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C
CALLISTO est un service proposé par CALMIP pour gérer, valoriser les données et appliquer les principes FAIR / CLAIR (Catalogue Localisable, Accessible, Interopérable et Réutilisable).
Portail de valorisation des données basé sur la solution Dataverse, CALLISTO propose des espaces de stockage et d’hébergement temporaires (liés à la durée du projet de calcul), un outil de partage de données, soit à destination des membres d’un même projet calcul soit d’une communauté plus large.
CALLISTO, CALmip Launches an Interface for Semantic Tollbox Online est un portail qui offre des fonctionnalités :
*De partage des données de manière sécurisée
*D’enrichissement des données avec des métadonnées pertinentes
*De mise en relation de données, articles, logiciels et traitements, recherche de données sur des critères bibliographiques.
Et ceci dans un contexte et objectif (FAIR) de ré-utilisation de ces données.
Une description scientifique et technique de la plateforme est publiée (en accès libre) dans un workshop de la conférence SEMANTICS2022: https://ceur-ws.org/Vol-3235/paper27.pdf +
CALMIP, Calcul en Midi-Pyrénées, est un centre de calcul intensif équipé d'un supercalculateur Olympe.
Le personnel du mésocentre assure un support scientifique et technique aux utilisateurs, propose des formations à l'environnement de '''calcul HPC''' et une expertise au niveau de l’optimisation et du portage de codes. Les utilisateurs disposent d'un espace de '''stockage''' de grande capacité et sécurisé.
Ce centre de calcul mène des simulations numériques sur des projets de recherche sur les thématiques scientifiques suivantes : '''Physico-chimie des matériaux''', '''Mécanique des fluides''', '''Sciences de l’univers et de la Terre''', '''Chimie quantique''', '''Bioinformatique''', '''Biomolécules''', '''Physique théorique et moléculaire''', '''Méthodes et algorithmes'''.
Dans le cadre de la valorisation des données, CALMIP propose :
* Des espaces de stockage et d’hébergement temporaires (liés à la durée du projet de calcul) ;
* Un outil de partage de données, soit à destination des membres d’un même projet calcul soit d’une communauté plus large ;
* Un service d’'''accompagnement à la rédaction de DMP''' (Data Management Plans, plans de gestion de données PGD) : choix de métadonnées et conformité des données aux standards disponibles, orientation des données vers des espaces de partage à long terme (au-delà de la durée de vie du projet calcul) ;
* La Plateforme CALLISTO est une interface destinée au partage et à la fouille de données scientifiques.
Depuis janvier 2014, le '''CAPHÉS (Centre d'archives en philosophie, histoire et édition des sciences)''' a été recréé, avec un projet scientifique élargi, la constitution d’un '''pôle "Archives de la recherche"'''. L’objet de ce projet est de valoriser les fonds d’archives hébergés à l’ENS.
Ses activités sont multiples :
* Le '''Centre documentaire''' abrite de nombreuses '''archives de scientifiques et d’historiens des sciences''', consultables sur place par la communauté des chercheurs et il participe à de nombreuses actions et réseaux intéressant l’histoire et la philosophie des sciences.
* Le CAPHÉS abrite également des activités engageant les '''Humanités numériques et l’édition électronique''', ainsi que deux revues, la Revue d’histoire des sciences et la Revue de synthèse, elles-mêmes adossées à la Fondation pour la Science.
Enfin, le Centre participe à une '''animation scientifique''', sur la base de ses fonds comme de projets pluriannuels. +
L'Observatoire de Recherche en Environnement (ORE) CARAUS vise à maintenir sur une longue durée l'observation des propriétés océaniques et atmosphériques liées au cycle du carbone dans l'Océan Indien Sud et l'Océan Austral. Il associe depuis 2003 le Service d'Observation OISO et les campagnes MINERVE, complétant ainsi le réseau international de mesures de CO2 océanique dans un secteur alors peu observé.
Service National d'Observation (SNO) labélisé. +
L’objectif scientifique du laboratoire '''CARMeN''' est de développer des méthodes innovantes en '''synthèse organique''', '''chimie analytique''' et '''modélisation moléculaire''' et de les appliquer à différents sous-domaines de la discipline (chimie bioorganique, chimie pharmaceutique, chimie éco-responsable, chimie des matériaux). +
Le '''Centre Alpin de Recherche sur les Réseaux Trophiques et les Ecosystèmes Limniques''' ('''CARRTEL''') mène des travaux de recherche dédiés à '''l'étude des écosystèmes lacustres et de leur biodiversité'''. Les lacs sont étudiés en interaction avec leurs bassins versants.
