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B
Bordeaux INP est un Etablissement Public à Caractère Scientifique, Culturel et Professionnel (EPSCP) constitué sous la forme d’un grand établissement.
Fédérateur des écoles d’ingénieurs en Nouvelle-Aquitaine, Bordeaux INP propose une offre de formation scientifique et technique de haut niveau adossée à une recherche d’excellence et à une forte capacité à produire et à transférer l’innovation. Bordeaux INP et ses écoles partenaires rassemblent 9 écoles d'ingénieurs publiques, une classe préparatoire intégrée « La Prépa des INP » et un incubateur étudiant « Bordeaux INPulse ». +
La '''plateforme Bordeaux Metabolome''' fédère les outils et les savoir-faire pour l’étude du métabolome, du lipidome et la mesure de flux métaboliques.
'''Elle réalise des adaptations et des développements technologiques et conçoit et implémente des stratégies analytiques et outils bioinformatiques dans les domaines métabolome, phénotypage métabolique, lipidomique et fluxome'''.
La Plateforme sert de support aux '''recherches en génomique fonctionnelle, génétique, pathologie, écophysiologie et biologie intégrative des plantes''' dans le cadre de collaborations régionales, nationales et internationales.
Elle est notamment utilisée pour :
* '''L’établissement et l’interprétation de profils métabolomiques''',
* '''Le phénotypage biochimique''',
* '''L’étude des aspects dynamiques du métabolisme''',
* '''L’analyse fonctionnelle du métabolisme des lipides.'''
La Plateforme Bordeaux Metabolome accueille de manière personnalisée des étudiants et scientifiques et les '''forme aux technologies et outils métabolomiques, lipidomiques et de phénotypage métabolique'''.
Elle propose les équipements suivants :
* 2 Spectromètre de RMN (500 et 600 MHz)
* 5 Couplages LC-MS (comprenant LC-HRMS)
* 2 Couplages GC-MS
* 2 Couplages GC-FID
* Chaîne UHPLC-DAD
* Systèmes robotisés de phénotypage métabolique à haut débit en microplaques +
'''Bordeaux Sciences Agro''' est un '''établissement public d’enseignement supérieur et de recherche agronomique''' sous tutelle du Ministère de l’Agriculture et l’Alimentation.
Il a pour vocation de former ceux qui suivent le '''cursus Ingénieur Agronome''' par la voie de la formation initiale sous statut étudiant ou apprenti ou l’un des '''six masters co-accrédités avec les universités bordelaises ou les partenaires nationaux, les mastères spécialisés labellisés CGE ou dans le domaine vigne et vin''' avec des formations ouvertes à un public international. +
'''Bretagne INP''' devient le 6e campus du Groupe INP, rejoignant Bordeaux, Clermont-Auvergne, Grenoble, Lorraine et Toulouse. +
'''Brian 2''' est un simulateur de réseaux de neurones biologiques à impulsions, conçu pour faciliter le développement de '''nouveaux modèles'''.
Il adopte une approche novatrice en exprimant les modèles à l’aide d’'''équations mathématiques et d’unités physiques, permettant une extension facile pour interagir avec un code externe'''. Cela offre plus de flexibilité, permettant aux chercheurs et chercheuses d’explorer une variété de modèles sans sacrifier la facilité d’utilisation, la précision et la fiabilité du simulateur.
Il est écrit en langage de programmation Python et est disponible sur presque toutes les plateformes. +
Le '''PEPR exploratoire Bridges''' vise à changer de paradigme pour la gouvernance des communs afin de réduire la vulnérabilité environnementale et les risques de conflits dans les zones côtières.
