Attribut:A pour description
Cette propriété est de type Texte.
B
Biblissima+ (Observatoire des cultures écrites, de l’argile à l’imprimé) fait partie des équipements structurants pour la recherche ÉquipEx+ sélectionnés en 2020 dans le cadre des Investissements d’avenir. Il prend le relais de l’ÉquipEx Biblissima (Bibliotheca bibliothecarum novissima : observatoire du patrimoine écrit du Moyen Âge et de la Renaissance, 2012-2021).
Le programme bénéficie d’une aide de l’État gérée par l’Agence nationale de la Recherche. Il s’achèvera le 31 octobre 2029.
Biblissima+ fédère 16 établissements et une entreprise privée, réunis en un consortium et agissant par l’intermédiaire de leurs services ou d’unités de recherche ou de service placées sous leur tutelle.
Les objectifs de Biblissima+ :
*former des pôles de compétences à l'échelle nationale
*structurer les communautés, produire, organiser, conserver et mutualiser les outils pertinents pour la recherche
*assurer l'intéropérabilité des résultats et des ressources
Biblissima+ crée une infrastructure numérique multipolaire de recherche fondamentale et de service consacrée à l’histoire de la transmission des textes anciens, des premières tablettes d’argile mésopotamiennes aux premiers livres imprimés, sur tous les supports et dans toutes les langues. +
'''Bibracte''' est en charge de la gestion intégrée du site patrimonial de Bibracte Mont-Beuvray avec le statut d'EPCC (Établissement public de coopération culturelle). A ce titre, il anime un '''programme de recherche archéologique permanent et international'''.
Bibracte développe aussi des recherches dans le domaine des '''humanités numériques et des études patrimoniales'''. +
Bilille est la '''plateforme de bioinformatique, biostatistique et bioanalyse de la métropole lilloise''', au sein de l'UMS 2014/US 41 [[Plateformes Lilloises en Biologie et Santé]]. Bilille est également membre de l'[[IFB|Institut Français de Bioinformatique]] et de [[France Génomique]].
Bilille propose une palette de services de proximité diversifiés, du conseil à l’accompagnement de projets, pour les débutants ou plus expérimentés.
Bilille met à disposition de la communauté scientifique un service de cloud, en lien étroit avec le Mésocentre de l’Université de Lille. Il s’agit d’un cloud openstack disposant de 336 coeurs CPU (Dell/HP), 2,15 To RAM, stockage GlusterFS : 76 To, réseau 10 Gb/s. +
La '''plateforme BinderHub''' permet de créer et de partager des environnements notebook interactifs et reproductibles à partir de dépôts de code. Elle est connectée à la forge [https://gricad-gitlab.univ-grenoble-alpes.fr/users/sign%20in gricad-gitlab].
L'objectif est de créer des environnements informatiques personnalisés pouvant être utilisés par de nombreux utilisateurs distants. BinderHub permet à un utilisateur final de spécifier facilement un environnement informatique souhaité à partir d'un répertoire Git. Il fournit ensuite l'environnement informatique personnalisé à une URL à laquelle les utilisateurs peuvent accéder à distance.
Il permet de faire des démonstrations et de travailler de manière collaborative. +
La plateforme '''BIO2M (Bio-Informatique et Bio-Marqueurs)''' est engagée dans la conception de nouveaux logiciels de traitement rapide des données NGS à grande échelle. Elle propose une expertise des méthodes d’'''analyse des données de séquençage haut-débit''' (NGS). Son champ d’application est la recherche de '''biomarqueurs en santé humaine'''.
Elle est composée de spécialistes de l'algorithme textuel qui se concentrent sur la conception de nouveaux outils et de nouvelles structures pour l''''analyse de l'ARN-Seq'''.
La plateforme propose les services suivants :
* '''NGS'''
# Conception et design de projets de séquençage haut-débit
# Conception de pipelines
* '''Analyse des données DNA-Seq'''
# Recherche de mutations : CracTools, Hisat2/Freebayes
* '''Analyse des données RNA-Seq'''
# Vérification de la qualité des données : FastqC, Kmertool
# Alignement sur génome de référence : CRAC, STAR, Hisat2
# Analyses d’expression différentielle avec approche par k-mers : DE-kupl, CountTags
# Analyse d’expression différentielle de gènes : Kallisto, SLEUTH, DE-SEq2, EdgeR
# Recherche d’ARN et gènes de fusion : ChimCT
# Reconstruction de transcrits incluant les ARN non codants : Stringtie
Des formations sont également proposées :
* Formations courtes pour les biologistes et les bio-informaticiens (3-4 jours).
