BIOME - Historique des versions

IsabelleCao le 9 mars 2026 à 14:54

2026-03-09T14:54:02Z

← Version précédente		Version du 9 mars 2026 à 16:54
Ligne 3 :		Ligne 3 :
	\|TypeService=Plateforme de calcul		\|TypeService=Plateforme de calcul
	\|StatutService=En production		\|StatutService=En production
	\|~~NomAlternatif~~=Plateforme de BIOinformatique Médicale de l'institut GIMI		\|NomDéveloppé=Plateforme de BIOinformatique Médicale de l'institut GIMI
	\|UrlService=https://sciencesexpertise-bfc.fr/entreprises/equipements/sante/plateforme-analyse-bioinformatique-medicale-de-genomique-haut-debit-de-institut-gimi/		\|UrlService=https://sciencesexpertise-bfc.fr/entreprises/equipements/sante/plateforme-analyse-bioinformatique-medicale-de-genomique-haut-debit-de-institut-gimi/
	\|ContactMel=biome@u-bourgogne.fr		\|ContactMel=biome@u-bourgogne.fr
Ligne 11 :		Ligne 11 :
	\|PhaseCycleVie=Collecte, Analyse, Stockage		\|PhaseCycleVie=Collecte, Analyse, Stockage
	\|International=Non		\|International=Non
	\|~~NomDéveloppé~~=Plateforme de BIOinformatique Médicale de l'institut GIMI		\|NomAlternatif=Plateforme de BIOinformatique Médicale de l'institut GIMI
	}}		}}
	{{Coordonnées GPS		{{Coordonnées GPS
Ligne 31 :		Ligne 31 :
	Données de Cartographie Optique (Bionano),		Données de Cartographie Optique (Bionano),
	Données issues de séquençage de 3ème génération (Oxford Nanopore, PacBio)		Données issues de séquençage de 3ème génération (Oxford Nanopore, PacBio)
			\|PerimetreCommunaute=ESR, public, privé, national, international
	\|Communaute=Établissements de recherche français et internationaux, Établissements de soin français (Hopitaux, CLCC, etc), Entreprises françaises et internationales		\|Communaute=Établissements de recherche français et internationaux, Établissements de soin français (Hopitaux, CLCC, etc), Entreprises françaises et internationales
	\|Beneficiaire=Chercheurs, Médecins, Pharmaciens, Industriels, Informaticiens, Etudiants		\|Beneficiaire=Chercheurs, Médecins, Pharmaciens, Industriels, Informaticiens, Etudiants

SidonieRaffy le 10 avril 2025 à 07:41

2025-04-10T07:41:42Z

← Version précédente		Version du 10 avril 2025 à 09:41
Ligne 23 :		Ligne 23 :
	La plateforme propose également des prestations de séquençage en partenariat avec le centre NEOMICS du CHU de Dijon qui est équipé d’un séquenceur NovaSeq X Plus (Illumina).		La plateforme propose également des prestations de séquençage en partenariat avec le centre NEOMICS du CHU de Dijon qui est équipé d’un séquenceur NovaSeq X Plus (Illumina).

	L’hébergement des données est assuré par le [[CCuB]]~~, labellisé HDS (Hébergeurs de données de Santé)~~.		L’hébergement des données est assuré par le [[CCuB]].
	\|Discipline=Vie & Santé		\|Discipline=Vie & Santé
	\|SousDisciplineVie&Sante=LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes		\|SousDisciplineVie&Sante=LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes

SidonieRaffy le 8 avril 2025 à 13:00

2025-04-08T13:00:53Z

← Version précédente		Version du 8 avril 2025 à 15:00
Ligne 23 :		Ligne 23 :
	La plateforme propose également des prestations de séquençage en partenariat avec le centre NEOMICS du CHU de Dijon qui est équipé d’un séquenceur NovaSeq X Plus (Illumina).		La plateforme propose également des prestations de séquençage en partenariat avec le centre NEOMICS du CHU de Dijon qui est équipé d’un séquenceur NovaSeq X Plus (Illumina).