L'unité développe des travaux de recherche fondamentaux et appliqués, offre des '''capacités analytiques, de terrain et expérimentales en limnologie, et s’implique dans la formation par la recherche ainsi que des formations académiques ou en continue'''. +
L''''agence de certification CASCaD''', Certification Agency for Scientific Code and Data, est le seul laboratoire public au monde spécialisé dans la '''certification de la reproductibilité de la recherche scientifique'''. Cette initiative scientifique sans but lucratif permet aux chercheurs de prouver le caractère reproductible de leur recherche. Elle fait l’objet d’une publication dans la [https://science.sciencemag.org/content/365/6449/127 revue Science, le 12 juillet 2019].
La certification Cascad garantit que les résultats numériques (tableaux et figures) présentés dans une publication scientifique (document de travail, article publié et rapport) sont reproductibles en utilisant un ensemble identifiable de ressources numériques (code et/ou données) mises à disposition par les auteurs de cette publication.
Cette certification est attribuée à l'issue d'un processus d'évaluation rigoureux mené conjointement par un évaluateur externe spécialiste du langage de programmation utilisé par le chercheur et d'un éditeur spécialiste du domaine scientifique. A l'issue de ce processus, une note ou « rating » de reproductibilité est attribué à la publication scientifique.
La certification, qui est payante, s’effectue ainsi en plusieurs étapes, la première consistant à vérifier la conformité du code et des données aux règles de reproductibilité de CASCaD. Ensuite, le processus vise à s’assurer que les résultats numériques (tableaux et figures) rapportés dans la publication scientifique correspondent aux résultats numériques générés par le code informatique et les données.
Le chercheur doit soumettre une version PDF de son article de recherche (article publié ou document de travail) ainsi que les ressources numériques (données et/ou code) nécessaires pour reproduire les résultats. Il doit indiquer si ces ressources peuvent être rendues publiques et choisir le niveau de confidentialité souhaité pour les résultats de la certification. +
Le '''Centre d’Accès Sécurisé aux Données, CASD''' est un groupement d’intérêt public (GIP) à vocation industrielle et commerciale. Il a pour objet principal d’organiser et de mettre en œuvre des services d’accès sécurisé pour les données confidentielles à des fins non lucratives de recherche, d’étude, d’évaluation ou d’innovation, activités qualifiées de « services à la recherche », principalement publiques. Il a également pour mission de valoriser la technologie développée pour sécuriser l’accès aux données dans le secteur privé.
A l’interface entre les producteurs déposants de données et leurs utilisateurs, le CASD est un '''tiers de confiance''' pour la mise à disposition sécurisée des données et pour leurs appariements. Il propose un équipement sécurisé dédiée aux exigences de sécurité liées aux échanges de données, qui répond à 3 grands principes :
* '''Garantir''' aux déposants de données un stockage, une mise à disposition et un usage de leurs données qui soient conformes aux termes des conventions et contrats passés avec eux et aux exigences de protection de la confidentialité de ces données.
* '''Maintenir''' une infrastructure et une qualité de service de haut niveau qui permettent un accès aux données dans de bonnes conditions pour les utilisateurs.
* '''Fournir''' un accès sécurisé et équitable aux utilisateurs de données accrédités, permettant des traitements et analyses pointus dans les meilleures conditions de travail
Afin de lever les verrous techniques liés à la sécurité des données avec les risques juridiques et d’image associés en cas de fuite, le CASD a conçu la '''SD-Box''', un '''boîtier informatique sécurisé d’accès''', permet d’accéder à distance à une infrastructure sécurisée où les données confidentielles sont sanctuarisées. Cet endroit de stockage et de traitement des données est appelé « bulle sécurisée ».
La SD-Box, est très simple à installer, facile à remplacer, et est mise à jour à distance. Couplée à l’infrastructure informatique centrale « étanche », elle forme un ensemble cohérent de services maîtrisé de bout en bout garantissant le très haut niveau de sécurité que le CASD doit offrir aux producteurs de données.
Le '''Centre Asie du Sud-Est (CASE)''' constitue le pôle majeur des études sur l’Asie du Sud-Est en France.