* Analyse de données NGS et leur exploitation : initiation aux analyses primaires de données NGS, outils d’analyse différentielle, initiation GNU/linux et R pour les biologistes. +
La plateforme '''Biodiversité et Biotechnologies marines « Bio2Mar »''', est une '''plateforme régionale labellisée GEPETO''' (Grand équipement pour l'évolution technologique et l'ouverture scientifique) par la région Occitanie Pyrénées Méditerranée.
Cette plateforme créée en 2010 offre aux chercheurs des secteurs public et privé une expertise et une technologie de pointe en matière de recherche sur la '''biodiversité marine''' et les '''biotechnologies bleues''' avec une position stratégique sur le littoral méditerranéen.
Bio2Mar offre une chaine de développement complète allant de l'isolement d'organismes marins, leur identification, la production de biomasse, et la purification et caractérisation structurale des biomolécules d'intérêt. La plateforme s'appuie sur des expertises multidisciplinaires et interdépendantes en '''microbiologie''', '''biologie moléculaire''' et '''chimie''' permettant la valorisation de la biodiversité marine avec notamment la valorisation de la diversité chimique issue de cette biodiversité.
Ces approches multidisciplinaires interviennent dans plusieurs domaines de développement pour la santé et le bien être humain, et l'environnement. Bio2Mar a pour vocation le développement en biotechnologie bleue. Les équipements et les expertises de la plateforme peuvent aussi contribuer aux activités de recherche dans différents domaines tels que la '''qualité de l'environnement''', l''''aquaculture''', l''''écologie microbienne''' et l''''écologie chimique'''.
Bio2Mar compte quatre plateaux techniques spécialisés et localisés sur deux sites géographiques.
La Fédération de Recherche à l'Observatoire Océanologique de Banyuls héberge trois des quatre plateaux techniques :
* Plateau de '''Biodiversité et Biologie Moléculaire'''
* Plateau de '''Microbiologie et Culture'''
* Plateau de '''Biomolécules et Chimie Environnementale'''.
Le [[CRIOBE|Centre de Recherches Insulaires et Observatoire de l'Environnement]] à l'[[Université de Perpignan Via Domitia|Université de Perpignan]] (UPVD-CRIOBE) héberge le plateau technique '''Métabolites Secondaires, Xénobiotiques et Métabolomique''' (MSXM).
La Fédération de recherche '''Biodiversité, Eau, Environnement, Ville & Santé''' (BioEEnViS) regroupe 17 laboratoires travaillant sur les sciences des environnements sur le site de Lyon / Saint-Etienne, en mettant en avant 3 pôles : Biodiversité et Bioressources ; Eau et bassins versants ; Ville et urbanisation.
Elle promeut les collaborations entre ces laboratoires, la mutualisation de moyens et infrastructures, et la définition et mise en œuvre de stratégies et actions collectives. Cette Fédération vise plus généralement à renforcer les capacités et la reconnaissance de cette communauté de recherche aux plans local, national et international –dont européen.
Ses objectifs principaux sont de '''gérer des plateformes techniques et centres de ressources d’intérêt commun aux unités constituantes, et d’animer la transversalité des activités de recherche des unités constituantes.''' +
La '''plateforme BioEmergences''' a pour but de '''reconstruire et de simuler les dynamiques multi-échelles de la morphogenèse des organismes''' et à mesurer les différences et les similitudes entre les individus, aux différentes échelles, tout au long de leurs individuations.
Ce cadre général requiert la conception et la mise au point de techniques, de méthodologies et d’outils inédits permettant d’acquérir et d’interpréter des '''données en 3D en temps réel''' à tous les niveaux du vivant.
Dans le cadre de l'Infrastructure Nationale [[FBI|France BioImaging]], BioEmergences propose des services collaboratifs pour la reconstruction de dynamiques multi-niveaux à partir de l'observation in vivo d'organismes modèles en développement. Grâce au service web BioEmergences, les utilisateurs enregistrés accèdent à la base de données et au workflow algorithmique pour l'analyse quantitative des données d'imagerie 3D en temps réel. +
L'unité mixte de recherche '''BioGECO''' (Biodiversité Gènes et Communautés) a pour vocation de travailler sur l’analyse de la structure, de la fonction et de l’évolution de la biodiversité à différentes échelles du vivant (des gènes aux communautés d’organismes) dans une perspective de gestion durable des ressources et des milieux.
