« BIOME » : différence entre les versions
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|TypeService=Plateforme de calcul | |TypeService=Plateforme de calcul | ||
|StatutService=En production | |StatutService=En production | ||
|UrlService= | |NomAlternatif=Plateforme de BIOinformatique Médicale de l'institut GIMI | ||
|UrlService=https://sciencesexpertise-bfc.fr/entreprises/equipements/sante/plateforme-analyse-bioinformatique-medicale-de-genomique-haut-debit-de-institut-gimi/ | |||
|ContactMel=biome@u-bourgogne.fr | |ContactMel=biome@u-bourgogne.fr | ||
|Localisation=Dijon | |Localisation=Dijon | ||
|StructureAppartenance= | |StructureAppartenance=BioSanD | ||
|Tutelle=CHU Dijon, | |Tutelle=CHU Dijon, Université Bourgogne Europe, Inserm | ||
|PhaseCycleVie= | |PhaseCycleVie=Collecte, Analyse, Stockage | ||
|International=Non | |International=Non | ||
|NomDéveloppé=Plateforme de BIOinformatique Médicale de l'institut GIMI | |||
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{{Coordonnées GPS | {{Coordonnées GPS | ||
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{{Service | {{Service | ||
|Description=La plateforme BIOME | |Description=La '''plateforme BIOME (BIOinformatique MEdicale)''' est dédiée à l’analyse bioinformatique des données génomiques issues des technologies innovantes à haut débit (séquençages d’exome, de génome, de RNAseq… ; microarrays d’étude de méthylation ; …). | ||
La plateforme propose des '''services uniques d’analyse bioinformatique de données issues de séquençage haut débit'''. Bien que cette technologie soit de plus en plus répandue, l’expertise nécessaire à l’analyse bioinformatique des données générées reste rare et précieuse en France. De nouvelles approches technologiques et bioinformatiques à la pointe de la recherche scientifique dans le domaine sont testées régulièrement par la plateforme, permettant ainsi de proposer de nouveaux services inédits tels que l’'''analyse de données de cartographie optique, le séquençage de 3ème génération, le machine learning, le GPU, etc.''' | |||
La plateforme propose également des prestations de séquençage en partenariat avec le centre NEOMICS du CHU de Dijon qui est équipé d’un séquenceur NovaSeq X Plus (Illumina). | La plateforme propose également des prestations de séquençage en partenariat avec le centre NEOMICS du CHU de Dijon qui est équipé d’un séquenceur NovaSeq X Plus (Illumina). | ||
L’hébergement des données est assuré par le [[CCuB]]. | |||
|Discipline=Vie & Santé | |Discipline=Vie & Santé | ||
|SousDisciplineVie&Sante=LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes | |SousDisciplineVie&Sante=LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes | ||
|Thematique=Génétique, Génomique, Maladies rares, Bioinformatique, Développement, Logiciel, Médical, Séquençage, Données, Calcul, GPU, Intelligence Artificielle | |Thematique=Génétique, Génomique, Maladies rares, Bioinformatique, Développement, Logiciel, Médical, Séquençage, Données, Calcul, GPU, Intelligence Artificielle | ||
|TypeDonnee=Données issues d’expériences de séquençage à haut-débit (FASTQ, BAM, VCF) | |TypeDonnee=Données issues d’expériences de séquençage à haut-débit (FASTQ, BAM, VCF), | ||
Données issues d’expériences de puces à ADN & ARN(Agilent, Illumina, Affymetrix) | Données issues d’expériences de puces à ADN & ARN (Agilent, Illumina, Affymetrix), | ||
Données de Cartographie Optique (Bionano) | Données de Cartographie Optique (Bionano), | ||
Données issues de séquençage de | Données issues de séquençage de 3ème génération (Oxford Nanopore, PacBio) | ||
|Communaute=Établissements de recherche français et internationaux, | |Communaute=Établissements de recherche français et internationaux, Établissements de soin français (Hopitaux, CLCC, etc), Entreprises françaises et internationales | ||
|Beneficiaire=Chercheurs, Médecins, Pharmaciens, Industriels, Informaticiens, Etudiants | |Beneficiaire=Chercheurs, Médecins, Pharmaciens, Industriels, Informaticiens, Etudiants | ||
|ConditionUsage=Pour tout projet en partenariat avec la plateforme BIOME, merci de contacter la plateforme via l’adresse mail : biome@u-bourgogne.fr | |ConditionUsage=Pour tout projet en partenariat avec la plateforme BIOME, merci de contacter la plateforme via l’adresse mail : biome@u-bourgogne.fr | ||
|ModeleEconomique= | |ModeleEconomique=Les coûts sont calculés selon le projet en fonction des développements, du calcul et du stockage nécessaire. | ||
Certains coûts sont catalogués : Séquençage d’un Exome de maladie génétique rare, analyse bioinformatique, et interprétation médicale dans le cadre de l’ISO15189 : 2205,5€ TTC | |||
|Certification=ISO 15189;https://www.iso.org/fr/standard/76677.html, | |Certification=ISO 15189;https://www.iso.org/fr/standard/76677.html, | ||
ISO 9001 | ISO 9001;https://www.iso.org/fr/standard/62085.html, | ||
ISO 27001 | ISO 27001;https://www.iso.org/fr/standard/27001, | ||
Plateformes BFC;https://www.ubfc.fr/wp-content/uploads/2022/04/Rapport-9 Resultat-labellisation-Plateformes.pdf | |||
|Relation=CCuB | |||
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