Il fédère des '''recherches interdisciplinaires sur les onze pays du sud-est asiatique''' (Birmanie, Brunei, Cambodge, Indonésie, Timor-Leste, Laos, Malaisie, Philippines, Singapour, Thaïlande et Vietnam), mais aussi des régions ou des États voisins, tels la Papouasie-Nouvelle-Guinée, Taïwan et la Chine méridionale.
Les recherches sont divisées en 3 axes :
* Frictions et régulations : des configurations turbulentes a leur recomposition
* Territoires construits, territoires vécus
* Vivre pleinement dans son milieu : médiations +
CASSIS est un Centre d’Analyse Scientifique de Spectres Instrumentaux et Synthétiques développé par l’IRAP.
Le service d’observation CASSIS a pour mission la distribution d’un ensemble logiciel dédié à l’analyse et l’interprétation des données spectroscopiques. Cela est réalisé grâce à la fourniture d’un ensemble d’outils connectés à des bases de données spectroscopiques et moléculaires, soit en interne, soit via l’OV et le portail VAMDC (Virtual Atomic and Molecular Database Center).
Le service d’observation CASSIS est un service National d'Observation (SNO) labélisé CNRS Terre & Univers au sein du Centre d’Expertise Régional Observatoire Virtuel du Grand Sud-Ouest (OV-GSO), complètement opéré par l’Observatoire Midi-Pyrénées. +
Le '''Centre de Microcaractérisation Raimond Castaing''' est une '''structure opérationnelle de services''' toulousaine spécialisée en '''microscopies électroniques''' et '''sondes ioniques'''.
Le Centre mutualise des '''expertises techniques et scientifiques''' pour répondre aux besoins de '''caractérisation précise''' des '''matériaux solides''', à diverses échelles, permettant une meilleure compréhension des structures et propriétés des échantillons.
Le centre regroupe '''12 équipements de micro et nanocaractérisation''' ainsi que du '''matériel de préparation''' :
* 2 microsondes électroniques
* 4 microscopes électroniques à balayage à émission de champ dont un dual-beam
* 5 microscopes électroniques en transmission
* 1 spectromètre de masse d’ions secondaires.
Ses équipements avancés sont certifiés '''ISO 9001''' et ouverts à toute la '''communauté scientifique''' ainsi qu'aux acteurs économiques locaux et nationaux. Le Centre offre des possibilités de caractérisations croisées et complémentaires, renforçant ainsi les capacités des utilisateurs dans des domaines aussi variés que la science des matériaux, la chimie, la physique, les géosciences ou l’ingénierie.
Il est labellisé par l'[https://www.inc.cnrs.fr/fr/plateformes-labellisees Institut national de chimie (CNRS Chimie)]. +
'''CATdb''' met à disposition les '''analyses de transcriptome réalisées par la plateforme POPS de l’IPS2''' (cf. [https://ips2.u-psud.fr/fr/plateformes/spomics-interatome-metabolome-transcriptome.html SPOMICS]), depuis les plans expérimentaux jusqu’aux analyses différentielles en passant par les descriptions complètes des échantillons et leurs traitements, pour plusieurs espèces végétales.
Le module [http://tools.ips2.u-psud.fr/GEM2Net/ '''GEM2Net'''] donne accès aux méta-analyses du transcriptome d’Arabidopsis thaliana sous conditions de stress variées. +
En 1998, la base de données '''Carbohydrate-Active enZYmes Database''' (CAZy) est créée et mise à jour par l’équipe Glycogénomique du laboratoire Architecture et Fonction des Macromolécules Biologiques (AFMB). L’objectif de CAZy est d’établir les relations entre la séquence des enzymes qui agissent sur les hydrates de carbone et leur spécificité. '''Les enzymes actives sur les glucides''' (CAZymes) modifient, créent ou lysent les liaisons glycosidiques des sucres complexes et des polysaccharides qui sont utilisés par les êtres vivants. Ces glucides peuvent jouer le rôle de source de carbone, de signaux moléculaires spécifiques, de stockage de l’énergie ou intervenir dans les interactions hôtes-pathogènes. L’équipe Glycogénomique a développé une classification en familles qui relie la structure et le mécanisme catalytique des '''CAZymes'''. Cette classification est composée de 5 '''classes d’enzymes''' (glycoside hydrolases, glycosyltransférases, carbohydrate estérases, polysaccharide lyases et les enzymes dites à activités auxiliaires). Les modules de fixation aux sucres (Carbohydrate-Binding Modules) figurent également dans cette base de données. Un couplage entre la base de données CAZy et les moyens en '''bioinformatique''' permet d’examiner le contenu en CAZymes de centaines de génomes eucaryotes et procaryotes. La classification CAZy est largement utilisée par la communauté scientifique pour ses '''données annotées''' ('''annotations structurales et fonctionnelles''' des protéines issues de GenBank, UniProt, Protein Data Bank). +
Le '''CBM''' (UPR4301) développe des recherches à l'interface de la Chimie, de la Biologie et de la Physique qui s'intéressent aux mécanismes '''moléculaires''' du Vivant et aux dysfonctionnements qui conduisent au développement de certaines maladies. +
L''''Institut de Chimie et de Biologie des Membranes et des Nano-objets''', '''CBMN''', est un '''institut pluridisciplinaire''' qui opère à '''l’interface entre la chimie, la biologie et la physique''' et centrée sur la synthèse et la biosynthèse, l’étude structurale et l’imagerie multi-échelle et multimodale d'assemblages moléculaires et macromoléculaires, qu’il s’agisse des complexes isolés ou reconstitués ou des complexes dans leur contexte cellulaire.