Les recherches sont développées au sein de '''7 équipes thématiques appuyés par 4 pôles de compétences métiers''' qui ont pour ambition commune de promouvoir une analyse intégrée de la diversité biologique, en considérant les interactions entre espèces, populations et individus comme moteurs de son évolution. +
La base de données '''BioImage Archive (BIA)''' stocke et distribue des images biologiques utiles aux chercheurs en sciences de la vie. Elle fournit également des services d'archivage de données à la communauté plus large des bases de données de bioimagerie, y compris les ressources de données de bioimagerie à valeur ajoutée telles que EMPIAR, Cell-IDR et Tissue-IDR. +
'''BioSanD''' est une unité mixte de service regroupant 7 plateformes :
* Plateforme de Lipidomique (LAP)
* Plateforme d'Imagerie et de Cytométrie (Imaflow)
* Plateforme de transfert en biologie du Cancer (PTBC)
* Plateforme IMATHERA (IMAging and radiation THERApy)
* Plateforme de Phénotypage métabolique et comportementale du rongeur
* Plateforme de bioinformatique médicale de l'institut GIMI (BIOME)
* Plateforme CRISPR Genomics (CRIGEN) +
Biogenouest est un réseau interrégional de plateformes technologiques en sciences du vivant et de l’environnement. Il fédère des unités de recherche dans le Grand Ouest sur les deux régions Bretagne et Pays de la Loire et coordonne 38 plateformes technologiques ouvertes à l’ensemble de la communauté scientifique (publique et privée).
Ses thématiques de recherche couvrent les sciences du vivant et de l’environnement dans quatre domaines : Mer, Agronomie, Santé et Science de la donnée.
Biogenouest est un Groupement d’Intérêt Scientifique (GIS) constitué de 12 membres signataires : Anses, CNRS, lfremer, INRAE, Inria, Inserm, Nantes Université, Oniris VetAgroBio, Université d’Angers, Université de Bretagne Occidentale, Université de Bretagne Sud, et Université de Rennes.
Biogenouest est également soutenu par les Regions Bretagne et Pays de la Loire, et le GIS IBiSA. +
L''''UMR Biogéosciences''' est un laboratoire pluri et interdisciplinaire et s'intéresse aux mécanismes des '''changements globaux, climatiques et anthropiques, et leurs impacts et interactions avec l'environnements, la biodiversité et la société'''.
Biogéosciences est impliqué dans la gestion des données et a un service dédié : [https://biogeosciences.ube.fr/francais/services/donnees-capteurs-collections.html Service données-capteurs-collections] qui s'intéresse à l'ouverture des données et aux principes FAIR.
Le laboratoire se compose de cinq équipes :
* équipe BIOME : structure et mécanisme de la différenciation biologique
* équipe CRC : variabilité climatique et impacts sur l'environnement et les sociétés
* équipe ECO-EVO : dynamique évolutive des interactions biotiques
* équipe SAMBA : préservation du signal biologique et mécanismes de biominéralisation, structuration des communautés aquatiques fossiles et actuelles
* équipe SEDS : processus climatiques et environnementaux affectant la surface terrestre +
'''BioinfOmics''' est une '''organisation distribuée''' qui répond aux besoins en '''bioinformatique''' des '''sciences de la vie''', dans un contexte de production massive de données et de '''science ouverte'''. L’un des objectifs consiste à porter les défis de la bioinformatique dans les domaines de l’agriculture, de l’alimentation et de l’environnement pour une grande diversité d’espèces animales, de plantes et de microorganismes.
BioinfOmics constitue un acteur majeur au sein de l''''infrastructure de recherche nationale de services en bioinformatique''', l’[[IFB|IFB]] (Institut Français de Bioinformatique) qui mutualise, soutient et coordonne le développement des plateformes de bioinformatique dépendant d’organismes publics de recherche. +
L''''UMR Biologie Moleculaire Structurale et Processus Infectieux''' a pour objectif principal de concevoir des médicaments inspirés par la structure (pharmacologie) et de redessiner les sites actifs pour leur faire accepter d'autres substrats (biologie synthétique). +
La plateforme '''Biomics''' est une structure appartenant au Centre de Ressources et Recherche Technologiques (C2RT) de l’Institut Pasteur. La mission de la plateforme Biomics est de faciliter la découverte scientifique au sein du réseau de l'Institut Pasteur et des instituts de recherche académiques en fournissant des '''solutions d'analyse et de stockage de données aux chercheurs'''. Elle est dédiée au '''séquençage de nouvelle génération''' et propose des technologies de '''séquençage long-read et short-read'''.