Il s’appuiera sur une approche innovante basée sur la mise en réseaux de socio-écosystèmes et sur des collaborations régionales interdisciplinaires, multisectorielles et équitables favorisant la '''mise en place de structures d’aide à la décision pérennes basées sur une science ouverte et visant la neutralité en carbone'''. Il s’organise en cinq grands défis scientifiques et techniques complémentaires :
* Innover, en renforçant et en développant de nouvelles '''capacités d'observation, de collecte, de stockage et d'analyse de données et de partage d'informations'''
* '''Modéliser des systèmes socio-écologiques dynamiques''' prenant en compte les interconnexions multi-niveaux et multi-échelles et les boucles de rétroaction
* Anticiper les vulnérabilités aux impacts des changements climatiques et les points chauds émergents des risques de conflits pour soutenir des réponses rapides et flexibles aux impacts potentiels sur les moyens de subsistance et les industries tributaires de l'évolution des ressources
* Résoudre en coconstruisant des trajectoires pour atténuer les tensions futures et augmenter la résilience des systèmes socio-écologiques à ces tensions dans le cadre d'une '''approche living lab'''.
* Transformer en soutenant le '''renforcement des capacités et la formation par la recherche''' ainsi que la transition vers une nouvelle gouvernance holistique, équitable et multisectorielle des ressources pour des sociétés plus résilientes. +
L’'''IDS''', '''International DORIS Service''', est un '''service de géodésie spatiale de l’Association Internationale de Géodésie''', IAG (International Association of Geodesy) qui opère en étroite collaboration avec l’IERS (International Earth Reference frames Service). L’objectif de l’IDS est de supporter les activités de recherche en géodésie et géophysique au travers des données et produits du système DORIS (Doppler Orbitography and Radio-positioning Integrated by Satellite) pour l’orbitographie précise des satellites d’altimétrie. Ses missions principales sont :
*la valorisation, la mise à disposition et l’archivage des données DORIS,
*la génération de produits dérivés: positions-vitesses des stations DORIS, géo-centre et facteur d’échelle du référentiel Terrestre, orbites précises des satellites DORIS, les paramètres du pôle terrestres,…
*Contribuer aux applications scientifiques liées au positionnement précis,
*Promouvoir d’autres produits, d’autres applications utilisant la mesures DORIS
Le '''bureau central de l'IDS coordonne les activités du service international DORIS et héberge son portail'''. +
C
La plateforme '''C2I OrgA''' du laboratoire CARMeN est une plateforme '''pluridisciplinaire'''. On retrouve de la synthèse de composés tels que les hétérocycles, les hétéroéléments, et les sondes fluorescentes, en catalyse et en glycochimie. En analyse, les travaux se focalisent sur l'examen de matrices complexes, l'analyse de traces, la cartographie moléculaire, ainsi que les approches métabolomiques, pétroléomiques et plantomiques. Ces capacités sont notamment mises en œuvres sur des matériaux, dans les domaines pharmaceutique, environnemental, cosmétique, agroalimentaire, ou encore énergétique.<br>
Elle est '''labellisée''' par l'[https://www.inc.cnrs.fr/fr/plateformes-labellisees Institut national de chimie (CNRS Chimie)]. +
Le '''Centre de Nanosciences et de Nanotechnologies - C2N''' CNRS/Université Paris-Saclay) développe des recherches dans les domaines des matériaux, de la nanophotonique, de la nanoélectronique, des nano-bio-technologies et des microsystèmes.
Le C2N rassemble 3 plateformes de Micro-Nano-Technologies (la Centrale de Technologie) et 3 plateformes d'expertise en instrumentation et caractérisation (optique et multiphysique). La Centrale de technologie du C2N fait partie du réseau des grandes centrales de technologie pour la Recherche Technologique de Base, réseau [[RENATECH|RENATECH]]. +
La '''Centrale de technologie du C2N''' est hébergée dans une '''salle blanche''' de 2 900 m², '''dédiée aux procédés de micro-nanofabrication, à la croissance, l'épitaxie et la caractérisation des matériaux'''. Elle fait partie du réseau [[RENATECH]] des grandes centrales de technologie piloté par le CNRS pour soutenir la recherche et l'innovation dans le domaine des micro-nanotechnologies au niveau national. Dans le cadre de celui-ci, elle fait également partie du '''PEPR d’accélération pour l’électronique''' au côté des plateformes IEMN, LAAS, LTM et FEMTO-ST.