Les groupes de recherche du CBMN sont réunis en quatre pôles thématiques :
* Chemical biology and Supramolecular chemistry (CBSC),
* Biomedical research, Fundamental and translational (BioFAP),
* Multiscales Biophysics (MSB),
* Nutraceutical, medical and Food applications of biomolecules (NMFAB).
Le CBMN héberge plusieurs plateformes instrumentales : Diffraction et Diffusion des rayons X, Microscopie Électronique à transmission, Résonance Magnétique Nucléaire, Atomic force microscopy, Salle de culture L2, Spectroscopies vibrationnelles, Plateforme CPL (Circularized Polarized Light), Production et purification de protéines recombinantes. +
L''''Institut de Chimie et de Biologie des Membranes et des Nano-objets''' ('''CBMN''') et l’'''Institut Européen de Chimie et de Biologie''' ('''IECB''') gèrent en commun '''une plateforme technique RMN constituée de 7 spectromètres RMN de 300 MHz à 800 MHz'''.
Les domaines d’expertise du CBMN et de l’IECB sont :
* RMN des lipides membranaires (RMN 2H et RMN 31P), RMN des peptides et protéines membranaires, RMN des colloïdes naturels associés aux domaines œnologiques et pharmaceutiques (interaction entre tannins/protéines ou tannins/membranes)
* Complexe protéine/ARN et interactions protéine-protéine
* Interaction des G-quadruplex avec un ligand dans des cellules (in-cell NMR)
* Etude structurale et dynamique de molécules auto-assemblées (fibrilles amyloïdes, des oligomères, des nanoparticules…)
* Etudes structurales et conformationnelles de molécules issues de la chimie supramoléculaire biomimétique et biorganique, de foldamères ou de peptidomimétiques.
Le spectromètre RMN 800 MHz Haut Champ du CBMN et de l’IECB fait partie de l'infrastructure de recherche Infranalytics. +
Le '''Centre Blaise Pascal de Simulation et de Modélisation Numérique''' ('''CBPsmn''') assure le rôle d’un centre de ressources et compétences en informatique pour la recherche à '''l’École Normale Supérieure de Lyon''' ('''ENS de Lyon''').
Auparavant, il se nommait CBP-PSMN car il se compose du '''Centre Blaise Pascal''' ('''CBP''') et du '''Pôle Scientifique de Modélisation Numérique''' ('''PSMN''')
Le '''CBP de l’ENS de Lyon''' dispose d'une infrastructure numérique complète (salle de TP, clusters de calcul, serveurs dédiés, forge logicielle, outils de travail collaboratif, etc.) et d’'''une expertise en calcul scientifique et calcul haute performance''' afin de répondre aux demandes des étudiants, ingénieurs et chercheurs lyonnais dans le cadre de projets de recherche.
Le '''PSMN''' assure la mutualisation et le fonctionnement des ressources en calcul haute performance de l’ENS de Lyon, ainsi que l’installation des logiciels, '''la formation et l’accompagnement des scientifiques''' répartis dans plus de 30 laboratoires lyonnais.