	L’hébergement des données est assuré par le CCuB, labellisé HDS (Hébergeurs de données de Santé).		L’hébergement des données est assuré par le [[CCuB]], labellisé HDS (Hébergeurs de données de Santé).
	\|Discipline=Vie & Santé		\|Discipline=Vie & Santé
	\|SousDisciplineVie&Sante=LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes		\|SousDisciplineVie&Sante=LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes
Ligne 38 :		Ligne 38 :
	\|Certification=ISO 15189;https://www.iso.org/fr/standard/76677.html,		\|Certification=ISO 15189;https://www.iso.org/fr/standard/76677.html,
	ISO 9001;https://www.iso.org/fr/standard/62085.html,		ISO 9001;https://www.iso.org/fr/standard/62085.html,
	ISO 27001 ~~(hébergement des données au CCuB)~~;https://www.iso.org/fr/standard/27001,		ISO 27001;https://www.iso.org/fr/standard/27001,
	Plateformes BFC;https://www.ubfc.fr/wp-content/uploads/2022/04/Rapport-9 Resultat-labellisation-Plateformes.pdf		Plateformes BFC;https://www.ubfc.fr/wp-content/uploads/2022/04/Rapport-9 Resultat-labellisation-Plateformes.pdf
	\|Relation=CCuB		\|Relation=CCuB
	}}		}}

SidonieRaffy le 2 avril 2025 à 12:59

2025-04-02T12:59:25Z

← Version précédente		Version du 2 avril 2025 à 14:59
Ligne 39 :		Ligne 39 :
	ISO 9001;https://www.iso.org/fr/standard/62085.html,		ISO 9001;https://www.iso.org/fr/standard/62085.html,
	ISO 27001 (hébergement des données au CCuB);https://www.iso.org/fr/standard/27001,		ISO 27001 (hébergement des données au CCuB);https://www.iso.org/fr/standard/27001,
	~~HDS (hébergement des données au CCUB);https://certification.afnor.org/numerique/hebergement-des-donnees-de-sante-hds,~~
	Plateformes BFC;https://www.ubfc.fr/wp-content/uploads/2022/04/Rapport-9 Resultat-labellisation-Plateformes.pdf		Plateformes BFC;https://www.ubfc.fr/wp-content/uploads/2022/04/Rapport-9 Resultat-labellisation-Plateformes.pdf
	\|Relation=CCuB		\|Relation=CCuB
	}}		}}

SidonieRaffy le 21 janvier 2025 à 09:53

2025-01-21T09:53:55Z

← Version précédente		Version du 21 janvier 2025 à 11:53
Ligne 9 :		Ligne 9 :
	\|StructureAppartenance=BioSanD		\|StructureAppartenance=BioSanD
	\|Tutelle=CHU Dijon, Université Bourgogne Europe, Inserm		\|Tutelle=CHU Dijon, Université Bourgogne Europe, Inserm
	\|PhaseCycleVie=Collecte, Analyse~~, Documentation~~, Stockage~~, Conservation, Exposition, Réutilisation~~		\|PhaseCycleVie=Collecte, Analyse, Stockage
	\|International=Non		\|International=Non
	\|NomDéveloppé=Plateforme de BIOinformatique Médicale de l'institut GIMI		\|NomDéveloppé=Plateforme de BIOinformatique Médicale de l'institut GIMI
Ligne 22 :		Ligne 22 :

	La plateforme propose également des prestations de séquençage en partenariat avec le centre NEOMICS du CHU de Dijon qui est équipé d’un séquenceur NovaSeq X Plus (Illumina).		La plateforme propose également des prestations de séquençage en partenariat avec le centre NEOMICS du CHU de Dijon qui est équipé d’un séquenceur NovaSeq X Plus (Illumina).

