EPOC pour sa mise en oeuvre, mais également du rapprochement avec Ifremer, le MNHN et d'un effort spécifique mené dans le cadre de 2 actions Inter-Zones Ateliers « Archives sédimentaires » et du Projet "Retro Observatoire des ZA ROZA)" du réseau des Zones Ateliers du CNRS (http://www.za-inee.org/).
Ce projet est en connexion avec des projets de gestion de collection afin de permettre l'alimentation de ces systèmes par des échantillons "numérique", par exemple Collec-Science ou des cahiers de laboratoire électronique (CLE)
La politique de données est en cours de création & validation. Elle sera disponible sur le portail.
'''Evolution 2022 :'''
-Portail d'accès v2 livré au 1er semestre 2022.
-Pour toutes missions nouvelles, 3 modes de mise à jours sera proposé (Corebook, import tableur et/ou saisie en ligne).
-IGSN automatique
-Un rapport de mission pourra être généré avec un DOI associé afin de favoriser la citabilité des données
P
'''La plate-forme PIXANIM''' ('''Phénotypage par Imagerie in/eX vivo de l’ANImal à la Molécule''') accompagne dans l'exploration fonctionnelle des différents systèmes biologiques d'un animal allant de l'animal entier jusqu'à la biomolécule en passant par toutes les échelles intermédiaires.
PIXANIM propose des stratégies avec de multiples modalités d'imagerie et d'analyses moléculaires pour phénotyper finement ces systèmes biologiques et caractériser les mécanismes explicitant ces phénotypes.
PIXANIM est intégrée à l'Infrastructure de Recherche (IR) nationale [[LiPh@SAS|LiPh4SAS]] (Livestock Phenotyping for Sustainable Agro ecoSystems) offrant '''des services de phénotypage pour les animaux d'élevage (bovins, petits ruminants, porcs et poissons)'''. +
M
'''La plateforme MeSU''' est gérée par l’unité de service mutualisée '''[[SACADO]]''' (Service d’Aide au Calcul et à l’Analyse de Données) de Sorbonne Université. Elle permet aux chercheurs et aux étudiants de l’université d’accéder à '''une infrastructure complète de calcul, de stockage et d’analyse de données''', ainsi qu’aux '''expertises associées'''.
SACADO assure les missions suivantes sur la plateforme MeSU :
* Conseil et ingénierie dans les domaines du calcul, du stockage et de l’analyse de données (architecture d’équipement matériel, analyse de performance, déploiement d’application) ;
* Accès à la plateforme matérielle MeSU (supercalculateur, stockage de données, virtualisation, visualisation) ;
* Accompagnement technique dans l’utilisation de matériel de calcul ou de traitement de données (compilation/intégration d’application, préparation d’une campagne de calcul, assistance à la soumission de travaux). +
P
'''La plateforme PEARL''' offre un ensemble d’'''outils permettant d’étudier le fonctionnement des écosystèmes aquatiques et d’évaluer l’impact de l’anthropisation sur ces milieux'''.
L’offre de service de la plateforme PEARL comprend :
* Un '''plateau d’une centaine de mésocosmes aquatiques''' de 0.5 mètres cubes à 30 mètres cubes où sont reconstitués des écosystèmes aquatiques pour l’étude de leur fonctionnement et l’impact de facteurs de forçages (anthropiques ou non) en milieux lentiques. Une partie du plateau de mésocosmes aquatiques de la plateforme a été aménagée pour la mise en œuvre de protocoles de recherches en '''écotoxicologie'''.
* Des '''halls techniques de production d’organismes d’une surface totale de 800 mètres carrés, compartimentées en une quinzaine de salles techniques ou expérimentales'''. Certaines sont consacrées à la production ou au maintien d’organismes modèles servant aux études menées dans le cadre de PEARL : poissons, algues, plantes, etc. +
D
'''La solution logicielle open source Data Fair''' et son écosystème permettent de mettre en œuvre '''une plateforme de partage''' (interne ou opendata) et de '''visualisation de données'''. Le terme FAIR fait référence à de la donnée « Facile à trouver, Accessible, Interopérable et Réutilisable ». La solution logicielle permet de mêler facilement ses propres données à des données de référence opendata, pour pouvoir ensuite les utiliser dans des applications les mettant en valeur.