Le PSMN propose une infrastructure permettant des calculs longs et des calculs sur un grand nombre de coeurs. Il offre un espace de stockage pour les données de simulation numérique et l’analyse des données expérimentales. Il propose des logiciels spécialisés en Chimie, Physique, Géologie, Astrophysique et Bioinformatique. +
Le '''Centre de Bioinformatique de Bordeaux, CBiB''', fournit un accès à des ressources de calcul de haute performance, assure l'analyse des données et dispose d'une expertise en programmation. Ces ressources sont au service des scientifiques académiques et des laboratoires privés pour leur permettre de répondre à leurs besoins en bioinformatique de manière efficace et rentable.
Le CBiB propose des services de pointe pour le '''traitement de données biologiques et médicales - de leurs acquisition au stockage, analyse et diffusion'''. Il dispose de ressources sécurisés et conformes aux standards internationaux. De quelques échantillons à plusieurs dizaines de milliers, le Centre de Bioinformatique de Bordeaux offre des services complets d'analyses de l'ADN, de l'ARN, de protéomique et métabolomique.
L’expertise de la plateforme est particulièrement reconnue en '''algorithmique, intégration de données biologiques à haut débit, leur analyse et visualisation'''. +
Le '''Centre CC-FR HPC, HPDA et IA''' est un guichet unique pour fédérer cet écosystème transverse et accompagner à l’usage du calcul intensif, de l’analyse de données haute performance et de l’intelligence artificielle. Il accompagne sa communauté à l’usage de ces technologies au travers d’un '''programme d’accompagnement''' avec un financement dédié, déployé dans '''21 mésocentres couvrant toutes les régions de France'''.
Il met à disposition '''100 formations initiales diplômantes, 130 formations continues et plus de 56 MOOC''' pour développer vos compétences à votre rythme.
Le Centre sensibilise sur l’'''usage de plus de 40 architectures HPC existantes et émergentes''' : champ d’application, formations dédiées, configuration, nœuds supportés, infrastructure d’accueil entre autres.
Il a développé la '''Place de Marché CC-FR, guichet unique''' afin de rapprocher les offreurs de technologie et les utilisateurs dans le but :
* D'accéder à toutes les compétences et solutions dont vous avez besoin : formations, évènements, emplois, services, solutions, accès à de la puissance de calcul
* De référencer et valoriser vos offres de formation, de service +
Le Centre de Calcul de l’IN2P3 (CC-IN2P3) offre un ensemble de services aux chercheurs de l'IN2P3 (Institut National de '''Physique Nucléaire''' et de '''Physique des Particules''') du CNRS.
La plateforme de calcul du CC-IN2P3 permet aux scientifiques de '''traiter les grandes masses de données''' issues de grands instruments scientifiques ('''accélérateurs de particules''', '''télescopes''' ou '''satellites'''), de réaliser des modélisations et des '''simulations''' pour valider des théories, de valoriser et d’'''archiver''' les données de recherche. Les ressources de calcul distribué peuvent être utilisées localement (création d’un compte utilisateur) ou via une '''grille de calcul''' (inscription dans une organisation virtuelle VO).
Le CC-IN2P3 met à disposition un '''système de stockage de masse''' reposant sur l’utilisation conjointe de disques durs et de bandes magnétiques. Le CC-IN2P3 fournit des ressources informatiques principalement pour la physique nucléaire, la physique des particules, '''l’astrophysique''' et '''les astroparticules''' et de façon limitée aux sciences humaines ('''Huma-Num''') et sciences de la vie.
Le CC-IN2P3 a développé une expertise technique dans les domaines du '''stockage massif de données''', du '''calcul à haut débit''' (HTC), les grilles de calcul ou '''le cloud computing'''. Il est impliqué dans des projets régionaux, nationaux, européens et transdisciplinaires.
Les codes sources produits par l’infrastructure sont ouverts sur une forge logicielle https://gitlab.in2p3.fr.
Le Centre de Calcul de l’IN2P3 fait partie des principaux centres internationaux déployés dans le cadre du projet Worldwide LHC Computing Grid (WLCG) et dédié à la simulation, au traitement et à '''l’analyse des données''' des quatre expériences LHC (Large Hadron Collider) au CERN. Parmi les collaborations scientifiques internationales qui utilisent les services du CC-IN2P3 on trouve aussi le [[GANIL]], EGO, [[LSST]], [[HESS]], [[CTA]], [[PAO]], [[JUNO]] et [[KM3NeT]].
Le CC-IN2P3 héberge les données des entrepôts [[Nakala]] et [[Data.InDoRES]].