			L’hébergement des données est assuré par le CCuB, labellisé HDS (Hébergeurs de données de Santé).
	\|Discipline=Vie & Santé		\|Discipline=Vie & Santé
	\|SousDisciplineVie&Sante=LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes		\|SousDisciplineVie&Sante=LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes
Ligne 35 :		Ligne 37 :
	Certains coûts sont catalogués : Séquençage d’un Exome de maladie génétique rare, analyse bioinformatique, et interprétation médicale dans le cadre de l’ISO15189 : 2205,5€ TTC		Certains coûts sont catalogués : Séquençage d’un Exome de maladie génétique rare, analyse bioinformatique, et interprétation médicale dans le cadre de l’ISO15189 : 2205,5€ TTC
	\|Certification=ISO 15189;https://www.iso.org/fr/standard/76677.html,		\|Certification=ISO 15189;https://www.iso.org/fr/standard/76677.html,
	ISO 9001 ~~(SATT Sayens)~~;https://www.iso.org/fr/standard/62085.html,		ISO 9001;https://www.iso.org/fr/standard/62085.html,
	ISO 27001 (hébergement des données au CCuB);https://www.iso.org/fr/standard/27001,		ISO 27001 (hébergement des données au CCuB);https://www.iso.org/fr/standard/27001,
	HDS (hébergement des données au CCUB);https://certification.afnor.org/numerique/hebergement-des-donnees-de-sante-hds,		HDS (hébergement des données au CCUB);https://certification.afnor.org/numerique/hebergement-des-donnees-de-sante-hds,
	Plateformes BFC;https://www.ubfc.fr/wp-content/uploads/2022/04/Rapport-9 Resultat-labellisation-Plateformes.pdf		Plateformes BFC;https://www.ubfc.fr/wp-content/uploads/2022/04/Rapport-9 Resultat-labellisation-Plateformes.pdf
			\|Relation=CCuB
	}}		}}

SidonieRaffy le 17 janvier 2025 à 15:17

2025-01-17T15:17:08Z

← Version précédente		Version du 17 janvier 2025 à 17:17
Ligne 38 :		Ligne 38 :
	ISO 27001 (hébergement des données au CCuB);https://www.iso.org/fr/standard/27001,		ISO 27001 (hébergement des données au CCuB);https://www.iso.org/fr/standard/27001,
	HDS (hébergement des données au CCUB);https://certification.afnor.org/numerique/hebergement-des-donnees-de-sante-hds,		HDS (hébergement des données au CCUB);https://certification.afnor.org/numerique/hebergement-des-donnees-de-sante-hds,
	Plateformes ~~UBFC~~;https://www.ubfc.fr/wp-content/uploads/2022/04/Rapport-9 Resultat-labellisation-Plateformes.pdf		Plateformes BFC;https://www.ubfc.fr/wp-content/uploads/2022/04/Rapport-9 Resultat-labellisation-Plateformes.pdf
	}}		}}

SidonieRaffy le 17 janvier 2025 à 15:14

2025-01-17T15:14:56Z

← Version précédente		Version du 17 janvier 2025 à 17:14
Ligne 38 :		Ligne 38 :
	ISO 27001 (hébergement des données au CCuB);https://www.iso.org/fr/standard/27001,		ISO 27001 (hébergement des données au CCuB);https://www.iso.org/fr/standard/27001,
	HDS (hébergement des données au CCUB);https://certification.afnor.org/numerique/hebergement-des-donnees-de-sante-hds,		HDS (hébergement des données au CCUB);https://certification.afnor.org/numerique/hebergement-des-donnees-de-sante-hds,
	~~Labellisation~~ Plateformes ~~BFC~~;https://www.ubfc.fr/wp-content/uploads/2022/04/Rapport-9 Resultat-labellisation-Plateformes.pdf		Plateformes UBFC;https://www.ubfc.fr/wp-content/uploads/2022/04/Rapport-9 Resultat-labellisation-Plateformes.pdf
	}}		}}

SidonieRaffy le 17 janvier 2025 à 15:14

2025-01-17T15:14:10Z

← Version précédente		Version du 17 janvier 2025 à 17:14
Ligne 3 :		Ligne 3 :
	\|TypeService=Plateforme de calcul		\|TypeService=Plateforme de calcul
	\|StatutService=En production		\|StatutService=En production
	\|~~NomDéveloppé~~=Plateforme de BIOinformatique Médicale de l'institut GIMI		\|NomAlternatif=Plateforme de BIOinformatique Médicale de l'institut GIMI
	\|UrlService=~~BIOinformatique MEdicale~~		\|UrlService=https://sciencesexpertise-bfc.fr/entreprises/equipements/sante/plateforme-analyse-bioinformatique-medicale-de-genomique-haut-debit-de-institut-gimi/
	\|ContactMel=biome@u-bourgogne.fr		\|ContactMel=biome@u-bourgogne.fr
	\|Localisation=Dijon		\|Localisation=Dijon
Ligne 11 :		Ligne 11 :
	\|PhaseCycleVie=Collecte, Analyse, Documentation, Stockage, Conservation, Exposition, Réutilisation		\|PhaseCycleVie=Collecte, Analyse, Documentation, Stockage, Conservation, Exposition, Réutilisation
	\|International=Non		\|International=Non
			\|NomDéveloppé=Plateforme de BIOinformatique Médicale de l'institut GIMI
	}}		}}
	{{Coordonnées GPS		{{Coordonnées GPS

