« GenoA » : différence entre les versions
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|TypeService=Plateforme d'acquisition | |TypeService=Plateforme d'acquisition | ||
|StatutService=En production | |StatutService=En production | ||
|NomDéveloppé=Genomics Atlantic | |||
|NomAlternatifRéduit=Plateforme génomique de Nantes | |||
|NomAlternatif=Genomics Atlantic, Plateforme génomique de Nantes | |NomAlternatif=Genomics Atlantic, Plateforme génomique de Nantes | ||
|UrlService=https://pf-genomique.univ-nantes.fr | |UrlService=https://pf-genomique.univ-nantes.fr | ||
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|StructureAppartenance=Institut du thorax | |StructureAppartenance=Institut du thorax | ||
|Tutelle=Inserm, CNRS, Nantes Université | |Tutelle=Inserm, CNRS, Nantes Université | ||
|PhaseCycleVie=Collecte | |PhaseCycleVie=Collecte, Analyse, Documentation | ||
|International=Non | |International=Non | ||
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{{Service | {{Service | ||
|Description=La '''plateforme GenoA''' possède une expertise dans l''''analyse de données à grande échelle et développe des pipelines d'analyse bioinformatique dédiés afin de standardiser l'analyse des données brutes jusqu'à l'interprétation biologique | |Description=La '''plateforme GenoA''' possède une expertise dans l''''analyse de données à grande échelle et développe des pipelines d'analyse bioinformatique dédiés''' afin de standardiser l'analyse des données brutes jusqu'à l'interprétation biologique. | ||
La GenoA offre deux types de services : | La GenoA offre deux types de services : | ||
* Gestion de projet | * Gestion de projet | ||
* Mise à disposition d'équipements génomiques | * Mise à disposition d'équipements génomiques | ||
Elle est reconnue pour son expertise dans les applications suivantes : | |||
* '''Analyse du transcriptome''' : RNA-seq, 3'seq | |||
* '''Profilage de l'ARN''' | |||
* '''Séquençage à haut débit''' : génomes entiers | |||
* '''Analyse des microbiotes''' : 16S, métagénomique Shotgun | |||
* '''Séquençage de toute librairie''' (MiSeq, NovaSeq) | |||
Les ressources de calcul et de stockage de la plateforme [[BiRD]] sont accessibles et ouvertes pour les projets issus de la plateforme GenoA. | Les '''ressources de calcul et de stockage de la plateforme [[BiRD]] sont accessibles et ouvertes''' pour les projets issus de la plateforme GenoA. | ||
|Discipline=Vie & Santé | |Discipline=Vie & Santé | ||
|SousDisciplineVie&Sante=LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes | |SousDisciplineVie&Sante=LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes | ||
|Thematique=Plateforme de bioinformatique | |Thematique=Plateforme de bioinformatique | ||
|TypeDonnee=Données de séquençage, Données brutes | |TypeDonnee=Données de séquençage, Données brutes, Données génomiques | ||
|Communaute=Communautés scientifiques académiques et médicales et laboratoires privés dans le domaine de la génomique. | |Communaute=Communautés scientifiques académiques et médicales et laboratoires privés dans le domaine de la génomique. | ||
|Beneficiaire=Chercheurs, Enseignants-Chercheurs, Médecins | |Beneficiaire=Chercheurs, Enseignants-Chercheurs, Médecins | ||
|ConditionUsage=Toutes les demandes de projet sont discutées lors d'une réunion avec le chef de projet et ses collègues, afin d'établir une feuille d'engagement dans laquelle sont décrites les spécifications, ainsi que les modalités de livraison des résultats et le calendrier de la prestation. | |ConditionUsage=Toutes les demandes de projet sont discutées lors d'une réunion avec le chef de projet et ses collègues, afin d'établir une feuille d'engagement dans laquelle sont décrites les spécifications, ainsi que les modalités de livraison des résultats et le calendrier de la prestation. | ||
|Certification=IBiSA; https://www.ibisa.net/ | |Certification=IBiSA; https://www.ibisa.net/trouver-plateforme/ | ||
|Relation=France Génomique, Biogenouest, BiRD | |Relation=France Génomique, Biogenouest, BiRD | ||
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