3 plateformes composent cette centrale :
*'''[https://piment.c2n.universite-paris-saclay.fr/fr/ PIMENT]''' : '''Plateforme d'Innovation en Micro Et Nano-Technologies'''. La plate-forme PIMENT propose un ensemble complet d'équipements à la pointe de la technologie et à hautes performances, permettant de développer des recherches allant de la physique quantique fondamentale aux dispositifs intégrés avancés ou aux micro-nanosystèmes.
*'''[https://poem.c2n.universite-paris-saclay.fr/en/poem/ POEM]''' : '''PlatefOrme d'Elaboration de Matériaux'''. La plateforme POEM héberge les équipements pour la croissance cristalline de films minces ou de nanostructures de semi-conducteurs IV et III-V, de matériaux bidimensionnels (2D) et d'oxydes fonctionnels. Les techniques mises en œuvre sont l'épitaxie par jets moléculaires (MBE), l'épitaxie en phase vapeur aux organométalliques (MOVPE), le dépôt en phase vapeur CVD) à basse pression ou sous ultra-vide (UHV-CVD), le dépôt par ablation laser (PLD) et le dopage par fusion laser sous immersion gazeuse (GILD).
*'''[https://panam.c2n.universite-paris-saclay.fr/fr/facilities/ PANAM]''' : '''Plateforme d'ANalyse des Matériaux'''. La plateforme PANAM héberge des équipements et des savoir-faire en analyse structurale et chimique. Les ressources utilisées sont la diffraction des rayons X, la microscopie électronique à transmission avancée, la microanalyse et la microscopie à force atomique.
'''Le C2RMF''' conjugue des activités de service et de recherche afin d’apporter des réponses permettant aux musées de France, quelle que soit leur taille, leur notoriété ou la nature des collections, de remplir leurs missions essentielles : enrichir et conserver les biens culturels afin d’en assurer la transmission aux générations futures.
Au service des biens patrimoniaux les équipes du C2RMF '''étudient, expertisent les œuvres, conseillent les responsables de collections, restaurent les œuvres qui leur sont confiées, mènent des programmes de recherche, documentent toutes les interventions, partagent et valorisent les données produites'''. +
Le '''Centre de ressources et de recherches technologiques (C2RT)''' a pour vocation de soutenir les équipes de recherche et les départements scientifiques de l'Institut Pasteur dans la réalisation de leurs objectifs de recherche en répondant à leurs besoins technologiques actuels et futurs.
Il accueille quatre unités de technologie et de service (UTechS), '''douze plateformes technologiques''' et regroupe des installations dédiées à une multitude de domaines, tels que l’omique (en particulier à l’échelle de la cellule), la conception et la production de biomolécules et leur analyse structurale, l’imagerie, le tri et le phénotypage cellulaires, le criblage phénotypique à haut débit, la microfluidique et la culture cellulaire 3D.
Le '''C2RT''' vise à :
* Fournir aux chercheurs des équipements, des services et une expertise technique de pointe pour permettre la réussite de leurs projets.
* Fournir une formation et un enseignement sur les technologies et les méthodes avancées
* S'approvisionner en technologies nouvelles et émergentes par le biais de la veille technologique
* Proposer des développements technologiques et méthodologiques aux équipes de recherche
* Identifier, en lien étroit avec les départements scientifiques, leurs besoins stratégiques en matière d'équipement et d'expertise. +
Le '''Centre commun de calcul intensif''', '''C3I''', de l’'''Université des Antilles''' a pour mission de fournir aux chercheurs les ressources informatiques nécessaires au développement de leurs projets de recherche. Le C3I assure l’administration des systèmes d’exploitation, assiste les utilisateurs et propose des formations en '''calcul intensif'''. Il aide au développement d’applications et au portage de '''codes de calcul scientifiques''' (MM5, Aquilon-Thetis, Gaussian, Star-CD, Matlab ...). Les domaines d’application concernent '''la mécanique des fluides''', '''l’océanographie''', '''la météorologie''', '''la chimie moléculaire''', '''le traitement d’images'''…. +
Le '''Centre Méditerranéen de Médecine Moléculaire (C3M)''' est dédié à la '''recherche translationnelle sur le cancer, les maladies cardiométaboliques et les maladies infectieuses.'''