SidonieRaffy le 17 janvier 2025 à 15:11

2025-01-17T15:11:41Z

← Version précédente		Version du 17 janvier 2025 à 17:11
Ligne 3 :		Ligne 3 :
	\|TypeService=Plateforme de calcul		\|TypeService=Plateforme de calcul
	\|StatutService=En production		\|StatutService=En production
			\|NomDéveloppé=Plateforme de BIOinformatique Médicale de l'institut GIMI
	\|UrlService=BIOinformatique MEdicale		\|UrlService=BIOinformatique MEdicale
	\|ContactMel=biome@u-bourgogne.fr		\|ContactMel=biome@u-bourgogne.fr
	\|Localisation=Dijon		\|Localisation=Dijon
	\|StructureAppartenance=~~CHU Dijon, Inserm UMS BIOSAND~~		\|StructureAppartenance=BioSanD
	\|Tutelle=CHU Dijon, Université Bourgogne Europe, Inserm ~~UMS BIOSAND~~		\|Tutelle=CHU Dijon, Université Bourgogne Europe, Inserm
	\|PhaseCycleVie=~~Planification,~~ Collecte, Analyse, Documentation, Stockage, Conservation, Exposition, Réutilisation		\|PhaseCycleVie=Collecte, Analyse, Documentation, Stockage, Conservation, Exposition, Réutilisation
	\|International=Non		\|International=Non
	}}		}}
Ligne 15 :		Ligne 16 :
	}}		}}
	{{Service		{{Service
	\|Description=La plateforme BIOME, (BIOinformatique MEdicale) est dédiée à l’analyse bioinformatique des données génomiques issues des technologies innovantes à haut débit (séquençages d’exome, de génome, de RNAseq… ; microarrays d’étude de méthylation ; …). La plateforme propose des services uniques d’analyse bioinformatique de données issues de séquençage haut débit. Bien que cette technologie soit de plus en plus répandue, l’expertise nécessaire à l’analyse bioinformatique des données générées reste rare et précieuse en France. De nouvelles approches technologiques et bioinformatiques à la pointe de la recherche scientifique dans le domaine sont testées régulièrement par la plateforme, permettant ainsi de proposer de nouveaux services inédits tels que ~~l’analyse~~ de données de cartographie optique, le séquençage de 3ème génération, le machine learning, le GPU, etc.		\|Description=La '''plateforme BIOME (BIOinformatique MEdicale)''' est dédiée à l’analyse bioinformatique des données génomiques issues des technologies innovantes à haut débit (séquençages d’exome, de génome, de RNAseq… ; microarrays d’étude de méthylation ; …).

			La plateforme propose des '''services uniques d’analyse bioinformatique de données issues de séquençage haut débit'''. Bien que cette technologie soit de plus en plus répandue, l’expertise nécessaire à l’analyse bioinformatique des données générées reste rare et précieuse en France. De nouvelles approches technologiques et bioinformatiques à la pointe de la recherche scientifique dans le domaine sont testées régulièrement par la plateforme, permettant ainsi de proposer de nouveaux services inédits tels que l’'''analyse de données de cartographie optique, le séquençage de 3ème génération, le machine learning, le GPU, etc.'''