Data Fair est au centre de 3 concepts :
* Les jeux de données sont des fichiers chargés par les utilisateurs qui sont indexés et exposés par le service sous forme d'API, ce qui les rend Faciles à trouver et Accessibles. L'utilisateur peut ensuite compléter les métadonnées et les rendre plus précises, en donnant plus de sens aux différentes colonnes grâce à un vocabulaire sémantique. Cela permet de rendre ces données plus Interopérables et plus Réutilisables. Lorsque les données sont exposées, DataFair permet de faire aussi bien du private-data que de l'open data selon un système de permissions.
* Les services distants sont des briques métier externalisées et accessibles par des programmes. Ces derniers sont exposés sous forme d'API avec une description formelle (spécification Open API 3.0) et peuvent être annotés sémantiquement, ce qui permet au programme de comprendre leur valeur métier. Ces services distants peuvent être publics et gratuits, ou au contraire privés et payants avec des contrôles d’accès.
* Les applications : la sémantisation des données permet de les réutiliser dans des applications spécifiques, plutôt que dans des visualisations génériques. +
L
'''LaCAS''' se positionne comme un outil de référence pour la communauté des chercheurs en études aréales. C’est une plateforme développée depuis 2020 par l’Institut national des langues et civilisations orientales (Inalco), qui '''moissonne, agrège, structure et enrichit des ressources hétérogènes en études aréales issues des archives ouvertes et entrepôts de données'''. Elle classe et structure ces données pour les éditorialiser sur LaCAS publications avec un alignement et une mise en relation de données hétérogènes (textes, vidéos, sons, images) moissonnées sur de multiples entrepôts (HAL, Zenodo, Nakala, Gallica, Calame, Isidore, Persée, Open Alex, Semantic Scholar), en utilisant et enrichissant un thésaurus conséquent.
La plateforme LaCAS a été récompensée en 2024 par l'obtention du Prix Science ouverte des données de la recherche, dans la catégorie "mention spéciale du jury".
LaCAS comprend deux portails interconnectés :
* '''LaCAS data''' est l'interface dédiée au moissonnage, à l'agrégation, à la structuration, au traitement et à l'enrichissement (indexation et description) des ressources issues des différents outils de la science ouverte (archives ouvertes HAL et entrepôts de données Nakala et Zenodo). Le fonctionnement de cette interface repose sur le logiciel OKAPI ("Open Knowledge Annotation and Publishing Interface") développé par l'INA.
* '''LaCAS publications''' est l'interface dédiée à la publication de dossiers thématiques. Construits en collaboration avec des spécialistes des domaines concernés, ces dossiers reposent sur la sélection et l'organisation de ressources présentes sur LaCAS data, agrémentées de textes de contextualisation et/ou d'analyse. Ce portail utilise la technologie du CMS Drupal. +
'''LabRADoR, Lab de Ressources et d'Accompagnement aux Données de la Recherche''', est un projet pilote pour répondre aux questions concernant les données de la recherche, qu'il s'agisse de les ouvrir ou de les protéger.
Porté par l'unité de service [[SACADO]] et la bibliothèque de Sorbonne Université, ce portail a pour but de '''traiter les questions dans toute leur complexité et leurs différentes dimensions (technique, juridique, documentaire)''' en faisant appel aux compétences de plusieurs structures de l'université, direction de la recherche et de l'innovation, directions de la recherche et de la valorisation, direction des services informatiques, direction des affaires juridiques et institutionnelles, déléguée à la protection des données.
L'objectif de ce portail est aussi de fournir des '''informations actualisées et une base de connaissance sur les données de la recherche''' de façon à fournir une premier niveau d'informations pour les questions les plus fréquentes, par exemple :
* Présenter les '''bonnes pratiques et les recommandations de Sorbonne Université et des financeurs en matière de données de la recherche'''
* Vous accompagner pour une '''gestion FAIR des données''' +
C
'''Le C2RMF''' conjugue des activités de service et de recherche afin d’apporter des réponses permettant aux musées de France, quelle que soit leur taille, leur notoriété ou la nature des collections, de remplir leurs missions essentielles : enrichir et conserver les biens culturels afin d’en assurer la transmission aux générations futures.
