« PPanGGOLiN » : différence entre les versions
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(Page créée avec « {{Infobox Service |Logo=PPanGGOLiN logo.png |NomService=PPanGGOLiN |TypeService=Outils de gestion des données |StatutService=En production |NomAlternatif=Depicting microbial species diversity via a Partitioned PanGenome Graph Of Linked Neighbors |UrlService=https://github.com/labgem/PPanGGOLiN |ContactMel=acalteau@genoscope.cns.fr |StructureAppartenance=LABGeM |Tutelle=CEA |PhaseCycleVie=Analyse }} {{Service |Discipline=Vie & Santé |SousDisciplineVie&Sante=LS2... ») |
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|TypeService=Outils de gestion des données | |TypeService=Outils de gestion des données | ||
|StatutService=En production | |StatutService=En production | ||
|NomDéveloppé=Depicting microbial species diversity via a Partitioned PanGenome Graph Of Linked Neighbors | |||
|NomAlternatif=Depicting microbial species diversity via a Partitioned PanGenome Graph Of Linked Neighbors | |NomAlternatif=Depicting microbial species diversity via a Partitioned PanGenome Graph Of Linked Neighbors | ||
|UrlService=https:// | |UrlService=https://ppanggolin.readthedocs.io/en/latest/ | ||
|ContactMel=acalteau@genoscope.cns.fr | |ContactMel=acalteau@genoscope.cns.fr | ||
|StructureAppartenance= | |Localisation=Evry | ||
|Tutelle=CEA | |StructureAppartenance=Génomique Métabolique | ||
|PhaseCycleVie=Analyse | |Tutelle=CNRS, Université Paris-Saclay, CEA | ||
|PhaseCycleVie=Analyse, Documentation | |||
|International=Non | |||
}} | |||
{{Coordonnées GPS | |||
|CoordonneeGeographique=48.62399, 2.43972 | |||
}} | }} | ||
{{Service | {{Service | ||
|Description='''PPanGGOLiN''' est un logiciel de bioinformatique dédié à l'analyse de pangénomes developpé par le [https://labgem.genoscope.cns.fr/ LABGeM]. Il permet de '''créer, manipuler et analyser des pangénomes procaryotes''' en utilisant des dizaines voire des milliers de génomes d'une même espèce. Il permet ainsi d'étudier l'évolution ou l'écologie des microbes, ouvrant la voie à des découvertes importantes pour la santé humaine, l'agriculture, l'alimentation ou l'environnement. | |||
Le laboratoire LABGeM a également intégré l'outil dans sa plateforme de service, [[MicroScope]], mis à disposition des microbiologistes et qui comprend plus de 6600 utilisateurs à travers le monde. | |||
Une nouvelle version (2.0) du logiciel a été déployée en janvier 2024 avec de nouvelles fonctionnalités incluant la possibilité d''''associer des métadonnées aux pangénomes , une structure de données améliorée pour le stockage des pangénomes, et une toute nouvelle documentation'''. | |||
|Discipline=Vie & Santé | |Discipline=Vie & Santé | ||
|SousDisciplineVie&Sante=LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes | |SousDisciplineVie&Sante=LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes; LS9 Biotechnologie et ingénierie des biosystèmes | ||
| | |Thematique=Logiciel, Pangénomique, Génomique comparative | ||
|Communaute=Communauté scientifique en génomique | |||
|Beneficiaire=Chercheurs, Enseignants-chercheurs, Doctorants, Ingénieurs, Techniciens | |||
|ConditionUsage=Le code source, en langage python, est disponible sur GitHub : https://ppanggolin.readthedocs.io/en/latest/user/install.html#installing-from-source-code-github | |||
|ModeleEconomique=Gratuit | |||
|Relation=MicroScope | |||
}} | }} | ||
[[Aide à la gestion:: logiciel| ]] | |||