Il est composé de quatorze équipes de recherche qui entretiennent des collaborations fructueuses avec les médecins et cliniciens d’une douzaine de services cliniques des centres hospitaliers de Nice. L’association des chercheurs et de cliniciens travaillant au C3M crée une synergie sur la base d’un projet commun à l’'''interface entre la recherche fondamentale et la recherche clinique'''. +
Le '''projet du Collecteur Analyseur de Données''' (CAD) est au cœur du '''Plan France Médecine Génomique 2025''' (PFMG2025). Il a pour ambition de fournir une infrastructure de collecte des données génomiques et de mise à disposition de services dans le respect du consentement des patients ; en premier lieu sur le volet du soin pour aider les praticiens à interpréter ces données, ensuite sur le volet de la recherche pour offrir à la communauté de chercheurs la possibilité de mener des études sur les données collectées dans le cadre du soin. Il constituera ainsi une base de connaissance unique.
Infrastructure nationale portée par la puissance publique, notamment pour garantir la souveraineté des données, l’intérêt général et l’encadrement éthique de l’utilisation des données. Il offrira à la communauté scientifique un accès sécurisé au catalogue de données génomiques issues du PFMG, un éventail d’applications logicielles métiers, des facilités de stockage et de calcul intensif.
[https://pfmg2025.aviesan.fr/wp-content/uploads/2022/02/Assises_poster_CAD_VF_A0.pdf Déploiement et accès aux données pour la recherche] : Le CAD proposera plusieurs services à la recherche : guichet d’accueil, assistance et conseil à la conception des projets, accès aux jeux de données et aux bibliothèques d’outils, mise à disposition des machines virtuelles, hébergement de données de génomique et associées, outils méthodologiques, rendus d’analyses statistiques, transferts de données.
Les communautés de recherche qui utiliseront le CAD sont : génétique/génomique, systèmes biologiques au niveau moléculaire, pharmacologie, biomarqueurs et tests compagnons, physiopathologie et nosologie des maladies, recherche clinique, épidémiologie, sciences des données, infrastructures et architectures, technologies et ingénierie logicielles, stimulation numérique et modélisation.
La totalité des publications issues de projets utilisant l’infrastructure sont en accès ouvert. +
Le service CADE (Centre d’Analyse de Données Etendues) est un service labellisé au sein du Centre d’Expertise Régional Observatoire Virtuel du Grand Sud-Ouest ([[GSO-DC|OV-GSO]]).
Il met à la disposition de la communauté astrophysique des données ancillaires et les outils de manipulation associés à l’usage de l’exploitation scientifique de missions de grands relevés.
Le service délivre :
*un ensemble de données et les cartes de bruits associées, au format HEALPix, au travers du site web CADE
*un ensemble de données au format HiPS (standard IVOA) permettant une visualisation rapide des données via des outils de référence tels qu’Aladin, AladinLite, EsaSky,…
*la [http://cade.irap.omp.eu/dokuwiki/doku.php?id=software drizzlib] (en IDL et Python), librairie permettant l’extraction de données au format WCS à partir de données au format HEALPix
*la [http://drizzweb.irap.omp.eu/ drizzweb], version web de la drizzlib qui permet aux utilisateurs d’effectuer l’extraction WCS à distance.
L’objectif principal de ce Service d’Observation est de fournir des données et outils à la communauté permettant une analyse scientifique rigoureuse. Pour atteindre cet objectif, nous développons des outils uniques garantissant une conservation de flux lors de la conversion du format WCS vers le format HEALPix et inversement.
