CAZy

De Cat OPIDoR
Carbohydrate-Active enZYmes Database
Type de service Entrepôt de données
Statut En production
Autres noms CAZy
URL http://www.cazy.org/
Contact cazy@afmb.univ-mrs.fr
Localisation Marseille
Structure d'appartenance Architecture et Fonction des Macromolécules Biologiques
Tutelles
Identifiant dans un autre catalogue http://doi.org/10.17616/R38W88 (re3data)


Cycle de vie des données

Ce service intervient au cours des stades du cycle de vie suivants :


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En 1998, la base de données Carbohydrate-Active enZYmes Database (CAZy) est créée et mise à jour par l’équipe Glycogénomique du laboratoire Architecture et Fonction des Macromolécules Biologiques (AFMB). L’objectif de CAZy est d’établir les relations entre la séquence des enzymes qui agissent sur les hydrates de carbone et leur spécificité. Les enzymes actives sur les glucides (CAZymes) modifient, créent ou lysent les liaisons glycosidiques des sucres complexes et des polysaccharides qui sont utilisés par les êtres vivants. Ces glucides peuvent jouer le rôle de source de carbone, de signaux moléculaires spécifiques, de stockage de l’énergie ou intervenir dans les interactions hôtes-pathogènes. L’équipe Glycogénomique a développé une classification en familles qui relie la structure et le mécanisme catalytique des CAZymes. Cette classification est composée de 5 classes d’enzymes (glycoside hydrolases, glycosyltransférases, carbohydrate estérases, polysaccharide lyases et les enzymes dites à activités auxiliaires). Les  modules de fixation aux sucres (Carbohydrate-Binding Modules) figurent également dans cette base de données. Un couplage entre la base de données CAZy et les moyens en bioinformatique permet d’examiner le contenu en CAZymes de centaines de génomes eucaryotes et procaryotes. La classification CAZy est largement utilisée par la communauté scientifique pour ses données annotées (annotations structurales et fonctionnelles des protéines issues de GenBank, UniProt, Protein Data Bank).


Domaines scientifiques :Vie & Santé


Biologie moléculaire, biochimie, biologie structurale et biophysique moléculaire« Biologie moléculaire, biochimie, biologie structurale et biophysique moléculaire » n’est pas dans la liste (LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes, LS3 Biologie cellulaire, du développement et régénérative, LS4 Physiologie de la santé, de la maladie et du vieillissement, LS5 Neurosciences et troubles du système nerveux, LS6 Immunité, infection et immunothérapie, LS7 Prévention, diagnostic et traitement des maladies humaines, LS8 Biologie environnementale, écologie et évolution, LS9 Biotechnologie et ingénierie des biosystèmes, LS1 Molécules de la vie : Mécanismes biologiques, structures et fonctions) des valeurs autorisées pour la propriété « Est sous discipline de Vie & Santé ».; Génétique, "omiques", bioinformatique et biologie des systèmes« Génétique, "omiques", bioinformatique et biologie des systèmes » n’est pas dans la liste (LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes, LS3 Biologie cellulaire, du développement et régénérative, LS4 Physiologie de la santé, de la maladie et du vieillissement, LS5 Neurosciences et troubles du système nerveux, LS6 Immunité, infection et immunothérapie, LS7 Prévention, diagnostic et traitement des maladies humaines, LS8 Biologie environnementale, écologie et évolution, LS9 Biotechnologie et ingénierie des biosystèmes, LS1 Molécules de la vie : Mécanismes biologiques, structures et fonctions) des valeurs autorisées pour la propriété « Est sous discipline de Vie & Santé ». Thématique et/ou mots clés :

  • Base de données
  • Carbohydrate-Active enZYmes
  •  Enzymes actives sur les glucides
  • CAZymes
  • Glycoside hydrolases
  • Glycosyltransférases
  • Carbohydrate estérases
  • Polysaccharide lyases
  • Carbohydrate-Binding Modules
  • Catalyse enzymatique
  • Génomique
  • Bioinformatique

Type de données :Données annotées, Séquençage des protéines, Séquençage du génome,  Structure moléculaire, Structure 3D, Relation structure activité, Activité enzymatique

Communauté d'utilisateurs : Communauté de chercheurs en biologie structurale, génie génétique et bioinformatique Usagers et bénéficiaires :Chercheurs, Bioinformaticiens


Conditions d'usage : Utilisateurs : accès libre. Déposants : membres de l’équipe Glycogénomique du laboratoire Architecture et Fonction des Macromolécules Biologiques

Modèle économique : Gratuit

Certification/Label :

Conditions générales d'utilisation :



Services proposés par la structure d'appartenance
StructureServices proposés
AFMBCAZy