Services proposés par la plateforme :
* '''Technologie''' : Short-Reads (Illumina), Long-Reads (PacBio et Nanopore)
* '''DNA-Seq''' : Séquençage de novo et ciblé
* '''RNA-Seq''' : Analyse transcriptionnelle
* '''Métagénomique''' : Études par séquençage ciblé (16S, 18S, ITS) ou aléatoire (Shotgun)
* '''Bioinformatique''' : Analyse de données de séquençage (Variant, Assemblage, études de méthylation…) +
Le '''PEPR Biothérapies''' a pour ambition de soutenir l'effort de recherche de la communauté scientifique dans le domaine des biothérapies et de leur bioproduction, et de fédérer la communauté nationale de recherche publique en liaison étroite avec les acteurs industriels et le monde hospitalier.
Il devra permettre :
* La conception et le développement des biothérapies innovantes
* L’amélioration des '''processus de bioproduction'''
* La création d’un écosystème français propice à la naissance de nouvelles biothérapies
Il s’articule autour de 4 axes principaux :
# Accélérer le déploiement des '''thérapies géniques''',
# Anticiper la montée en puissance et la '''fabrication à l’échelle industrielle des thérapies cellulaires et l’émergence des thérapies tissulaires''',
# Développer l’'''ingénierie au service de biothérapies et des bioprocédés''' destinés à l’oncologie,
# Accompagner une '''filière industrielle naissante autour des usages des vésicules extracellulaires'''. +
La '''Bibliothèque nationale de France''', '''BnF''', a pour '''mission de collecter, conserver, enrichir et communiquer le patrimoine documentaire national'''.
La masse de données numériques collectées, créées et conservées par l’établissement (métadonnées, corpus de textes numérisés et océrisés, archives du web) en fait aujourd’hui un acteur incontournable '''des humanités numériques''' et un partenaire privilégié des laboratoires de recherche travaillant, dans le strict respect du cadre juridique, sur l’amélioration des données numériques, la fouille des corpus ou l’étude des usages numériques.
Les activités de recherche de la BnF portent principalement sur deux domaines qui font appel à certaines disciplines scientifiques:
* l’histoire et l’analyse des collections de la BnF : la bibliologie; la codicologie, la paléographie, la numismatique, la diplomatique; l’iconologie, l’histoire de l’art, la musicologie; la science des données et l’intelligence artificielle.
* les sciences du patrimoine et des bibliothèques : la biologie et la chimie; la bibliothéconomie ; l’archivistique; la sociologie et l’ethnologie.
Dans le cadre de l’engagement en faveur de l'''a Science ouverte''', la Bibliothèque nationale de France met à disposition un portail d’archives ouvertes [https://hal-bnf.archives-ouvertes.fr/ HAL-BnF] pour le dépôt et la consultation des publications scientifiques des membres de l'établissement. +
Le portail '''BnF API et jeux de données''' décrit et documente l'ensemble des '''API''' (Application Programming Interface, interface de programmation applicative) qui permettent '''d'interroger et de récupérer les métadonnées''' des catalogues et les collections numérisées de la BnF. Pour faciliter l'accès aux données et leur utilisation, des jeux de données (images et textes, métadonnées, statistiques) ont également été constitués et sont directement téléchargeables via le portail. Chaque API ou jeu de données y donne lieu à une présentation du contenu, une documentation technique, des précisions sur les droits d’utilisation et un accès direct aux données. +
Le '''BnF DataLab''' est un laboratoire, physique et numérique, destiné à '''faciliter l’accès à toute la richesse des données de la BnF'''. Pour cela, la BnF en partenariat avec l''''IR* Huma-Num''' a mis en place un ensemble de services d’accueil et d’accompagnement des chercheurs, qui complètent ceux qui existent par ailleurs (reproduction de documents, extractions, assistance à la recherche bibliographique…). Les services proposés dans le cadre d’un accueil au BnF DataLab ont été pensés selon les cycles de vie des projets de recherche, pour permettre '''un accompagnement depuis l’aide à la constitution des corpus jusqu’à leur livraison''' sur un poste paramétré pour l’analyse.
De plus, la BnF possède aussi un portail appelé "API et jeux de données", qui contient des articles sur les API, des jeux de données réutilisables et des scripts (de la BnF ou de projets de recherche) : https://api.bnf.fr/ +