Le centre de données et de services CADE est un Service National d'Observation (SNO) labélisé par le CNRS Terre & Univers. +
Le '''réseau CADOR pour le conseil et l’accompagnement aux données de la recherche''' propose, dans un esprit de transversalité, d’apporter son soutien aux chercheurs, doctorants et porteurs de projet à 3 étapes de leur réflexion :
* Dans la phase amont de définition du projet
* Dans la '''rédaction de leur plan de gestion de données'''
* Dans la mise en œuvre de celui-ci
Un [https://www.univ-lyon3.fr/gestion-des-donnees guide pour gérer ses données] est mis à disposition par le réseau.
Le réseau est composé des membres, aux expertises variées, suivants : la direction de la recherche et des études doctorales, du délégué à la protection des données personnelles; de la bibliothèque universitaire, du pôle archives; d'une référente "données" auprès des laboratoires et de la responsable sécurité des systèmes d'information. +
CAHIER est un consortium interdisciplinaire de projets numériques, en accès libre, menés principalement dans les domaines des «corpus d’auteurs», qu’ils relèvent de la littérature, de la philosophie ou d’une thématique liée à une école ou à une pratique. CAHIER a été labellisé par l'IR* Huma-Num jusqu'à fin 2021, date de finalisation de ses travaux.
CAHIER a favorisé en outre la formation aux nouveaux outils, le partage d'expériences, le respect de normes et standards favorisant l'échange, l'interopérabilité et l'accès aux données ainsi que de nouvelles recherches scientifiques. CAHIER privilégiait et promouvait la diffusion libre et ouverte des corpus produits par ses projets partenaires. Le consortium comptait plusieurs groupes de travail qui produisent de la documentation scientifique et des guides méthodologiques.
Le consortium permettait de tester des prototypes d’édition et de traitement des données qui circulent dans le domaine des humanités numériques sur les différents corpus. Il favorisait, en contribuant à leur financement, la participation aux ateliers et congrès internationaux et aux manifestations organisées par les structures européennes. Il aidait à répondre aux appels à projets régionaux, nationaux et internationaux (en coordination avec l'IR* [[Huma-Num]]).
Le groupe de travail « (Ré)utilisatibilité » au sein du consortium propose, [https://hal.univ-grenoble-alpes.fr/hal-03630095 le Vademecum pour la réutilisabilité des données], un guide des bonnes pratiques et des astuces facilitant la gestion des données en vue d’une future réutilisation. +
'''CALI''', '''CAlcul en LImousin''', est un serveur de calcul dédié aux chercheurs des 4 Instituts de recherche (XLIM, IPAM, GEIST, SHS) de l’Université de Limoges et ouvert aux partenaires régionaux. L’objectif est de fédérer la communauté des chercheurs sur la thématique du '''calcul scientifique'''. La Direction du Système d'Information assure l’administration des moyens de calcul scientifique, l’installation des logiciels de recherche et les conseils sur les configurations matérielles. Les chercheurs des disciplines suivantes utilisent CALI : '''électronique''', '''optique''', '''communication''', '''informatique''', '''matériaux''', '''génie des procédés''', '''génomique''', '''immunité''', '''environnement''', '''géographie'''. CALI dispose de 2 espaces de '''stockage''' (temporaire et permanent) pour les données de recherche. +
CALIS offre des services aux communautés scientifiques publiques comme privées, fondés sur des développements technologiques, la mise à disposition de données et de supports expérimentaux ou encore des actions de formation.
L’intérêt stratégique de regrouper ces entités en une infrastructure distribuée est de pouvoir aborder les questions de recherche sur l’alimentation durable pour la santé de façon multidisciplinaire en intégrant toute la chaine de valeurs depuis les matières premières agricoles et leur transformation en aliments jusqu’à l’effet sur la santé de l’Homme, en passant par les choix et préférences des consommateurs.
Une partie des publications issues de projets utilisant l’infrastructure est en accès ouvert. Les codes sources produits par l’infrastructure sont ouverts sur une forge logicielle https://forgemia.inra.fr. Les données validées et décrites sont publiées sur un entrepôt de données +