	La plateforme propose également des prestations de séquençage en partenariat avec le centre NEOMICS du CHU de Dijon qui est équipé d’un séquenceur NovaSeq X Plus (Illumina).		La plateforme propose également des prestations de séquençage en partenariat avec le centre NEOMICS du CHU de Dijon qui est équipé d’un séquenceur NovaSeq X Plus (Illumina).
Ligne 21 :		Ligne 24 :
	\|SousDisciplineVie&Sante=LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes		\|SousDisciplineVie&Sante=LS2 Biologie intégrative : des gènes et des génomes aux systèmes
	\|Thematique=Génétique, Génomique, Maladies rares, Bioinformatique, Développement, Logiciel, Médical, Séquençage, Données, Calcul, GPU, Intelligence Artificielle		\|Thematique=Génétique, Génomique, Maladies rares, Bioinformatique, Développement, Logiciel, Médical, Séquençage, Données, Calcul, GPU, Intelligence Artificielle
	\|TypeDonnee=Données issues d’expériences de séquençage à haut-débit (FASTQ, BAM, VCF) ;		\|TypeDonnee=Données issues d’expériences de séquençage à haut-débit (FASTQ, BAM, VCF),
	Données issues d’expériences de puces à ADN & ARN(Agilent, Illumina, Affymetrix) ;		Données issues d’expériences de puces à ADN & ARN (Agilent, Illumina, Affymetrix),
	Données de Cartographie Optique (Bionano) ;		Données de Cartographie Optique (Bionano),
	Données issues de séquençage de ~~3 ème~~ génération (Oxford Nanopore, PacBio)		Données issues de séquençage de 3ème génération (Oxford Nanopore, PacBio)
	\|Communaute=Établissements de recherche français et internationaux, ~~établissements~~ de soin français (Hopitaux, CLCC, etc), ~~entreprises~~ françaises et internationales		\|Communaute=Établissements de recherche français et internationaux, Établissements de soin français (Hopitaux, CLCC, etc), Entreprises françaises et internationales
	\|Beneficiaire=Chercheurs, Médecins, Pharmaciens, Industriels, Informaticiens, Etudiants		\|Beneficiaire=Chercheurs, Médecins, Pharmaciens, Industriels, Informaticiens, Etudiants
	\|ConditionUsage=Pour tout projet en partenariat avec la plateforme BIOME, merci de contacter la plateforme via l’adresse mail : biome@u-bourgogne.fr		\|ConditionUsage=Pour tout projet en partenariat avec la plateforme BIOME, merci de contacter la plateforme via l’adresse mail : biome@u-bourgogne.fr
	\|ModeleEconomique=~~Collaboration académique gratuite ; Prestation de service académique ; Prestation de service industrielle ;~~ Les coûts sont calculés selon le projet en fonction des développements, du calcul et du stockage nécessaire.. Certains coûts sont ~~catalogues~~ : Séquençage d’un Exome de maladie génétique rare, analyse bioinformatique, et interprétation médicale dans le cadre de l’ISO15189 : 2205,5€ TTC		\|ModeleEconomique=Les coûts sont calculés selon le projet en fonction des développements, du calcul et du stockage nécessaire.
			Certains coûts sont catalogués : Séquençage d’un Exome de maladie génétique rare, analyse bioinformatique, et interprétation médicale dans le cadre de l’ISO15189 : 2205,5€ TTC
	\|Certification=ISO 15189;https://www.iso.org/fr/standard/76677.html,		\|Certification=ISO 15189;https://www.iso.org/fr/standard/76677.html,
	ISO 9001 (SATT Sayens);https://www.iso.org/fr/standard/62085.html,		ISO 9001 (SATT Sayens);https://www.iso.org/fr/standard/62085.html,

Htisserand le 17 janvier 2025 à 09:32

2025-01-17T09:32:19Z

← Version précédente		Version du 17 janvier 2025 à 11:32
Ligne 7 :		Ligne 7 :
	\|Localisation=Dijon		\|Localisation=Dijon
	\|StructureAppartenance=CHU Dijon, Inserm UMS BIOSAND		\|StructureAppartenance=CHU Dijon, Inserm UMS BIOSAND
	\|Tutelle=CHU Dijon, ~~université~~ Bourgogne Europe, Inserm UMS BIOSAND		\|Tutelle=CHU Dijon, Université Bourgogne Europe, Inserm UMS BIOSAND
	\|PhaseCycleVie=Planification, Collecte, Analyse, Documentation, Stockage, Conservation, Exposition, Réutilisation		\|PhaseCycleVie=Planification, Collecte, Analyse, Documentation, Stockage, Conservation, Exposition, Réutilisation
	\|International=Non		\|International=Non