Au service des biens patrimoniaux les équipes du C2RMF '''étudient, expertisent les œuvres, conseillent les responsables de collections, restaurent les œuvres qui leur sont confiées, mènent des programmes de recherche, documentent toutes les interventions, partagent et valorisent les données produites'''. +
'''Le Centre Mersenne''' est une infrastructure d'édition scientifique développé par [https://www.mathdoc.fr Mathdoc], UAR du CNRS et de l'Université Grenoble Alpes.
Le centre propose des outils et des services pour faciliter la gestion, la production et la diffusion d'articles scientifiques. +
'''Le Centre de Recherches Pétrographiques et Géochimiques (CRPG)''' porte son activité de recherche sur la '''compréhension du système Terre depuis la formation du système solaire jusqu’à son fonctionnement actuel'''.
Les équipes de recherche rassemblent des géochimistes, des pétrologues et des géologues qui combinent leurs approches sur quatre thématiques scientifiques qui déterminent la vie du laboratoire :
* '''Cosmochimie & Planétologie'''
* '''Cycles, Atmosphères, Climats'''
* '''Magmas et Fluides Profonds'''
* '''Tectonique, érosion et évolution du relief''' +
'''Le Centre national de recherches météorologiques (CNRM)''' est une unité mixte de recherche constituée par le CNRS et Météo-France. Il assure une grande part des activités de recherche de ce dernier, lui permettant de répondre aux grands enjeux liés à l’Aéronautique, à la Défense, à la Sécurité des Biens et des Personnes (prévision météorologique sur de multiples échelles spatio-temporelles, physique et dynamique de l’atmosphère, connaissance et évolution du climat, interactions entre l’homme, le climat et l’atmosphère) .
Les actions de recherche et développement du CNRM portent principalement sur la prévisibilité des phénomènes atmosphériques, notamment extrêmes, sur l’étude du climat et du changement climatique, le cycle de l’eau, les interfaces entre les milieux océan-atmosphère-continents-cryosphère, la physico-chimie atmosphérique et météorologie urbaine, sur l’assimilation et la modélisation pour la prévision numérique du temps, les développements instrumentaux et la micro-structure du manteau neigeux.
La recherche menée au CNRM représente une contribution importante aux '''efforts faits par la communauté scientifique française, européenne et internationale dans ces domaines''', et se nourrit des collaborations entretenues avec de nombreuses équipes. +
L
'''Le LISIS''' est un laboratoire de recherche interdisciplinaire consacré à l''''étude des sciences et des innovations en sociétés'''.
L'enjeu de ses recherches est de '''comprendre les transformations sociales et politiques liées à l’innovation scientifique et technique''' dans notre rapport à l’environnement, à la globalisation économique et à la digitalisation des mondes sociaux et professionnels. +
'''Le Laboratoire d’Économie de Dauphine''' ('''LEDa''') réalise des recherches en lien avec : la santé et le vieillissement, le développement et les mobilités, les politiques macroéconomiques, l'environnement et le climat ainsi que la finance.
LEDa se compose de plusieurs équipes :
* Le Centre de Géopolitique de l’Énergie et des Matières Premières (CGEMP)
* Le Développement, Institutions et Mondialisation (DIAL)
* Le JEux et Économie Théorique (JEET)
* Le Laboratoire d’Économie et de Gestion des Organisations de Santé (LEGOS)
* L'équipe de recherche en économie financière et macroéconomie (SDFi) +
'''Le Mans Université''' développe son activité de recherche autour de 15 laboratoires sur des thématiques variées : acoustique, informatique, lettres et langues, molécules et matériaux, risque et assurance, gestion, droit, sciences humaines et sociales, biologie, sport et santé,…
Dans le cade de la promotion de la science ouverte, Le Mans Université dispose d’une archive ouverte institutionnelle [https://hal-univ-lemans.archives-ouvertes.fr/ HAL Le Mans]. +
P
'''Le PDSSD Catalog''' est un portail de recherche pour '''faciliter la diffusion et l'utilisation de données à haute valeur ajoutée sur les surfaces planétaires'''.
Il s'agit de '''données spectrales, de cartes géologiques, d'images à haute résolution et d'autres informations utiles à la communauté''' scientifique et aux étudiants intéressés par l'étude des planètes. +